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%
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\else % if luatex or xetex
  \usepackage{unicode-math}
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\fi
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  \UseMicrotypeSet[protrusion]{basicmath} % disable protrusion for tt fonts
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}{% if KOMA class
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\makeatother
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  pdftitle={Analyse de l'incidence du syndrôme grippal},
  pdfauthor={Konrad Hinsen},
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\title{Analyse de l'incidence du syndrôme grippal}
\author{Konrad Hinsen}
\date{}

\begin{document}
\maketitle

{
\setcounter{tocdepth}{2}
\tableofcontents
}
\hypertarget{pruxe9paration-des-donnuxe9es}{%
\subsection{Préparation des
données}\label{pruxe9paration-des-donnuxe9es}}

Les données de l'incidence du syndrome grippal sont disponibles du site
Web du \href{http://www.sentiweb.fr/}{Réseau Sentinelles}. Nous les
récupérons sous forme d'un fichier en format CSV dont chaque ligne
correspond à une semaine de la période demandée. Nous téléchargeons
toujours le jeu de données complet, qui commence en 1984 et se termine
avec une semaine récente. L'URL est:

\begin{Shaded}
\begin{Highlighting}[]
\NormalTok{data_url =}\StringTok{ "http://www.sentiweb.fr/datasets/incidence-PAY-3.csv"}
\end{Highlighting}
\end{Shaded}

Data url local

\begin{Shaded}
\begin{Highlighting}[]
\NormalTok{data_url_local =}\StringTok{ "D:/PhD/formation recherche reproductible/mooc-rr/module3/exo1/incidence-PAY-3.csv"}
\end{Highlighting}
\end{Shaded}

Voici l'explication des colonnes donnée sur le
\href{https://ns.sentiweb.fr/incidence/csv-schema-v1.json}{sur le site
d'origine}:

\begin{longtable}[]{@{}ll@{}}
\toprule
\begin{minipage}[b]{0.10\columnwidth}\raggedright
Nom de colonne\strut
\end{minipage} & \begin{minipage}[b]{0.84\columnwidth}\raggedright
Libellé de colonne\strut
\end{minipage}\tabularnewline
\midrule
\endhead
\begin{minipage}[t]{0.10\columnwidth}\raggedright
\texttt{week}\strut
\end{minipage} & \begin{minipage}[t]{0.84\columnwidth}\raggedright
Semaine calendaire (ISO 8601)\strut
\end{minipage}\tabularnewline
\begin{minipage}[t]{0.10\columnwidth}\raggedright
\texttt{indicator}\strut
\end{minipage} & \begin{minipage}[t]{0.84\columnwidth}\raggedright
Code de l'indicateur de surveillance\strut
\end{minipage}\tabularnewline
\begin{minipage}[t]{0.10\columnwidth}\raggedright
\texttt{inc}\strut
\end{minipage} & \begin{minipage}[t]{0.84\columnwidth}\raggedright
Estimation de l'incidence de consultations en nombre de cas\strut
\end{minipage}\tabularnewline
\begin{minipage}[t]{0.10\columnwidth}\raggedright
\texttt{inc\_low}\strut
\end{minipage} & \begin{minipage}[t]{0.84\columnwidth}\raggedright
Estimation de la borne inférieure de l'IC95\% du nombre de cas de
consultation\strut
\end{minipage}\tabularnewline
\begin{minipage}[t]{0.10\columnwidth}\raggedright
\texttt{inc\_up}\strut
\end{minipage} & \begin{minipage}[t]{0.84\columnwidth}\raggedright
Estimation de la borne supérieure de l'IC95\% du nombre de cas de
consultation\strut
\end{minipage}\tabularnewline
\begin{minipage}[t]{0.10\columnwidth}\raggedright
\texttt{inc100}\strut
\end{minipage} & \begin{minipage}[t]{0.84\columnwidth}\raggedright
Estimation du taux d'incidence du nombre de cas de consultation (en cas
pour 100,000 habitants)\strut
\end{minipage}\tabularnewline
\begin{minipage}[t]{0.10\columnwidth}\raggedright
\texttt{inc100\_low}\strut
\end{minipage} & \begin{minipage}[t]{0.84\columnwidth}\raggedright
Estimation de la borne inférieure de l'IC95\% du taux d'incidence du
nombre de cas de consultation (en cas pour 100,000 habitants)\strut
\end{minipage}\tabularnewline
\begin{minipage}[t]{0.10\columnwidth}\raggedright
\texttt{inc100\_up}\strut
\end{minipage} & \begin{minipage}[t]{0.84\columnwidth}\raggedright
Estimation de la borne supérieure de l'IC95\% du taux d'incidence du
nombre de cas de consultation (en cas pour 100,000 habitants)\strut
\end{minipage}\tabularnewline
\begin{minipage}[t]{0.10\columnwidth}\raggedright
\texttt{geo\_insee}\strut
\end{minipage} & \begin{minipage}[t]{0.84\columnwidth}\raggedright
Code de la zone géographique concernée (Code INSEE)
\url{http://www.insee.fr/fr/methodes/nomenclatures/cog/}\strut
\end{minipage}\tabularnewline
\begin{minipage}[t]{0.10\columnwidth}\raggedright
\texttt{geo\_name}\strut
\end{minipage} & \begin{minipage}[t]{0.84\columnwidth}\raggedright
Libellé de la zone géographique (ce libellé peut être modifié sans
préavis)\strut
\end{minipage}\tabularnewline
\bottomrule
\end{longtable}

La première ligne du fichier CSV est un commentaire, que nous ignorons
en précisant \texttt{skip=1}. \#\#\# Téléchargement

\begin{Shaded}
\begin{Highlighting}[]
\NormalTok{data =}\StringTok{ }\KeywordTok{read.csv}\NormalTok{(data_url, }\DataTypeTok{skip=}\DecValTok{1}\NormalTok{)}
\end{Highlighting}
\end{Shaded}

Lecture des données en locale

\begin{Shaded}
\begin{Highlighting}[]
\NormalTok{data_locale =}\StringTok{ }\KeywordTok{read.csv}\NormalTok{(data_url_local, }\DataTypeTok{skip =} \DecValTok{1}\NormalTok{)}
\end{Highlighting}
\end{Shaded}

Regardons ce que nous avons obtenu:

\begin{Shaded}
\begin{Highlighting}[]
\KeywordTok{head}\NormalTok{(data)}
\end{Highlighting}
\end{Shaded}

\begin{verbatim}
##     week indicator   inc inc_low inc_up inc100 inc100_low inc100_up geo_insee
## 1 202105         3 22491   18436  26546     34         28        40        FR
## 2 202104         3 25804   21491  30117     39         32        46        FR
## 3 202103         3 21810   17894  25726     33         27        39        FR
## 4 202102         3 17320   13906  20734     26         21        31        FR
## 5 202101         3 21799   17778  25820     33         27        39        FR
## 6 202053         3 21220   16498  25942     32         25        39        FR
##   geo_name
## 1   France
## 2   France
## 3   France
## 4   France
## 5   France
## 6   France
\end{verbatim}

\begin{Shaded}
\begin{Highlighting}[]
\KeywordTok{tail}\NormalTok{(data)}
\end{Highlighting}
\end{Shaded}

\begin{verbatim}
##        week indicator    inc inc_low inc_up inc100 inc100_low inc100_up
## 1888 198449         3 101073   81684 120462    184        149       219
## 1889 198448         3  78620   60634  96606    143        110       176
## 1890 198447         3  72029   54274  89784    131         99       163
## 1891 198446         3  87330   67686 106974    159        123       195
## 1892 198445         3 135223  101414 169032    246        184       308
## 1893 198444         3  68422   20056 116788    125         37       213
##      geo_insee geo_name
## 1888        FR   France
## 1889        FR   France
## 1890        FR   France
## 1891        FR   France
## 1892        FR   France
## 1893        FR   France
\end{verbatim}

Y a-t-il des points manquants dans nos données ?

\begin{Shaded}
\begin{Highlighting}[]
\NormalTok{na_records =}\StringTok{ }\KeywordTok{apply}\NormalTok{(data, }\DecValTok{1}\NormalTok{, }\ControlFlowTok{function}\NormalTok{ (x) }\KeywordTok{any}\NormalTok{(}\KeywordTok{is.na}\NormalTok{(x)))}
\NormalTok{data[na_records,]}
\end{Highlighting}
\end{Shaded}

\begin{verbatim}
##        week indicator inc inc_low inc_up inc100 inc100_low inc100_up geo_insee
## 1657 198919         3   0      NA     NA      0         NA        NA        FR
##      geo_name
## 1657   France
\end{verbatim}

Les deux colonnes qui nous intéressent sont \texttt{week} et
\texttt{inc}. Vérifions leurs classes:

\begin{Shaded}
\begin{Highlighting}[]
\KeywordTok{class}\NormalTok{(data}\OperatorTok{$}\NormalTok{week)}
\end{Highlighting}
\end{Shaded}

\begin{verbatim}
## [1] "integer"
\end{verbatim}

\begin{Shaded}
\begin{Highlighting}[]
\KeywordTok{class}\NormalTok{(data}\OperatorTok{$}\NormalTok{inc)}
\end{Highlighting}
\end{Shaded}

\begin{verbatim}
## [1] "integer"
\end{verbatim}

Ce sont des entiers, tout va bien !

\hypertarget{conversion-des-numuxe9ros-de-semaine}{%
\subsubsection{Conversion des numéros de
semaine}\label{conversion-des-numuxe9ros-de-semaine}}

La gestion des dates est toujours un sujet délicat. Il y a un grand
nombre de conventions différentes qu'il ne faut pas confondre. Notre
jeux de données utilise un format que peu de logiciels savent traiter:
les semaines en format
\href{https://en.wikipedia.org/wiki/ISO_8601}{ISO-8601}. En \texttt{R},
il est géré par la bibliothèque
\href{https://cran.r-project.org/package=parsedate}{parsedate}:

\begin{Shaded}
\begin{Highlighting}[]
\KeywordTok{library}\NormalTok{(parsedate)}
\end{Highlighting}
\end{Shaded}

Pour faciliter le traitement suivant, nous remplaçons ces semaines par
les dates qui correspondent aux lundis. Voici une petite fonction qui
fait la conversion pour une seule valeur:

\begin{Shaded}
\begin{Highlighting}[]
\NormalTok{convert_week =}\StringTok{ }\ControlFlowTok{function}\NormalTok{(w) \{}
\NormalTok{    ws =}\StringTok{ }\KeywordTok{paste}\NormalTok{(w)}
\NormalTok{    iso =}\StringTok{ }\KeywordTok{paste0}\NormalTok{(}\KeywordTok{substring}\NormalTok{(ws, }\DecValTok{1}\NormalTok{, }\DecValTok{4}\NormalTok{), }\StringTok{"-W"}\NormalTok{, }\KeywordTok{substring}\NormalTok{(ws, }\DecValTok{5}\NormalTok{, }\DecValTok{6}\NormalTok{))}
    \KeywordTok{as.character}\NormalTok{(}\KeywordTok{parse_iso_8601}\NormalTok{(iso))}
\NormalTok{\}}
\end{Highlighting}
\end{Shaded}

Nous appliquons cette fonction à tous les points, créant une nouvelle
colonne \texttt{date} dans notre jeu de données:

\begin{Shaded}
\begin{Highlighting}[]
\NormalTok{data}\OperatorTok{$}\NormalTok{date =}\StringTok{ }\KeywordTok{as.Date}\NormalTok{(}\KeywordTok{convert_week}\NormalTok{(data}\OperatorTok{$}\NormalTok{week))}
\end{Highlighting}
\end{Shaded}

Vérifions qu'elle est de classe \texttt{Date}:

\begin{Shaded}
\begin{Highlighting}[]
\KeywordTok{class}\NormalTok{(data}\OperatorTok{$}\NormalTok{date)}
\end{Highlighting}
\end{Shaded}

\begin{verbatim}
## [1] "Date"
\end{verbatim}

Les points sont dans l'ordre chronologique inverse, il est donc utile de
les trier:

\begin{Shaded}
\begin{Highlighting}[]
\NormalTok{data =}\StringTok{ }\NormalTok{data[}\KeywordTok{order}\NormalTok{(data}\OperatorTok{$}\NormalTok{date),]}
\end{Highlighting}
\end{Shaded}

