*** Organisation de la note par la *methode de John Locke*
Elle consiste a faire auant de lettres qu'il y a dans l'alphabet.
Chacune des entrées est subdivisée en 5, correspondant aux 5 voyelles les plus frequentes(a, i, e, o,u). Y est placé avec i
L'idée est de refferencer les pages des mots clés utiliés (dans un livre par ex) en utilisant sa premiere lettre et sa premiere voyelle
Par exemple, calcium apparissant à la page 20 serait :
A a o i u e
B
C 20
...
*** Fichier text et langages balises
Logiciels comme gedit, notpad++, TextEdit(macOs) ...
Pour rendre ses notes lisibles par d'autres editeurs de text, utiliser le format UTF-8. Lisible par plusieurs versions
Pas possible de mettre en emphase des mots clés (gras, italique...)
Consequence : Creation des langages de balysage (html ...) => Necessitent un editeur specialisé
Solution : Langages balisés legers. Exemple markdown, wikitext, asciiDoc... ou on entre du text qui est
traduit en langage HTML. Ils fonctionnent avec tous les editeurs
*** Perenité et evoltivite des notes
Evolu.. : capacité a corriger les notes et suivre les corrections
Utiliser des logiciels de traitement de text par ex, permettant de savoir les
modifications apportées, date, auteur,...
Perenité : Multiplication de versions géré par un logiciel de gestion de versions comme git
Permet de corriger plusieurs fichier en meme temps, a l'opposé de la precedente solution
Et permet plus de travailler en collaboratif.
*** Interface gitlab
*** les étiquettes et les logiciels d'indexation pour s'y retrouver
Utiliser Dockfetcher pour se retrouver dans ses notes
- On a des infos sur le nbre d'occurances
On peut ajouter des *etiquettes ou mots* clés pour se reperer et ne pas avoir tutes les occurances
Ajouter des commentaires par exemple etiquete1, etiquet2 ...
Utiliser un moteur de recherche pour rechercher rapidement
** Module 2 : La document computationnel
*** Difficultes les plus communes dans la reroduction des travaux
- Manque d'info
+ source et données brutes
+ choix de procedure, hypotheses... non explicités
+ Données tres nombreuses pour tenir sur un papier ( 8-10pages ..)
- L'ordi peut etre une source d'erreur
+ Difficile de connaitre le protocole de calcul utilisé
+ Utilisation du mauvais logiciel ..
+ Pile logiciel complexe dont on ne maitrise pas le contenu
+ Bug dans les logiciels proprietaire dont on ne peut pas detecter la source
- Pas de backup, pas d'historique, pas de controle qualité
*** Document copmputationnel
*Objectif methodologique* : Garder des traces afin de:
- Inspecter : Justifier/comprendre
- Refaire : Verifier/Corriger/Reutiliser (calcul et analyse par le lecteur)
*Qu'est ce qu'on y trouve ?*
- Du texte . (Latex, Formules mathematics ...)
- Zone de code .. (editer et executer des fragments de code)
- Export vers pdf par ex ou html ... Pour chaque zone, on peut decider de les
rendre visible dans le doc final.
-Results sous forme de courbes ...
Les environnements les plus utilisés sont Jupiter - OrgMode - Rstudio
** Module 3 : Analyse de données replicables.
*** Qu'est ce que c'est
- Dans une analyse traditionnelle :
+ Se concentrer sur des resultats
+ Montrer un resumé des calculs qui on servi a les optenir
+ Terminer par une discussion exposant les expés concluentes de l'analyse
- Dans une analyse de données replicable :
+ Presenter la toatalité du code
+ Acoompagner le code d'explications, notamment des choix faits à chaque etape
*Consequence*
- Analyse facile a refaire si les données changent
- Facile a modeifier
- Facile a inspecter et verifier
*** Etude de cas du reseau sentinel
- Des anomalies peuvent survenir dans les données que nous analysons
(Lignes vides ou non conformes dans un fichier de trace par ex)
- Ne jamais faire des modifications de données à la main. => L'analyse ne pourra pa etre
reproduite si une personne veut utiliser les données d'origine
- Toutes les modifs doivent se faire dans du code
** QUIZ
- D'ou vient l'expression Tabula Rasa ?
+ R : Du latin Tabula rasa qui signifie effacer tablette de cire
- Quel aspect du travai 'Eusebe est presenté dans cette sequence?
