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title:     Rstudio
date:   Tue Feb 19 19:19:03 2019 
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# Table des matières <span class="tag" data-tag-name="TOC"><span class="smallcaps">TOC</span></span>

  - [Installer RStudio](#installer-rstudio)
      - [Linux (debian, ubuntu)](#linux-debian-ubuntu)
      - [Mac OSX and Windows](#mac-osx-and-windows)
  - [Documentation RStudio](#documentation-rstudio)
  - [Utiliser Git avec RStudio](#utiliser-git-avec-rstudio)
      - [Cloner un dépôt](#cloner-un-dépôt)
      - [Modifier un fichier](#modifier-un-fichier)

# Installer RStudio

## Linux (debian, ubuntu)

Nous ne fournissons ici que des instructions pour les distributions
basées sur Debian. N’hésitez pas à contribuer à ce document en
fournissant des informations à jour sur les autres distributions
(RedHat, Fedora, par exemple).

Aujourd'hui, les versions stables des distributions les plus courantes
fournissent des versions assez récentes de R :

  - Debian (stretch) est livré avec
    [R 3.3.3-1](https://packages.debian.org/stretch/r-base),
    [knitr 1.15.1](https://packages.debian.org/stretch/r-cran-knitr), et
    [ggplot 2.2.1](https://packages.debian.org/stretch/r-cran-ggplot2)
  - Ubuntu (bionic 18.04) est livré avec
    [R 3.4.4](https://packages.ubuntu.com/bionic/r-base),
    [knitr 1.17](https://packages.ubuntu.com/bionic/r-cran-knitr), et
    [ggplot 2.2.1](https://packages.ubuntu.com/bionic/r-cran-ggplot2)
  - Ubuntu (artful 17.04) est livré avec
    [R 3.4.2](https://packages.ubuntu.com/artful/r-base),
    [knitr 1.15](https://packages.ubuntu.com/artful/r-cran-knitr), et
    [ggplot 2.2.1](https://packages.ubuntu.com/artful/r-cran-ggplot2)

Si votre distribution est plus ancienne, c'est peut-être l'occasion de
la mettre à jour…

### Installer R

Pour commencer, vous devez installer le langage R et quelques packages
en exécutant (à la
racine) :

``` shell
apt-get update ; sudo apt-get install r-base r-cran-knitr r-cran-ggplot2 
```

Si l'installation de `r-cran-knitr` ou `r-cran-gplot2` échoue, vous
pouvez également installer ces packages manuellement en exécutant les
commandes suivantes sous R (ou RStudio) :

``` r
install.packages("knitr")
install.packages("ggplot2")
```

Si vous envisagez d'exporter des documents pdf avec LaTeX, il faudra
probablement aussi exécuter (à la racine) :

``` shell
apt-get update ; apt-get install texlive-base
```

### Installer RStudio

RStudio n’est malheureusement pas intégré à Debian. Le plus simple est
de télécharger le paquet Debian correspondant sur le [site
RStudio](https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/#download),
puis de l’installer manuellement (vous devrez peut-être adapter le
numéro de version) :

``` shell
cd /tmp/
wget https://download1.rstudio.org/rstudio-xenial-1.1.453-amd64.deb
sudo dpkg -i rstudio-xenial-1.1.453-amd64.deb
sudo apt-get update ; sudo apt-get -f install # to fix possibly missing dependencies
```

## Mac OSX and Windows

  - Télécharger et installer R depuis le [site
    CRAN](https://cran.r-project.org/) en choisissant le bon système
    d'exploitation.
  - Télécharger et installer RStudio depuis le [site
    RStudio](https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/#download)
    en choisissant le bon système d'exploitation.
  - Télécharger et installer MiKTeX depuis le [site
    MiKTeX](https://miktex.org/download) en choisissant le bon système
    d'exploitation. Vous serez amené à installer différents packages
    lors du premier export pdf.
  - Ouvrir RStudio et exécuter les commandes suivantes dans la console
    pour installer `knitr` et `ggplot2`

<!-- end list -->

``` r
install.packages("knitr", dep=TRUE)
install.packages("ggplot2", dep=TRUE)
```

# Documentation RStudio

L’équipe de RStudio a créé différents matériels et tutoriels très bien
faits. Nous vous recommandons de consulter les [fiches
mémo](https://www.rstudio.com/resources/cheatsheets/). En particulier,
vous pourriez être intéressés par celles-ci :

  - [RStudio
    IDE](https://github.com/rstudio/cheatsheets/raw/master/rstudio-ide.pdf),
  - [R
    Markdown](https://github.com/rstudio/cheatsheets/raw/master/rmarkdown-2.0.pdf)
    (here is also a [nice step-by-step presentation of
    Rmarkdown](https://rmarkdown.rstudio.com/)),
  - The [R Markdown Reference
    guide](https://www.rstudio.com/wp-content/uploads/2015/03/rmarkdown-reference.pdf),
  - [Data visualization with
    ggplot2](https://github.com/rstudio/cheatsheets/raw/master/data-visualization-2.1.pdf),
  - [Data transformation with
    dplyr](https://github.com/rstudio/cheatsheets/raw/master/data-transformation.pdf)

