diff --git a/module1/Exo2/Journal_de_MOOC.md b/module1/Exo2/Journal_de_MOOC.md index 75002ac8fdd29b655606a183f22ecc20473cf3ac..2ae2f7680a765d1378aff2725e8cf58f5614d6b1 100644 --- a/module1/Exo2/Journal_de_MOOC.md +++ b/module1/Exo2/Journal_de_MOOC.md @@ -57,7 +57,7 @@ __si source originale non consultable, mentionner que c'est de seconde main__ : # Interagir avec GitLab via RStudio - + __Etape 1.__ SOUs Rstudio Générer ma clef SSH (qui comprend une partie publique (nom.pu) et une partie privée (nom) @@ -72,7 +72,7 @@ En haut à droite : Edit profile user Dans le bandeau vertical gauche qui apparaît (l'agrandir si besoin via expand collapse), sélectionner key SSH, Copier - coller le code de la clef -## Faire le lien entre un projet sur GitLab et le même projet sous RStudio +## Faire le lien entre un projet sur GitLab et le même projet sous RStudio Sous GitLab : Bouton clone Copier l'adresse URL @@ -81,5 +81,71 @@ Puis sous Rstudio : File> New project > version Control > git (clone a project from a Git repository) > --> copier l'URL du GITLab A la question "indiquer votre SSK Key" : coller notre numéro de clef SSH -Puis à la question ci-desssous, qui demande si on fait confiance à forgemia, repondre yes (sinon, ça ne fonctionnera pas !!!) +Puis à la question ci-dessous, qui demande si on fait confiance à forgemia, repondre yes (sinon, ça ne fonctionnera pas !!!) +# Document computationnel +Pour améliorer la traçabilité d'un calcul + +## Principe : +1 seul document, comprenant des explictaion, du code, des résultats +Session +Export vers un document final ((chaque bloc étant soit caché, soit affiché lors de l'export vers le document affiché final) + +## Questions +Comment structurer le document computationnel quand le cheminement du raisonnement, au cours du projet, n'est pas linéaire (on teste plein de pistes différentes) ? +Autrement dit, comment utiliser RMD pour fair eun cahier de labo numérique, versionnable, av ec des étiquettes ? + +## En pratique +Sous Rstudio : + + +Insérer un bloc (= un bout de code = un __chunk__): + - Code> Insert Chunk (ou l eraccourci Ctrl + Alt + I + - Ou bien : ```{r} + +Des icônes apparaissent à droite de la ligne de commande (notamment pour run le bloc) +Dans la marge, on peut replier des sections + +Le bouton __knit__ permet de visualiser le format final du document : + - Format Word + - Format pdf : nécessaite d'avoir auparavant + ○ téléchargé et installé l'application Miktex (https://miktex.org) mais il faut les droits administrateurs, et les mises à jour + ○ ou alors le package __TinyTex sous R (--> install_tinytex() )__ (fonctionne bien) + - Format html + +Spécifier les parties qu'on souhaite ou non faire appara^tre dans le doc final + ```{r nomBloc, echo=FALSE} : n'apparaîtra pas + +L'argument cache = TRUE permet de ne pas relancer les calculs (ne pas ré-exécuter de longs bouts de codes) à chaque fois qu'on recompile (vérifier : sauf si ce qui précède a été changé). Faire attention si on a changé le JDD mais pas son nom (le script ne le saura pas) + +Possible de mettre des options globales pour tous les bouts de code (les chunks) : options par défaut +```{r setup, include=FALSE} +knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE) +``` + +# Etiquettes et logiciels d'indexation pour s'y retrouver (tracker) + + +Rechercher un mot-clef, indexer (sommaire) un cahier de notes : +OK pour un document unique +Mais pour plusieurs documents ou fichiers ? +DocFetcher : trouver un mot dans une collection de fichiers +Encore faut-il que le mo ne soit pas trop fréquent (et DocFetcher +allows only case-insensitive search) +GitLab le permet aussi + +Solution : +Mettre des Etiquettes et mots-clefs "singuliers" dans un fichier texte Markdown (ou dans les métadonnées de fichiers images ou pdf) : +On peut les insérer dans des commentaires +Puis rechercher ces mots-clefs avec DocFetcher + +Ressemble aux tags qu'on peut mettre sur les courriels +Et sous Rstudio : Edit>Find> Find in file (permet par exemple de retrouver les scripts dans lesquels on a utilisé telle ou telle fonction peu fréquente) +Idem aussi dans NotePad++ + +Exiftool permet de rajouter un mot-clef (ou étiquettes), en tant que commentaire, dans les propriétés/métadonnées d'un fichier +Conseil :avec Exiftool, noter en commentaire l'URL où on a trouvé un fichier ou une photo +NB. On peut aussi le faire par un clic-droit> propriétés sous Windows + +Etiquettes sous MarkDaown : +syntaxe de type \