diff --git a/.gitignore b/.gitignore new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..5b6a0652566d10360493952aec6d4a4febc77083 --- /dev/null +++ b/.gitignore @@ -0,0 +1,4 @@ +.Rproj.user +.Rhistory +.RData +.Ruserdata diff --git a/module3/exo3/exercice_fr.Rmd b/module3/exo3/exercice_fr.Rmd index 7eece5e296bb586e88166aa8a263ca75b44c2b9e..8c205ec17b362f1cd3c986ddb19db67e53e19f45 100644 --- a/module3/exo3/exercice_fr.Rmd +++ b/module3/exo3/exercice_fr.Rmd @@ -1,8 +1,8 @@ --- -title: "Votre titre" -author: "Votre nom" +title: "Exercice paradox de Simpson" +author: "Hugues de Courson" date: "La date du jour" -output: html_document +output: pdf_document --- @@ -10,24 +10,33 @@ output: html_document knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE) ``` -## Quelques explications +### Début: chargement des packages pouvant être utiles -Ceci est un document R markdown que vous pouvez aisément exporter au format HTML, PDF, et MS Word. Pour plus de détails sur R Markdown consultez . +```{r package, include=F, echo=FALSE} +library(epiDisplay) +library(epiR) +library(prettyR) +``` + + +### Puis l'import des données -Lorsque vous cliquerez sur le bouton **Knit** ce document sera compilé afin de ré-exécuter le code R et d'inclure les résultats dans un document final. Comme nous vous l'avons montré dans la vidéo, on inclue du code R de la façon suivante: +Dans un premier temps, il s'agissait de télécharger le fichier dans mon dossier local, ensuite on commit cette action et avec un push il est envoyé sur gitlab. -```{r cars} -summary(cars) +Ensuite il s'agit de le charger dans R : + +```{r data import} +data <- read.csv("Subject6_smoking.csv") +View(data) ``` -Et on peut aussi aisément inclure des figures. Par exemple: +Vérification du format des données : -```{r pressure, echo=FALSE} -plot(pressure) +```{r data type} +str(data) ``` -Vous remarquerez le paramètre `echo = FALSE` qui indique que le code ne doit pas apparaître dans la version finale du document. Nous vous recommandons dans le cadre de ce MOOC de ne pas utiliser ce paramètre car l'objectif est que vos analyses de données soient parfaitement transparentes pour être reproductibles. +Tout semble ok. + -Comme les résultats ne sont pas stockés dans les fichiers Rmd, pour faciliter la relecture de vos analyses par d'autres personnes, vous aurez donc intérêt à générer un HTML ou un PDF et à le commiter. -Maintenant, à vous de jouer! Vous pouvez effacer toutes ces informations et les remplacer par votre document computationnel. diff --git a/mooc-rr.Rproj b/mooc-rr.Rproj new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..8e3c2ebc99e2e337f7d69948b93529a437590b27 --- /dev/null +++ b/mooc-rr.Rproj @@ -0,0 +1,13 @@ +Version: 1.0 + +RestoreWorkspace: Default +SaveWorkspace: Default +AlwaysSaveHistory: Default + +EnableCodeIndexing: Yes +UseSpacesForTab: Yes +NumSpacesForTab: 2 +Encoding: UTF-8 + +RnwWeave: Sweave +LaTeX: pdfLaTeX