diff --git a/module2/exo4/covid19-du-2020-03-04-au-2020-03-25.csv b/module2/exo4/covid19-du-2020-03-04-au-2020-03-25.csv new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..49250fdcb5c70d025addfac82367c76c62705216 --- /dev/null +++ b/module2/exo4/covid19-du-2020-03-04-au-2020-03-25.csv @@ -0,0 +1,21 @@ +Date;Auvergne-Rhone-Alpes;Bourgogne-Franche-Comté;Bretagne;Centre-Val de Loire;Corse;Grand Est;Hauts-de-France;Ile-de-France;Normandie;Nouvelle-Aquitaine;Occitanie;Pays de la Loire;PACA;Guadeloupe;Saint-Barth;Saint-Martin;Guyane;Martinique;Mayotte;La Réunion +2020/03/04;49;16;23;0;0;38;65;55;2;5;9;7;13;3;0;0;0;0;0;0 +2020/03/05;64;39;29;2;3;77;74;76;6;8;11;8;18;3;0;0;5;0;0;0 +2020/03/06;75;78;32;11;3;136;97;89;11;11;18;16;26;0;1;2;5;2;0;0 +2020/03/07;102;129;40;16;5;250;173;104;11;17;36;18;38;0;1;2;5;2;0;0 +2020/03/10;249;123;83;19;42;489;249;468;40;57;70;31;110;0;1;2;5;3;0;0 +2020/03/11;264;155;94;20;51;578;263;492;54;66;87;34;111;0;1;2;5;3;0;1 +2020/03/12;329;219;117;30;64;699;349;577;68;87;133;41;147;0;1;2;6;4;0;3 +2020/03/13;416;272;155;33;85;911;397;721;97;114;172;55;212;1;1;2;6;6;0;5 +2020/03/14;454;339;182;54;106;1085;466;949;127;130;214;82;281;3;1;2;7;10;1;6 +2020/03/15;523;412;207;71;115;1378;507;1209;143;144;243;98;330;6;3;2;7;15;1;9 +2020/03/16;618;507;233;90;126;1543;585;1762;156;178;262;108;405;18;3;2;11;16;1;9 +2020/03/17;710;549;247;103;145;1820;612;2177;174;200;311;126;478;27;3;3;11;19;3;12 +2020/03/18;858;593;273;128;152;2163;665;2693;208;237;371;128;574;33;3;4;11;23;3;14 +2020/03/19;1014;696;297;157;162;2643;700;3384;241;280;444;160;693;45;3;4;15;32;6;19 +2020/03/20;1101;770;346;219;168;3006;759;3818;287;432;537;190;826;51;3;4;15;32;7;38 +2020/03/21;1266;903;359;254;173;3089;791;4695;345;521;611;234;1041;56;3;5;18;37;11;47 +2020/03/22;1431;1178;397;291;183;3395;936;5283;462;612;671;270;1372;58;3;6;19;44;14;64 +2020/03/23;1730;1347;490;361;194;4256;1269;6211;511;676;767;293;1510;62;3;8;20;53;24;71 +2020/03/24;1857;1510;526;450;217;4922;1532;6798;586;789;900;343;1595;73;3;8;23;57;30;83 +2020/03/25;2093;1569;603;561;225;5479;1753;7660;688;912;1082;368;1927;76;3;11;28;66;35;94 diff --git a/module2/exo4/journalHelene31.Rmd b/module2/exo4/journalHelene31.Rmd new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..c46b2adf8d4991cf9ca44018a92d64346c387070 --- /dev/null +++ b/module2/exo4/journalHelene31.Rmd @@ -0,0 +1,127 @@ +--- +title: "Exercice 3 Module 2" +author: "HĂ©lène Raynal" +date: "21 avril 2020" +output: html_document +--- + + + +# Journal HĂ©lène 31 + +*Objet de ce document* +ce que vous apprenez dans ce MOOC: +les rĂ©fĂ©rences qui vous paraissent utiles, etc. +des donnĂ©es quotidiennes qui vous intĂ©ressent (temps, etc.). Vous les utiliserez par la suite dans le module 2. + +## Data + +| date | weather | temperature | hours | +|:----------|:------------:|------------:|------:| +|23/03/2020 | sunny | 14 | 1 | +|24/03/2020 | windy | 14 | 1 | +|25/03/2020 | windy | 15 | 2 | +|26/03/2020 | cloudy | 10 | 3 | +|27/03/2020 | sunny | 18 | 0 | +|28/03/2020 | sunny | 18 | 0 | +|29/03/2020 | cloudy | 12 | 0 | +|30/03/2020 | melted snow | 4 | 2 | +|31/03/2020 | melted snow | 4 | 2 | +|01/04/2020 | melted snow | 4 | 2 | +|02/04/2020 | sunny | 15 | 0 | +|03/04/2020 | sunny | 15 | 0 | +|04/04/2020 | sunny | 15 | 0 | +|05/04/2020 | sunny | 18 | 0 | +|06/04/2020 | sunny | 15 | 2 | +|15/04/2020 | sunny | 16 | 1 | +|16/04/2020 | sunny | 15 | 3 | +|20/04/2020 | rain | 10 | 2 | +|21/04/2020 | rain | 7 | 3 | + + +## Suivi des data coronavirus + + +```{r } +setwd("C:/Users/hraynal/EspaceTravailBadet/FORMATION_PERSO/2020-Reproductibilite/moocrr-reproducibility-study/module2/exo4") +library(ggplot2) +monDataset <- read.csv("covid19-du-2020-03-04-au-2020-03-25.csv", sep=";") +#summary(monDataset) + +ggplot(monDataset) + + geom_point(aes(x = Date, y = Occitanie), + color = "darkgreen") + +``` + + +## Module 1: Cahier de notes cahier de laboratoire +### Nous utilisons tous des cahiers de notes, cahier de laboratoire +### Un aperçu historique de la prise de note +### Du fichier texte au langage balisage lĂ©ger + +- Tutoriel trĂ©s complet sur markdown et pandoc +[https://enacit.epfl.ch/cours/markdown-pandoc/] + +- R Markdown: The Definitive Guide +[https://bookdown.org/yihui/rmarkdown/] + + -- Exemple Rmarkdown gĂ©nĂ©rĂ© avec Rstudio[https://app-learninglab.inria.fr/moocrr/gitlab/moocrr-session3/moocrr-reproducibility-study/blob/master/testmarkdown.Rmd] - (Fichier html gĂ©nĂ©rĂ© avec R studio)[SortieTestRmarkdown.html] + -- RĂ©sultat en html, fichier html gĂ©nĂ©rĂ© avec Rstudio [https://app-learninglab.inria.fr/moocrr/gitlab/moocrr-session3/moocrr-reproducibility-study/blob/master/SortieTestRmarkdown.html] +- Pandoc sur mon PC: + -- installation sur poste de travail, puis ouvrir ligne de commande +``` +C:\Users\hraynal\EspaceTravailBadet\FORMATION_PERSO\2020-Reproductibilite>pandoc -o carnet.pdf journalHelene31.md +``` + +### PĂ©rennitĂ© et Ă©volutivitĂ© des notes avec gitlab +- question sur client git pour windows: +*Trois outils sont proposĂ©s en semaine 2. Les trois outils permettent d’utiliser Git. +La solution avec RStudio me semble la plus simple Ă  mettre en Ĺ“uvre : RStudio / Utiliser Git avec RStudio (cf. onglet 3. RStudio : installation, documentation).* + + +- Manip Ă  faire pour versionner avec git depuis RStudio +<<<<<<< HEAD + + -- CrĂ©er un projet + + -- (Bon tutoriel pour installation) [https://jennybc.github.io/2014-05-12-ubc/ubc-r/session03_git.html] + + -- (Autre tuto envoyĂ© par Eric)[happygitwithr.com/] + + -- Pb "git: 'credential-cache' is not a git command" Faire:To remove the message, "git: 'credential-cache' is not a git command.", run "git config --global --unset credential.helper" + + -- Depuis l'interface : cocher Ă  droite le fichier dont on veut faire le commit + + -- Bouton en haut "Git" + + -- Commit - complĂ©ter le message de commit + + -- Push + + -- Pb je n'arrivais pas Ă  le faire en utilisant l'interface graphique car au dĂ©part il y avait des accents dans le nom du fichier. Je le fais en ligne de commande: git commit fichier, git push + + -- Pb j'ai l'impression qu'il faut que je sois connectĂ©e Ă  gitlab, et que j'ai fait un Save As du fichier. + + -- CrĂ©er un projet + + -- (Bon tutoriel pour installation) [https://jennybc.github.io/2014-05-12-ubc/ubc-r/session03_git.html] + + -- Pb "git: 'credential-cache' is not a git command" Faire:To remove the message, "git: 'credential-cache' is not a git command.", run "git config --global --unset credential.helper" + + -- Depuis l'interface : cocher Ă  droite le fichier dont on veut faire le commit + + -- Bouton en haut "Git" + + -- Commit + + -- Push + + -- Pb je n'arrive pas Ă  le faire en utilisant l'interface graphique. Je le fais en ligne de commande: + + --- git commit fichier Puis git push + + +### les Ă©tiquettes et logiciel d'indexation pour s'y retrouver +### Supports de cours +### exercices \ No newline at end of file