diff --git a/journal/module 2 - document computationnel b/journal/module 2 - document computationnel new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..1df40a00403ea068073195f337ada00bbbff95ad --- /dev/null +++ b/journal/module 2 - document computationnel @@ -0,0 +1,27 @@ +# Module 2 - Document Computationnel + +présenter travaux + accéder ensemble des calculs + +- Jupyter +- R Studio +- OrgMode (basé sur Emacs) + +## Exemple travaux controversés + +- Economie, lien dette-croissance, initialement non publication des détails de calculs -> adjustements douteux +- IRM: problème liés aux analyses statistiques: potientiellement milliers d'études invalides, données non re-vérifiables car non conservés (trop volumineuses) +- Structures protéines: retraction, découverte erreur de programmation (inversion colonnes) dans code analyse + +=> Problèmes de réproduction, même dans journaux préstigieux +Parfois manque rigueur ou transparence + +## Difficultés de la reproduction scientifique + +- manque informations (données, procédures, choix) -> expliciter dans cahier laboratoire +- ordinateur = source d'erreurs (logiciels trop complexes ou non transparent) +- sauvegarde / organisation des données +- article ~= version simplifiée + +Importance d'utiliser les bons logiciels, ouvert pour faciliter la lecture plus tard + +Sauvegarder les données