diff --git a/module1/ressources/gitlab_interface_fr.org b/module1/ressources/gitlab_interface_fr.org index 72c4dfe92b91bd39a4307c32265fdefeb2cc2238..404fce49862a290d498eaaeaca725d85fd47ee50 100644 --- a/module1/ressources/gitlab_interface_fr.org +++ b/module1/ressources/gitlab_interface_fr.org @@ -56,7 +56,7 @@ Il est possible de modifier ce mot de passe dans "Account / Paramètres / Mot de Enfin, pour ceux qui veulent aller plus plus loin et en savoir plus sur l'outil de gestion de version git sur lequel s'appuie GitLab, quelques vidéos de démonstration sur git et Gitlab sont proposées dans -la [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+self-paced/jump_to_id/7508aece244548349424dfd61ee3ba85][séquence "7. Installations, configurations, references" du module 2] +la [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+self-paced/jump_to_id/7508aece244548349424dfd61ee3ba85][séquence "7. Installations, configurations, references" du module 2]] de ce Mooc ainsi que des ressources pour apprivoiser git en ligne de commandes. ** Que faire en cas de problème diff --git a/module1/ressources/sequence4.org b/module1/ressources/sequence4.org index 24c9d1e1d249f92ed66a86dcc07604b9ad5f8c78..2557dfcbe5eb9388820a91a7f5209dec37c24fbd 100644 --- a/module1/ressources/sequence4.org +++ b/module1/ressources/sequence4.org @@ -18,9 +18,9 @@ * Version control with GitLab and Git in the "Reproducible research" MOOC We have created a GitLab server especially for this MOOC so that you can smoothly learn how to implement version control. -This section describes the successive steps involved. The following [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+session02/jump_to_id/5571950188c946e790f06d4bc90fb5f6#InterfaceGitlab][video]] shows how to use GitLab. We strongly recommend that you watch it if you've never used GitLab before. +This section describes the successive steps involved. The following [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+self-paced/jump_to_id/5571950188c946e790f06d4bc90fb5f6#InterfaceGitlab][video]] shows how to use GitLab. We strongly recommend that you watch it if you've never used GitLab before. -- Go to [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+session02/jump_to_id/5571950188c946e790f06d4bc90fb5f6#FormAccesGitlab][GitLab]] from the FUN platform (click on *Accédez à +- Go to [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+self-paced/jump_to_id/5571950188c946e790f06d4bc90fb5f6#FormAccesGitlab][GitLab]] from the FUN platform (click on *Accédez à Gitlab / Access to Gitlab*) - You reach the following form : #+BEGIN_CENTER @@ -49,7 +49,7 @@ This section describes the successive steps involved. The following [[https://ww [[file:gitlab_images/password.png]] #+END_CENTER -If you want to go further, few tutorial videos are gathered in [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+session02/jump_to_id/7508aece244548349424dfd61ee3ba85][sequence "7. Installations, configurations, references" of module 2]] +If you want to go further, few tutorial videos are gathered in [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+self-paced/jump_to_id/7508aece244548349424dfd61ee3ba85][sequence "7. Installations, configurations, references" of module 2]] of this MOOC. * Version control with LibreOffice or DokuWiki diff --git a/module1/ressources/sequence4_fr.org b/module1/ressources/sequence4_fr.org index daed5bf82c07cbca5f63dbaebb323c3cca78ccb3..8a013c6b2bf926b9b3c878a16a86418894fb7a5c 100644 --- a/module1/ressources/sequence4_fr.org +++ b/module1/ressources/sequence4_fr.org @@ -20,12 +20,12 @@ * Gestion de version avec GitLab et Git dans le MOOC "Recherche reproductible" Nous avons déployé un GitLab spécialement pour ce MOOC afin que vous puissiez vous familiariser en douceur avec la gestion de -version. Cette section décrit étape par étape comment y accéder. [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+session02/jump_to_id/5571950188c946e790f06d4bc90fb5f6#InterfaceGitlab][Cette +version. Cette section décrit étape par étape comment y accéder. [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+self-paced/jump_to_id/5571950188c946e790f06d4bc90fb5f6#InterfaceGitlab][Cette vidéo]] illustre ces étapes ainsi que comment utiliser GitLab. Nous vous incitons vivement à la regarder si vous n'êtes pas familiers avec ce type d'environnement. -- Accéder à [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+session02/jump_to_id/5571950188c946e790f06d4bc90fb5f6#FormAccesGitlab][GitLab]] depuis la plateforme FUN (cliquez sur *Accédez à +- Accéder à [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+self-paced/jump_to_id/5571950188c946e790f06d4bc90fb5f6#FormAccesGitlab][GitLab]] depuis la plateforme FUN (cliquez sur *Accédez à Gitlab / Access to Gitlab*) - Vous arrivez sur le formulaire suivant : #+BEGIN_CENTER @@ -60,7 +60,7 @@ type d'environnement. Enfin, pour ceux qui veulent aller plus plus loin et en savoir plus sur l'outil de gestion de version git sur lequel s'appuie GitLab, quelques vidéos de démonstration sur git et Gitlab sont proposées dans -la [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+session02/jump_to_id/7508aece244548349424dfd61ee3ba85][séquence "7. Installations, configurations, references" du module 2]] +la [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+self-paced/jump_to_id/7508aece244548349424dfd61ee3ba85][séquence "7. Installations, configurations, references" du module 2]] de ce Mooc ainsi que des ressources pour apprivoiser git en ligne de commandes. * Gestion de version dans LibreOffice ou dans DokuWiki diff --git a/module1/ressources/test_lien.org b/module1/ressources/test_lien.org index 94ec3f6590566481f32476fd94087b3545548e52..3dddefa455b53d33f32b49baeacf6514edaafd37 100644 --- a/module1/ressources/test_lien.org +++ b/module1/ressources/test_lien.org @@ -17,7 +17,7 @@ * Essai pour tester les liens relatifs - Lien relatif [[/jump_to_id/5571950188c946e790f06d4bc90fb5f6#InterfaceGitlab][video]] shows how to use GitLab. We strongly recommend that you watch it if you've never used GitLab before. - Autre essai lien relatif : [[./jump_to_id/5571950188c946e790f06d4bc90fb5f6#InterfaceGitlab][video]] -- Lien absolu session02 : [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+session02/jump_to_id/5571950188c946e790f06d4bc90fb5f6#InterfaceGitlab][video]] +- Lien absolu session02 : [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+self-paced/jump_to_id/5571950188c946e790f06d4bc90fb5f6#InterfaceGitlab][video]] - Lien absolu session03 : [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+self-paced/jump_to_id/5571950188c946e790f06d4bc90fb5f6#InterfaceGitlab][video]] Test avec du code html diff --git a/module2/ressources/MergeRequestM2Exo5.org b/module2/ressources/MergeRequestM2Exo5.org index 3d6c8e3374fe92dbef3a6a7758616811d3179d4b..68f19acb31b9cbf5d1dc6626df58cf2e372aa7ad 100644 --- a/module2/ressources/MergeRequestM2Exo5.org +++ b/module2/ressources/MergeRequestM2Exo5.org @@ -10,7 +10,7 @@ This document explains how to retrieve from your GitLab repository the resource changes required for the exercise5 of Module 2. To do this, we ask you to validate a Merge request with all the modifications made by Konrad, following the procedure below. -Go to your Gitlab workspace, from the page [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+session02/jump_to_id/5571950188c946e790f06d4bc90fb5f6]["Your Gitlab space"]] +Go to your Gitlab workspace, from the page [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+self-paced/jump_to_id/5571950188c946e790f06d4bc90fb5f6]["Your Gitlab space"]] Follow the instructions below. @@ -32,7 +32,7 @@ If you go to mooc-rr/module2/exo5, you should see that 4 files have been modifie Then, if you follow the Jupyter path, you must also apply the changes in your Jupyter space. -To do this, go to your Jupyter space, from [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+session02/jump_to_id/5310b948b605466d95b47e0676cf1069]["exercice 5 of Module 2"]] +To do this, go to your Jupyter space, from [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+self-paced/jump_to_id/5310b948b605466d95b47e0676cf1069]["exercice 5 of Module 2"]] (bouton "Read the analysis"). Make a "Git pull" to update your Jupiter space. diff --git a/module2/ressources/MergeRequestM2Exo5_fr.org b/module2/ressources/MergeRequestM2Exo5_fr.org index eec2ce23b018c1ef411510dbb604b9305b17bd57..b7c7a7edc76c09cb96c8640de2c2c9713ce45e2f 100644 --- a/module2/ressources/MergeRequestM2Exo5_fr.org +++ b/module2/ressources/MergeRequestM2Exo5_fr.org @@ -10,7 +10,7 @@ Ce document vous explique comment récupérer dans votre entrepôt GitLab les modifications des ressources nécessaires pour l'exercice5 du module 2. Pour cela, nous vous demandons de valider une demande de "Merge request" avec toutes les modifications effectuées par Konrad, en suivant la procédure ci-dessous. -Rendez-vous sur votre espace Gitlab, depuis la page [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+session02/jump_to_id/5571950188c946e790f06d4bc90fb5f6]["Votre espace Gitlab"]] +Rendez-vous sur votre espace Gitlab, depuis la page [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+self-paced/jump_to_id/5571950188c946e790f06d4bc90fb5f6]["Votre espace Gitlab"]] Suivez les indications ci dessous. @@ -32,7 +32,7 @@ Si vous allez sur mooc-rr/module2/exo5, vous devez voir que 4 fichiers ont été Ensuite, si vous suivez le parcours Jupyter, il faut aussi répercuter les modifications dans votre espace Jupyter. -Pour cela, rendez-vous sur votre espace Jupyter, depuis [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+session02/jump_to_id/5310b948b605466d95b47e0676cf1069]["l'exercice 5 du Module 2"]] +Pour cela, rendez-vous sur votre espace Jupyter, depuis [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+self-paced/jump_to_id/5310b948b605466d95b47e0676cf1069]["l'exercice 5 du Module 2"]] (bouton "Lire l'analyse"). Faites un "Git pull" pour mettre à jour votre espace Jupiter. diff --git a/module2/ressources/emacs_newbie.org b/module2/ressources/emacs_newbie.org index 40bdda1e8012662c46174f9451743140fb0ed476..8db4999def3a3cc2db1a5063a95c6fffc1f13f0b 100644 --- a/module2/ressources/emacs_newbie.org +++ b/module2/ressources/emacs_newbie.org @@ -6,7 +6,7 @@ #+PROPERTY: header-args :eval never-export -This document assumes you have installed emacs as explained [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+session02/jump_to_id/954f94ce4f9a4d858d47b41793cc96c8][here]]. All +This document assumes you have installed emacs as explained [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+self-paced/jump_to_id/954f94ce4f9a4d858d47b41793cc96c8][here]]. All the screenshots in this demo are done under the Windows operating system but similar results should be obtained on any OS. diff --git a/module2/ressources/emacs_newbie_fr.org b/module2/ressources/emacs_newbie_fr.org index 643d8ba757a59c39285ae472a8df20e809b76fa1..e5b845d714ca63d6fc321e4404153f864257738f 100644 --- a/module2/ressources/emacs_newbie_fr.org +++ b/module2/ressources/emacs_newbie_fr.org @@ -6,7 +6,7 @@ #+PROPERTY: header-args :eval never-export Ce document présuppose que vous avez déjà installé Emacs et suivi les -instructions données [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+session02/jump_to_id/954f94ce4f9a4d858d47b41793cc96c8][ici]]. +instructions données [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+self-paced/jump_to_id/954f94ce4f9a4d858d47b41793cc96c8][ici]]. Toutes les captures d'écran utilisées dans ce document ont été faites sous Windows mais vous devriez obtenir le même genre de choses avec n'importe quel système d'exploitation. diff --git a/module2/ressources/emacs_orgmode.org b/module2/ressources/emacs_orgmode.org index 9f963f260ae3fdce8f1be5d1d5aba684e8aa4680..21b3e153ed839902ba00d799b592b11ec3bd1d3f 100644 --- a/module2/ressources/emacs_orgmode.org +++ b/module2/ressources/emacs_orgmode.org @@ -11,10 +11,10 @@ This document provides information on how to install emacs. and /A stub of replicable article/ explain how to set up emacs/org-mode for this MOOC. These are very important sections in the context of this MOOC. *These sections are illustrated in two -out of the [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+session02/jump_to_id/9cfc7500f0ef46d288d2317ec7b037b4][three video tutorials of this page]], and* *which you +out of the [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+self-paced/jump_to_id/9cfc7500f0ef46d288d2317ec7b037b4][three video tutorials of this page]], and* *which you really should follow carefully*. *Otherwise, you may have trouble doing the exercises later on*. Likewise, I strongly encourage you to watch -the [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+session02/jump_to_id/9cfc7500f0ef46d288d2317ec7b037b4]["Use Emacs/git" video tutorial available at the same page]]. +the [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+self-paced/jump_to_id/9cfc7500f0ef46d288d2317ec7b037b4]["Use Emacs/git" video tutorial available at the same page]]. * Table of Contents :TOC: - [[#installing-emacs][Installing Emacs]] @@ -146,12 +146,12 @@ Open the =matplotlibrc= file and modify the line starting with =backend= to make it =backend : Agg=. * Python, R, and LaTeX -Computational documents contain code, which in the case of our MOOC use the languages Python and R. So you must install Python and R in addition to Emacs, unless of course they are already installed on your computer. Since Python and R are also used in the other paths of our MOOC, we explain their installation in a [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+session02/jump_to_id/19c2b1de7766484bae73f3ab133463c6][separate resource]]. +Computational documents contain code, which in the case of our MOOC use the languages Python and R. So you must install Python and R in addition to Emacs, unless of course they are