Exo. 2: fait trop vite, manque des étapes de l'analyse, dont le repérage des...

Exo. 2: fait trop vite, manque des étapes de l'analyse, dont le repérage des maxs et mins dans l'année.

module3/exo2/exercice_python_fr.org

-#+TITLE:  Votre titre
-#+AUTHOR: Votre nom
-#+DATE:   La date du jour
+#+TITLE:  Incidence annuelle de la varicelle
+#+AUTHOR: Émile Jetzer
+#+DATE:   2020-05-18
 #+LANGUAGE: fr
 # #+PROPERTY: header-args :eval never-export
 
@@ -11,83 +11,127 @@
 #+HTML_HEAD: <script type="text/javascript" src="http://www.pirilampo.org/styles/lib/js/jquery.stickytableheaders.js"></script>
 #+HTML_HEAD: <script type="text/javascript" src="http://www.pirilampo.org/styles/readtheorg/js/readtheorg.js"></script>
 
-* Quelques explications
+* Incidence annuelle de la varicelle
 
-Ceci est un document org-mode avec quelques exemples de code
-python. Une fois ouvert dans emacs, ce document peut aisément être
-exporté au format HTML, PDF, et Office. Pour plus de détails sur
-org-mode vous pouvez consulter https://orgmode.org/guide/.
+** Obtention des données
 
-Lorsque vous utiliserez le raccourci =C-c C-e h o=, ce document sera
-compilé en html. Tout le code contenu sera ré-exécuté, les résultats
-récupérés et inclus dans un document final. Si vous ne souhaitez pas
-ré-exécuter tout le code à chaque fois, il vous suffit de supprimer
-le # et l'espace qui sont devant le ~#+PROPERTY:~ au début de ce
-document.
+#+NAME: fichier_loin
+https://www.sentiweb.fr/datasets/incidence-PAY-7.csv
 
-Comme nous vous l'avons montré dans la vidéo, on inclue du code
-python de la façon suivante (et on l'exécute en faisant ~C-c C-c~):
+#+NAME: fichier_local
+donnees.csv
 
-#+begin_src python :results output :exports both
-print("Hello world!")
-#+end_src
+#+BEGIN_SRC python :session "Python" :results output :var local=fichier_local loin=fichier_loin :exports none
+import pandas as pd
+from urllib.request import urlopen
+from pathlib import Path
+
+fichier_local = Path(local)
+
+# Pour enlever le fichier local au besoin
+# fichier_local.unlink()
+
+if not fichier_local.exists():
+    print('Le fichier n\'existe pas...')
+    t = urlopen(loin)
+    print('Télécharger...')
+    with fichier_local.open('w') as f:
+        f.write(t.read().decode('latin-1'))
+    print('Téléchargé.')
+else:
+    print('Le fichier local existait déjà.')
+
+assert fichier_local.exists()
+#+END_SRC
 
 #+RESULTS:
-: Hello world!
+: Le fichier local existait déjà.
+: 
+: 
+
+#+BEGIN_SRC python :session "Python" :results value :var local=fichier_local
+df = pd.read_csv(local, header=1, usecols=['week', 'inc'], skiprows=0)
+
+df.head()
+#+END_SRC
+
+#+RESULTS:
+:      week   inc
+: 0  202019   319
+: 1  202018   849
+: 2  202017   272
+: 3  202016   758
+: 4  202015  1918
+
+** Préparer les données
+#+BEGIN_SRC python :session "Python" :results silent 
+def année(semaine):
+    return int(str(semaine)[:4])
+
+assert année('202019')
+#+END_SRC
+
+#+BEGIN_SRC python :session "Python" :results output
+df.loc[:, 'annee'] = df.week.apply(année)
+
+résumé = df.loc[:, ['annee', 'inc']].groupby('annee').sum()
+
+# S'assurer de compter des années complètes
+nbr_semaines = df.groupby('annee').size()
+résumé = résumé.loc[nbr_semaines > 50, :]
 
-Voici la même chose, mais avec une session python, donc une
-persistance d'un bloc à l'autre (et on l'exécute toujours en faisant
-~C-c C-c~).
-#+begin_src python :results output :session :exports both
-import numpy
-x=numpy.linspace(-15,15)
-print(x)
-#+end_src
+print(résumé)
+#+END_SRC
 
