# -*- mode: org -*- #+TITLE: Rstudio #+DATE: June, 2018 #+STARTUP: overview indent #+OPTIONS: num:nil toc:t * Table des matières :TOC: - [[#installer-rstudio][Installer RStudio]] - [[#linux-debian-ubuntu][Linux (debian, ubuntu)]] - [[#mac-osx-and-windows][Mac OSX and Windows]] - [[#documentation-rstudio][Documentation RStudio]] - [[#utiliser-git-avec-rstudio][Utiliser Git avec RStudio]] - [[#cloner-un-dépôt][Cloner un dépôt]] - [[#modifier-un-fichier][Modifier un fichier]] * Installer RStudio ** Linux (debian, ubuntu) Nous ne fournissons ici que des instructions pour les distributions basées sur Debian. N’hésitez pas à contribuer à ce document en fournissant des informations à jour sur les autres distributions (RedHat, Fedora, par exemple). Aujourd'hui, les versions stables des distributions les plus courantes fournissent des versions assez récentes de R : - Debian (stretch) est livré avec [[https://packages.debian.org/stretch/r-base][R 3.3.3-1]], [[https://packages.debian.org/stretch/r-cran-knitr][knitr 1.15.1]], et [[https://packages.debian.org/stretch/r-cran-ggplot2][ggplot 2.2.1]] - Ubuntu (bionic 18.04) est livré avec [[https://packages.ubuntu.com/bionic/r-base][R 3.4.4]], [[https://packages.ubuntu.com/bionic/r-cran-knitr][knitr 1.17]], et [[https://packages.ubuntu.com/bionic/r-cran-ggplot2][ggplot 2.2.1]] - Ubuntu (artful 17.04) est livré avec [[https://packages.ubuntu.com/artful/r-base][R 3.4.2]], [[https://packages.ubuntu.com/artful/r-cran-knitr][knitr 1.15]], et [[https://packages.ubuntu.com/artful/r-cran-ggplot2][ggplot 2.2.1]] Si votre distribution est plus ancienne, c'est peut-être l'occasion de la mettre à jour... *** Installer R Pour commencer, vous devez installer le langage R et quelques packages en exécutant (à la racine) : #+BEGIN_SRC shell apt-get update ; sudo apt-get install r-base r-cran-knitr r-cran-ggplot2 #+END_SRC Si l'installation de =r-cran-knitr= ou =r-cran-gplot2= échoue, vous pouvez également installer ces packages manuellement en exécutant les commandes suivantes sous R (ou RStudio) : #+BEGIN_SRC R install.packages("knitr") install.packages("ggplot2") #+END_SRC Si vous envisagez d'exporter des documents pdf avec LaTeX, il faudra probablement aussi exécuter (à la racine) : #+begin_src shell :results output :exports both apt-get update ; apt-get install texlive-base #+end_src *** Installer RStudio RStudio n’est malheureusement pas intégré à Debian. Le plus simple est de télécharger le paquet Debian correspondant sur le [[https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/#download][site RStudio]], puis de l’installer manuellement (vous devrez peut-être adapter le numéro de version) : #+BEGIN_SRC shell cd /tmp/ wget https://download1.rstudio.org/rstudio-xenial-1.1.453-amd64.deb sudo dpkg -i rstudio-xenial-1.1.453-amd64.deb sudo apt-get update ; sudo apt-get -f install # to fix possibly missing dependencies #+END_SRC ** Mac OSX and Windows - Installer R et Python en suivant les instruction dans une [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+self-paced/jump_to_id/19c2b1de7766484bae73f3ab133463c6][ressource spécifique]]. - Télécharger et installer RStudio depuis le [[https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/#download][site RStudio]] en choisissant le bon système d'exploitation. - Télécharger et installer MiKTeX depuis le [[https://miktex.org/download][site MiKTeX]] en choisissant le bon système d'exploitation. Vous serez amené à installer différents packages lors du premier export pdf. - Ouvrir RStudio et exécuter les commandes suivantes dans la console pour installer =knitr= et =ggplot2= #+BEGIN_SRC R install.packages("knitr", dep=TRUE) install.packages("ggplot2", dep=TRUE) #+END_SRC * Documentation RStudio L’équipe de RStudio a créé différents matériels et tutoriels très bien faits. Nous vous recommandons de consulter les [[https://www.rstudio.com/resources/cheatsheets/][fiches mémo]]. En particulier, vous pourriez être intéressés par celles-ci : - [[https://github.com/rstudio/cheatsheets/raw/master/rstudio-ide.pdf][RStudio IDE]], - [[https://github.com/rstudio/cheatsheets/raw/master/rmarkdown-2.0.pdf][R Markdown]] (here is also a [[https://rmarkdown.rstudio.com/][nice step-by-step presentation of Rmarkdown]]), - The [[https://www.rstudio.com/wp-content/uploads/2015/03/rmarkdown-reference.pdf][R Markdown Reference guide]], - [[https://github.com/rstudio/cheatsheets/raw/master/data-visualization-2.1.pdf][Data visualization with ggplot2]], - [[https://github.com/rstudio/cheatsheets/raw/master/data-transformation.pdf][Data transformation with dplyr]] Voici aussi les versions françaises de certains documents mais elles ne sont pas toujours à jour : - [[https://github.com/rstudio/cheatsheets/raw/master/translations/french/rstudio-IDE-cheatsheet.pdf][IDE RStudio]] - [[https://github.com/rstudio/cheatsheets/raw/master/translations/french/ggplot2-french-cheatsheet.pdf][Visualisation de données avec ggplot2]] - [[https://github.com/rstudio/cheatsheets/raw/master/translations/french/data-wrangling-french.pdf][Transformation de données avec dplyr]] - [[https://www.fun-mooc.fr/c4x/UPSUD/42001S02/asset/RMarkdown.pdf][Un court document sur R Markdown]] * Utiliser Git avec RStudio La première chose à faire est de configurer Git sur votre ordinateur. Pour ce faire, vous pouvez suivre la vidéo [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+self-paced/jump_to_id/7508aece244548349424dfd61ee3ba85][configurer Git pour Gitlab]] et le document [[https://gitlab.inria.fr/learninglab/mooc-rr/mooc-rr-ressources/blob/master/module2/ressources/gitlab_fr.org][Git et Gitlab]] correspondant. Vous pourrez alors utiliser Git avec RStudio. Pour ce faire, vous pouvez suivre la vidéo [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+self-paced/jump_to_id/d132a854b0464ad29085cedaded23136][RStudio - Gitlab]] dont les étapes sont reprises ci-dessous. /(Nous vous signalons aussi cette/ [[https://www.youtube.com/embed/uHYcDQDbMY8][vidéo]] /(en anglais) ainsi que le/ [[https://swcarpentry.github.io/git-novice/14-supplemental-rstudio/index.html][tuto pas à pas]] /(en anglais) de Software Carpentry.)/ ** Cloner un dépôt Ouvrir RStudio et procéder comme suit : - Créer un nouveau projet sous contrôle de version : =File / New Project / Version Control= #+BEGIN_CENTER [[file:rstudio_images/new_project.png]] [[file:rstudio_images/git.png]] #+END_CENTER - Récupérer l'URL du dépôt Gitlab #+BEGIN_CENTER [[file:rstudio_images/adresse_depot.png]] #+END_CENTER - Indiquez cette URL dans le champ "Repository URL" /(vous voudrez/ /peut-être préfixer cette URL avec =xxx@= où =xxx= est votre identifiant/ /Gitlab pour éviter d'avoir à le ressaisir ultérieurement)/. #+BEGIN_CENTER [[file:rstudio_images/clone.png]] #+END_CENTER - Si vous êtes derrière un proxy, il faut le définir dans Git (voir le paragraphe "Gérer les proxy" de la page sur [[https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+self-paced/jump_to_id/7508aece244548349424dfd61ee3ba85][Git et Gitlab]]). - Git se connecte à Gitlab et récupère une copie complète du dépôt. - RStudio redémarre dans un mode lié à Git : #+BEGIN_CENTER [[file:rstudio_images/rstudio.png]] #+END_CENTER - Le gestionnaire de fichiers à droite vous permet de parcourir le dépôt sous contrôle de version. ** Modifier un fichier - Ouvrir le fichier =Module2/exo1/toy_document.Rmd= et le modifier. - Enregistrer. - Aller dans le menu Git pour effectuer le commit. #+BEGIN_CENTER [[file:rstudio_images/commit.png]] [[file:rstudio_images/commit2.png]] #+END_CENTER - Sélectionner les lignes à commiter puis cliquer sur =commit=. #+BEGIN_CENTER [[file:rstudio_images/commit5.png]] #+END_CENTER Les modifications ont été commitées uniquement sur la machine. Elles n'ont pas été propagées sur Gitlab. - Cliquer sur =push= pour les propager sur Gitlab. #+BEGIN_CENTER [[file:rstudio_images/push.png]] [[file:rstudio_images/push2.png]] [[file:rstudio_images/push3.png]] #+END_CENTER N.B. : Vous ne pouvez pas propager vos modifications sur GitLab si des modifications ont été faites sur GitLab entre-temps. #+BEGIN_CENTER [[file:rstudio_images/push4.png]] #+END_CENTER - Il faut d’abord récupérer ces modifications distantes sur votre machine locale. Pour ce faire cliquer sur =pull=.