+ R : Ses tables canoniques. (References croisées entre les livres de l'evangile)
- Dans quelle ligne classer le mot-clé « Analyse » dans l’index de John Locke ?
+ R : Aa
- Qu’est-ce qu’un fichier texte ?
+ R : Un fichier dont le contenu est fait de caracteres UTF-8
- Qu’est-ce qu’une balise ?
+ Un caractère, ou une série de caractères, utilisé pour la structuration d’un document et qui sera invisible par le lecteur final
- Markdown est un langage de balisage :
+ Leger
- 1. LibreOffice permet de comparer deux versions successives d’un même document.
+ Vrai
- Un moteur de Wiki ne permet de modifier qu'une seule page à la fois.
+ Vrai
- Les serveurs comme GitHub et GitLab permettent de travailler avec des fichiers binaires comme des images.
+ Vrai
- Qu’est-ce que DocFetcher ?
+ logiciel multi-plateformes
+ Un moteur de recherche de bureau
- Quelles sont les limitations de la recherche proposée par un éditeur de texte ?
+ Elle ne fonctionne qu’avec des fichiers texte
+ Elle ne fonctionne que sur un fichier à la fois
- Pourquoi utiliser des étiquettes ou des mots clés ?
+ Pour filtrer une information trop abondante
+ Pour trouver plus vite une information pertinente.
- Les fichiers textes sont les seuls auxquels des étiquettes peuvent être rajoutées
+ Faux
- Un document computationnel permet de
+ Améliorer la traçabilité d’un calcul
+ Présenter facilement ses travaux à des collègues
+ Accéder à l’ensemble des calculs sous-jacents à une analyse
- Quel(s) environnement(s) vous sont présentés dans ce MOOC ?
+ Rstudio
+ Emacs/OrgMode
+ Jupiter
- Quel environnement est-il conseillé d'utiliser si votre langage de prédilection est Python ?
+ Jupiter
- Quel environnement est-il conseillé d’utiliser si votre langage de prédilection est R ?
+ Rstudio
-Quel environnement est utilisé quotidiennement par les trois auteurs de ce MOOC ?
+ EMacs/OrgMode
- Dans les études que nous vous avons présentées, qu'est-ce qui empêche, parfois pendant plusieurs années, le débat sur la pertinence d’une étude ?
+ La non publication des procédures de calcul
+ La non publication des données utilisées
- Dans les différents exemples présentés (économie, IRM, cristallographie), quelles sont les principales causes d’erreurs ?
+ acquisition des données (biais, calibrage de la machine, etc.)
+ Erreur de calcul
+ Traitement des données statistiques inadapté
- Quelles sont les conséquences du manque de transparence ? (4 réponses attendues)
+ Il est difficile de s’appuyer sur le travail des autres
+ Les articles contiennent moins d'information (pas de détails sur les calculs, protocoles expérimentaux, analyse de données, etc.) et sont donc plus faciles à lire
+ Il est difficile de vérifier et de reproduire les analyses présentées dans les articles
+ Deux articles peuvent présenter des résultats en contradiction apparente les uns avec les autres, tout en étant tous deux parfaitement corrects, le manque de
détails empêchant de déterminer les conditions exactes d'application
- Que trouve-t-on généralement dans un document computationnel
+ Des commentaires
+ DU code
+ Un apercu des données
+ Les results de calcul
+ Des liens hypertext
+ Des images
- Que permet un document computationnel ?
+ Inspecter les calculs
+ Réexécuter facilement les calculs si l'environnement d'origine est disponible
+ Documenter le code
+ Expliquer pourquoi tel ou tel calcul est effectué en fonction des données analysées
+ Utiliser plusieurs langages pour faire des calculs (même si cela peut demander un peu de travail)
- Comment gérons-nous les données manquantes ?
+ Nous les supprimons avant de continuer avec l’analyse ( Pas manuellement )
- Pourquoi avons-nous choisi le langage Python pour la préparation des données ?
+ Parce que sa bibliothèque standard connaît le format ISO pour les numéros de semaine
- Pourquoi devons-nous transformer les étiquettes des semaines ?
+ Python ne peut pas interpréter le format des données d’origine
- Quelles méthodes utilisons-nous pour vérifier notre travail ?
+ L’inspection visuelle
+ Du code spécifiquement écrit pour la vérification
