diff --git a/module2/slides/ressources_fr.org b/module2/slides/ressources_fr.org index bbb334d4733dc3f6a60286283cf067ff65402e4b..b133e5770840a50e667ba0036f5a12ddbaf9f8bc 100644 --- a/module2/slides/ressources_fr.org +++ b/module2/slides/ressources_fr.org @@ -1,8 +1,85 @@ # -*- mode: org -*- -#+TITLE: FIXME Computational Documents +#+TITLE: Le document computationnel #+DATE: June, 2018 #+STARTUP: overview indent #+OPTIONS: num:nil toc:t #+PROPERTY: header-args :eval never-export * Table des matières :TOC: +- [[#m2-s0-le-document-computationnel][M2-S0: Le document computationnel]] +- [[#m2-s1-exemples-récents-détudes-assez-discutées][M2-S1: Exemples récents d'études assez discutées]] + - [[#économie-politiques-daustérité][Économie: Politiques d'austérité]] + - [[#les-irm-fonctionnelles][Les IRM fonctionnelles]] + - [[#les-fausses-structures-de-protéines][Les fausses structures de protéines]] + - [[#autres-domaines][Autres domaines]] +- [[#m2-s2-pourquoi-est-ce-difficile][M2-S2: Pourquoi est-ce difficile?]] + - [[#les-erreurs-classiques][Les erreurs classiques]] + - [[#tout-rendre-publique][Tout rendre publique ?]] +- [[#m2-s3-le-document-computationnel-principe][M2-S3: Le document computationnel : principe]] +- [[#m2-s5-travailler-avec-les-autres][M2-S5: Travailler avec les autres]] + - [[#préparation-dun-document-pour-un-journal-ou-pour-une-conférence][Préparation d'un document pour un journal ou pour une conférence]] +- [[#m2-s6-analyse-comparée-des-différents-outils][M2-S6: Analyse comparée des différents outils]] + - [[#exemples-de-document-org-mode][Exemples de document Org-Mode]] + +* M2-S0: Le document computationnel +* M2-S1: Exemples récents d'études assez discutées +** Économie: Politiques d'austérité +- [[https://en.wikipedia.org/wiki/Growth_in_a_Time_of_Debt][Reinhart et Rogoff]]: /Growth in a Time of Debt/ +- Herndon, Ash et Pollin +- Wray: combining data across centuries, exchange rate regimes, +** Les IRM fonctionnelles +- 2010: [[https://www.researchgate.net/publication/255651552_Neural_correlates_of_interspecies_perspective_taking_in_the_post-mortem_Atlantic_Salmon_an_argument_for_multiple_comparisons_correction][Bennett et al.: le saumon mort]] \smiley +- 2016: [[http://www.pnas.org/content/113/28/7900.abstract][Eklund, Nichols, and Knutsson]]. [[http://www.sciencealert.com/a-bug-in-fmri-software-could-invalidate-decades-of-brain-research-scientists-discover][Un bug dans les logiciels d'IRM + pourrait invalider 15 années de recherche sur le cerveau]] (/40 000 articles/) +- 2016: C'est [[https://www.cogneurosociety.org/debunking-the-myth-that-fmri-studies-are-invalid/][plus subtil que ça]]. [[http://blogs.warwick.ac.uk/nichols/entry/bibliometrics_of_cluster/][D'après Nichols, un des auteurs de + l'article d'origine]], c'est plutôt de l'ordre de /3 600 études qui + seraient potentiellement impactées/. +** Les fausses structures de protéines +[[https://people.ligo-wa.caltech.edu/~michael.landry/calibration/S5/getsignright.pdf][A "buggy software"]]. +** Autres domaines +- [[http://www.nature.com/nrd/journal/v10/n9/full/nrd3439-c1.html?foxtrotcallback=true][Oncologie]]: "/half of published studies, even in prestigious journals, + can't be reproduced in industrial labs/" +- [[http://theconversation.com/we-found-only-one-third-of-published-psychology-research-is-reliable-now-what-46596][Psychologie]]: "/attempting to reproduce 100 previously published + findings/, /only one-third of published psychology research was found + to be reliable/" +* M2-S2: Pourquoi est-ce difficile? +** Les erreurs classiques +- [[http://theconversation.com/how-computers-broke-science-and-what-we-can-do-to-fix-it-49938][Enquoi les ordinateurs ont "cassé" la science]] +- [[https://qz.com/768334/years-of-genomics-research-is-riddled-with-errors-thanks-to-a-bunch-of-botched-excel-spreadsheets/][Erreurs de programmation et de manipulation de données en génomique]] +** Tout rendre publique ? +- Quelqu'un pourrait [[http://www.nature.com/news/the-top-100-papers-1.16224][tirer parti de mon dur labeur]] +* M2-S3: Le document computationnel : principe +* M2-S5: Travailler avec les autres +** Préparation d'un document pour un journal ou pour une conférence +De quoi aurez-vous besoin pour produire un document *pdf*: +- En interne: /pandoc/, /knitr/ ou /emacs/org-mode/. +- /LaTeX/ devra aussi être installé +Voici quelques billets intéressants sur le sujet: + - http://blog.juliusschulz.de/blog/ultimate-ipython-notebook + - https://github.com/kirbs-/hide_code is a must-have + - http://svmiller.com/blog/2016/02/svm-r-markdown-manuscript/ + - https://github.com/balouf/Kleinberg/blob/master/KleinbergsGridSimulator.ipynb +* M2-S6: Analyse comparée des différents outils +** [[file:../ressources/orgmode_examples/README_fr.org][Exemples de document Org-Mode]] +# ** Bonus: expériences vécues + +# Éléments clés lors du choix: +# - Simplicité de prise en main vs. vrai éditeur +# - Où sont fait les calculs +# - Multi-langage +# - http://carreau.github.io/posts/23-Cross-Language-Integration.html +# - Gestion des langages compilés +# - Notions de caches et d'état + +# Les principaux outils actuels: +# - jupyter +# - rstudio +# - org-mode + +# Limitations: +# - Longs calculs +# - Grands documents +# - Solutions wysiwyg pour jupyter + +# Historique/diff un peu compliqué pour jupyter +