Import data, check missing values

module3/exo2/exercice_fr.Rmd

@@ -11,5 +11,68 @@ knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
 ```
 
 
+## Introduction
 
+Les données de l'incidence de la varicelle sont disponibles du site Web du [Réseau Sentinelles](http://www.sentiweb.fr/).  
+Celles-ci sont disponibles au format CSV. Chaque ligne du fichier correspond à une semaine de la période demandée (les premières données datent de l'année 1991, les dernières sont celles d'une semaine récente).  
+
+L'URL du fichier est la suivante :
+```{r}
+data_url <- "http://www.sentiweb.fr/datasets/incidence-PAY-7.csv" 
+```
+
+Chargement des librairies utilisées dans cette étude :  
+```{r message=FALSE}
+library(tidyverse)   # Manipulation de données, graphiques, ...
+library(knitr)
+library(kableExtra)
+```
+
+
+## Téléchargement des données
+
+Nous téléchargeons le fichier de données en local (si celui-ci n'existe pas). Ceci afin de nous prémunir contre un éventuel problème de connexion à ce fichier.
+```{r}
+dest_file <- "./varicelle_incidence.csv"
+if(!file.exists(dest_file)) {
+  download.file(url = data_url, destfile = dest_file, method = "auto")
+}
+```
+
+Puis nous chargeons les données depuis le fichier local (a première ligne du fichier étant un commentaire).
+```{r}
+varicelle <- read_csv(dest_file, skip = 1)
+```
+
+Les données obtenues sont de la forme :
+```{r}
+head(varicelle) %>% 
+  kable() %>% 
+  kable_styling(bootstrap_options = "striped", full_width = F, position = "left")
+```
+
+**Description du format du fichier :**
+
+- `week` : Semaine calendaire (ISO 8601)
+- `indicator` : Code de l'indicateur de surveillance
+- `inc` : Estimation de l'incidence de consultations en nombre de cas
+- `inc_low` : Estimation de la borne inférieure de l'IC95% du nombre de cas de consultation
+- `inc_up` : Estimation de la borne supérieure de l'IC95% du nombre de cas de consultation
+- `inc100` : Estimation du taux d'incidence du nombre de cas de consultation (en cas pour 100,000 habitants)
+- `inc100_low` : Estimation de la borne inférieure de l'IC95% du taux d'incidence du nombre de cas de consultation (en cas pour 100,000 habitants)
+- `inc100_up` : Estimation de la borne supérieure de l'IC95% du taux d'incidence du nombre de cas de consultation (en cas pour 100,000 habitants)
+- `geo_insee` : Code de la zone géographique concernée (Code INSEE) http://www.insee.fr/fr/methodes/nomenclatures/cog/
+- `geo_name` : Libellé de la zone géographique (ce libellé peut être modifié sans préavis)
+
+&nbsp;
+
+Dans un premier temps, vérifions s'il y a des données manquantes. 
+```{r}
+varicelle[rowSums(is.na(varicelle)) > 0, ]
+```
+
+Il semble que le fichier soit complet.  
+
+
+## Formattage des données