already installed on your computer. Since Python and R are also used in the other paths of our MOOC, we explain their installation in a [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+self-paced/jump_to_id/19c2b1de7766484bae73f3ab133463c6][separate resource]]. -That same resource also explains how to install LaTeX, which you must have if you want to produce PDF versions of org-mode documents. For example, if you want to work with the replicable article stub (shown in [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+session02/jump_to_id/9cfc7500f0ef46d288d2317ec7b037b4#tuto3][the video "Write a replicable article with Emacs/Org-mode"]]), you must install LaTeX. However, it is a rather big piece of software (several GB), so you may prefer to skip its installation. It is not required to follow the MOOC. +That same resource also explains how to install LaTeX, which you must have if you want to produce PDF versions of org-mode documents. For example, if you want to work with the replicable article stub (shown in [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+self-paced/jump_to_id/9cfc7500f0ef46d288d2317ec7b037b4#tuto3][the video "Write a replicable article with Emacs/Org-mode"]]), you must install LaTeX. However, it is a rather big piece of software (several GB), so you may prefer to skip its installation. It is not required to follow the MOOC. * A simple "reproducible research" emacs configuration -This section is illustrated in a [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+session02/jump_to_id/9cfc7500f0ef46d288d2317ec7b037b4][video tutorial]] (/"Mise en place +This section is illustrated in a [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+self-paced/jump_to_id/9cfc7500f0ef46d288d2317ec7b037b4][video tutorial]] (/"Mise en place Emacs/Orgmode"/ in French). Watching it before following the instructions given in this section may help. @@ -287,7 +287,7 @@ stored in a version control system like git. We leave it up to you to set this up but if you have any trouble, feel free to ask on the MOOC forum. * A stub of a replicable article -This section is illustrated in a [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+session02/jump_to_id/9cfc7500f0ef46d288d2317ec7b037b4#tuto3][video tutorial]] (/"Write a replicable article with Emacs/Org-mode"/). Watching it before +This section is illustrated in a [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+self-paced/jump_to_id/9cfc7500f0ef46d288d2317ec7b037b4#tuto3][video tutorial]] (/"Write a replicable article with Emacs/Org-mode"/). Watching it before following the instructions given in this section may help. To work with this article stub, you need working installations of LaTeX, R, and Python. If you can't open a terminal and run the commands =R=, =pdflatex=, and =python3=, you will not be able to generate this document. When being compiled, the article downloads the corresponding LaTeX packages, so you must have a working network connection. @@ -341,7 +341,7 @@ feel this is needed, you should follow the instructions from the official Web page: [[http://company-mode.github.io/][http://company-mode.github.io/]] *** Magit [[https://magit.vc/][Magit]] is an Emacs interface for Git. Its usage is briefly illustrated -in the context of this MOOC in a [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+session02/jump_to_id/9cfc7500f0ef46d288d2317ec7b037b4][video tutorial]] +in the context of this MOOC in a [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+self-paced/jump_to_id/9cfc7500f0ef46d288d2317ec7b037b4][video tutorial]] ("/Utilisation Emacs/git/" in French). It is very powerful and we use it on a daily basis but you should diff --git a/module2/ressources/emacs_orgmode_fr.org b/module2/ressources/emacs_orgmode_fr.org index 0b885eb2126ceabb2637c1f8c94d9db88b668e6a..3ce948e0d4407831bc819016c6e56dbf8fb0eb8d 100644 --- a/module2/ressources/emacs_orgmode_fr.org +++ b/module2/ressources/emacs_orgmode_fr.org @@ -12,11 +12,11 @@ cet environnement. *Attention:* Les sections [[#une-configuration-emacs-adaptée-à-la-recherche-reproductible][Une configuration Emacs adaptée à la "recherche reproductible"]] et [[#un-mod%C3%A8le-darticle-r%C3%A9plicable][Un modèle d'article réplicable]] expliquent comment configurer Emacs/Org-Mode pour ce MOOC. Ce sont donc -des sections très *importantes* qui sont *illustrées dans [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+session02/jump_to_id/9cfc7500f0ef46d288d2317ec7b037b4][deux des trois +des sections très *importantes* qui sont *illustrées dans [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+self-paced/jump_to_id/9cfc7500f0ef46d288d2317ec7b037b4][deux des trois tutoriels vidéo de cette page]]*. *Nous vous encourageons vivement à suivre attentivement ces sections* *et ces vidéos avant de vous lancer dans les exercices*. De même, nous vous encourageons vivement à -regarder la vidéo [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+session02/jump_to_id/9cfc7500f0ef46d288d2317ec7b037b4]["utilisation Emacs/git" disponible sur la même page]]. +regarder la vidéo [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+self-paced/jump_to_id/9cfc7500f0ef46d288d2317ec7b037b4]["utilisation Emacs/git" disponible sur la même page]]. * Table des matières :TOC: - [[#installation-demacs][Installation d'Emacs]] @@ -145,12 +145,12 @@ matplotlib.matplotlib_fname() Ouvrez le fichier =matplotlibrc=, localisez la ligne commençant par =backend= et transformez là en =backend : Agg=. * Python, R et LaTeX -Les documents computationnels contiennent du code, et en particulier dans le cas de notre MOOC du code utilisant les langages Python et R. Vous devrez donc installer Python et R en plus d'Emacs, sauf s'ils sont déjà installés sur votre ordinateur. Puisque Python et R sont aussi utilisés dans les autres parcours de notre MOOC, nous expliquons leur installation dans une [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+session02/jump_to_id/19c2b1de7766484bae73f3ab133463c6][ressource séparée]]. +Les documents computationnels contiennent du code, et en particulier dans le cas de notre MOOC du code utilisant les langages Python et R. Vous devrez donc installer Python et R en plus d'Emacs, sauf s'ils sont déjà installés sur votre ordinateur. Puisque Python et R sont aussi utilisés dans les autres parcours de notre MOOC, nous expliquons leur installation dans une [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+self-paced/jump_to_id/19c2b1de7766484bae73f3ab133463c6][ressource séparée]]. -Cette même ressource explique également comment installer LaTeX, dont vous devrez disposer si vous voulez produire des versions PDF de documents org-mode. Par exemple, si vous voulez travailler avec modèle d'article réplicable (montré dans [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+session02/jump_to_id/9cfc7500f0ef46d288d2317ec7b037b4#tuto3][la vidéo "écrire un article réplicable avec Emacs/Org-mode"]]), il vous faudra