Commit c14a5a87 authored by Arnaud Legrand's avatar Arnaud Legrand

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<h2>Table of Contents</h2>
<div id="text-table-of-contents">
<ul style="margin:0 0;">
<li style="margin-bottom:0;"><a href="#org2e2b81c">Exercice 1: Ré-exécuter n'est pas répliquer&#x2026;</a></li>
<li style="margin-bottom:0;"><a href="#org8ebadd7">Exercice 1 : Ré-exécuter n'est pas répliquer&#x2026;</a></li>
</ul>
</div>
</div>
<div id="outline-container-org2e2b81c" class="outline-2">
<h2 id="org2e2b81c">Exercice 1: Ré-exécuter n'est pas répliquer&#x2026;</h2>
<div class="outline-text-2" id="text-org2e2b81c">
<div id="outline-container-org8ebadd7" class="outline-2">
<h2 id="org8ebadd7">Exercice 1 : Ré-exécuter n'est pas répliquer&#x2026;</h2>
<div class="outline-text-2" id="text-org8ebadd7">
<p>
Même si la terminologie peut varier d'un auteur ou d'une communauté à
l'autre, il est important de comprendre que l'on peut distinguer
différent niveau de "réplication" selon que l'on s'est contenté de
différents niveaux de "réplication" selon que l'on s'est contenté de
vérifier que l'on pouvait ré-exécuter le code et obtenir exactement les
mêmes résultats ou bien que l'on arrivait à reproduire des résultats
similaires en suivant une approche similaire (éventuellement avec un
autre langage, une autre méthode de calcul, etc.). À Ce sujet, vous
autre langage, une autre méthode de calcul, etc.). À ce sujet, vous
pourrez vouloir par exemple lire <a href="https://arxiv.org/abs/1708.08205">https://arxiv.org/abs/1708.08205</a>.
</p>
<p>
Le diable se cache souvent dans des endroits auxquels on ne penserait
jamais et nous sommes nous-mêmes allés de surprise en surprise en
Le diable se cache souvent dans des endroits auxquels on n'aurait jamais
pensé et nous sommes nous-mêmes allés de surprise en surprise en
préparant ce MOOC, notamment avec l'exercice du module 2 sur
Challenger. C'est pourquoi nous vous proposons dans cet exercice, de
refaire une partie de l'analyse des données de Challenger, comme l'ont
fait Siddhartha Dallal et ses co-auteurs il y a presque 30 ans dans
leur article <i>Risk Analysis of the Space Shuttle: Pre-Challenger
Prediction of Failure</i> et publié dans le <i>Journal of the American
Statistical Association</i> (Vol. 84, No. 408, Déc., 1989), mais dans
dans un autre langage de votre choix (Python, R, Julia, SAS,
&#x2026;).
Statistical Association</i> (Vol. 84, No. 408, Déc., 1989) mais dans un autre langage de votre choix (Python, R, Julia, SAS&#x2026;).
</p>
<p>
Nous savons d'expérience que si les estimations de pente et
d'intercept sont généralement les mêmes, on peut avoir des différences
lorsque l'on regarde un peu plus dans les détails les estimateurs de
variance et le R<sup>2</sup>. Il peut également y avoir des surprises dans le
lorsque l'on regarde les estimateurs de variance et le R<sup>2</sup> un peu plus
dans les détails. Il peut également y avoir des surprises dans le
graphique final selon les versions de bibliothèques utilisées.
