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title: "Exercice 3 Module 2"
author: "Hélène Raynal"
date: "21 avril 2020"
output: html_document
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# Journal Hélène 31

*Objet de ce document* 
ce que vous apprenez dans ce MOOC: 
les références qui vous paraissent utiles, etc.
des données quotidiennes qui vous intéressent (temps, etc.). Vous les utiliserez par la suite dans le module 2.

## Data

| date      | weather      | temperature | hours |
|:----------|:------------:|------------:|------:|
|23/03/2020 | sunny        |      14     | 1     |
|24/03/2020 | windy        |      14     | 1     |
|25/03/2020 | windy        |      15     | 2     |
|26/03/2020 | cloudy       |      10     | 3     |
|27/03/2020 | sunny        |      18     | 0     |
|28/03/2020 | sunny        |      18     | 0     |
|29/03/2020 | cloudy       |      12     | 0     |
|30/03/2020 | melted snow  |      4      | 2     |
|31/03/2020 | melted snow  |      4      | 2     |
|01/04/2020 | melted snow  |      4      | 2     |
|02/04/2020 | sunny        |      15     | 0     |
|03/04/2020 | sunny        |      15     | 0     |
|04/04/2020 | sunny        |      15     | 0     |
|05/04/2020 | sunny        |      18     | 0     |
|06/04/2020 | sunny        |      15     | 2     |
|15/04/2020 | sunny        |      16     | 1     |
|16/04/2020 | sunny        |      15     | 3     |
|20/04/2020 | rain         |      10     | 2     |
|21/04/2020 | rain         |      7      | 3     |


## Suivi des data coronavirus


```{r }
setwd("C:/Users/hraynal/EspaceTravailBadet/FORMATION_PERSO/2020-Reproductibilite/moocrr-reproducibility-study/module2/exo4")
library(ggplot2)
monDataset <- read.csv("covid19-du-2020-03-04-au-2020-03-25.csv", sep=";")
#summary(monDataset)
max(monDataset$Occitanie)
ggplot(monDataset) +
    geom_point(aes(x = Date, y = Occitanie), 
             color = "darkgreen")

```


## Module 1: Cahier de notes cahier de laboratoire
### Nous utilisons tous des cahiers de notes, cahier de laboratoire
### Un aperçu historique de la prise de note
### Du fichier texte au  langage balisage léger

- Tutoriel trés complet sur markdown et pandoc
[https://enacit.epfl.ch/cours/markdown-pandoc/]

- R Markdown: The Definitive Guide
[https://bookdown.org/yihui/rmarkdown/]

 -- Exemple Rmarkdown généré avec Rstudio[https://app-learninglab.inria.fr/moocrr/gitlab/moocrr-session3/moocrr-reproducibility-study/blob/master/testmarkdown.Rmd]  -  (Fichier html généré avec R studio)[SortieTestRmarkdown.html]
 -- Résultat en html, fichier html généré avec Rstudio [https://app-learninglab.inria.fr/moocrr/gitlab/moocrr-session3/moocrr-reproducibility-study/blob/master/SortieTestRmarkdown.html]
- Pandoc sur mon PC: 
 -- installation sur poste de travail, puis ouvrir ligne de commande
```
C:\Users\hraynal\EspaceTravailBadet\FORMATION_PERSO\2020-Reproductibilite>pandoc -o carnet.pdf journalHelene31.md
```

### Pérennité et évolutivité des notes avec gitlab
- question sur client git pour windows:
*Trois outils sont proposés en semaine 2. Les trois outils permettent d’utiliser Git. 
La solution avec RStudio me semble la plus simple à mettre en œuvre : RStudio / Utiliser Git avec RStudio (cf. onglet 3. RStudio : installation, documentation).*


- Manip à faire pour versionner avec git depuis RStudio
<<<<<<< HEAD

 -- Créer un projet
 
 -- (Bon tutoriel pour installation) [https://jennybc.github.io/2014-05-12-ubc/ubc-r/session03_git.html]
 
 -- (Autre tuto envoyé par Eric)[happygitwithr.com/]
 
 -- Pb "git: 'credential-cache' is not a git command"  Faire:To remove the message, "git: 'credential-cache' is not a git command.", run "git config --global --unset credential.helper" 
 
 -- Depuis l'interface : cocher à droite le fichier dont on veut faire le commit
 
 -- Bouton en haut "Git"
 
 -- Commit  - compléter le message de commit
 
 -- Push
 
 -- Pb je n'arrivais pas à le faire en utilisant l'interface graphique car au départ il y avait des accents dans le nom du fichier. Je le fais en ligne de commande: git commit fichier, git push
 
 -- Pb j'ai l'impression qu'il faut que je sois connectée à gitlab, et que j'ai fait un Save As du fichier. 

 -- Créer un projet
 
 -- (Bon tutoriel pour installation) [https://jennybc.github.io/2014-05-12-ubc/ubc-r/session03_git.html]
 
 -- Pb "git: 'credential-cache' is not a git command"  Faire:To remove the message, "git: 'credential-cache' is not a git command.", run "git config --global --unset credential.helper" 
 
 -- Depuis l'interface : cocher à droite le fichier dont on veut faire le commit
 
 -- Bouton en haut "Git"
 
 -- Commit
 
 -- Push
 
 -- Pb je n'arrive pas à le faire en utilisant l'interface graphique. Je le fais en ligne de commande:
 
  --- git commit fichier  Puis git push


### les étiquettes et logiciel d'indexation pour s'y retrouver
### Supports de cours
### exercices