Nouveau exercice_fr.Rmd

module3/exo2/exercice_fr.Rmd

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-title: "Votre titre"
-author: "Votre nom"
-date: "La date du jour"
+title: "Exercice 3 p2"
+author: "Caroline"
+date: "08/11/2025"
 output: html_document
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+# ---------------------------------------------------------------------------
+# 📝 Exercice 03 (2e partie) – Analyse de l'incidence de la varicelle
+#
+# Objectif :
+# Adapter l'analyse du syndrôme grippal pour étudier l'incidence de la varicelle.
+# Nous utilisons une copie locale des données du Réseau Sentinelles
+# et définissons l’année épidémiologique du 1er septembre (année N–1)
+# au 1er septembre (année N).
+# ---------------------------------------------------------------------------
+
+# --- Import des données : copie locale réplicable ---
+
+# URL d’origine (traçabilité)
+origin_url <- "http://www.sentiweb.fr/datasets/incidence-PAY-1.csv" 
+# (⚠️ vérifier sur le site du Réseau Sentinelles pour la varicelle ; 
+# les numéros peuvent changer selon la pathologie.)
+
+# Répertoire local pour stocker la copie
+local_dir <- "module3/exo2/data"
+dir.create(local_dir, showWarnings = FALSE, recursive = TRUE)
+
+# Nom du fichier local
+local_csv <- file.path(local_dir, "incidence_varicelle_fr_metropolitaine.csv")
+
+# 1️⃣ Télécharger si la copie locale n’existe pas
+if (!file.exists(local_csv)) {
+  message("Téléchargement des données de varicelle depuis le Réseau Sentinelles…")
+  utils::download.file(origin_url, destfile = local_csv, mode = "wb", quiet = TRUE)
+}
+
+# 2️⃣ Lecture du fichier local
+data <- read.csv(local_csv,
+                 skip = 1,
+                 na.strings = c("-", "", "NA"),
+                 stringsAsFactors = FALSE)
+
+names(data) <- trimws(tolower(names(data)))
+if (!"inc" %in% names(data) && "inc100" %in% names(data)) {
+  data$inc <- data$inc100
+}
+
+stopifnot(all(c("week", "inc") %in% names(data)))
+
+# --- Conversion des semaines ISO en dates ---
+library(parsedate)
+
+convert_week <- function(w) {
+  ws <- paste(w)
+  iso <- paste0(substring(ws, 1, 4), "-W", substring(ws, 5, 6))
+  as.character(parse_iso_8601(iso))
+}
+
+data$date <- as.Date(convert_week(data$week))
+data <- data[order(data$date), ]
+
+# Vérification que les semaines sont espacées de 7 jours
+message("Espacement des semaines correct ? ", all(diff(data$date) == 7))
+
+# --- Inspection visuelle ---
+plot(data$date, data$inc, type = "l", col = "blue",
+     xlab = "Date", ylab = "Incidence hebdomadaire (varicelle)",
+     main = "Évolution hebdomadaire de la varicelle")
+
+# --- Calcul de l’incidence annuelle (année épidémiologique = 1er septembre) ---
+pic_annuel <- function(annee) {
+  debut <- paste0(annee - 1, "-09-01")
+  fin   <- paste0(annee, "-09-01")
+  semaines <- data$date > debut & data$date <= fin
+  sum(data$inc[semaines], na.rm = TRUE)
+}
+
+annees <- seq(1986, as.numeric(format(Sys.Date(), "%Y")) - 1)
+inc_annuelle <- data.frame(
+  annee = annees,
+  incidence = sapply(annees, pic_annuel)
+)
+
+# --- Visualisations ---
+plot(inc_annuelle, type = "b", col = "darkgreen",
+     xlab = "Année", ylab = "Incidence annuelle (cas / 100 000 hab.)",
+     main = "Incidence annuelle de la varicelle")
+
+hist(inc_annuelle$incidence, breaks = 10, col = "skyblue", border = "white",
+     xlab = "Incidence annuelle", main = "Distribution des épidémies de varicelle")
+
+# --- Identification des années extrêmes ---
+max_year <- inc_annuelle$annee[which.max(inc_annuelle$incidence)]
+min_year <- inc_annuelle$annee[which.min(inc_annuelle$incidence)]
+
+cat("Année avec épidémie la plus forte :", max_year, "\n")
+cat("Année avec épidémie la plus faible :", min_year, "\n")
 
 
 ```{r setup, include=FALSE}