Voici aussi les versions françaises de certains documents mais elles ne
sont pas toujours à jour :

  - [IDE
    RStudio](https://github.com/rstudio/cheatsheets/raw/master/translations/french/rstudio-IDE-cheatsheet.pdf)
  - [Visualisation de données avec
    ggplot2](https://github.com/rstudio/cheatsheets/raw/master/translations/french/ggplot2-french-cheatsheet.pdf)
  - [Transformation de données avec
    dplyr](https://github.com/rstudio/cheatsheets/raw/master/translations/french/data-wrangling-french.pdf)
  - [Un court document sur R
    Markdown](https://www.fun-mooc.fr/c4x/UPSUD/42001S02/asset/RMarkdown.pdf)

# Utiliser Git avec RStudio

La première chose à faire est de configurer Git sur votre ordinateur.
Pour ce faire, vous pouvez suivre la vidéo [configurer Git pour
Gitlab](https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+session02/jump_to_id/7508aece244548349424dfd61ee3ba85)
(en français) et le document [Git et
Gitlab](https://gitlab.inria.fr/learninglab/mooc-rr/mooc-rr-ressources/blob/master/module2/ressources/gitlab_fr.org)
correspondant (en français).

Vous pourrez alors utiliser Git avec RStudio. Pour ce faire, vous pouvez
suivre la vidéo [RStudio -
Gitlab](https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+session02/jump_to_id/d132a854b0464ad29085cedaded23136)
(en français) dont les étapes sont reprises ci-dessous.

*(Nous vous signalons aussi cette*
[vidéo](https://www.youtube.com/embed/uHYcDQDbMY8) *(en anglais) ainsi
que le* [tuto pas à
pas](https://swcarpentry.github.io/git-novice/14-supplemental-rstudio/index.html)
*(en anglais) de Software Carpentry.)*

## Cloner un dépôt

Ouvrir RStudio et procéder comme suit :

  - Créer un nouveau projet sous contrôle de version : `File / New
        Project / Version Control`
    
    <div class="CENTER">
    
    ![](rstudio_images/new_project.png)
    
    ![](rstudio_images/git.png)
    
    </div>

  - Récupérer l'URL du dépôt Gitlab
    
    <div class="CENTER">
    
    ![](rstudio_images/adresse_depot.png)
    
    </div>

  - Indiquez cette URL dans le champ "Repository URL" *(vous voudrez*
    *peut-être préfixer cette URL avec `xxx@` où `xxx` est votre
    identifiant* *Gitlab pour éviter d'avoir à le ressaisir
    ultérieurement)*.
    
    <div class="CENTER">
    
    ![](rstudio_images/clone.png)
    
    </div>

  - Si vous êtes derrière un proxy, il faut le définir dans Git (voir le
    paragraphe "Gérer les proxy" de la page sur [Git et
    Gitlab](https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+session02/jump_to_id/7508aece244548349424dfd61ee3ba85)).

  - Git se connecte à Gitlab et récupère une copie complète du dépôt.

  - RStudio redémarre dans un mode lié à Git :
    
    <div class="CENTER">
    
    ![](rstudio_images/rstudio.png)
    
    </div>

  - Le gestionnaire de fichiers à droite vous permet de parcourir le
    dépôt sous contrôle de version.

## Modifier un fichier

  - Ouvrir le fichier `Module2/exo1/toy_document.Rmd` et le modifier.

  - Enregistrer.

  - Aller dans le menu Git pour effectuer le commit.
    
    <div class="CENTER">
    
    ![](rstudio_images/commit.png)
    
    ![](rstudio_images/commit2.png)
    
    </div>

  - Sélectionner les lignes à commiter puis cliquer sur `commit`.
    
    <div class="CENTER">
    
    ![](rstudio_images/commit5.png)
    
    </div>
    
    Les modifications ont été commitées uniquement sur la machine. Elles
    n'ont pas été propagées sur Gitlab.

  - Cliquer sur `push` pour les propager sur Gitlab.
    
    <div class="CENTER">
    
    ![](rstudio_images/push.png)
    
    ![](rstudio_images/push2.png)
    
    ![](rstudio_images/push3.png)
    
    </div>
    
    **NB :** Vous ne pouvez pas propager vos modifications sur GitLab si
    des modifications ont été faites sur GitLab entre-temps.
    
    <div class="CENTER">
    
    ![](rstudio_images/push4.png)
    
    </div>

  - Il faut d’abord récupérer ces modifications distantes sur votre
    machine locale. Pour ce faire cliquer sur `pull`.