--- TITLE: Rstudio Date: Tue Feb 19 19:19:03 2019 --- Table des matières =============================================================== - [Installer RStudio](#installer-rstudio) - [Linux (debian, ubuntu)](#linux-debian-ubuntu) - [Mac OSX and Windows](#mac-osx-and-windows) - [Documentation RStudio](#documentation-rstudio) - [Utiliser Git avec RStudio](#utiliser-git-avec-rstudio) - [Cloner un dépôt](#cloner-un-dépôt) - [Modifier un fichier](#modifier-un-fichier) Installer RStudio ================= Linux (debian, ubuntu) ---------------------- Nous ne fournissons ici que des instructions pour les distributions basées sur Debian. N’hésitez pas à contribuer à ce document en fournissant des informations à jour sur les autres distributions (RedHat, Fedora, par exemple). Aujourd'hui, les versions stables des distributions les plus courantes fournissent des versions assez récentes de R : - Debian (stretch) est livré avec [R 3.3.3-1](https://packages.debian.org/stretch/r-base), [knitr 1.15.1](https://packages.debian.org/stretch/r-cran-knitr), et [ggplot 2.2.1](https://packages.debian.org/stretch/r-cran-ggplot2) - Ubuntu (bionic 18.04) est livré avec [R 3.4.4](https://packages.ubuntu.com/bionic/r-base), [knitr 1.17](https://packages.ubuntu.com/bionic/r-cran-knitr), et [ggplot 2.2.1](https://packages.ubuntu.com/bionic/r-cran-ggplot2) - Ubuntu (artful 17.04) est livré avec [R 3.4.2](https://packages.ubuntu.com/artful/r-base), [knitr 1.15](https://packages.ubuntu.com/artful/r-cran-knitr), et [ggplot 2.2.1](https://packages.ubuntu.com/artful/r-cran-ggplot2) Si votre distribution est plus ancienne, c'est peut-être l'occasion de la mettre à jour... ### Installer R Pour commencer, vous devez installer le langage R et quelques packages en exécutant (à la racine) : ``` shell apt-get update ; sudo apt-get install r-base r-cran-knitr r-cran-ggplot2 ``` Si l'installation de `r-cran-knitr` ou `r-cran-gplot2` échoue, vous pouvez également installer ces packages manuellement en exécutant les commandes suivantes sous R (ou RStudio) : ``` r install.packages("knitr") install.packages("ggplot2") ``` Si vous envisagez d'exporter des documents pdf avec LaTeX, il faudra probablement aussi exécuter (à la racine) : ``` shell apt-get update ; apt-get install texlive-base ``` ### Installer RStudio RStudio n’est malheureusement pas intégré à Debian. Le plus simple est de télécharger le paquet Debian correspondant sur le [site RStudio](https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/#download), puis de l’installer manuellement (vous devrez peut-être adapter le numéro de version) : ``` shell cd /tmp/ wget https://download1.rstudio.org/rstudio-xenial-1.1.453-amd64.deb sudo dpkg -i rstudio-xenial-1.1.453-amd64.deb sudo apt-get update ; sudo apt-get -f install # to fix possibly missing dependencies ``` Mac OSX and Windows ------------------- - Télécharger et installer R depuis le [site CRAN](https://cran.r-project.org/) en choisissant le bon système d'exploitation. - Télécharger et installer RStudio depuis le [site RStudio](https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/#download) en choisissant le bon système d'exploitation. - Télécharger et installer MiKTeX depuis le [site MiKTeX](https://miktex.org/download) en choisissant le bon système d'exploitation. Vous serez amené à installer différents packages lors du premier export pdf. - Ouvrir RStudio et exécuter les commandes suivantes dans la console pour installer `knitr` et `ggplot2` ``` r install.packages("knitr", dep=TRUE) install.packages("ggplot2", dep=TRUE) ``` Documentation RStudio ===================== L’équipe de RStudio a créé différents matériels et tutoriels très bien faits. Nous vous recommandons de consulter les [fiches mémo](https://www.rstudio.com/resources/cheatsheets/). En particulier, vous pourriez être intéressés par celles-ci : - [RStudio IDE](https://github.com/rstudio/cheatsheets/raw/master/rstudio-ide.pdf), - [R