From de7a7b1f33390c39f803e2796fae77617bc13ca4 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: fun-MOOC-ed Date: Fri, 14 Aug 2020 13:15:30 +0200 Subject: [PATCH] module 2, exercice 02 --- module2/exo2/exercice_fr.Rmd | 50 +++++++++++++++++++++++++----------- 1 file changed, 35 insertions(+), 15 deletions(-) diff --git a/module2/exo2/exercice_fr.Rmd b/module2/exo2/exercice_fr.Rmd index 7eece5e..124f287 100644 --- a/module2/exo2/exercice_fr.Rmd +++ b/module2/exo2/exercice_fr.Rmd @@ -1,7 +1,8 @@ --- -title: "Votre titre" -author: "Votre nom" -date: "La date du jour" +title: "Calculs simple avec RMarkdown" +subtitle: "MOOC Recherche reproductible | Module 2 | Exercice 02" +author: "Emmanuel D." +date: "14 août 2020" output: html_document --- @@ -10,24 +11,43 @@ output: html_document knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE) ``` -## Quelques explications - -Ceci est un document R markdown que vous pouvez aisément exporter au format HTML, PDF, et MS Word. Pour plus de détails sur R Markdown consultez . +## Données d'analyse +selon la donnée de l'exercice, cf. [site](https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+self-paced/courseware/66bc811404b8481da5f794de54681c5e/8b8b358fa16b47b2ab2b156ebdd1dc05/) +```{r, echo=FALSE} +rawdata <- c(14.0, 7.6, 11.2, 12.8, 12.5, 9.9, 14.9, 9.4, 16.9, 10.2, 14.9, 18.1, 7.3, 9.8, 10.9,12.2, 9.9, 2.9, 2.8, 15.4, 15.7, 9.7, 13.1, 13.2, 12.3, 11.7, 16.0, 12.4, 17.9, 12.2, 16.2, 18.7, 8.9, 11.9, 12.1, 14.6, 12.1, 4.7, 3.9, 16.9, 16.8, 11.3, 14.4, 15.7, 14.0, 13.6, 18.0, 13.6, 19.9, 13.7, 17.0, 20.5, 9.9, 12.5, 13.2, 16.1, 13.5, 6.3, 6.4, 17.6, 19.1, 12.8, 15.5, 16.3, 15.2, 14.6, 19.1, 14.4, 21.4, 15.1, 19.6, 21.7, 11.3, 15.0, 14.3, 16.8, 14.0, 6.8, 8.2, 19.9, 20.4, 14.6, 16.4, 18.7, 16.8, 15.8, 20.4, 15.8, 22.4, 16.2, 20.3, 23.4, 12.1, 15.5, 15.4, 18.4, 15.7, 10.2, 8.9, 21.0) +rawdata +``` -Lorsque vous cliquerez sur le bouton **Knit** ce document sera compilé afin de ré-exécuter le code R et d'inclure les résultats dans un document final. Comme nous vous l'avons montré dans la vidéo, on inclue du code R de la façon suivante: +## exercice 02-2: simples calculs -```{r cars} -summary(cars) +Sommaire +```{r} +summary(rawdata) ``` -Et on peut aussi aisément inclure des figures. Par exemple: +De plus l'écart-type est de `r sd(rawdata)`. + +## exercice 02-3: représentations graphiques +```{r echo=TRUE, message=FALSE, warning=FALSE} +library(ggplot2) +``` -```{r pressure, echo=FALSE} -plot(pressure) +### séquence plot +```{r} +ggplot(as.data.frame(rawdata), aes(seq(from = 0, to = length(rawdata)-1), rawdata)) + + geom_line() + + theme(axis.title=element_blank()) ``` -Vous remarquerez le paramètre `echo = FALSE` qui indique que le code ne doit pas apparaître dans la version finale du document. Nous vous recommandons dans le cadre de ce MOOC de ne pas utiliser ce paramètre car l'objectif est que vos analyses de données soient parfaitement transparentes pour être reproductibles. -Comme les résultats ne sont pas stockés dans les fichiers Rmd, pour faciliter la relecture de vos analyses par d'autres personnes, vous aurez donc intérêt à générer un HTML ou un PDF et à le commiter. +### histogramme +```{r, fig.asp=1, out.width="60%"} +my_breaks = seq(min(rawdata),max(rawdata),length.out = 11) + +ggplot(as.data.frame(rawdata), aes(rawdata)) + geom_histogram(breaks=my_breaks) + + theme(axis.title=element_blank()) + +# Alternative avec base +# hist(rawdata,breaks=my_breaks) +``` -Maintenant, à vous de jouer! Vous pouvez effacer toutes ces informations et les remplacer par votre document computationnel. -- 2.18.1