diff --git a/journal/Journal-de-bord_MOOC-RR_Marc-Oudart_2.Rmd b/journal/Journal-de-bord_MOOC-RR_Marc-Oudart_2.Rmd index 232a792493666d47eaea528fb55056f6d3f87ad4..9e2606a9a94f9086e7d1e1b2ca6caa6946d17d13 100644 --- a/journal/Journal-de-bord_MOOC-RR_Marc-Oudart_2.Rmd +++ b/journal/Journal-de-bord_MOOC-RR_Marc-Oudart_2.Rmd @@ -11,8 +11,10 @@ output: ```{r setup, include=FALSE} knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE) ``` -# Titre d'une section -## Titre d'une sous-section +# Module 1 : Cahier de notes, cahier de laboratoire + +Titre d'une section avec _dièse espace_ +Titre d'une sous-section avec _double dièse espace_ Conversion en html, PDF ou docx par Pandoc Pandoc installé par le site pandoc Fichier texte en UTF-8 pour être lu sur tous les ordis et pérenne @@ -42,7 +44,7 @@ Enumération : Imbrication avec tabulation -# Utilisation Pandoc +## Utilisation Pandoc Avec la console. Se mettre dans le dossier avec cd. @@ -50,12 +52,12 @@ Conversion en pls formats : pandoc fichier.md -o fichier.extension (html, pdf, d Utiliser __Emacs__ ou __Vim__ pour passer d'un logiciel à l'autre -# TEI : texte encoding initiative --> format de balisage standard +## TEI : texte encoding initiative --> format de balisage standard Plutôt pour les SHS -# Git +## Git Git est un logiciel permettant la gestion des versions pérennes. -## Commandes +### Commandes _git add_ --> indiquer les modifs que l'on souhaite conserver pour intégrer les parties de modifications logiques _git commit_ --> faire un checkpoint (version) _git diff_ --> pour voir la différence entre 2 versions @@ -91,7 +93,7 @@ Possibilité de déversement vers des archives telle que Zenodo. Interfaces graphiques : Jupyter, RStudio, Emacs org-mode -## Installation de git dans RStudio +### Installation de git dans RStudio Installation de _Git_ sur le site web de [Git](https://git-scm.com/downloads). Interface graphique par défaut de Git est Notepad++ mais possibilité d'utilisé autre logiciel (comme RStudio). @@ -118,8 +120,8 @@ Commit. _Knit_ en html. Commit. -# Etiquetage et indexation -## DocFetcher +## Etiquetage et indexation +### DocFetcher Installation de _DocFetcher_ sur internet [DocFetcher](http://docfetcher.sourceforge.net/fr/download.html) @@ -128,11 +130,11 @@ Installation de _DocFetcher_ sur internet [DocFetcher](http://docfetcher.sourc Dire à gauche quel dossier indexer (et préciser si .md et .org sont à considérer comme fichiers textes). Puis rechercher un mot clé. -## ExifTool +### ExifTool Rajouter des étiquettes sur des images ou des fichiers PDF en ligne de commande : _exiftool -comment: ";étiquette;" (adresse de l'image) -# Document computationnel avec RStudio +# Module 2 : Document computationnel avec RStudio On peut insérer bout de code avec l'onglet _insert_ Pour du calcul avec variable qui dépend des bouts de codes précédents --> peut créer des incohérences. Solution : onglet _run_ --> _Run all chunks above_ @@ -145,6 +147,21 @@ Pour faire du LaTeX dans RStudio --> fichier --> nouveau ___RSweave___ On peut faire du python avec _insert_ --> _python_. Mais attention ! Pas de persistence entre les blocs de codes ! Une variable définie sera oubliée et ne pourra être rappelée. Besoin de faire un seul bloc python ? +## Travailler avec les autres +Le mieux est d'avoir son document computationnel + un document classique qui sera distribuer aux autres. +S'il y a besoin de modifs --> changement du document computationnel et changement du format classique. +Partage et publication avec Gitlab. Possibilité de rendre public son dossier mais attention ! Tout l'historique sera public ! Soit on construit son dossier dés le départ sans cette optique. Soit on fait le ménage en utilisant un site compagnon : +- archivage d'articles : HAL +- archivage de code et données : figshare, zenodo, dataverse ?? + +## Comparaison des outils +- Jupyter : pour un TD ou un tutoriel +- Emacs/Org-mode : Pour un journal, 1 seul auteur, chronologique. Prise de notes ! +Mode d'étiquettage très simple où on peut retrouver facilement des mots clés. +Egalement pour un cahier de laboratoire avec classement par thèmes et étiquettages. +Enfin, pour un article reproductible. +- RStudio : possibilité de faire article et facile d'accès. Navigation limitée. +