From af92e51bbccee661545d499c4533a25b11c42c30 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: c94cb76a324e0eb56a392c9527a2a144 Date: Thu, 21 Jan 2021 10:16:53 +0000 Subject: [PATCH] Update analyse-syndrome-grippal.Rmd --- module3/exo1/analyse-syndrome-grippal.Rmd | 32 ++++++----------------- 1 file changed, 8 insertions(+), 24 deletions(-) diff --git a/module3/exo1/analyse-syndrome-grippal.Rmd b/module3/exo1/analyse-syndrome-grippal.Rmd index 771e78f..8270b80 100644 --- a/module3/exo1/analyse-syndrome-grippal.Rmd +++ b/module3/exo1/analyse-syndrome-grippal.Rmd @@ -1,6 +1,7 @@ --- -title: "Analyse de l'incidence du syndrôme grippal" -author: "Konrad Hinsen" +title: "Analyse incidence grippal modifié" +author: "Hugo Benard" +date: "21/01/2021" output: pdf_document: toc: true @@ -14,6 +15,8 @@ header-includes: - \usepackage[upright]{fourier} - \hypersetup{colorlinks=true,pagebackref=true} --- +--- + ```{r setup, include=FALSE} knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE) @@ -21,30 +24,11 @@ knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE) ## Préparation des données -Les données de l'incidence du syndrome grippal sont disponibles du site Web du [Réseau Sentinelles](http://www.sentiweb.fr/). Nous les récupérons sous forme d'un fichier en format CSV dont chaque ligne correspond à une semaine de la période demandée. Nous téléchargeons toujours le jeu de données complet, qui commence en 1984 et se termine avec une semaine récente. L'URL est: -```{r} -data_url = "http://www.sentiweb.fr/datasets/incidence-PAY-3.csv" -``` - -Voici l'explication des colonnes donnée sur le [sur le site d'origine](https://ns.sentiweb.fr/incidence/csv-schema-v1.json): - -| Nom de colonne | Libellé de colonne | -|----------------+-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------| -| `week` | Semaine calendaire (ISO 8601) | -| `indicator` | Code de l'indicateur de surveillance | -| `inc` | Estimation de l'incidence de consultations en nombre de cas | -| `inc_low` | Estimation de la borne inférieure de l'IC95% du nombre de cas de consultation | -| `inc_up` | Estimation de la borne supérieure de l'IC95% du nombre de cas de consultation | -| `inc100` | Estimation du taux d'incidence du nombre de cas de consultation (en cas pour 100,000 habitants) | -| `inc100_low` | Estimation de la borne inférieure de l'IC95% du taux d'incidence du nombre de cas de consultation (en cas pour 100,000 habitants) | -| `inc100_up` | Estimation de la borne supérieure de l'IC95% du taux d'incidence du nombre de cas de consultation (en cas pour 100,000 habitants) | -| `geo_insee` | Code de la zone géographique concernée (Code INSEE) http://www.insee.fr/fr/methodes/nomenclatures/cog/ | -| `geo_name` | Libellé de la zone géographique (ce libellé peut être modifié sans préavis) | -La première ligne du fichier CSV est un commentaire, que nous ignorons en précisant `skip=1`. -### Téléchargement ```{r} -data = read.csv(data_url, skip=1) +setwd("C:/Users/Hugo/Documents/Ecole/Césure/MOOC/Recherche reproductible/Fichier R") +data <- read.csv(file="incidence-PAY-3.csv", ";",sep="\t", header=T,skip=1) +#avec les bons séparateurs et en enlevant la première ligne ``` Regardons ce que nous avons obtenu: -- 2.18.1