@@ -30,3 +30,36 @@ Still, it is not really organised and I need a considerable amount of time to r
-**DocFetcher:** un moteur de recherche de bureau multiplatforme. Different des editeur de texte, les recherches ne se limitens pas aux fichier texte et cherchent sur plusiers fichier à la fois!
-**Exiftool:** permet de rajouter des métadonnées à un fichier JPEG et donc de rajouter des étiquettes ou mots-clés à un tel fichier.
## Second Module : La vitrine et l'envers du decors
Ce module aim introduire l'importance et l'interet des *document computationnels* pour:
- Améliorer la traçabilité d’un calcul
- Présenter facilement ses travaux à des collègues
- Accéder à l’ensemble des calculs sous-jacents à une analyse
Pour nous sensibilizer a son interet, des examples recent sont presentés et la difficulté de réproduires les donnes publié dans different domaines, même en des journaux prestigieux, est soulignée.
Problème **methodologique** mais aussi **sociologique**, lié à une pression productiviste trop importante. Pour éviter les problème de reproductibilité, le processus scientifique doit être **rigueureux** et **transparant**.
´Pourquoi est-il difficile de reproduire des travaux de recherche ?`
1. Le manque d'information : donnés non-disponible, choix non expliqués
2. L'ordinateur, une source d'erreurs. Cela est souvent lié a la simplicité d'utilisation, sans vraiment connaitre les bases/calcules derrière chaque *click*. Sans oublier les logiciels complexes et mal matriser: les boites noires..!
3. Le manque de riguer et d'organisation : pas de backup, pas d'historiques, pas de contrôle de qualité.
4. La dimension culturelle et sociale du système des publication, où l'article est une version simplifié de notre recherche et vue que personne nous demande de tout montrer....alors simplifions les choses! En plus, les faites de tous rendre publiques montrer aussi nous faiblesses..... Et les résultats deviennent moins parfaits que ce que je pretends dans mes articles.
Pour eviter de perdre des donnés (raison comme mise a jours automatique, etc), `éviter des outils, formats et services proprietaires` et utiliser du format texte:
- Pour écrire e prendre des notes: markdown, orgmode
- Pour des donnés: .csv
- langage de programation : R, python
- Pour stocké des donnés: framadrop, gitlab, github
Quelles sont les causes techniques principales derrière les difficultés à reproduire les travaux de quelqu’un d’autre ?
- Le manque de documentation sur les choix effectués
- Les logiciels graphiques interactifs qui masquent les détails du calcul
- Les erreurs de calcul
- La perte de données (pas de backup ou bien format plus lisible)
Pour ne savoir plus[How computers broke science – and what we can do to fix it](https://theconversation.com/how-computers-broke-science-and-what-we-can-do-to-fix-it-49938)
`Tout rendre publique ?`
Quelqu'un pourrait tirer parti de mon dur labeur... Les **papiers les plus cités** sont des papiers qui **décrivent une nouvelle technique ou un logiciel**permettant à une communauté de recherche d'avancer.
