{
 "cells": [
  {
   "cell_type": "markdown",
   "metadata": {},
   "source": [
    "# Incidence de la varicelle"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": 1,
   "metadata": {},
   "outputs": [],
   "source": [
    "%matplotlib inline\n",
    "import matplotlib.pyplot as plt\n",
    "import pandas as pd\n",
    "import isoweek"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "markdown",
   "metadata": {
    "hideCode": true
   },
   "source": [
    "Les données de l'incidence de la varicelle sont disponibles sur le site web du [Réseau Sentinelles](https://www.sentiweb.fr/datasets/incidence-PAY-7.csv). Ces données ont été téléchargées sous la forme d'un fichier en format CSV. Elles seront extraites ici à partir du fichier télécharger et non pas à partir de l'adresse URL du fichier, afin de prévenir un potentiel changement d'URL ou une modification de la version du jeu de données utilisé."
   ]
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": null,
   "metadata": {},
   "outputs": [],
   "source": [
    "raw_data = pd.read_csv(\"incidence-PAY-7.csv\", skiprows=1)"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "markdown",
   "metadata": {},
   "source": [
    "Voici l'explication des colonnes données [sur le site d'origine](https://ns.sentiweb.fr/incidence/csv-schema-v1.json):\n",
    "\n",
    "| Nom de colonne | Libellé de colonne                                                                                                                |\n",
    "|----------------|-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------|\n",
    "| week           | Semaine calendaire (ISO 8601)                                                                                                     |\n",
    "| indicator      | Code de l'indicateur de surveillance                                                                                              |\n",
    "| inc            | Estimation de l'incidence de consultations en nombre de cas                                                                       |\n",
    "| inc_low        | Estimation de la borne inférieure de l'IC95% du nombre de cas de consultation                                                     |\n",
    "| inc_up         | Estimation de la borne supérieure de l'IC95% du nombre de cas de consultation                                                     |\n",
    "| inc100         | Estimation du taux d'incidence du nombre de cas de consultation (en cas pour 100,000 habitants)                                   |\n",
    "| inc100_low     | Estimation de la borne inférieure de l'IC95% du taux d'incidence du nombre de cas de consultation (en cas pour 100,000 habitants) |\n",
    "| inc100_up      | Estimation de la borne supérieure de l'IC95% du taux d'incidence du nombre de cas de consultation (en cas pour 100,000 habitants) |\n",
    "| geo_insee      | Code de la zone géographique concernée (Code INSEE) http://www.insee.fr/fr/methodes/nomenclatures/cog/                            |\n",
    "| geo_name       | Libellé de la zone géographique (ce libellé peut être modifié sans préavis)                                                       |\n",
    "\n",
    "La première ligne du fichier CSV est un commentaire, que nous ignorons en précisant `skiprows=1`."
   ]
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": null,
   "metadata": {},
   "outputs": [],
   "source": []
  }
 ],
 "metadata": {
  "kernelspec": {
   "display_name": "Python 3",
   "language": "python",
   "name": "python3"
  },
  "language_info": {
   "codemirror_mode": {
    "name": "ipython",
    "version": 3
   },
   "file_extension": ".py",
   "mimetype": "text/x-python",
   "name": "python",
   "nbconvert_exporter": "python",
   "pygments_lexer": "ipython3",
   "version": "3.6.4"
  }
 },
 "nbformat": 4,
 "nbformat_minor": 2
}