diff --git a/.gitignore b/.gitignore new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..5b6a0652566d10360493952aec6d4a4febc77083 --- /dev/null +++ b/.gitignore @@ -0,0 +1,4 @@ +.Rproj.user +.Rhistory +.RData +.Ruserdata diff --git a/journal/Journal-de-bord_MOOC-RR_Marc-Oudart_2.Rmd b/journal/Journal-de-bord_MOOC-RR_Marc-Oudart_2.Rmd new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..232a792493666d47eaea528fb55056f6d3f87ad4 --- /dev/null +++ b/journal/Journal-de-bord_MOOC-RR_Marc-Oudart_2.Rmd @@ -0,0 +1,169 @@ +--- +title: "MOOC RR RMarkdown" +author: "Marc" +date: "02/04/2020" +output: + html_document: default + pdf_document: default + word_document: default +--- + +```{r setup, include=FALSE} +knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE) +``` +# Titre d'une section +## Titre d'une sous-section +Conversion en html, PDF ou docx par Pandoc +Pandoc installé par le site pandoc +Fichier texte en UTF-8 pour être lu sur tous les ordis et pérenne +Retour chariot avec double espaces +italique : _s_ ou *s* +gras : __s__ +chasse fixe : 's' +barré : ~~s~~ +hyperlien : [titre] url entre parenthèse +Commentaire : +image : ![légende] adresse url ou locale entre parenthèse +Mettre du code dans une ligne : avec des guillemets (Altgr + 7) --> `code` +Ajouter un bloc de code entre 3 guillemets : +``` +Bloc de code +``` + +Listes : +- +- +- + +Enumération : +1. +2. +3. + +Imbrication avec tabulation + +# Utilisation Pandoc + +Avec la console. +Se mettre dans le dossier avec cd. +Conversion en pls formats : pandoc fichier.md -o fichier.extension (html, pdf, docx) + +Utiliser __Emacs__ ou __Vim__ pour passer d'un logiciel à l'autre + +# TEI : texte encoding initiative --> format de balisage standard +Plutôt pour les SHS + +# Git +Git est un logiciel permettant la gestion des versions pérennes. +## Commandes +_git add_ --> indiquer les modifs que l'on souhaite conserver pour intégrer les parties de modifications logiques +_git commit_ --> faire un checkpoint (version) +_git diff_ --> pour voir la différence entre 2 versions +_git checkout_ --> revenir à l'état antérieur + +Etape : +1. Créer un projet sur Gitlab +2. Commande _git clone_ pour récupérer un historique vierge sur son ordinateur +3. Travailler avec _git add_ et git commit pour créer pls versions +4. Commande _git push_ pour propager ses modifs sur le serveur Gitlab +Uniquement de la branche d'historique principale (sauf si on le spécifie autrement) +On synchronise des branches en échangeant des morceaux d'historique. + +### Collaborer à pls +- Si travail séquentiel +1. Bob fait un _git push_ pour synchroniser sa version master avec le serveur Gitlab +2. Alice fait _git __pull__ _ pour récupérer du serveur la bonne version master. +- Si ils travaillent en même temps sur parties différentes +1. Bob et Alice modifient de parties différentes +2. Alice fait un _git push_ +3. Bob fait _git push_ --> erreur : d'abord _git pull_ puis _git push_ +--> Fusion des modifications +- Si ils travaillent en même temps sur parties identiques +4. Bob va avoir conflit avec son _git pull_ --> gestion du conflit --> _git push_ + +### autres sur git +Afficher historique : _git log_ +Merge : _git merge_ + +Hébergement Git, interfaces web Github et Gitlab + +Possibilité de déversement vers des archives telle que Zenodo. + +Interfaces graphiques : Jupyter, RStudio, Emacs org-mode + +## Installation de git dans RStudio + +Installation de _Git_ sur le site web de [Git](https://git-scm.com/downloads). +Interface graphique par défaut de Git est Notepad++ mais possibilité d'utilisé autre logiciel (comme RStudio). + +### Configuration de Git +Dans le terminal : +_git config --global user.name "marc.oudart"_ +_git config --global user.email "marc.oudart@college-de-france.fr"_ + +### Dans RStudio +1. _Tools --> Global options --> Git_ +2. _OK_ +3. _Create new project_ +4. __Check _Create a git repository for this project_ __ + +A droite dans RStudio --> onglet Git. +Check les fichiers pour stagged (comme _git add_). +Commit. +Donner un titre au commit. + +Créer nouveau fichier RMarkdown. +Commit. + +_Knit_ en html. +Commit. + +# Etiquetage et indexation +## DocFetcher + +Installation de _DocFetcher_ sur internet [DocFetcher](http://docfetcher.sourceforge.net/fr/download.html) + +- Ajouter des étiquettes en commentaires en Markdown. Le mot sera encadré par des ";" pour ne pas que DocFetcher confonde l'étiquette avec un vrai mot. +- Utilisation DocFetcher : +Dire à gauche quel dossier indexer (et préciser si .md et .org sont à considérer comme fichiers textes). +Puis rechercher un mot clé. + +## ExifTool +Rajouter des étiquettes sur des images ou des fichiers PDF en ligne de commande : +_exiftool -comment: ";étiquette;" (adresse de l'image) + +# Document computationnel avec RStudio + +On peut insérer bout de code avec l'onglet _insert_ +Pour du calcul avec variable qui dépend des bouts de codes précédents --> peut créer des incohérences. Solution : onglet _run_ --> _Run all chunks above_ +On peut replier des zones ou des sections avec la petite flèche à gauche de cette zone ou de cette section. +Onglet _knit_ pour compiler en html. +Pour que le code ne soit pas exporter il faut changer les paramètres entre accolades à côté des apostrophes de début. Exemple _echo = FALSE_ ne renvoit pas le bloc en export. +C'est ici que la taille des graphiques peut être changé également. + +Pour faire du LaTeX dans RStudio --> fichier --> nouveau ___RSweave___ + +On peut faire du python avec _insert_ --> _python_. Mais attention ! Pas de persistence entre les blocs de codes ! Une variable définie sera oubliée et ne pourra être rappelée. Besoin de faire un seul bloc python ? + + + + \ No newline at end of file diff --git a/mooc-rr.Rproj b/mooc-rr.Rproj new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..8e3c2ebc99e2e337f7d69948b93529a437590b27 --- /dev/null +++ b/mooc-rr.Rproj @@ -0,0 +1,13 @@ +Version: 1.0 + +RestoreWorkspace: Default +SaveWorkspace: Default +AlwaysSaveHistory: Default + +EnableCodeIndexing: Yes +UseSpacesForTab: Yes +NumSpacesForTab: 2 +Encoding: UTF-8 + +RnwWeave: Sweave +LaTeX: pdfLaTeX