module 3, exercice 1, données incluses

journal/notes-mooc-reproducible-research.md

@@ -48,3 +48,13 @@ But final: éviter les dérives (en étant intransparent), mais surtout augmente
 à l'auteur de décider si publie le document compact ou les détails des calculs et données.  
 
 * principe: 1 seul document, session, export
+
+
+# Module 3: la main à la pâte: une analyse répricable  
+* definition des dates et semaines selon la norme [ISO 8601](https://fr.wikipedia.org/wiki/ISO_8601), cf. [MOOC](https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+self-paced/courseware/5b932aa591d245d48d8943385cb3120a/916668b72a7b40fea3a79795562f8458/)  
+** Le 8 août 2018 peut donc être écrit __2018-08-08__ ou __2018-W32-3__, car il s'agit du troisième jour (mercredi) de la semaine 32 de l'année 2018.
+** la première de l'année est celle qui contient le premier jeudi de l'année.
+** pour désigner une semaine entière, on ne fournit simplement pas le jour.
+
+* R library [parsedate](https://cran.r-project.org/web/packages/parsedate/index.html) pour transformer les dates ISO 8601.
+

module3/exo1/analyse-syndrome-grippal.Rmd

@@ -2,11 +2,11 @@
 title: "Analyse de l'incidence du syndrôme grippal"
 author: "Konrad Hinsen"
 output:
-  pdf_document:
-    toc: true
   html_document:
     toc: true
     theme: journal
+  pdf_document:
+    toc: true
 documentclass: article
 classoption: a4paper
 header-includes:
@@ -44,7 +44,12 @@ Voici l'explication des colonnes donnée sur le [sur le site d'origine](https://
 La première ligne du fichier CSV est un commentaire, que nous ignorons en précisant `skip=1`.
 ### Téléchargement
 ```{r}
-data = read.csv(data_url, skip=1)
+if (!file.exists("incidence-PAY-3.csv"))
+download.file(url = data_url, destfile = "incidence-PAY-3.csv")
+```
+
+```{r}
+data = read.csv("incidence-PAY-3.csv", skip=1)
 ```
 
 Regardons ce que nous avons obtenu: