Ex02

module3/exo1/analyse-syndrome-grippal.ipynb

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    "outputs": [],
    "source": [
     "%matplotlib inline\n",
+    "import os\n",
+    "from urllib import request\n",
     "import matplotlib.pyplot as plt\n",
     "import pandas as pd\n",
     "import isoweek"
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    "metadata": {},
    "source": [
-    "Les données de l'incidence du syndrome grippal sont disponibles du site Web du [Réseau Sentinelles](http://www.sentiweb.fr/). Nous les récupérons sous forme d'un fichier en format CSV dont chaque ligne correspond à une semaine de la période demandée. Nous téléchargeons toujours le jeu de données complet, qui commence en 1984 et se termine avec une semaine récente."
+    "Les données de l'incidence de la varicelle sont disponibles du site Web du [Réseau Sentinelles](http://www.sentiweb.fr/). Nous les récupérons sous forme d'un fichier en format CSV dont chaque ligne correspond à une semaine de la période demandée. Nous téléchargeons toujours le jeu de données complet, qui commence en 1984 et se termine avec une semaine récente."
    ]
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-    "collapsed": true
-   },
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    "source": [
-    "data_url = \"http://www.sentiweb.fr/datasets/incidence-PAY-3.csv\""
+    "data_url = \"http://www.sentiweb.fr/datasets/incidence-PAY-7.csv\""
    ]
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   {
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+   "execution_count": 1,
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+   "outputs": [
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+     "ename": "NameError",
+     "evalue": "name 'pd' is not defined",
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+      "\u001b[0;31m---------------------------------------------------------------------------\u001b[0m",
+      "\u001b[0;31mNameError\u001b[0m                                 Traceback (most recent call last)",
+      "\u001b[0;32m<ipython-input-1-c6940997bed1>\u001b[0m in \u001b[0;36m<module>\u001b[0;34m\u001b[0m\n\u001b[0;32m----> 1\u001b[0;31m \u001b[0mraw_data\u001b[0m \u001b[0;34m=\u001b[0m \u001b[0mpd\u001b[0m\u001b[0;34m.\u001b[0m\u001b[0mread_csv\u001b[0m\u001b[0;34m(\u001b[0m\u001b[0mdata_url\u001b[0m\u001b[0;34m,\u001b[0m \u001b[0mskiprows\u001b[0m\u001b[0;34m=\u001b[0m\u001b[0;36m1\u001b[0m\u001b[0;34m)\u001b[0m\u001b[0;34m\u001b[0m\u001b[0m\n\u001b[0m\u001b[1;32m      2\u001b[0m \u001b[0mraw_data\u001b[0m\u001b[0;34m\u001b[0m\u001b[0m\n",
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+     ]
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+   ],
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     "raw_data = pd.read_csv(data_url, skiprows=1)\n",
     "raw_data"
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-    "yearly_incidence.plot(style='*')"
+    "year = []\n",
+    "yearly_incidence = []\n",
+    "for week1, week2 in zip(first_august_week[:-1],\n",
+    "                        first_august_week[1:]):\n",
+    "    one_year = sorted_data['inc'][week1:week2-1]\n",
+    "    assert abs(len(one_year)-52) < 2\n",
+    "    yearly_incidence.append(one_year.sum())\n",
+    "    year.append(week2.year)\n",
+    "yearly_incidence = pd.Series(data=yearly_incidence, index=year)"
    ]
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    "name": "python",
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    "pygments_lexer": "ipython3",
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