Markdown](https://github.com/rstudio/cheatsheets/raw/master/rmarkdown-2.0.pdf) (here is also a [nice step-by-step presentation of Rmarkdown](https://rmarkdown.rstudio.com/)), - The [R Markdown Reference guide](https://www.rstudio.com/wp-content/uploads/2015/03/rmarkdown-reference.pdf), - [Data visualization with ggplot2](https://github.com/rstudio/cheatsheets/raw/master/data-visualization-2.1.pdf), - [Data transformation with dplyr](https://github.com/rstudio/cheatsheets/raw/master/data-transformation.pdf) Voici aussi les versions françaises de certains documents mais elles ne sont pas toujours à jour : - [IDE RStudio](https://github.com/rstudio/cheatsheets/raw/master/translations/french/rstudio-IDE-cheatsheet.pdf) - [Visualisation de données avec ggplot2](https://github.com/rstudio/cheatsheets/raw/master/translations/french/ggplot2-french-cheatsheet.pdf) - [Transformation de données avec dplyr](https://github.com/rstudio/cheatsheets/raw/master/translations/french/data-wrangling-french.pdf) - [Un court document sur R Markdown](https://www.fun-mooc.fr/c4x/UPSUD/42001S02/asset/RMarkdown.pdf) Utiliser Git avec RStudio ========================= La première chose à faire est de configurer Git sur votre ordinateur. Pour ce faire, vous pouvez suivre la vidéo [configurer Git pour Gitlab](https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+session02/jump_to_id/7508aece244548349424dfd61ee3ba85) (en français) et le document [Git et Gitlab](https://gitlab.inria.fr/learninglab/mooc-rr/mooc-rr-ressources/blob/master/module2/ressources/gitlab_fr.org) correspondant (en français). Vous pourrez alors utiliser Git avec RStudio. Pour ce faire, vous pouvez suivre la vidéo [RStudio - Gitlab](https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+session02/jump_to_id/d132a854b0464ad29085cedaded23136) (en français) dont les étapes sont reprises ci-dessous. *(Nous vous signalons aussi cette* [vidéo](https://www.youtube.com/embed/uHYcDQDbMY8) *(en anglais) ainsi que le* [tuto pas à pas](https://swcarpentry.github.io/git-novice/14-supplemental-rstudio/index.html) *(en anglais) de Software Carpentry.)* Cloner un dépôt --------------- Ouvrir RStudio et procéder comme suit : - Créer un nouveau projet sous contrôle de version : `File / New Project / Version Control` ![](rstudio_images/new_project.png) ![](rstudio_images/git.png) - Récupérer l'URL du dépôt Gitlab ![](rstudio_images/adresse_depot.png) - Indiquez cette URL dans le champ "Repository URL" *(vous voudrez* *peut-être préfixer cette URL avec `xxx@` où `xxx` est votre identifiant* *Gitlab pour éviter d'avoir à le ressaisir ultérieurement)*. ![](rstudio_images/clone.png) - Si vous êtes derrière un proxy, il faut le définir dans Git (voir le paragraphe "Gérer les proxy" de la page sur [Git et Gitlab](https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+session02/jump_to_id/7508aece244548349424dfd61ee3ba85)). - Git se connecte à Gitlab et récupère une copie complète du dépôt. - RStudio redémarre dans un mode lié à Git : ![](rstudio_images/rstudio.png) - Le gestionnaire de fichiers à droite vous permet de parcourir le dépôt sous contrôle de version. Modifier un fichier ------------------- - Ouvrir le fichier `Module2/exo1/toy_document.Rmd` et le modifier. - Enregistrer. - Aller dans le menu Git pour effectuer le commit. ![](rstudio_images/commit.png) ![](rstudio_images/commit2.png) - Sélectionner les lignes à commiter puis cliquer sur `commit`. ![](rstudio_images/commit5.png) Les modifications ont été commitées uniquement sur la machine. Elles n'ont pas été propagées sur Gitlab. - Cliquer sur `push` pour les propager sur Gitlab. ![](rstudio_images/push.png) ![](rstudio_images/push2.png) ![](rstudio_images/push3.png) **NB :** Vous ne pouvez pas propager vos modifications sur GitLab si des modifications ont été faites sur GitLab entre-temps. ![](rstudio_images/push4.png) - Il faut d’abord récupérer ces modifications distantes sur votre machine locale. Pour ce faire cliquer sur `pull`.