-[Reinhart et Rogoff](https://en.wikipedia.org/wiki/Growth_in_a_Time_of_Debt): Growth in a Time of Debt
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@@ -51,12 +47,58 @@ Les moteurs de recherche de bureau comme :
Cas de pb de reproductibilité : manque de rigueur et la transparence
### 1. Extension de la traçabilité aux calculs et à ses résultats
### 2. Intégration du code et des résultats dans un document du type rapport technique / article scientifique
### 3. Présentation de 3 outils pour écrire un document computationnel :
- Jupyter,
- RStudio,
- Emacs/Org-mode
### 2. Pourquoi est-ce difficile ?
1. Les erreurs classiques
- le manque d'informations, pb d'accès aux données.
- les erreurs de calcul induites par l'utilisation effrénée des ordinateurs et logiciels sans tout comprendre (cas d'interprétation dans tableur excel).
-[En quoi les ordinateurs ont "cassé" la science](http://theconversation.com/how-computers-broke-science-and-what-we-can-do-to-fix-it-49938)
-[Erreurs de programmation et de manipulation de données en génomique](https://qz.com/768334/years-of-genomics-research-is-riddled-with-errors-thanks-to-a-bunch-of-botched-excel-spreadsheets/)
- le manque de rigueur scientifique et technique, et d'organisation.
2. Outils à éviter, alternatives
- règle numéro 1 : utiliser autant que possible du format texte. Markdown, Org-mode (notes), csv (données).
- règle numéro 2 : utiliser autant que possible les logiciels et les langages de programmation libres, comme R ou Python que nous utiliserons dans ce MOOC.
- règle numéro 3 : éviter de stocker vos données chez un hébergeur dont vous pourriez être captif. Répliquez-les à plusieurs endroits.
- Tout rendre publique ?
- Quelqu'un pourrait [tirer parti de mon dur labeur](http://www.nature.com/news/the-top-100-papers-1.16224). Les papiers les plus cités sont des papiers qui décrivent une nouvelle technique ou un logiciel permettant à une communauté de recherche d'avancer.
### 3. Document computationnel : principe
Objectifs méthodologiques
Garder trace afin de :
- Inspecter : justifier/comprendre
- Refaire : vérifier/corriger/réutiliser
Dans un document computationnel, on trouve
1. Des commentaires
2. Du code
3. Un aperçu des données
4. Les résultats de calculs
5. Des liens hypertextes
6. Des images
Un document computationnel permet de
1. Inspecter les calculs
2. Réexécuter facilement les calculs si l'environnement d'origine est disponible
3. Documenter le code
4. Expliquer pourquoi tel ou tel calcul est effectué en fonction des données analysées
5. Utiliser plusieurs langages pour faire des calculs (même si cela peut demander un peu de travail)
### 4. Présentation de 3 outils pour écrire un document computationnel :
1. Jupyter,
2. RStudio + knit R (transforme .Rmd en fichier html, pdf (via LaTex) en fonction de ce qu'on a indiqué dans la partie métadonnées en header du fichier .Rmd)
Production et partage du document final
- Knit
- pdf, LaTex
- html
- word/office
- Possibilité de faire du LaTex (R Sweave : Rnw) ou du html (R html : Rhtml) directement pour avoir un contrôle parfait.
