diff --git a/module1/Exo2/Journal de MOOC b/module1/Exo2/Journal de MOOC new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..e82b16b8d2c26926c4579d1d1ff5b49243106bfc --- /dev/null +++ b/module1/Exo2/Journal de MOOC @@ -0,0 +1,58 @@ +# A retenir sur reproductibilité de la recherche + + +(Alexandre Hocquet, historien des sciences) + +Crise de la reproductibilité ; reproducibility crisis ou replication crisis + +Même dans la recherche la mieux décrite, il existe toujours une part de savoir tacite, càd un savoir qu'on ne sait pas expliciter et qui est impossible à formaliser + +En anthropologie, le chercheur interagit avec son objet d'étude. La fiabilité, dans cette discipline, est évaluée par autre chose que la reproductibilité, par ex la réflexivité . Ce sont plus des enjeux de transparence que de reproductibilité qui dominent ici. Idem quand on documente un événement rare. + +Si la reproductibilité conduit à plus de fiabilité en science, c'en est un moyen parmi d'autres, pas toujours suffisant, pas toujours nécessaire + +Le but de la publication scientifique ou de la "technique littéraire" (litterary technology) de l'époque de Boyle n'était effectivement pas (et n'est toujours pas dans les publications aujourd'hui) exactement la reproductibilité, mais plutôt la légitimité + +Étudier les controverses, c'est augmenter les chances de comprendre les formes de savoir tacite qui conditionnent la reproduction, qui n'apparaissent pas dans les publications, et qui surgissent au grand jour parce que des chercheurs contestent + +Sabina Leonelli  étudie ce qu'elle appelle les voyages des données (à l'ère des big data notamment). Les données, jamais "brutes", contiennent en elles toutes les théories, conditions, protocoles, biais, cultures qui ont servi à leur production et leur réutilisation se fait toujours dans d'autres conditions, par des chercheurs appartenant à d'autres cultures. Elle identifie 6 catégorie de reproductibilité : + + - R. computationnelle : possible à partir d'un ensemble de fichiers et d'instructions écrites. C'est el seul domaine où une reproductivité absolue est envisageable et souhaitable + - R. Expérimentale directe (expréiences standardisées) + - R. Indirecte ou Hypothétiques (expé semi-standardisées) + - R. par expertie : expé non-standard er objets de rechecrhe rare + - Observation reproductible : étude de cas non expérimentales + - Recherche non reproductible : observation participante + +Influence de l'informatique sur les méthodes statistiques : facile de faire en qq clic une régression, un test non paramétrique, mai sne signifie pas qu'on comprend forcément bien les hypothèses sou-jacente set qu'on sait interpréter les résultats. Souvent, les défauts de reproductibilité proviennent de mésemploi de méthodes stats et des outils "boîtes noires". + +Voir aussi : [Reproduire un résultat scientifique : plus facile à dire qu’à faire](https://theconversation.com/reproduire-un-resultat-scientifique-plus-facile-a-dire-qua-faire-129848), Alexandre Hocquet, The Conversation, Mars 2020. + + +# Interagir avec GitLab via RStudio + +__Etape 1.__ SOUs Rstudio + +Générer ma clef SSH (qui comprend une partie publique (nom.pu) et une partie privée (nom) + +Dans Rstudio > Tools > Global Options > GIT/SVN > code SSH : taper sur create (va générer la clef SSH) + +Bien noter le lien vers le répertoire .ssh (par défaut c:\user\NomUtilisateur\.ssh\id_ed25519 + +__Etape2.__ Sous GitLab : + +En haut à droite : Edit profile user + +Dans le bandeau vertical gauche qui apparaît (l'agrandir si besoin via expand collapse), sélectionner key SSH, Copier - coller le code de la clef + +## Faire le lien entre un projet sur GitLab et le même projet sous RStudio +Sous GitLab : +Bouton clone +Copier l'adresse URL + +Puis sous Rstudio : +File> New project > version Control > git (clone a project from a Git repository) > +--> copier l'URL du GITLab +A la question "indiquer votre SSK Key" : coller notre numéro de clef SSH +Puis à la question ci-desssous, qui demande si on fait confiance à forgemia, repondre yes (sinon, ça ne fonctionnera pas !!!) +