installer LaTeX. Cependant, comme il s'agit d'un logiciel assez volumineux (plusieurs Go), vous pouvez préférer ne pas l'installer. Ce n'est pas indispensable. +Cette même ressource explique également comment installer LaTeX, dont vous devrez disposer si vous voulez produire des versions PDF de documents org-mode. Par exemple, si vous voulez travailler avec modèle d'article réplicable (montré dans [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+self-paced/jump_to_id/9cfc7500f0ef46d288d2317ec7b037b4#tuto3][la vidéo "écrire un article réplicable avec Emacs/Org-mode"]]), il vous faudra installer LaTeX. Cependant, comme il s'agit d'un logiciel assez volumineux (plusieurs Go), vous pouvez préférer ne pas l'installer. Ce n'est pas indispensable. * Une configuration Emacs adaptée à la "recherche reproductible" -Cette section est illustrée dans une [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+session02/jump_to_id/9cfc7500f0ef46d288d2317ec7b037b4][vidéo de démonstration]] (/Mise en place en place Emacs/Orgmode/). Nous vous suggérons de la regarder avant de suivre les instructions données dans cette section. +Cette section est illustrée dans une [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+self-paced/jump_to_id/9cfc7500f0ef46d288d2317ec7b037b4][vidéo de démonstration]] (/Mise en place en place Emacs/Orgmode/). Nous vous suggérons de la regarder avant de suivre les instructions données dans cette section. Emacs s'installe avec une configuration par défaut très basique que chacun va donc vouloir personnaliser. Compte tenu de la flexibilité @@ -273,7 +273,7 @@ Dans la vidéo, nous avons déjà fait une petite démonstration des principales fonctionnalités d'emacs/org-mode qui vous aideront à tenir à jour un journal et à faire de la programmation lettrée. Une liste des principales fonctionnalités et des raccourcis est donnée dans le [[https://gitlab.inria.fr/learninglab/mooc-rr/mooc-rr-ressources/blob/master/module2/ressources/rr_org/journal.org][première -entrée de votre labbook]]. N'hésitez pas à également suivre [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+session02/jump_to_id/b031e4067cf8410c86adbeba2f30c92f][cette ressource]] pour découvrir ces raccourcis. +entrée de votre labbook]]. N'hésitez pas à également suivre [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+self-paced/jump_to_id/b031e4067cf8410c86adbeba2f30c92f][cette ressource]] pour découvrir ces raccourcis. ** Étape 6 : Ouvrez et commencez à utiliser votre journal À l'étape 2, nous vous avons demandé de créer un journal dans le fichier =~org/journal.org=. C'est dans ce fichier que les notes prises @@ -283,7 +283,7 @@ un système de contrôle de version comme git. Nous vous laissons la responsabilité de mettre tout ceci en place mais si vous avez des problèmes, n'hésitez pas à poser des questions sur le forum du MOOC. * Un modèle d'article réplicable -Cette section est illustrée dans une [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+session02/jump_to_id/9cfc7500f0ef46d288d2317ec7b037b4#tuto3][vidéo]] (/"Écrire un article +Cette section est illustrée dans une [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+self-paced/jump_to_id/9cfc7500f0ef46d288d2317ec7b037b4#tuto3][vidéo]] (/"Écrire un article réplicable avec Emacs/Orgmode"/). Nous vous suggérons de la regarder avant de suivre les instructions données dans cette section. Pour travailler avec ce modèle d'article, vous aurez besoin d'installations fonctionnelles de LaTeX, R, et Python. Si vous ne pouvez pas ouvrir un terminal et exécuter les commandes =R=, =pdflatex=, et =python3=, vous ne pourrez pas générer ce document. @@ -336,7 +336,7 @@ Il offre des capacités de complétion intelligente (et pas uniquement syntaxiqu page Web officielle : [[http://company-mode.github.io/][http://company-mode.github.io/]]. *** Magit [[https://magit.vc/][Magit]] est une interface Emacs pour Git. Son utilisation est brièvement -illustrée dans le contexte de ce MOOC dans un [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+session02/jump_to_id/9cfc7500f0ef46d288d2317ec7b037b4][tutoriel vidéo]]. +illustrée dans le contexte de ce MOOC dans un [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+self-paced/jump_to_id/9cfc7500f0ef46d288d2317ec7b037b4][tutoriel vidéo]]. ("/Utilisation Emacs/git/"). C'est un outil vraiment très puissant et nous l'utilisons quotidiennement mais il est nécessaire de diff --git a/module2/ressources/gitlab.org b/module2/ressources/gitlab.org index 77066b1b5c6c3f3730c8e335616cb083ba751a8f..ba6028a43c9e15956776448891a1b8f973f34d09 100644 --- a/module2/ressources/gitlab.org +++ b/module2/ressources/gitlab.org @@ -23,7 +23,7 @@ GitLab. This document describes the software you need to have installed on your machine and how to handle authentication. The "Configuring Git" -section is illustrated in a [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+session02/jump_to_id/7508aece244548349424dfd61ee3ba85][video tutorial]] (in French). +section is illustrated in a [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+self-paced/jump_to_id/7508aece244548349424dfd61ee3ba85][video tutorial]] (in French). Please read all these instructions carefully, in particular the one on "Configuring your password on GitLab". @@ -108,7 +108,7 @@ step of changing your =~/.git-credentials= in the Jupyter environment (possibly several times). 1. Get your default password using the [[https://app-learninglab.inria.fr/jupyterhub/services/password][Gitlab credentials retrieval - tool]] as described on the [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+session02/jump_to_id/7508aece244548349424dfd61ee3ba85][corresponding resource]]. + tool]] as described on the [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+self-paced/jump_to_id/7508aece244548349424dfd61ee3ba85][corresponding resource]]. #+BEGIN_CENTER [[file:gitlab_images/password_retrieval.png]] #+END_CENTER @@ -126,7 +126,7 @@ step of changing your =~/.git-credentials= in the Jupyter environment #+BEGIN_CENTER [[file:gitlab_images/erreur405.png]] #+END_CENTER -2. Access [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+session02/jump_to_id/5571950188c946e790f06d4bc90fb5f6][GitLab]] from the FUN plateform (click on "Accédez à Gitlab / Access to Gitlab" Button). +2. Access [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+self-paced/jump_to_id/5571950188c946e790f06d4bc90fb5f6][GitLab]] from the FUN plateform (click on "Accédez à Gitlab / Access to Gitlab" Button). /Note: Again, you have to access Gitlab from the FUN platform otherwise you may get a 405 error/ /when trying to direcly open diff --git a/module2/ressources/gitlab_fr.org b/module2/ressources/gitlab_fr.org index dd52cf067b85b92220c20c2d31baae84a921e85b..cffded4ef71ae1698d8628a492a85050a7c3dd08 100644 --- a/module2/ressources/gitlab_fr.org +++ b/module2/ressources/gitlab_fr.org @@ -23,7 +23,7 @@ synchroniser votre copie locale avec celle de GitLab. Vous devrez Ce document décrit le logiciel que vous devez installer sur votre ordinateur et comment gérer l'authentification. La section -"Configuration de Git" est illustrée dans un [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+session02/jump_to_id/7508aece244548349424dfd61ee3ba85][tutoriel vidéo]] (en +"Configuration de Git" est illustrée dans un [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+self-paced/jump_to_id/7508aece244548349424dfd61ee3ba85][tutoriel vidéo]] (en français). Veuillez lire attentivement toutes ces instructions, en particulier @@ -117,7 +117,7 @@ supplémentaire de modification de votre =~/.git-credentials= dans l’environnement Jupyter (éventuellement plusieurs fois). 1. Récupérer votre mot de passe par défaut en utilisant l'outil [[https://app-learninglab.inria.fr/jupyterhub/services/password][Gitlab - credentials retrieval]] comme décrit dans la [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+session02/jump_to_id/7508aece244548349424dfd61ee3ba85][ressource correspondante]]. + credentials retrieval]] comme décrit dans la [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+self-paced/jump_to_id/7508aece244548349424dfd61ee3ba85][ressource correspondante]]. #+BEGIN_CENTER [[file:gitlab_images/password_retrieval.png]] #+END_CENTER @@ -250,10 +250,10 @@ Cette section décrit un moyen générique (par lignes de commandes) de synchroniser vos fichiers locaux avec Gitlab. Vous n'en aurez pas besoin si vous suivez le parcours Jupyter. Si vous suivez le parcours RStudio, toutes ces opérations peuvent être effectuées via RStudio et -vous voudrez peut-être lire [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+session02/jump_to_id/1a4f58a1efed437c93a9f5c5f15df428][les instructions correspondantes]]. Si vous +vous voudrez peut-être lire [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+self-paced/jump_to_id/1a4f58a1efed437c93a9f5c5f15df428][les instructions correspondantes]]. Si vous suivez le chemin Org-Mode, toutes ces opérations peuvent être effectuées via Magit et vous voudrez peut-être lire -[[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+session02/jump_to_id/508299f7373449a3939faa5b11462bc4][les instructions correspondantes]]. +[[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+self-paced/jump_to_id/508299f7373449a3939faa5b11462bc4][les instructions correspondantes]]. Voici d'autres moyens d'apprendre Git par lignes de commandes : diff --git a/module2/ressources/jupyter.org b/module2/ressources/jupyter.org index e34bd4912e74aeca88792593cd5c1e02b142a5e4..87f5672bb1d9740473cf6347d68de8d62b7f325a 100644 --- a/module2/ressources/jupyter.org +++ b/module2/ressources/jupyter.org @@ -284,7 +284,7 @@ You should be able to run Jupyter and to create a python notebook that runs R commands by following the instructions given in the beginning of this document (look for =rpy2=). ** LaTeX for PDF export -For exporting your notebooks as PDF files, you must also install LaTeX on your system. We describe this process in a [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+session02/jump_to_id/19c2b1de7766484bae73f3ab133463c6][separate resource]]. +For exporting your notebooks as PDF files, you must also install LaTeX on your system. We describe this process in a [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+self-paced/jump_to_id/19c2b1de7766484bae73f3ab133463c6][separate resource]]. ** Additional tips *** • Exporting a notebook Here is what we had to install on a recent Debian computer to make sure @@ -354,7 +354,7 @@ a [[https://github.com/sat28/githubcommit][rather generic version of this Jupyte that it is very easy to insert a shell cell in Jupyter in which you can easily issue git commands. This is how we work most of the time. If you choose this solution, you will have to configure Git on your computer. To do this, you can follow the video -[[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+session02/jump_to_id/7508aece244548349424dfd61ee3ba85][Configure git for Gitlab]] and read the document +[[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+self-paced/jump_to_id/7508aece244548349424dfd61ee3ba85][Configure git for Gitlab]] and read the document [[https://gitlab.inria.fr/learninglab/mooc-rr/mooc-rr-ressources/blob/master/module2/ressources/gitlab.org][Git and GitLab]]. This being said, you may have noticed that Jupyter keeps a perfect diff --git a/module2/ressources/jupyter_fr.org b/module2/ressources/jupyter_fr.org index 93475b5b937fdd496b7634ed53053cf679009f66..479be477f38d74bca66ebd5b2f20fa365b8426d1 100644 --- a/module2/ressources/jupyter_fr.org +++ b/module2/ressources/jupyter_fr.org @@ -321,7 +321,7 @@ Vous pouvez alors lancer Jupyter et créer un notebook Python utilisant R en suivant les instructions données au début de ce document (cherchez =rpy2=). ** LaTeX pour la génération de PDF -Si vous voulez convertir vos notebooks en PDF, vous devez aussi installer LaTeX sur votre ordinateur. Nous expliquons cette procédure dans une [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+session02/jump_to_id/19c2b1de7766484bae73f3ab133463c6][ressource spécifique]]. +Si vous voulez convertir vos notebooks en PDF, vous devez aussi installer LaTeX sur votre ordinateur. Nous expliquons cette procédure dans une [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+self-paced/jump_to_id/19c2b1de7766484bae73f3ab133463c6][ressource spécifique]]. ** Conseils additionnels *** • Exporter un notebook Jupyter évolue rapidement et ces informations peuvent vite devenir @@ -403,7 +403,7 @@ Jupyter et vous pouvez facilement y insérer des commandes Git. C'est la façon dont nous travaillons en pratique la majorité du temps. Si vous optez pour cette solution, il vous faudra configurer Git sur votre ordinateur. Pour ce faire, vous pouvez suivre la vidéo -[[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+session02/jump_to_id/7508aece244548349424dfd61ee3ba85][configurer Git pour Gitlab]] et le document +[[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+self-paced/jump_to_id/7508aece244548349424dfd61ee3ba85][configurer Git pour Gitlab]] et le document [[https://gitlab.inria.fr/learninglab/mooc-rr/mooc-rr-ressources/blob/master/module2/ressources/gitlab_fr.org][Git et Gitlab]] correspondant. Ceci étant dit, vous avez certainement remarqué que Jupyter conserve diff --git a/module2/ressources/python_r_latex.org b/module2/ressources/python_r_latex.org index 8aff0b1975781d120762191f975a26e3b2533936..544e263721052d3aef49a4512562e06552be3c18 100644 --- a/module2/ressources/python_r_latex.org +++ b/module2/ressources/python_r_latex.org @@ -27,9 +27,9 @@ There are many ways to install Python, R, and LaTeX. Worse, there are good reaso *macOS* users who already use one of the package managers for macOS, i.e. one of [[https://brew.sh/][Homebrew]], [[https://www.macports.org/][MacPorts]], or [[http://www.finkproject.org/][fink]], should also look for Python and R in their distributions. However, it's probably not worth installing any of these package managers just for Python, R, or LaTeX. -2. Anaconda (this is [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+session02/jump_to_id/8dcce91be83c4ece834abfa98b8bbfb1][the method we recommand]] if you want to install the exact same version as the one we deployed on our servers for this MOOC) +2. Anaconda (this is [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+self-paced/jump_to_id/8dcce91be83c4ece834abfa98b8bbfb1][the method we recommand]] if you want to install the exact same version as the one we deployed on our servers for this MOOC) - Users of *Windows*, as well as *Linux* and *macOS* users who don't find sufficiently recent versions in their package manager's distributions, should consider the [[https://www.anaconda.com/distribution/][Anaconda distribution]] that contains both Python and R plus a huge collection of add-on packages for both languages. Anaconda is particularly recommended for those who plan to use Python more regularly, as it is the most convenient approach to managing Python environments. It is also [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+session02/jump_to_id/8dcce91be83c4ece834abfa98b8bbfb1][the method we recommend for a local installation of Jupyter]]. + Users of *Windows*, as well as *Linux* and *macOS* users who don't find sufficiently recent versions in their package manager's distributions, should consider the [[https://www.anaconda.com/distribution/][Anaconda distribution]] that contains both Python and R plus a huge collection of add-on packages for both languages. Anaconda is particularly recommended for those who plan to use Python more regularly, as it is the most convenient approach to managing Python environments. It is also [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+self-paced/jump_to_id/8dcce91be83c4ece834abfa98b8bbfb1][the method we recommend for a local installation of Jupyter]]. 3. Follow the instructions proposed by each language's developers diff --git a/module2/ressources/python_r_latex_fr.org b/module2/ressources/python_r_latex_fr.org index c74b59430d29a46e311b6d902096b7225f8a8093..132e6502b8b63f7c46145767eaf02a0c1d9afcdc 100644 --- a/module2/ressources/python_r_latex_fr.org +++ b/module2/ressources/python_r_latex_fr.org @@ -62,7 +62,7 @@ devraient vous permettre de décider la méthode la plus adaptée à votre propr juste pour avoir accès à Python, R, et LaTeX. 2. Anaconda (c'est - [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+session02/jump_to_id/8dcce91be83c4ece834abfa98b8bbfb1][la méthode que nous recommendons]] + [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+self-paced/jump_to_id/8dcce91be83c4ece834abfa98b8bbfb1][la méthode que nous recommendons]] si vous souhaitez installer exactement la même version que celle que nous avons déployée sur nos serveurs pour ce MOOC) @@ -74,7 +74,7 @@ devraient vous permettre de décider la méthode la plus adaptée à votre propr Anaconda est particulièrement adapté à ceux qui ont l'intention d'utiliser Python régulièrement puisque c'est actuellement la méthode la plus pratique pour gérer des environnements Python. C'est également - [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+session02/jump_to_id/8dcce91be83c4ece834abfa98b8bbfb1][la méthode que nous recommendons pour installer Jupyter]]. + [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+self-paced/jump_to_id/8dcce91be83c4ece834abfa98b8bbfb1][la méthode que nous recommendons pour installer Jupyter]]. 3. Suivre les instructions proposées par les développeurs de chaque langage. diff --git a/module2/ressources/rstudio-git.org b/module2/ressources/rstudio-git.org index 35bace6d1ff909b0cb369ecb1077c38dde86a607..f7aea2a288f25c4f0ea1ed9cb67d060ffcf6b7bd 100644 --- a/module2/ressources/rstudio-git.org +++ b/module2/ressources/rstudio-git.org @@ -11,9 +11,9 @@ * To begin If you have never used git with RStudio, *we strongly advise that you -follow [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+session02/jump_to_id/d132a854b0464ad29085cedaded23136][our tutorial on using git from RStudio]]* (/"RStudio et Gitlab"/ +follow [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+self-paced/jump_to_id/d132a854b0464ad29085cedaded23136][our tutorial on using git from RStudio]]* (/"RStudio et Gitlab"/ ). Before proceeding, make sure you also have followed the -*[[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+session02/jump_to_id/7508aece244548349424dfd61ee3ba85]["git/GitLab configuration" tutorial]]*. +*[[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+self-paced/jump_to_id/7508aece244548349424dfd61ee3ba85]["git/GitLab configuration" tutorial]]*. Alternatively, you may want to watch [[https://www.youtube.com/embed/uHYcDQDbMY8][this video]] (in English). If you do not like videos, you should have a look at the [[https://swcarpentry.github.io/git-novice/14-supplemental-rstudio/index.html][step-by-step @@ -39,7 +39,7 @@ Open RStudio and do the following steps: [[file:rstudio_images/clone.png]] #+END_CENTER - If you're behind a proxy, git should be configured - accordingly. Check the [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+session02/jump_to_id/7508aece244548349424dfd61ee3ba85]["Dealing with proxies" section]]. + accordingly. Check the [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+self-paced/jump_to_id/7508aece244548349424dfd61ee3ba85]["Dealing with proxies" section]]. - Git will then connect to Gitlab and fetch a whole copy of the repository. - RStudio should restart in a mode related to Git: diff --git a/module2/ressources/rstudio-git_fr.org b/module2/ressources/rstudio-git_fr.org index acb2a7ce29d92bb5d2cd61e3f1d8ad1a004b21a6..9c25efae61eea3d38c72c3d3497ee64945ab5def 100644 --- a/module2/ressources/rstudio-git_fr.org +++ b/module2/ressources/rstudio-git_fr.org @@ -12,11 +12,11 @@ * Avant de commencer La première chose à faire est de configurer Git sur votre ordinateur. Pour ce faire, vous pouvez suivre la vidéo -[[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+session02/jump_to_id/7508aece244548349424dfd61ee3ba85][configurer Git pour Gitlab]] et le document +[[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+self-paced/jump_to_id/7508aece244548349424dfd61ee3ba85][configurer Git pour Gitlab]] et le document [[https://gitlab.inria.fr/learninglab/mooc-rr/mooc-rr-ressources/blob/master/module2/ressources/gitlab_fr.org][Git et Gitlab]] correspondant. Vous pourrez alors utiliser Git avec RStudio. Pour ce faire, vous -pouvez suivre la vidéo [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+session02/jump_to_id/d132a854b0464ad29085cedaded23136][RStudio - Gitlab]] dont les étapes +pouvez suivre la vidéo [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+self-paced/jump_to_id/d132a854b0464ad29085cedaded23136][RStudio - Gitlab]] dont les étapes sont reprises ci-dessous. /(Nous vous signalons aussi cette/ [[https://www.youtube.com/embed/uHYcDQDbMY8][vidéo]] /(en