 #+RESULTS:
 #+begin_example
-[-15.         -14.3877551  -13.7755102  -13.16326531 -12.55102041
- -11.93877551 -11.32653061 -10.71428571 -10.10204082  -9.48979592
-  -8.87755102  -8.26530612  -7.65306122  -7.04081633  -6.42857143
-  -5.81632653  -5.20408163  -4.59183673  -3.97959184  -3.36734694
-  -2.75510204  -2.14285714  -1.53061224  -0.91836735  -0.30612245
-   0.30612245   0.91836735   1.53061224   2.14285714   2.75510204
-   3.36734694   3.97959184   4.59183673   5.20408163   5.81632653
-   6.42857143   7.04081633   7.65306122   8.26530612   8.87755102
-   9.48979592  10.10204082  10.71428571  11.32653061  11.93877551
-  12.55102041  13.16326531  13.7755102   14.3877551   15.        ]
+inc
+annee        
+1991   656000
+1992   843500
+1993   593435
+1994   660418
+1995   654598
+1996   632212
+1997   624302
+1998   785055
+1999   646022
+2000   646617
+2001   563415
+2002   589547
+2003   678928
+2004   850765
+2005   654446
+2006   557905
+2007   778119
+2008   738993
+2009   875937
+2010   766478
+2011   642034
+2012   676971
+2013   658318
+2014   648607
+2015   649742
+2016   730003
+2017   556580
+2018   561400
+2019   540874
+>>> >>>
 #+end_example
 
-Et enfin, voici un exemple de sortie graphique:
-#+begin_src python :results output file :session :var matplot_lib_filename="./cosxsx.png" :exports results
-import matplotlib.pyplot as plt
+** Obtenir la pire et la meilleure années
 
-plt.figure(figsize=(10,5))
-plt.plot(x,numpy.cos(x)/x)
-plt.tight_layout()
+#+BEGIN_SRC python :session "Python" :results output
+pire_année = résumé.idxmax()
+meilleure_année = résumé.idxmin()
 
-plt.savefig(matplot_lib_filename)
-print(matplot_lib_filename)
-#+end_src
+print('Pire année:', pire_année)
+print('Meilleure année:', meilleure_année)
+#+END_SRC
 
 #+RESULTS:
-[[file:./cosxsx.png]]
-
-Vous remarquerez le paramètre ~:exports results~ qui indique que le code
-ne doit pas apparaître dans la version finale du document. Nous vous
-recommandons dans le cadre de ce MOOC de ne pas changer ce paramètre
-(indiquer ~both~) car l'objectif est que vos analyses de données soient
-parfaitement transparentes pour être reproductibles.
-
-Attention, la figure ainsi générée n'est pas stockée dans le document
-org. C'est un fichier ordinaire, ici nommé ~cosxsx.png~. N'oubliez pas
-de le committer si vous voulez que votre analyse soit lisible et
-compréhensible sur GitLab.
-
-Enfin, n'oubliez pas que nous vous fournissons dans les ressources de
-ce MOOC une configuration avec un certain nombre de raccourcis
-claviers permettant de créer rapidement les blocs de code python (en
-faisant ~<p~, ~<P~ ou ~<PP~ suivi de ~Tab~).
-
-Maintenant, à vous de jouer! Vous pouvez effacer toutes ces
-informations et les remplacer par votre document computationnel.
+: Pire année: inc    2009
+: dtype: int64
+: Meilleure année: inc    2019
+: dtype: int64
+: >>>

