ajout analyse incidence annuelle (modif période référence + graphe)

module3/exo2/exercice_fr.Rmd

@@ -116,8 +116,8 @@ Une première analyse de l'incidence de la varicelle peut être faite visuelleme
 ```{r}
 ggplot(varicelle, aes(x = iso_week, y = inc)) +
   geom_line(col = "blue", alpha = 0.6) +
-  labs(title = "Incidence de la varicelle",
-       x = "Semaine", y = "Incidence") +
+  labs(title = "Incidence (hebdomadaire) de la varicelle",
+       x = "Semaine", y = "Nb de cas par semaine") +
   theme_bw()
 ```
 
@@ -127,8 +127,8 @@ varicelle %>%
   filter(row_number() >= length(week) - 200) %>% 
   ggplot(aes(x = iso_week, y = inc)) +
   geom_line(col = "blue", alpha = 0.6) +
-  labs(title = "Incidence de la varicelle",
-       x = "Semaine", y = "Incidence") +
+  labs(title = "Incidence (hebdomadaire) de la varicelle",
+       x = "Semaine", y = "Nb de cas par semaine") +
   scale_x_datetime(date_breaks = "6 months", date_labels = "%Y-%m") +
   theme_bw()
 ```
@@ -138,8 +138,80 @@ Les pics d'incidence semblent avoir lieu au mois d'avril chaque année, alors qu
 
 ## Analyse de l'incidence
 
+### Modification de la période de référence
+
+Étant donné que le pic de l'épidémie semble se situer au mois d'avril, à cheval entre deux années civiles, nous définissons la période de référence entre deux minima de l'incidence, du 1er septembre de l'année $N$ au 1er septembre de l'année $N+1$.  
+Nous mettons l'année $N+1$ comme étiquette sur cette année décalée, car le pic de l'épidémie est toujours au début de l'année $N+1$. Comme l'incidence de la varicelle est très faible en été, cette modification ne risque pas de fausser nos conclusions. 
+```{r}
+pic_annuel = function(annee) {
+      debut = paste0(annee-1,"-08-01")
+      fin = paste0(annee,"-08-01")
+      semaines = data$date > debut & data$date <= fin
+      sum(data$inc[semaines], na.rm=TRUE)
+      }
+```
+
+```{r}
+varicelle <- varicelle %>% 
+  # extraire l'année "civile" pour chaque ligne
+  mutate(annee_civile = as.numeric(format(iso_week, format = "%Y"))) %>% 
+  group_by(annee_civile) %>% 
+  # si la date est avant le 1er septembre, année précédente, sinon année en cours
+  mutate(annee_ref = ifelse(iso_week < as.POSIXct(paste0(annee_civile, "-09-01"), format = "%Y-%m-%d"),
+                            annee_civile - 1, annee_civile)) %>% 
+  ungroup()
+```
+
+On peut regarder le résultat en extrayant quelques données autour du 1er septembre 2005.  
+```{r}
+varicelle %>% 
+  filter(between(iso_week, as.POSIXct("2005-08-10"), as.POSIXct("2005-09-20"))) %>% 
+  select(week, iso_week, annee_civile, annee_ref)
+```
+
+Enfin, l'année en cours n'étant pas complète, on peut supprimer les données liées à celle-ci.  
+```{r}
+varicelle <- varicelle %>% 
+  filter(annee_ref != max(annee_ref))
+```
 
 
 
+### Visualisation
+
+On peut maintenant observer l'incidence par année de référence.  
+```{r}
+var_tableau <- varicelle %>%
+  group_by(annee_ref) %>%
+  summarise(inc_totale = sum(inc)) %>%
+  ungroup() %>% 
+  mutate(inc_totale_format = cell_spec(inc_totale, format = "html",
+                                       bold = TRUE,
+                                       color = "white",
+                                       background = ifelse(inc_totale == min(inc_totale), "lightgreen",
+                                                           ifelse(inc_totale == max(inc_totale), "red", "white"))))
+
+var_tableau %>%
+  filter(inc_totale %in% c(min(inc_totale), max(inc_totale))) %>% 
+  select(`Année` = annee_ref, `Incidence totale` = inc_totale_format) %>% 
+  kable(format = "html", escape = F) %>%
+  kable_styling(bootstrap_options = "striped", full_width = F, position = "left")
+```
 
+On retrouve les résultats du tableau dans le graphe suivant :
+```{r}
+ggplot(var_tableau, aes(x = annee_ref, y = inc_totale)) +
+  geom_line(col = "blue", alpha = 0.6) +
+  geom_label(data = var_tableau %>% filter(inc_totale == min(inc_totale)),
+             aes(x = annee_ref, y = inc_totale, label = paste("Année", annee_ref, ":", inc_totale, "cas")),
+             color = "green",
+             nudge_y = -20000) +
+  geom_label(data = var_tableau %>% filter(inc_totale == max(inc_totale)),
+             aes(x = annee_ref, y = inc_totale, label = paste("Année", annee_ref, ":", inc_totale, "cas")),
+             color = "red",
+             nudge_y = 20000) +
+  labs(title = "Incidence (annuelle) de la varicelle",
+       x = "Année de référence", y = "Nb de cas par année") +
+  theme_bw()
+```