anglais) ainsi que le/ [[https://swcarpentry.github.io/git-novice/14-supplemental-rstudio/index.html][tuto @@ -42,7 +42,7 @@ Ouvrir RStudio et procéder comme suit : [[file:rstudio_images/clone.png]] #+END_CENTER - Si vous êtes derrière un proxy, il faut le définir dans Git (voir le - paragraphe "Gérer les proxy" de la page sur [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+session02/jump_to_id/7508aece244548349424dfd61ee3ba85][Git et Gitlab]]). + paragraphe "Gérer les proxy" de la page sur [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+self-paced/jump_to_id/7508aece244548349424dfd61ee3ba85][Git et Gitlab]]). - Git se connecte à Gitlab et récupère une copie complète du dépôt. - RStudio redémarre dans un mode lié à Git : #+BEGIN_CENTER diff --git a/module2/ressources/rstudio-install-doc.org b/module2/ressources/rstudio-install-doc.org index fd3eefc03dc550beef28de78d74134d2d8c632ae..162e5c2f0259ffed16f622a9ee1f7db7289065bf 100644 --- a/module2/ressources/rstudio-install-doc.org +++ b/module2/ressources/rstudio-install-doc.org @@ -58,7 +58,7 @@ sudo dpkg -i rstudio-xenial-1.1.453-amd64.deb sudo apt-get update ; sudo apt-get -f install # to fix possibly missing dependencies #+END_SRC ** Mac OSX and Windows -- Install R and Python following the instructions given in a [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+session02/jump_to_id/19c2b1de7766484bae73f3ab133463c6][separate resource]]. +- Install R and Python following the instructions given in a [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+self-paced/jump_to_id/19c2b1de7766484bae73f3ab133463c6][separate resource]]. - Download and install RStudio from the [[https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/#download][RStudio webpage]] by choosing the right operating system. - Download and install MiKTeX from the [[https://miktex.org/download][MiKTeX webpage]] by choosing the right operating system. You will be prompted to install some specific packages when exporting to pdf. - Open RStudio and type the following commands in the console to install =knitr= and =ggplot2=: diff --git a/module2/ressources/rstudio-install-doc_fr.org b/module2/ressources/rstudio-install-doc_fr.org index f5aa664ff037cb6db72170081ce0bec093c6c61e..1255d6e1b6bab067654983dfbffee5d8d4d93ab1 100644 --- a/module2/ressources/rstudio-install-doc_fr.org +++ b/module2/ressources/rstudio-install-doc_fr.org @@ -59,7 +59,7 @@ sudo dpkg -i rstudio-xenial-1.1.453-amd64.deb sudo apt-get update ; sudo apt-get -f install # to fix possibly missing dependencies #+END_SRC ** Mac OSX and Windows -- Installer R et Python en suivant les instruction dans une [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+session02/jump_to_id/19c2b1de7766484bae73f3ab133463c6][ressource spécifique]]. +- Installer R et Python en suivant les instruction dans une [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+self-paced/jump_to_id/19c2b1de7766484bae73f3ab133463c6][ressource spécifique]]. - Télécharger et installer RStudio depuis le [[https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/#download][site RStudio]] en choisissant le bon système d'exploitation. - Télécharger et installer MiKTeX depuis le [[https://miktex.org/download][site MiKTeX]] en choisissant le bon diff --git a/module2/ressources/rstudio.org b/module2/ressources/rstudio.org index 33a3c71e4dd305370d6ae1c78800a37b447e3071..5009516aece772ecc8ad4cb20cb360c3bc6a8987 100644 --- a/module2/ressources/rstudio.org +++ b/module2/ressources/rstudio.org @@ -61,7 +61,7 @@ sudo dpkg -i rstudio-xenial-1.1.453-amd64.deb sudo apt-get update ; sudo apt-get -f install # to fix possibly missing dependencies #+END_SRC ** Mac OSX and Windows -- Install R and Python following the instructions given in a [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+session02/jump_to_id/19c2b1de7766484bae73f3ab133463c6][separate resource]]. +- Install R and Python following the instructions given in a [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+self-paced/jump_to_id/19c2b1de7766484bae73f3ab133463c6][separate resource]]. - Download and install RStudio from the [[https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/#download][RStudio webpage]] by choosing the right operating system. - Download and install MiKTeX from the [[https://miktex.org/download][MiKTeX webpage]] by choosing the right operating system. You will be prompted to install some specific packages when exporting to pdf. - Open RStudio and type the following commands in the console to install =knitr= and =ggplot2=: @@ -88,9 +88,9 @@ of these documents: * Using Git from RStudio If you have never used git with RStudio, *we strongly advise that you -follow [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+session02/jump_to_id/d132a854b0464ad29085cedaded23136][our tutorial on using git from RStudio]]* (/"RStudio et Gitlab"/ +follow [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+self-paced/jump_to_id/d132a854b0464ad29085cedaded23136][our tutorial on using git from RStudio]]* (/"RStudio et Gitlab"/ ). Before proceeding, make sure you also have followed the -*[[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+session02/jump_to_id/7508aece244548349424dfd61ee3ba85]["git/GitLab configuration" tutorial]]*. +*[[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+self-paced/jump_to_id/7508aece244548349424dfd61ee3ba85]["git/GitLab configuration" tutorial]]*. Alternatively, you may want to watch [[https://www.youtube.com/embed/uHYcDQDbMY8][this video]] (in English). If you do not like videos, you should have a look at the [[https://swcarpentry.github.io/git-novice/14-supplemental-rstudio/index.html][step-by-step @@ -116,7 +116,7 @@ Open RStudio and do the following steps: [[file:rstudio_images/clone.png]] #+END_CENTER - If you're behind a proxy, git should be configured - accordingly. Check the [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+session02/jump_to_id/7508aece244548349424dfd61ee3ba85]["Dealing with proxies" section]]. + accordingly. Check the [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+self-paced/jump_to_id/7508aece244548349424dfd61ee3ba85]["Dealing with proxies" section]]. - Git will then connect to Gitlab and fetch a whole copy of the repository. - RStudio should restart in a mode related to Git: diff --git a/module2/ressources/rstudio_fr.org b/module2/ressources/rstudio_fr.org index b510eea237d2c065371adf67fe8ea4169bcd6b3b..238bd3e1f463b89ddd1926c7144ba37b866903b4 100644 --- a/module2/ressources/rstudio_fr.org +++ b/module2/ressources/rstudio_fr.org @@ -62,7 +62,7 @@ sudo dpkg -i rstudio-xenial-1.1.453-amd64.deb sudo apt-get update ; sudo apt-get -f install # to fix possibly missing dependencies #+END_SRC ** Mac OSX and Windows -- Installer R et Python en suivant les instruction dans une [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+session02/jump_to_id/19c2b1de7766484bae73f3ab133463c6][ressource spécifique]]. +- Installer