diff --git a/.gitignore b/.gitignore new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..1b10ca946b44004f2f1e97b5c33acb910a8eb740 --- /dev/null +++ b/.gitignore @@ -0,0 +1,3 @@ +*.html +*.png +*~ diff --git a/journal/.Entry_01.md.swp b/journal/.Entry_01.md.swp new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..41f2a7f6b57a0d5dd7b36cfc2fe4a77c6cc42969 Binary files /dev/null and b/journal/.Entry_01.md.swp differ diff --git a/journal/Entry_01.md b/journal/Entry_01.md new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..1ba1e86f672cc42afdc12a55fecbab3e2cb0c556 --- /dev/null +++ b/journal/Entry_01.md @@ -0,0 +1,77 @@ +# Entrée du 10/04/2020 + + + +## Données climatiques + +- Lieu: Grenoble (France) +- Temps: Ensoleillé ([source](https://www.meteo-grenoble.com/)) + - Températures (°C): + - Matin: 6 + - Après-midi: 26 + - Soir: 21 + - Humidité (%): 0 + - Vent (km/h): 5 (direction variable) +- Indice de Qualité de l'Air ([source](https://aqicn.org/city/france/rhonealpes/isere/grenoble-grands-boulevards/)) + - Grands Boulevards: NaN + - Caserne De Bonne: 51 + +## Travail effectué + +- Quiz 06 (100%) +- Quiz 07 (100%) +- Quiz 08 (67%) +- Quiz 09 (100%) +- QuizP 03 (67%) +- Quiz 10 (67%) +- Quiz 11 (67%) +- Exercices 02 (93%) + +## Points abordés + +- Exemples d'études contreversées pour manque de rigueur et/ou de transparence + - non diffusion des données et/ou des méthodes de calcul (non transparence) + - problèmes dans les outils ou méthodes utilisés (manque de rigueur) + - erreurs de programmation (manque de rigueur) +- Sources possibles de non reproductibilité: + - Utilisation de logiciels et formats propriétaires + - Non accès au données, ni à la méthodologie utilisées +- Intérêts d'un document computationnel: + - **Inspecter** les données et la (ou les) méthodes utilisées + - **Refaire** les expériences, les inspecter, les corriger et les réutiliser dans d'autres contextes +- Principe d'un document computationnel: + - Permet à la fois de décrire la méthodologie utilisée (markdown) et d'executer cette méthodologie (fragments de code) + - Un coté programmation/script executable, un autre coté rendu d'un document final +- Logiciels "mature" pour écrire des documents computationnels + - JupyteR (markdown / python, R, julia) + - Rstudio/Rmarkdown (markdown / R, python) + - Emacs/orgmode (org-mode / tout un tas de langages) +- Le choix de l'outil dépend principalement des besoins, en terme de reproductibilité l'important est: + - collecter l'information + - l'organiser et la rendre accessible + - la rendre disponible + +## Connaissances acquises + +- Régles de bases pour la reproductibilité de son travail: + - Privilégier les logiciels et formats libres + - Être le plus transparent possible dans la méthodologie et les données utilisées + - Justifier chaque choix méthodologique + - Utiliser des documents computationnels + +- Emacs/Orgmode: + - Langage de description orgmode + - TAB: ouvre/ferme les sections + - ctrl-c ctrl-c : execute bloc courant + - alt-x org-babel-execute-buffer: réexécute tout le document computationnel + - ctrl-c ctrl-e : exporte le document computationnel au format souhaité + - ctrl-c ctrl-q noexport: permet d'étiquetter les parties du document à ne pas exporter + - ctrl-c c j : ouvre une entrée dans ~/org/journal.org + - ctrl-x g : ouvre magit-status (permet ensuite, entre autres, de commiter et de push) + +- Commandes spécifiques (décrites dans journal.org): + -