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journal/module_2.md

@@ -137,9 +137,95 @@ Il permet de:
 ## 4B. Prise en main de l'outil RStudio
 
 
+## 5. Travailler avec les autres
 
+### Préparer un document pour un jounal 
 
+**pdf**
+*LaTex* bien installé
 
+Expliciter les cellules a afficher
 
+Besoin de beaucoup de travailler pour avoir un environnement parfaitement
+configuré pour générer le pdf
 
+### Convaincre vos co-auteurs
+plusieurs réaction:
+- bonne idée !
+- pas le temps
+- pourquoi changer ?
 
+**bonne idée**
+Il faut assurer le service après-vente
+- crossplatform
+- gérer la complexité
+
+Si plusieurs co-auteur utilise le même type environnement permet de s'assurer
+que le fichier est correcte
+
+**pas le temps**
+investissement minima
+
+édition du fichier de publication
+
+
+**pourquoi changer**
+un document computationnel séparé produit tous les résultats et toutes les
+figures
+
+un autre document "classique" intégré ces figures
+
+mais tout est **concervé, documenté et recalculable** dans votre document
+computationnel
+
+
+## Publier / partager votre document
+
+**Rpubs **
+- parfait pour partage rapide mais pas pérenne
+
+**Dropbox, et autres**
+- ~~pérénité~~, accés ?? ..
+
+**Gitlab / github / ...**
+
+1. Rendre public (**même l'historique**)
+2. le prendre en compte dés le départ
+3. faire le ménage et archiver l'état dans un site compagnon
+
+
+**Sites compagnons** service d'hébergement
+- runmycode, éditeurs, ...
+
+**Archive ouverte**
+- Article: HAL; code et données : Figshare / zenodo
+
+Faire en fonction de:
+- co-auteurs
+- contrainte techniques
+- contraintes de confidentialité / copyright
+
+
+Préparation d'un document pour un journal ou pour une conférence
+
+De quoi aurez-vous besoin pour produire un document pdf:
+
+- En interne: pandoc, knitr ou emacs/org-mode.
+- LaTeX devra aussi être installé
+
+## 6. Analyse comparé des différents outils
+
+jupyter : Facile car tout en ligne, dynamique
+
+Orgmode : recherche par regex -> pratiique pour les étiquettes donc pour un journal
+
+Cas d'un cahier de laboratoire
+
+Article reproductible
+```
+|                 | Origine   | technologie        | utilisation   | navigation | format | article?  |
+|-----------------|-----------|--------------------|---------------|------------|--------|-----------|
+| jupyter         | 2001      | web, app, python   | facile        | limitée    | JSON   | Difficile |
+| Rstudio / knitr | 2011/2014 | IDE, java/R        | facile        | limitée    | Rmd    | oui       |
+| Org-Mode        | 1976/2008 | Editeur, EmacsLisp | plus complexe | puissante  | org    | oui       |
+```