Permet de voir si les nombres sont bien condidérés comme tels:
```{r}
class(data$week)
```
```{r}
class(data$inc)
```
Normalement, dans le jeu de données initial, il y a un tiret à la place de la valeur pour cette ligne (mais pas ici). Il considère donc normalement que le tiret est une valeur réelle. Il faut recharger le jeu de données en disant que le tiret est une valeur manquante:
data = read.csv(data_url, skip=1, na.strings = "-")
Chargement de la librairie (pour changer le format des dates, adapté pour R):
library(parsedate)
date = 199501
ws = paste(date)
iso = paste0(substring(ws, 1, 4), "-W", substring(ws, 5, 6))
parse_iso_8601(iso)
puis changement avec la fonction:
```{r}
convert_week = function(date) {
ws = paste(date)
iso = paste0(substring(ws, 1, 4), "-W", substring(ws, 5, 6))
Ceci est un document R markdown que vous pouvez aisément exporter au format HTML, PDF, et MS Word. Pour plus de détails sur R Markdown consultez <http://rmarkdown.rstudio.com>.
Vérification que toutes nos semaines ont bien 7 jours:
```{r}
all(diff(data$date) == 7)
```
Lorsque vous cliquerez sur le bouton **Knit** ce document sera compilé afin de ré-exécuter le code R et d'inclure les résultats dans un document final. Comme nous vous l'avons montré dans la vidéo, on inclue du code R de la façon suivante:
Et on peut aussi aisément inclure des figures. Par exemple:
### Questions et réponses
1- Dans quelles années yavait-il les épidémies les plus fortes?
```{r pressure, echo=FALSE}
plot(pressure)
2- Quelle est la fréquence d'épidémies faibles, moyennes et fortes ?
On détermine nos années (somme de toutes les semaines), de tel sorte que chaque année commence et se termine à la même date (na.rm=TRUE permet de ne pas tenir compte de la semaine manquante):
```{r}
pic_annuel = function(annee) {
debut = paste0(annee-1, "-09-01")
fin = paste0(annee, "-09-01")
semaines = data$date > debut & data$date <= fin
sum(data$inc[semaines], na.rm=TRUE)
}
```
Vous remarquerez le paramètre `echo = FALSE` qui indique que le code ne doit pas apparaître dans la version finale du document. Nous vous recommandons dans le cadre de ce MOOC de ne pas utiliser ce paramètre car l'objectif est que vos analyses de données soient parfaitement transparentes pour être reproductibles.
En choisissant de commencer en 1986 et de finir en 2017 (comme l'exemple du cours, mais à la base c'est parce qu'en 1986, l'année commence en plein pic):
```{r}
annees = 1990:2020
```
Comme les résultats ne sont pas stockés dans les fichiers Rmd, pour faciliter la relecture de vos analyses par d'autres personnes, vous aurez donc intérêt à générer un HTML ou un PDF et à le commiter.
Création d'un nouveau jeu de donnée pour l'incidence annuelle: