suivi du cours du module 3

module3/Analyse_de_l-incidence_de_syndromes_grippaux.rmd

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+title: "Analyse de l'incidence de syndromes grippaux"
+author: "Martin DAVY"
+date: "14/12/2021"
+output: html_document
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+```{r setup, include=FALSE}
+knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
+```
+
+# Chargement des données directement depuis la source
+```{r}
+data_url = "https://www.sentiweb.fr/datasets/incidence-PAY-3.csv"
+data = read.csv(data_url, skip=1)
+```
+
+```{r}
+# visualisation des premiere et derniere valeur du tableau
+head(data)
+```
+
+```{r}
+tail(data)
+```
+
+```{r}
+lignes_na = apply(data, 1, function(x) any(is.na(x)))
+data[lignes_na,]
+```
+
+# Vérification des type de données
+```{r}
+class(data$week)
+```
+
+```{r}
+class(data$inc)
+```
+# Gestion des données manquantes
+A cause des données manquantes dans le tutoriel de la formation la colonne "inc"
+est considérée comme un facteur alors que c'est un entier.
+Pour corriger ca il suffit de relire la fichier en spécifiant que le caractére '-'
+est un NA
+```{r}
+ data = read.csv(data_url, skip = 1, na.strings = "-")
+ class(data$inc)
+```
+
+## vérification et inspection
+```{r}
+library(parsedate)
+```
+```{r}
+convert_week = function(date){
+  ws   = paste(date)
+  iso  = paste0(substring(ws, 1, 4), "-W", substring(ws, 5, 6))
+  as.character(parse_iso_8601(iso))
+}
+```
+
+```{r}
+data$date = as.Date(sapply(data$week, convert_week))
+```
+
+```{r}
+class(data$date)
+```
+```{r}
+data = data[order(data$date), ]
+```
+
+```{r}
+head(data)
+```
+
+Il faut que l'écart entre chaque ligne soit de 7 jours
+```{r}
+all(diff(data$date) == 7)
+```
+
+```{r}
+with(data, plot(date, inc, type = "l"))
+```
+
+```{r}
+with(tail(data, 200), plot(date, inc, type = "l"))
+```
+
+# Questions réponses
+
+## 1. Dans quelle années y avait-il les épidémies les plus fortes ?
+Une année sera d'aout de l'année n-1 à aout de l'année n-1 car le début d'un année civile à une forte incidence de grippe
+```{r}
+pic_annuel = function(annee)
+{
+  debut = paste0(annee-1, "-08-01")
+  fin   = paste0(annee, "-08-01")
+  semaines = data$date > debut & data$date <= fin
+  sum(data$inc[semaines], na.rm = TRUE)
+}
+```
+
+Nous commençons à partir de l'année 1986 car l'année 1985 à une semaine sans valeur
+```{r}
+annees = 1986:2017
+```
+
+```{r}
+incidence_annuelle = data.frame(annee = annees,
+                                incidence = sapply(annees, pic_annuel))
+```
+
+```{r}
+head(incidence_annuelle)
+```
+
+```{r}
+plot(incidence_annuelle, type = "p")
+```
+
+```{r}
+head(incidence_annuelle[order(-incidence_annuelle$incidence),])
+```
+
+
+
+## 2. Quelle est la fréquence d'épidémies faibles, moyennes, et fortes ?
+
+```{r}
+hist(incidence_annuelle$incidence, breaks =  10)
+```
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