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title: "MOOC RR RMarkdown"
author: "Marc"
date: "02/04/2020"
output: html_document
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```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
```
# Titre d'une section
## Titre d'une sous-section
Conversion en html, PDF ou docx par Pandoc
Pandoc installé par le site pandoc 
Fichier texte en UTF-8 pour être lu sur tous les ordis et pérenne
italique : _s_ ou *s*
gras : __s__
chasse fixe : 's'
barré : ~~s~~
hyperlien : [titre] url entre parenthèse
Commentaire : <!-- s -->
image : ![légende] adresse url ou locale entre parenthèse
Mettre du code dans une ligne : avec des guillemets (Altgr + 7) --> `code`
Ajouter un bloc de code entre 3 guillemets :
```
Bloc de code
```

Listes : 
-
-
-

Enumération :
1.
2.
3.

Imbrication avec tabulation

# Utilisation Pandoc

Avec la console.
Se mettre dans le dossier avec cd.
Conversion en pls formats : pandoc fichier.md -o fichier.extension (html, pdf, docx)

Utiliser __Emacs__ ou __Vim__ pour passer d'un logiciel à l'autre

# TEI : texte encoding initiative --> format de balisage standard
Plutôt pour les SHS

# Git
Git est un logiciel permettant la gestion des versions pérennes.
## Commandes 
_git add_ --> indiquer les modifs que l'on souhaite conserver pour intégrer les parties de modifications logiques
_git commit_ --> faire un checkpoint (version)
_git diff_ --> pour voir la différence entre 2 versions
_git checkout_ --> revenir à l'état antérieur

Etape :
1. Créer un projet sur Gitlab
2. Commande _git clone_ pour récupérer un historique vierge sur son ordinateur
3. Travailler avec _git add_ et git commit pour créer pls versions
4. Commande _git push_ pour propager ses modifs sur le serveur Gitlab
Uniquement de la branche d'historique principale (sauf si on le spécifie autrement)
On synchronise des branches en échangeant des morceaux d'historique.

### Collaborer à pls 
- Si travail séquentiel
1. Bob fait un _git push_ pour synchroniser sa version master avec le serveur Gitlab
2. Alice fait _git __pull__ _ pour récupérer du serveur la bonne version master.
- Si ils travaillent en même temps sur parties différentes
1. Bob et Alice modifient de parties différentes
2. Alice fait un _git push_
3. Bob fait _git push_ --> erreur : d'abord _git pull_ puis _git push_
--> Fusion des modifications
- Si ils travaillent en même temps sur parties identiques
4. Bob va avoir conflit avec son _git pull_ --> gestion du conflit --> _git push_

### autres sur git
Afficher historique : _git log_
Merge : _git merge_

Hébergement Git, interfaces web Github et Gitlab

Possibilité de déversement vers des archives telle que Zenodo.

Interfaces graphiques : Jupyter, RStudio, Emacs org-mode

## Installation de git dans RStudio

Installation de _Git_ sur le site web de [Git](https://git-scm.com/downloads).
Interface graphique par défaut de Git est Notepad++ mais possibilité d'utilisé autre logiciel (comme R
Studio).

### Configuration de Git
Dans le terminal :
_git config --global user.name "marc.oudart"_
_git config --global user.email "marc.oudart@college-de-france.fr"_

### Dans RStudio
1. _Tools --> Global options --> Git_
2. _OK_
3. _Create new project_
4. __Check _Create a git repository for this project_ __

A droite dans RStudio --> onglet Git.
Check les fichiers pour stagged (comme _git add_).
Commit.
Donner un titre au commit.

Créer nouveau fichier RMarkdown.
Commit.

_Knit_ en html.
Commit.

# Etiquetage et indexation
## DocFetcher

Installation de _DocFetcher_ sur internet [DocFetcher](http://docfetcher.sourceforge.net/fr/download.html)

- Ajouter des étiquettes en commentaires en Markdown. Le mot sera encadré par des ";" pour ne pas que DocFetcher confonde l'étiquette avec un vrai mot.
- Utilisation DocFetcher :
Dire à gauche quel dossier indexer (et préciser si .md et .org sont à considérer comme fichiers textes).
Puis rechercher un mot clé.

## ExifTool
Rajouter des étiquettes sur des images ou des fichiers PDF en ligne de commande :
_exiftool -comment: ";étiquette;" (adresse de l'image)

<!-- ## R Markdown

This is an R Markdown document. Markdown is a simple formatting syntax for authoring HTML, PDF, and MS Word documents. For more details on using R Markdown see <http://rmarkdown.rstudio.com>.

When you click the **Knit** button a document will be generated that includes both content as well as the output of any embedded R code chunks within the document. You can embed an R code chunk like this:

```{r cars}
summary(cars)
```

## Including Plots

You can also embed plots, for example:

```{r pressure, echo=FALSE}
plot(pressure)
```

Note that the `echo = FALSE` parameter was added to the code chunk to prevent printing of the R code that generated the plot.
-->