C'est l'occasion pour faire une vérification: nos dates doivent être
séparées d'exactement sept jours:

\begin{Shaded}
\begin{Highlighting}[]
\KeywordTok{all}\NormalTok{(}\KeywordTok{diff}\NormalTok{(data}\OperatorTok{$}\NormalTok{date) }\OperatorTok{==}\StringTok{ }\DecValTok{7}\NormalTok{)}
\end{Highlighting}
\end{Shaded}

\begin{verbatim}
## [1] TRUE
\end{verbatim}

\hypertarget{inspection}{%
\subsubsection{Inspection}\label{inspection}}

Regardons enfin à quoi ressemblent nos données !

\begin{Shaded}
\begin{Highlighting}[]
\KeywordTok{plot}\NormalTok{(data}\OperatorTok{$}\NormalTok{date, data}\OperatorTok{$}\NormalTok{inc, }\DataTypeTok{type=}\StringTok{"l"}\NormalTok{, }\DataTypeTok{xlab=}\StringTok{"Date"}\NormalTok{, }\DataTypeTok{ylab=}\StringTok{"Incidence hebdomadaire"}\NormalTok{)}
\end{Highlighting}
\end{Shaded}

\includegraphics{analyse-syndrome-grippal_files/figure-latex/unnamed-chunk-14-1.pdf}

Un zoom sur les dernières années montre mieux la localisation des pics
en hiver. Le creux des incidences se trouve en été.

\begin{Shaded}
\begin{Highlighting}[]
\KeywordTok{with}\NormalTok{(}\KeywordTok{tail}\NormalTok{(data, }\DecValTok{200}\NormalTok{), }\KeywordTok{plot}\NormalTok{(date, inc, }\DataTypeTok{type=}\StringTok{"l"}\NormalTok{, }\DataTypeTok{xlab=}\StringTok{"Date"}\NormalTok{, }\DataTypeTok{ylab=}\StringTok{"Incidence hebdomadaire"}\NormalTok{))}
\end{Highlighting}
\end{Shaded}

\includegraphics{analyse-syndrome-grippal_files/figure-latex/unnamed-chunk-15-1.pdf}

\hypertarget{lincidence-annuelle}{%
\subsection{L'incidence annuelle}\label{lincidence-annuelle}}

\hypertarget{calcul}{%
\subsubsection{Calcul}\label{calcul}}

Étant donné que le pic de l'épidémie se situe en hiver, à cheval entre
deux années civiles, nous définissons la période de référence entre deux
minima de l'incidence, du 1er août de l'année \(N\) au 1er août de
l'année \(N+1\). Nous mettons l'année \(N+1\) comme étiquette sur cette
année décalée, car le pic de l'épidémie est toujours au début de l'année
\(N+1\). Comme l'incidence de syndrome grippal est très faible en été,
cette modification ne risque pas de fausser nos conclusions. L'argument
\texttt{na.rm=True} dans la sommation précise qu'il faut supprimer les
points manquants. Ce choix est raisonnable car il n'y a qu'un seul point
manquant, dont l'impact ne peut pas être très fort.

\begin{Shaded}
\begin{Highlighting}[]
\NormalTok{pic_annuel =}\StringTok{ }\ControlFlowTok{function}\NormalTok{(annee) \{}
\NormalTok{      debut =}\StringTok{ }\KeywordTok{paste0}\NormalTok{(annee}\DecValTok{-1}\NormalTok{,}\StringTok{"-08-01"}\NormalTok{)}
\NormalTok{      fin =}\StringTok{ }\KeywordTok{paste0}\NormalTok{(annee,}\StringTok{"-08-01"}\NormalTok{)}
\NormalTok{      semaines =}\StringTok{ }\NormalTok{data}\OperatorTok{$}\NormalTok{date }\OperatorTok{>}\StringTok{ }\NormalTok{debut }\OperatorTok{&}\StringTok{ }\NormalTok{data}\OperatorTok{$}\NormalTok{date }\OperatorTok{<=}\StringTok{ }\NormalTok{fin}
      \KeywordTok{sum}\NormalTok{(data}\OperatorTok{$}\NormalTok{inc[semaines], }\DataTypeTok{na.rm=}\OtherTok{TRUE}\NormalTok{)}
\NormalTok{      \}}
\end{Highlighting}
\end{Shaded}

Nous devons aussi faire attention aux premières et dernières années de
notre jeux de données. Les données commencent en octobre 1984, ce qui ne
permet pas de quantifier complètement le pic attribué à 1985. Nous
l'enlevons donc de notre analyse. Par contre, pour une exécution en
octobre 2018, les données se terminent après le 1er août 2018, ce qui
nous permet d'inclure cette année.

\begin{Shaded}
\begin{Highlighting}[]
\NormalTok{annees =}\StringTok{ }\DecValTok{1986}\OperatorTok{:}\DecValTok{2018}
\end{Highlighting}
\end{Shaded}

Nous créons un nouveau jeu de données pour l'incidence annuelle, en
applicant la fonction \texttt{pic\_annuel} à chaque année:

\begin{Shaded}
\begin{Highlighting}[]
\NormalTok{inc_annuelle =}\StringTok{ }\KeywordTok{data.frame}\NormalTok{(}\DataTypeTok{annee =}\NormalTok{ annees,}
                          \DataTypeTok{incidence =} \KeywordTok{sapply}\NormalTok{(annees, pic_annuel))}
\KeywordTok{head}\NormalTok{(inc_annuelle)}
\end{Highlighting}
\end{Shaded}

\begin{verbatim}
##   annee incidence
## 1  1986   5100540
## 2  1987   2861556
## 3  1988   2766142
## 4  1989   5460155
## 5  1990   5233987
## 6  1991   1660832
\end{verbatim}

\hypertarget{inspection-1}{%
\subsubsection{Inspection}\label{inspection-1}}

Voici les incidences annuelles en graphique:

\begin{Shaded}
\begin{Highlighting}[]
\KeywordTok{plot}\NormalTok{(inc_annuelle, }\DataTypeTok{type=}\StringTok{"p"}\NormalTok{, }\DataTypeTok{xlab=}\StringTok{"Année"}\NormalTok{, }\DataTypeTok{ylab=}\StringTok{"Incidence annuelle"}\NormalTok{)}
\end{Highlighting}
\end{Shaded}

\includegraphics{analyse-syndrome-grippal_files/figure-latex/unnamed-chunk-19-1.pdf}

\hypertarget{identification-des-uxe9piduxe9mies-les-plus-fortes}{%
\subsubsection{Identification des épidémies les plus
fortes}\label{identification-des-uxe9piduxe9mies-les-plus-fortes}}

Une liste triée par ordre décroissant d'incidence annuelle permet de
plus facilement repérer les valeurs les plus élevées:

\begin{Shaded}
\begin{Highlighting}[]
\KeywordTok{head}\NormalTok{(inc_annuelle[}\KeywordTok{order}\NormalTok{(}\OperatorTok{-}\NormalTok{inc_annuelle}\OperatorTok{$}\NormalTok{incidence),])}
\end{Highlighting}
\end{Shaded}

\begin{verbatim}
##    annee incidence
## 4   1989   5460155
## 5   1990   5233987
## 1   1986   5100540
## 28  2013   4182265
## 25  2010   4085126
## 14  1999   3897443
\end{verbatim}

Enfin, un histogramme montre bien que les épidémies fortes, qui touchent
environ 10\% de la population française, sont assez rares: il y en eu
trois au cours des 35 dernières années.

\begin{Shaded}
\begin{Highlighting}[]
\KeywordTok{hist}\NormalTok{(inc_annuelle}\OperatorTok{$}\NormalTok{incidence, }\DataTypeTok{breaks=}\DecValTok{10}\NormalTok{, }\DataTypeTok{xlab=}\StringTok{"Incidence annuelle"}\NormalTok{, }\DataTypeTok{ylab=}\StringTok{"Nb d'observations"}\NormalTok{, }\DataTypeTok{main=}\StringTok{""}\NormalTok{)}
\end{Highlighting}
\end{Shaded}

\includegraphics{analyse-syndrome-grippal_files/figure-latex/unnamed-chunk-21-1.pdf}

\end{document}
