Update analyse-syndrome-grippal.Rmd

module3/exo1/analyse-syndrome-grippal.Rmd

@@ -26,6 +26,16 @@ Les données de l'incidence du syndrome grippal sont disponibles du site Web du
 data_url = "http://www.sentiweb.fr/datasets/incidence-PAY-3.csv"
 ```
 
+Pour nous protéger contre une éventuelle disparition ou modification du serveur du Réseau Sentinelles, nous faisons une copie locale de ce jeux de données que nous préservons avec notre analyse. Il est inutile et même risquée de télécharger les données à chaque exécution, car dans le cas d'une panne nous pourrions remplacer nos données par un fichier défectueux. Pour cette raison, nous téléchargeons les données seulement si la copie locale n'existe pas.	
+
+```{r}	
+data_file = "syndrome-grippal.csv"	
+
+if (!file.exists(data_file)) {	
+    download.file(data_url, data_file, method="auto")	
+}	
+```
+
 Voici l'explication des colonnes donnée sur le [sur le site d'origine](https://ns.sentiweb.fr/incidence/csv-schema-v1.json):
 
 | Nom de colonne | Libellé de colonne                                                                                                                |
@@ -42,10 +52,9 @@ Voici l'explication des colonnes donnée sur le [sur le site d'origine](https://
 | `geo_name`   | Libellé de la zone géographique (ce libellé peut être modifié sans préavis)                                                       |
 
 La première ligne du fichier CSV est un commentaire, que nous ignorons en précisant `skip=1`.
-### Téléchargement
+### Lecture
 ```{r}
-library(readr)
-data <- read.csv("D:/Codes/mooc-rr/module3/exo1/inc-3-PAY.csv", skip=1)
+data = read.csv(data_file, skip=1)
 ```
 
 Regardons ce que nous avons obtenu:
@@ -133,10 +142,6 @@ with(tail(data, 200), plot(date, inc, type="l", xlab="Date", ylab="Incidence heb
 Étant donné que le pic de l'épidémie se situe en hiver, à cheval entre deux années civiles, nous définissons la période de référence entre deux minima de l'incidence, du 1er août de l'année $N$ au 1er août de l'année $N+1$. Nous mettons l'année $N+1$ comme étiquette sur cette année décalée, car le pic de l'épidémie est toujours au début de l'année $N+1$. Comme l'incidence de syndrome grippal est très faible en été, cette modification ne risque pas de fausser nos conclusions. 
 L'argument `na.rm=True` dans la sommation précise qu'il faut supprimer les points manquants. Ce choix est raisonnable car il n'y a qu'un seul point manquant, dont l'impact ne peut pas être très fort.
 
-```{r}
-class(data$inc)
-```
-
 
 ```{r}
 pic_annuel = function(annee) {