syndromes-grippaux-analysis.Rmd

module3/exo1/influenza-like-illness-analysis.Rmd

@@ -15,6 +15,167 @@ header-includes:
 - \hypersetup{colorlinks=true,pagebackref=true}
 ---
 
+#recherche dans le réseau sentinelles les données pour les syndromes grippaux.
+#télecharger le document en "csv"
+#vérification si des données sont manquantes : aucune données manquantes
+#importer des données dans Rstudio
+#créer un document R Markdown_HTML
+
+```{r}
+data_url="https://www.sentiweb.fr/datasets/incidence-PAY-3.csv?v=hmw9y"
+```
+```{r}
+tail(data)#regardons l'autre bout du jeu de donnée
+```
+```{r}
+#inspecter le type de donées
+class(data$week) #de la colonne week
+``
+```{r}
+#inspecter le type de donées
+class(data$inc) #de la colonne inc_problème le tiret "character" à la place de valeur numérique.
+```
+```{r}
+data = read.csv(data_url,skip = 1, na.strings = "-") #considérer le tiret comme une donnée manquante
+class(data$inc)
+```
+```{r}
+#lire les données directement de la source
+#faire attention aux données manquantes au début de la lecture
+```
+```{r}
+#verfication des données
+library(parsedate)
+```
+Explications :
+
+as.character(date): Convertit l'entier date en une chaîne de caractères.
+substring(ws, 1, 4): Extrait les quatre premiers caractères, correspondant à l'année.
+substring(ws, 5, 6): Extrait les deux derniers caractères, correspondant au numéro de la semaine.
+paste0(substring(ws, 1, 4), "-W", substring(ws, 5, 6)): Combine les deux sous-chaînes avec "-W" entre elles pour former une chaîne de caractères au format ISO.
+
+```{r}
+date = 199501
+ws = paste(date)
+iso = paste0(substring(ws, 1, 4), "-W", substring(ws, 5, 6))
+iso
+```
+```{r}
+# la date du premier lundi de cette semaine
+parse_iso_8601(iso)
+```
+``{r}
+#appliquer cette fonction aux données
+convert_week = function(date){
+  ws = paste(date)
+  iso = paste0(substring(ws, 1, 4), "-W", substring(ws, 5, 6))
+  parse_iso_8601(iso)
+}
+
+```
+Fonction à modifier à cause de la lecture R : 
+creer une nouvelle colonne appellée "date" rq : cette fonction ne peut pas être lu dans R (incomplète)
+data$date = sapply(data$week,convert_week)
+convertir dans la fonction en chaine de caractère pour une lecture dans R
+convert_week = function(date){
+  ws = paste(date)
+  iso = paste0(substring(ws, 1, 4), "-W", substring(ws, 5, 6))
+  as.character(parse_iso_8601(iso))
+}
+
+
+
+```{r}
+data$date = as.Date(sapply(data$week,convert_week))
+
+#verification 
+class(data$date)
+```
+```{r}
+#classer par ordre chronologique
+```
+```{r}
+data = data[order(data$date),]
+```
+
+```{r}
+head(data)
+```
+```{r}
+#verifier que l'interval soit de 7 jours
+all(diff(data$date) == 7)
+```
+```{r}
+#observation visuelle
+```
+```{r}
+with(tail(data, 200), plot(date, inc, type = "l"))#faire un zoom sur les dernier 200 points
+```
+```{r}
+#question et réponse
+#definir de août à août 
+#il faut sous estimer l'année 1989 car pas de pic
+annee = 1990
+debut = paste0(annee-1, "-08-01")
+fin = paste0("-08-01")
+semaines = data$date > debut & data$date <= fin
+sum(data$inc[semaine], na.rm = TRUE)
+```
+```{r}
+#l'applique à toute les années des données
+pic_annuel = function(annee){
+  debut = paste0(annee-1, "-08-01")
+  fin = paste0("-08-01")
+  semaines = data$date > debut & date$date <= fin
+  sum(data$inc[semaine], na.rm = TRUE) }
+```
+```
+
+```{r}
+annees = 1986:2017
+```
+
+```{r}
+install.packages("sapply")
+incidence_annuelle = data.frame(annee = annees, incidence = sapply(annees, pic_annuel))
+```
+
+```{r}
+head(incidence_annuelle)
+```
+```{r}
+plot(incidence_annuelle, type"p") #avec des points
+```
+```{r}
+head(incidence_annuelle [order( = incidence_annuelle$incidence),])
+```
+
+```{r}
+hist(incidence_annuelle$incidence, breaks = 10)
+```
+
+```{r}
+with(data, plot(date, inc, type = "l")) #afficher en ligne
+```
+
+
+```{r}
+# Vérifier s'il y a des données manquantes dans les lignes
+lignes_na <- apply(data, 1, function(x) any(is.na(x)))
+
+# Afficher uniquement les lignes ayant des valeurs manquantes
+data[lignes_na, ]
+```
+```{r}
+#telecharger les données
+```
+
+
+```{r}
+data=read.csv(data_url,skip = 1)#ignorer la première ligne qui contient un commentaire
+head(data)
+
+
 ```{r setup, include=FALSE}
 knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
 ```