</p>
<p>
L'ensemble des calculs à effectuer est décrit ici avec les
indications sur comment contribuer:
indications sur comment contribuer :
<a href="https://app-learninglab.inria.fr/gitlab/moocrr-session1/moocrr-reproducibility-study/">https://app-learninglab.inria.fr/gitlab/moocrr-session1/moocrr-reproducibility-study/</a>
</p>
<p>
Vous y trouverez notre réplication des calculs de Dallal et al. (en
R), une mise en œuvre en python et une en R (très similaires à ce que
Vous y trouverez notre réplication des calculs de Dallal <i>et al.</i> (en
R), une mise en œuvre en Python et une en R (très similaires à ce que
vous avez pu utiliser dans le module 2). Cet exercice peut donc se
faire à deux niveaux:
faire à deux niveaux :
</p>
<ol class="org-ol">
<li style="margin-bottom:0;">un niveau facile pour ceux qui repartiront du code dans le langage
......@@ -67,17 +65,17 @@ Jupyter du MOOC, n'hésitez pas à consulter <a href="https://www.fun-mooc.fr/co
section 4A du module 2</a> qui expliquent comment y importer un
notebook.</li>
<li style="margin-bottom:0;">un niveau plus difficile pour ceux qui souhaiteront le réécrire
complètement (éventuellement dans un autre langage que R ou python,
complètement (éventuellement dans un autre langage que R ou Python,
l'expérience peut être d'autant plus intéressante que nous n'avons
pas testé ces variations). Là, si les fonctions de calcul d'une
régression logistique ne sont pas présente, il y a par contre
régression logistique ne sont pas présentes, il y a par contre
intérêt à en savoir un minimum pour pouvoir les
implémenter. L'exercice en est d'autant plus instructif.</li>
</ol>
<p>
Vous pourrez alors discuter sur le forum des succès et des échecs que
vous avez pu rencontrer. Pour cela:
vous aurez pu rencontrer. Pour cela :
</p>
<ul class="org-ul">
<li style="margin-bottom:0;"><b>Vous publierez auparavant dans votre dépôt les différents notebooks</b>
......@@ -87,7 +85,7 @@ bibliothèques installées.</li>
<li style="margin-bottom:0;">Vous indiquerez votre résultat (que ça soit un succès ou échec à
obtenir les mêmes résultats) en <b>remplissant ce <a href="https://app-learninglab.inria.fr/gitlab/moocrr-session1/moocrr-reproducibility-study/blob/master/results.md">tableau</a></b> (vous avez
les droits d'édition donc il vous suffit d'éditer les fichiers via
l'interface GitLab). Vous vérifierez les valeurs obtenues pour
l'interface GitLab). Vous vérifierez les valeurs obtenues pour :
<ol class="org-ol">
<li style="margin-bottom:0;">les coefficients de la pente et de l'intercept</li>
<li style="margin-bottom:0;">les estimations d'erreur de ces coefficients</li>
......@@ -96,7 +94,7 @@ l'interface GitLab). Vous vérifierez les valeurs obtenues pour
<li style="margin-bottom:0;">la zone de confiance</li>
</ol></li>
<li style="margin-bottom:0;"><p>
Pour chacun vous indiquerez si le résultat est:
Pour chacun vous indiquerez si le résultat est :
</p>
<ul class="org-ul">
<li style="margin-bottom:0;">identique</li>
......@@ -105,16 +103,16 @@ Pour chacun vous indiquerez si le résultat est:
<li style="margin-bottom:0;">non fonctionnel (pas de résultat obtenu)</li>
</ul>
<p>
Vous indiquerez également dans ce tableau:
Vous indiquerez également dans ce tableau :
</p>
<ul class="org-ul">
<li style="margin-bottom:0;">Un lien vers votre espace gitlab contenant les différents notebooks</li>
<li style="margin-bottom:0;">Le nom du système d'exploitation utilisé</li>
<li style="margin-bottom:0;">Le langage utilisé et son numéro de version</li>
<li style="margin-bottom:0;">Les numéros des principales bibliothèques utilisées
<li style="margin-bottom:0;">un lien vers votre espace gitlab contenant les différents notebooks</li>
<li style="margin-bottom:0;">le nom du système d'exploitation utilisé</li>
<li style="margin-bottom:0;">le langage utilisé et son numéro de version</li>
<li style="margin-bottom:0;">les numéros des principales bibliothèques utilisées
<ul class="org-ul">
<li style="margin-bottom:0;">Python: numpy, pandas, matplotlib, statsmodels, &#x2026;</li>
<li style="margin-bottom:0;">R: BLAS, ggplot, dplyr si chargées</li>
<li style="margin-bottom:0;">Python : numpy, pandas, matplotlib, statsmodels&#x2026;</li>
<li style="margin-bottom:0;">R : BLAS, ggplot, dplyr si chargées</li>
</ul></li>
</ul></li>
</ul>
......
......@@ -3,37 +3,37 @@
<h2>Table of Contents</h2>
<div id="text-table-of-contents">
<ul style="margin:0 0;">
<li style="margin-bottom:0;"><a href="#org849e37b">Exercice 2: L'importance de l'environnement</a></li>
<li style="margin-bottom:0;"><a href="#org6a2b669">Exercice 2 : L'importance de l'environnement</a></li>
</ul>
</div>
</div>
<div id="outline-container-org849e37b" class="outline-2">
<h2 id="org849e37b">Exercice 2: L'importance de l'environnement</h2>
<div class="outline-text-2" id="text-org849e37b">
<div id="outline-container-org6a2b669" class="outline-2">
<h2 id="org6a2b669">Exercice 2 : L'importance de l'environnement</h2>
<div class="outline-text-2" id="text-org6a2b669">
<p>
Dans cet exercice, nous vous proposons de reprendre l'exercice
précédent mais en mettant à jour l'environnement de calcul. En effet,
nous avons rencontré des surprises en préparant ce MOOC puisqu'il nous
est arrivé d'avoir des résultats différents entre nos machines et
l'environnement jupyter que nous avions mis en place pour le MOOC. Ça
sera peut-être également votre cas!
l'environnement Jupyter que nous avions mis en place pour le MOOC. Ça
sera peut-être également votre cas !
</p>
<ol class="org-ol">
<li style="margin-bottom:0;">Pour ceux qui ont suivi le parcours jupyter, recréer
<li style="margin-bottom:0;">Pour ceux qui ont suivi le parcours Jupyter, recréez
l'environnement du MOOC sur votre propre machine en suivant les
instructions données
<a href="https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+session01bis/jump_to_id/4ab5bb42ca1e45c8b0f349751b96d405">dans les ressources de la section 4A du module 2</a>.</li>
<li style="margin-bottom:0;">Vérifier si vous obtenez bien les même résultats que ceux
<li style="margin-bottom:0;">Vérifiez si vous obtenez bien les mêmes résultats que ceux
attendus.</li>
<li style="margin-bottom:0;">Mettre à jour (vers le haut ou vers la bas) cet environnement et
vérifier si vous obtenez les mêmes résultats</li>
<li style="margin-bottom:0;">Mettez à jour (vers le haut ou vers la bas) cet environnement et
vérifiez si vous obtenez les mêmes résultats.</li>
</ol>
<p>
Comme précédemment, vous mettrez à jour le <a href="https://app-learninglab.inria.fr/gitlab/moocrr-session1/moocrr-reproducibility-study/blob/master/results.md">tableau</a> et vous discuterez
sur le forum des succès et des échec que vous aurez rencontrés.
sur le forum des succès et des échecs que vous aurez rencontrés.
</p>
</div>
</div>
......
......@@ -3,14 +3,14 @@
<h2>Table of Contents</h2>
<div id="text-table-of-contents">
<ul style="margin:0 0;">
<li style="margin-bottom:0;"><a href="#org5af9c4a">Exercice 3: Répliquer un papier de Rescience</a></li>
<li style="margin-bottom:0;"><a href="#orgc1ee0b6">Exercice 3 : Répliquer un papier de Rescience</a></li>
</ul>
</div>
</div>
<div id="outline-container-org5af9c4a" class="outline-2">
<h2 id="org5af9c4a">Exercice 3: Répliquer un papier de Rescience</h2>
<div class="outline-text-2" id="text-org5af9c4a">
<div id="outline-container-orgc1ee0b6" class="outline-2">
<h2 id="orgc1ee0b6">Exercice 3 : Répliquer un papier de Rescience</h2>
<div class="outline-text-2" id="text-orgc1ee0b6">
<p>
Rescience (<a href="http://rescience.github.io/">http://rescience.github.io/</a>) est un journal de sciences
computationnelles entièrement ouvert dont l'objectif est d'encourager
......
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