From b5a096c80d2fa06fa27551587a7b37903f7378a3 Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: Hubert Leterme <hubert.leterme@univ-grenoble-alpes.fr>
Date: Tue, 23 Feb 2021 19:48:30 +0100
Subject: [PATCH] Logbook

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 module2/exo4/journal.ipynb | 52 +++++++++++++++++++++++++++++++++++++-
 1 file changed, 51 insertions(+), 1 deletion(-)

diff --git a/module2/exo4/journal.ipynb b/module2/exo4/journal.ipynb
index 409dc39..dff77c5 100644
--- a/module2/exo4/journal.ipynb
+++ b/module2/exo4/journal.ipynb
@@ -138,6 +138,56 @@
     "\n",
     "Jupyter: lecture directe du ficheir JSOM un peu délicate. A l'inverse, ficheirs Rmd ou Org plus faciles à lire pour un être humain. Rédiger un article de bout en bout avec RStudio ou Org mode de plus en plus souvent faits; possible mais plus compliqué avec Jupyter.\n"
    ]
+  },
+  {
+   "cell_type": "markdown",
+   "metadata": {},
+   "source": [
+    "## Module 3\n",
+    "\n",
+    "### 1. Une analyse réplicable, c'est quoi?\n",
+    "\n",
+    "Analyse de données traditionnelles: résultats, méthodologie et conclusion\n",
+    "Analyse réplicable: remplace méthodo par détail du code, + explication détaillée. Plus d'efforts, mais analyse plus facile à:\n",
+    "- refaire\n",
+    "- modifier\n",
+    "- vérifier\n",
+    "\n",
+    "### 2. Etude de cas: syndromes grippaux\n",
+    "\n",
+    "Réseau Sentinelles (médecins généralistes)\n",
+    "Données au format CSV. Année et semaine au format ISO. Anomalie fréquente: semaines pour lesquelles il n'y a pas de données. Pour garder la réplicabilité, il ne faut pas supprimer les lignes concernées. Toutes les modifications doivent se faire dans du code.\n",
+    "\n",
+    "### 3. Importer les données\n",
+    "\n",
+    "Possibilité de masquer le titre dans Jupyter.\n",
+    "\n",
+    "Ne pas oublier `%matplotlib inline`.\n",
+    "\n",
+    "`pd.read_csv(<url>, skiprows=1)` Pour l'URL, voir dans le document téléchargé.\n",
+    "\n",
+    "Identifier la ligne sans données avec `isnull`. Supprimer la ligne avec `dropna`, et ajouter un commentaire pour le justifier. Ne pas oublier `.copy()`.\n",
+    "\n",
+    "### 4. Vérification et inspection\n",
+    "\n",
+    "Utiliser `isoweek.Week(year, week)`. Puis `pd.Period`.\n",
+    "\n",
+    "`set_index` pour utiliser une colonne comme indice.\n",
+    "\n",
+    "Les données sont sous forme de chaîne de caractère car il y avait une ligne avec des tirets. Convertir les données.\n",
+    "\n",
+    "Utiliser à la fois l'inspection visuelle et le code de validation.\n",
+    "\n",
+    "### 5. Questions et réponses\n",
+    "\n",
+    "Afin de minimiser les biais, choisir comme point de départ de l'année les creux de l'épidémie.\n",
+    "\n",
+    "**Attention!** Pandas ne respecte pas la convention de slice très utilisée en Python. Il faut donc écrire `[a:b-1]`.\n",
+    "\n",
+    "Séries temporelles avec Pandas: `Series`.\n",
+    "\n",
+    "Toutes les étapes de traitement des données doivent être fournies sous forme exécutable. C'est à ce niveau que l'on fait le plus d'erreurs."
+   ]
   }
  ],
  "metadata": {
@@ -156,7 +206,7 @@
    "name": "python",
    "nbconvert_exporter": "python",
    "pygments_lexer": "ipython3",
-   "version": "3.6.4"
+   "version": "3.6.9"
   }
  },
  "nbformat": 4,
-- 
2.18.1