module3/exo2/exercice_python_fr.org~

+#+TITLE:  Votre titre
+#+AUTHOR: Votre nom
+#+DATE:   La date du jour
+#+LANGUAGE: fr
+# #+PROPERTY: header-args :eval never-export
+
+#+HTML_HEAD: <link rel="stylesheet" type="text/css" href="http://www.pirilampo.org/styles/readtheorg/css/htmlize.css"/>
+#+HTML_HEAD: <link rel="stylesheet" type="text/css" href="http://www.pirilampo.org/styles/readtheorg/css/readtheorg.css"/>
+#+HTML_HEAD: <script src="https://ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/2.1.3/jquery.min.js"></script>
+#+HTML_HEAD: <script src="https://maxcdn.bootstrapcdn.com/bootstrap/3.3.4/js/bootstrap.min.js"></script>
+#+HTML_HEAD: <script type="text/javascript" src="http://www.pirilampo.org/styles/lib/js/jquery.stickytableheaders.js"></script>
+#+HTML_HEAD: <script type="text/javascript" src="http://www.pirilampo.org/styles/readtheorg/js/readtheorg.js"></script>
+
+* Quelques explications
+
+Ceci est un document org-mode avec quelques exemples de code
+python. Une fois ouvert dans emacs, ce document peut aisément être
+exporté au format HTML, PDF, et Office. Pour plus de détails sur
+org-mode vous pouvez consulter https://orgmode.org/guide/.
+
+Lorsque vous utiliserez le raccourci =C-c C-e h o=, ce document sera
+compilé en html. Tout le code contenu sera ré-exécuté, les résultats
+récupérés et inclus dans un document final. Si vous ne souhaitez pas
+ré-exécuter tout le code à chaque fois, il vous suffit de supprimer
+le # et l'espace qui sont devant le ~#+PROPERTY:~ au début de ce
+document.
+
+Comme nous vous l'avons montré dans la vidéo, on inclue du code
+python de la façon suivante (et on l'exécute en faisant ~C-c C-c~):
+
+#+begin_src python :results output :exports both
+print("Hello world!")
+#+end_src
+
+#+RESULTS:
+: Hello world!
+
+Voici la même chose, mais avec une session python, donc une
+persistance d'un bloc à l'autre (et on l'exécute toujours en faisant
+~C-c C-c~).
+#+begin_src python :results output :session :exports both
+import numpy
+x=numpy.linspace(-15,15)
+print(x)
+#+end_src
+
+#+RESULTS:
+#+begin_example
+[-15.         -14.3877551  -13.7755102  -13.16326531 -12.55102041
+ -11.93877551 -11.32653061 -10.71428571 -10.10204082  -9.48979592
+  -8.87755102  -8.26530612  -7.65306122  -7.04081633  -6.42857143
+  -5.81632653  -5.20408163  -4.59183673  -3.97959184  -3.36734694
+  -2.75510204  -2.14285714  -1.53061224  -0.91836735  -0.30612245
+   0.30612245   0.91836735   1.53061224   2.14285714   2.75510204
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+  12.55102041  13.16326531  13.7755102   14.3877551   15.        ]
+#+end_example
+
+Et enfin, voici un exemple de sortie graphique:
+#+begin_src python :results output file :session :var matplot_lib_filename="./cosxsx.png" :exports results
+import matplotlib.pyplot as plt
+
+plt.figure(figsize=(10,5))
+plt.plot(x,numpy.cos(x)/x)
+plt.tight_layout()
+
+plt.savefig(matplot_lib_filename)
+print(matplot_lib_filename)
+#+end_src
+
+#+RESULTS:
+[[file:./cosxsx.png]]
+
+Vous remarquerez le paramètre ~:exports results~ qui indique que le code
+ne doit pas apparaître dans la version finale du document. Nous vous
+recommandons dans le cadre de ce MOOC de ne pas changer ce paramètre
+(indiquer ~both~) car l'objectif est que vos analyses de données soient
+parfaitement transparentes pour être reproductibles.
+
+Attention, la figure ainsi générée n'est pas stockée dans le document
+org. C'est un fichier ordinaire, ici nommé ~cosxsx.png~. N'oubliez pas
+de le committer si vous voulez que votre analyse soit lisible et
+compréhensible sur GitLab.
+
+Enfin, n'oubliez pas que nous vous fournissons dans les ressources de
+ce MOOC une configuration avec un certain nombre de raccourcis
+claviers permettant de créer rapidement les blocs de code python (en
+faisant ~<p~, ~<P~ ou ~<PP~ suivi de ~Tab~).
+
+Maintenant, à vous de jouer! Vous pouvez effacer toutes ces
+informations et les remplacer par votre document computationnel.