diff --git a/module3/exo1/analyse-syndrome-grippal.Rmd b/module3/exo1/analyse-syndrome-grippal.Rmd index 771e78faac371f23c921f7f7aecc87f2100e9059..6342d807f7e723f984a4ce4e3ad89d59722dfd4c 100644 --- a/module3/exo1/analyse-syndrome-grippal.Rmd +++ b/module3/exo1/analyse-syndrome-grippal.Rmd @@ -21,9 +21,13 @@ knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE) ## Préparation des données -Les données de l'incidence du syndrome grippal sont disponibles du site Web du [Réseau Sentinelles](http://www.sentiweb.fr/). Nous les récupérons sous forme d'un fichier en format CSV dont chaque ligne correspond à une semaine de la période demandée. Nous téléchargeons toujours le jeu de données complet, qui commence en 1984 et se termine avec une semaine récente. L'URL est: +Les données de l'incidence du syndrome grippal sont disponibles du site Web du [Réseau Sentinelles](http://www.sentiweb.fr/). S'il n'existe pas de fichier local pour les données (une copie doit être conservée pour la traçabilité), nous les récupérons en local sous forme de tableau CSV dont chaque ligne correspond à une semaine de la période demandée. Nous téléchargeons toujours le jeu de données complet en local, qui commence en 1984 et se termine avec une semaine récente. Nous lisons ce jeu de données dans un second temps. ```{r} -data_url = "http://www.sentiweb.fr/datasets/incidence-PAY-3.csv" +if(!file.exists("./incidence-PAY-3.csv")){ + data_url = "http://www.sentiweb.fr/datasets/incidence-PAY-3.csv" + data_dwnld = read.csv(data_url) + write.csv(data_dwnld, "./incidence-PAY-3.csv", row.names = FALSE) +} ``` Voici l'explication des colonnes donnée sur le [sur le site d'origine](https://ns.sentiweb.fr/incidence/csv-schema-v1.json): @@ -44,7 +48,7 @@ Voici l'explication des colonnes donnée sur le [sur le site d'origine](https:// La première ligne du fichier CSV est un commentaire, que nous ignorons en précisant `skip=1`. ### Téléchargement ```{r} -data = read.csv(data_url, skip=1) +data = read.csv("./incidence-PAY-3.csv", skip=1) ``` Regardons ce que nous avons obtenu: