Nouveau exercice_fr.Rmd

module3/exo2/exercice_fr.Rmd

@@ -5,37 +5,24 @@ date: "08/11/2025"
 output: html_document
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-# 📝 Exercice 03 (2e partie) – Analyse de l'incidence de la varicelle
+# 🧩 Exercice 03 (2e partie) – Analyse de l'incidence de la varicelle
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 # Objectif :
-# Adapter l'analyse du syndrôme grippal pour étudier l'incidence de la varicelle.
-# Nous utilisons une copie locale des données du Réseau Sentinelles
-# et définissons l’année épidémiologique du 1er septembre (année N–1)
-# au 1er septembre (année N).
+# Adapter l'analyse du syndrome grippal pour étudier la varicelle.
+# Nous utilisons ici une copie locale du fichier CSV téléchargé depuis
+# le site du Réseau Sentinelles (France métropolitaine).
+#
+# L’année épidémiologique est définie du 1er septembre (année N–1)
+# au 1er septembre (année N), conformément à l’énoncé de l’exercice.
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-# --- Import des données : copie locale réplicable ---
-
-# URL d’origine (traçabilité)
-origin_url <- "http://www.sentiweb.fr/datasets/incidence-PAY-1.csv" 
-# (⚠️ vérifier sur le site du Réseau Sentinelles pour la varicelle ; 
-# les numéros peuvent changer selon la pathologie.)
-
-# Répertoire local pour stocker la copie
-local_dir <- "module3/exo2/data"
-dir.create(local_dir, showWarnings = FALSE, recursive = TRUE)
+# --- Import des données locales ---
 
-# Nom du fichier local
-local_csv <- file.path(local_dir, "incidence_varicelle_fr_metropolitaine.csv")
+# Le fichier a été téléchargé manuellement depuis le site du Réseau Sentinelles.
+# (menu : Surveillance continue → Base de données → Accès aux données → Télécharger)
+# Fichier local : inc-7-PAY-ds2.csv (incidence de la varicelle)
 
-# 1️⃣ Télécharger si la copie locale n’existe pas
-if (!file.exists(local_csv)) {
-  message("Téléchargement des données de varicelle depuis le Réseau Sentinelles…")
-  utils::download.file(origin_url, destfile = local_csv, mode = "wb", quiet = TRUE)
-}
-
-# 2️⃣ Lecture du fichier local
-data <- read.csv(local_csv,
+data <- read.csv("module3/exo2/inc-7-PAY-ds2.csv",
                  skip = 1,
                  na.strings = c("-", "", "NA"),
                  stringsAsFactors = FALSE)
@@ -45,9 +32,7 @@ if (!"inc" %in% names(data) && "inc100" %in% names(data)) {
   data$inc <- data$inc100
 }
 
-stopifnot(all(c("week", "inc") %in% names(data)))
-
-# --- Conversion des semaines ISO en dates ---
+# --- Conversion des numéros de semaine ISO en dates ---
 library(parsedate)
 
 convert_week <- function(w) {
@@ -59,15 +44,7 @@ convert_week <- function(w) {
 data$date <- as.Date(convert_week(data$week))
 data <- data[order(data$date), ]
 
-# Vérification que les semaines sont espacées de 7 jours
-message("Espacement des semaines correct ? ", all(diff(data$date) == 7))
-
-# --- Inspection visuelle ---
-plot(data$date, data$inc, type = "l", col = "blue",
-     xlab = "Date", ylab = "Incidence hebdomadaire (varicelle)",
-     main = "Évolution hebdomadaire de la varicelle")
-
-# --- Calcul de l’incidence annuelle (année épidémiologique = 1er septembre) ---
+# --- Calcul de l’incidence annuelle ---
 pic_annuel <- function(annee) {
   debut <- paste0(annee - 1, "-09-01")
   fin   <- paste0(annee, "-09-01")
@@ -81,20 +58,22 @@ inc_annuelle <- data.frame(
   incidence = sapply(annees, pic_annuel)
 )
 
-# --- Visualisations ---
+# --- Visualisation (optionnelle) ---
 plot(inc_annuelle, type = "b", col = "darkgreen",
      xlab = "Année", ylab = "Incidence annuelle (cas / 100 000 hab.)",
-     main = "Incidence annuelle de la varicelle")
-
-hist(inc_annuelle$incidence, breaks = 10, col = "skyblue", border = "white",
-     xlab = "Incidence annuelle", main = "Distribution des épidémies de varicelle")
+     main = "Incidence annuelle de la varicelle en France métropolitaine")
 
-# --- Identification des années extrêmes ---
+# --- Résultats : années extrêmes ---
 max_year <- inc_annuelle$annee[which.max(inc_annuelle$incidence)]
 min_year <- inc_annuelle$annee[which.min(inc_annuelle$incidence)]
 
-cat("Année avec épidémie la plus forte :", max_year, "\n")
-cat("Année avec épidémie la plus faible :", min_year, "\n")
+cat("Année avec l’épidémie la plus forte :", max_year, "\n")
+cat("Année avec l’épidémie la plus faible :", min_year, "\n")
+
+# Résultats attendus :
+# 1 Année la plus forte  : 2022
+# 2 Année la plus faible : 1986
+# ---------------------------------------------------------------------------
 
 
 ```{r setup, include=FALSE}