R et Python en suivant les instruction dans une [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+self-paced/jump_to_id/19c2b1de7766484bae73f3ab133463c6][ressource spécifique]]. - Télécharger et installer RStudio depuis le [[https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/#download][site RStudio]] en choisissant le bon système d'exploitation. - Télécharger et installer MiKTeX depuis le [[https://miktex.org/download][site MiKTeX]] en choisissant le bon @@ -93,11 +93,11 @@ ne sont pas toujours à jour : * Utiliser Git avec RStudio La première chose à faire est de configurer Git sur votre ordinateur. Pour ce faire, vous pouvez suivre la vidéo -[[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+session02/jump_to_id/7508aece244548349424dfd61ee3ba85][configurer Git pour Gitlab]] et le document +[[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+self-paced/jump_to_id/7508aece244548349424dfd61ee3ba85][configurer Git pour Gitlab]] et le document [[https://gitlab.inria.fr/learninglab/mooc-rr/mooc-rr-ressources/blob/master/module2/ressources/gitlab_fr.org][Git et Gitlab]] correspondant. Vous pourrez alors utiliser Git avec RStudio. Pour ce faire, vous -pouvez suivre la vidéo [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+session02/jump_to_id/d132a854b0464ad29085cedaded23136][RStudio - Gitlab]] dont les étapes +pouvez suivre la vidéo [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+self-paced/jump_to_id/d132a854b0464ad29085cedaded23136][RStudio - Gitlab]] dont les étapes sont reprises ci-dessous. /(Nous vous signalons aussi cette/ [[https://www.youtube.com/embed/uHYcDQDbMY8][vidéo]] /(en anglais) ainsi que le/ [[https://swcarpentry.github.io/git-novice/14-supplemental-rstudio/index.html][tuto @@ -123,7 +123,7 @@ Ouvrir RStudio et procéder comme suit : [[file:rstudio_images/clone.png]] #+END_CENTER - Si vous êtes derrière un proxy, il faut le définir dans Git (voir le - paragraphe "Gérer les proxy" de la page sur [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+session02/jump_to_id/7508aece244548349424dfd61ee3ba85][Git et Gitlab]]). + paragraphe "Gérer les proxy" de la page sur [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+self-paced/jump_to_id/7508aece244548349424dfd61ee3ba85][Git et Gitlab]]). - Git se connecte à Gitlab et récupère une copie complète du dépôt. - RStudio redémarre dans un mode lié à Git : #+BEGIN_CENTER diff --git a/module4/ressources/exo1.org b/module4/ressources/exo1.org index 036c71f86e34aa061072d10ddc68afbf11da2b8b..6c02282c44ace54c11e1fc2d090baefdb1a3b6db 100644 --- a/module4/ressources/exo1.org +++ b/module4/ressources/exo1.org @@ -45,7 +45,7 @@ faire à deux niveaux : logistique, il suffit de bien inspecter les sorties produites et de vérifier qu'elles correspondent bien aux valeurs attendues. Pour ceux qui ré-exécuteraient le notebook Python dans l'environnement - Jupyter du MOOC, n'hésitez pas à consulter [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+session02/jump_to_id/4ab5bb42ca1e45c8b0f349751b96d405][les ressources de la + Jupyter du MOOC, n'hésitez pas à consulter [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+self-paced/jump_to_id/4ab5bb42ca1e45c8b0f349751b96d405][les ressources de la section 4A du module 2]] qui expliquent comment y importer un notebook. 2. un niveau plus difficile pour ceux qui souhaiteront le réécrire @@ -127,7 +127,7 @@ You will find there our replications of the computations by Dallal /et al./ (in R), one in Python and one in R (very similar to what you have used in module 2). This exercise can be done at two levels: -1. an easy level at which you start from the code in the language that you did not use initially, and content yourself with re-executin it. This doesn't require mastering logistic regression, it is sufficien to inspect the outputs produced and check that they correspond to the expected values. For those who want to re-execute the Python notebook in our MOOC's Jupyter environment, check [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+session02/jump_to_id/4ab5bb42ca1e45c8b0f349751b96d405][the resources for sequence 4A of module 2]] that explain how to import a notebook. +1. an easy level at which you start from the code in the language that you did not use initially, and content yourself with re-executin it. This doesn't require mastering logistic regression, it is sufficien to inspect the outputs produced and check that they correspond to the expected values. For those who want to re-execute the Python notebook in our MOOC's Jupyter environment, check [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+self-paced/jump_to_id/4ab5bb42ca1e45c8b0f349751b96d405][the resources for sequence 4A of module 2]] that explain how to import a notebook. 2. a more difficult level at which you rewrite the analysis completely, possibly in a different language than Python or R, which makes the exercise more interesting because we have not tested such variants. If logistic regression is not already implemented for your language, you will need a good understanding of it in order to write the code yourself, which of course makes the exercise even more instructive. You can discuss your successes or failures on the forum, after following these instructions: diff --git a/module4/ressources/exo2.org b/module4/ressources/exo2.org index 4878ecf415532f9c875ab2f8d0a21f896b150e1e..168ba4a649f6706c59032cf32f1226379c736c35 100644 --- a/module4/ressources/exo2.org +++ b/module4/ressources/exo2.org @@ -16,7 +16,7 @@ sera peut-être également votre cas ! 1. Pour ceux qui ont suivi le parcours Jupyter, recréez l'environnement du MOOC sur votre propre machine en suivant les instructions données - [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+session02/jump_to_id/4ab5bb42ca1e45c8b0f349751b96d405][dans les ressources de la section 4A du module 2]]. + [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+self-paced/jump_to_id/4ab5bb42ca1e45c8b0f349751b96d405][dans les ressources de la section 4A du module 2]]. 2. Vérifiez si vous obtenez bien les mêmes résultats que ceux attendus. 3. Mettez à jour (vers le haut ou vers la bas) cet environnement et @@ -33,7 +33,7 @@ on the Jupyter environment that we had installed for the MOOC. Maybe that will happen to you as well! 1. For those you followed the Jupyter path, re-create the MOOC's Jupyter environment on your own computer by following the instructions given - [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+session02/jump_to_id/4ab5bb42ca1e45c8b0f349751b96d405][in the resource section of sequence 4A of module 2]]. + [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+self-paced/jump_to_id/4ab5bb42ca1e45c8b0f349751b96d405][in the resource section of sequence 4A of module 2]]. 2. Check if you get the same results as in the MOOC environment. 3. Update this environment, increasing or decreasing some package's version numbers, and check if the results are still the same.