From 96a5b2b1c3d89269ca95d576992714eadb7fd49b Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: f54a5607caec9c8b569df65417e14dd0 Date: Mon, 24 Aug 2020 14:09:14 +0000 Subject: [PATCH] Update Readme.md --- journal/Readme.md | 22 +++++++++++++++++++++- 1 file changed, 21 insertions(+), 1 deletion(-) diff --git a/journal/Readme.md b/journal/Readme.md index f56eb60..bf3892c 100644 --- a/journal/Readme.md +++ b/journal/Readme.md @@ -6,4 +6,24 @@ Espace réservé au journal de bord du Mooc EN -Reserved for the Mooc's logbook \ No newline at end of file +Reserved for the Mooc's logbook + +# Le 24 août 2020 + +## Module 2 + +Article intéressant pour savoir comment gérer un projet et rédiger un cahier de laboratoire : [S'outiller et s'organiser pour mieux travailler](https://bioinfo-fr.net/soutiller-et-sorganiser-pour-mieux-travailler) + +Outils/Thèmes abordés (non exhaustif) : +* Bien organiser ses projets : reflexion sur la structure générale des dossiers (cf. Samuel Lampa, 2015), conda +* Logiciel de gestion de versions (Git), Zenodo et figshare (abordé pendant le cours) +* Héberger le projet (GitLab, GitHub) +* Automatisation des tâches et intégration continue (Travis CI), génération automatique de la documentation (sphinx) +* **Tenir un cahier de laboratoire** (markdown, export PDF avec pandoc, Jupyter) + +Deux possibilités dans mon cas : +1. Org mode : puissant mais prise en main un peu longue. Avis pro sur [Org mode](https://urfistinfo.hypotheses.org/3360), formation possible à URFIST de Bordeaux +2. Jupyter : convivial et facile a prendre en main. Impossible d'éditer sous forme de publication. + +Je vais faire le tutoriel avec Jupyter,faute de temps suffisant pour apprendre avec Org mode (installation, convention d'éciture, ...). Cela viendra par la suite. + -- 2.18.1