Admin : merge remote into local

journal/Readme.md

+# Journal de bord du Mooc / Mooc's logbook
+
+FR
+
+Espace réservé au journal de bord du Mooc
+
+EN
+
+Reserved for the Mooc's logbook
\ No newline at end of file

module1/README.md

+Module 1

module1/exo2/fichier-markdown.md

+# Partie 1
+
+## Sous-partie 1 : texte
+
+Une phrase sans rien
+
+*Une phrase en italique*
+
+**Une phrase en gras**
+
+Un lien vers [fun-mooc.fr](https://www.fun-mooc.fr/)
+
+Une ligne de `code`
+
+## Sous-partie 2 : listes
+
+**Liste à puce**
+
+- item
+ - sous-item
+ - sous-item
+- item
+- item
+
+**Liste numérotée**
+
+1. item
+2. item
+3. item
+
+## Sous-partie 3 : code
+
+```
+# Extrait de code
+```
\ No newline at end of file

module2/README.md

+Module 2

module2/exo1/toy_document_en.Rmd

+---
+title: "Your title"
+author: "Your name"
+date: "Today's date"
+output: html_document
+---
+
+
+```{r setup, include=FALSE}
+knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
+```
+
+## Some explanations
+
+This is an R Markdown document that you can easily export to HTML, PDF, and MS Word formats. For more information on R Markdown, see <http://rmarkdown.rstudio.com>.
+
+When you click on the button **Knit**, the document will be compiled in order to re-execute the R code and to include the results into the final document. As we have shown in the video, R code is inserted as follows:
+
+```{r cars}
+summary(cars)
+```
+
+It is also straightforward to include figures. For example:
+
+```{r pressure, echo=FALSE}
+plot(pressure)
+```
+
+Note the parameter `echo = FALSE` that indicates that the code will not appear in the final version of the document. We recommend not to use this parameter in the context of this MOOC, because we want your data analyses to be perfectly transparent and reproducible.
+
+Since the results are not stored in Rmd files, you should generate an HTML or PDF version of your exercises and commit them. Otherwise reading and checking your analysis will be difficult for anyone else but you.
+
+Now it's your turn! You can delete all this information and replace it by your computational document.

module2/exo1/toy_document_fr.Rmd

+---
+title: "Votre titre"
+author: "Votre nom"
+date: "La date du jour"
+output: html_document
+---
+
+
+```{r setup, include=FALSE}
+knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
+```
+
+## Quelques explications
+
+Ceci est un document R markdown que vous pouvez aisément exporter au format HTML, PDF, et MS Word. Pour plus de détails sur R Markdown consultez <http://rmarkdown.rstudio.com>.
+
+Lorsque vous cliquerez sur le bouton **Knit** ce document sera compilé afin de ré-exécuter le code R et d'inclure les résultats dans un document final. Comme nous vous l'avons montré dans la vidéo, on inclue du code R de la façon suivante:
+
+```{r cars}
+summary(cars)
+```
+
+Et on peut aussi aisément inclure des figures. Par exemple:
+
+```{r pressure, echo=FALSE}
+plot(pressure)
+```
+
+Vous remarquerez le paramètre `echo = FALSE` qui indique que le code ne doit pas apparaître dans la version finale du document. Nous vous recommandons dans le cadre de ce MOOC de ne pas utiliser ce paramètre car l'objectif est que vos analyses de données soient parfaitement transparentes pour être reproductibles. 
+
+Comme les résultats ne sont pas stockés dans les fichiers Rmd, pour faciliter la relecture de vos analyses par d'autres personnes, vous aurez donc intérêt à générer un HTML ou un PDF et à le commiter.
+
+Maintenant, à vous de jouer! Vous pouvez effacer toutes ces informations et les remplacer par votre document computationnel.

module2/exo1/toy_document_orgmode_R_en.org

+#+TITLE:  Your title
+#+AUTHOR: Your name
+#+DATE:   Today's date
+#+LANGUAGE: en
+# #+PROPERTY: header-args :eval never-export
+
+#+HTML_HEAD: <link rel="stylesheet" type="text/css" href="http://www.pirilampo.org/styles/readtheorg/css/htmlize.css"/>
+#+HTML_HEAD: <link rel="stylesheet" type="text/css" href="http://www.pirilampo.org/styles/readtheorg/css/readtheorg.css"/>
+#+HTML_HEAD: <script src="https://ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/2.1.3/jquery.min.js"></script>
+#+HTML_HEAD: <script src="https://maxcdn.bootstrapcdn.com/bootstrap/3.3.4/js/bootstrap.min.js"></script>
+#+HTML_HEAD: <script type="text/javascript" src="http://www.pirilampo.org/styles/lib/js/jquery.stickytableheaders.js"></script>
+#+HTML_HEAD: <script type="text/javascript" src="http://www.pirilampo.org/styles/readtheorg/js/readtheorg.js"></script>
+
+* Some explanations
+
+This is an org-mode document with code examples in R.  Once opened in
+Emacs, this document can easily be exported to HTML, PDF, and Office
+formats. For more information on org-mode, see
+https://orgmode.org/guide/.
+
+When you type the shortcut =C-c C-e h o=, this document will be
+exported as HTML. All the code in it will be re-executed, and the
+results will be retrieved and included into the exported document. If
+you do not want to re-execute all code each time, you can delete the #
+and the space before ~#+PROPERTY:~ in the header of this document.
+
+Like we showed in the video, R code is included as follows (and is
+exxecuted by typing ~C-c C-c~):
+
+#+begin_src R :results output :exports both
+print("Hello world!")
+#+end_src
+
+#+RESULTS:
+: [1] "Hello world!"
+
+And now the same but in an R session. This is the most frequent
+situation, because R is really an interactive language. With a
+session, R's state, i.e. the values of all the variables, remains
+persistent from one code block to the next. The code is still executed
+using ~C-c C-c~.
+
+#+begin_src R :results output :session *R* :exports both
+summary(cars)
+#+end_src
+
+#+RESULTS:
+:      speed           dist       
+:  Min.   : 4.0   Min.   :  2.00  
+:  1st Qu.:12.0   1st Qu.: 26.00  
+:  Median :15.0   Median : 36.00  
+:  Mean   :15.4   Mean   : 42.98  
+:  3rd Qu.:19.0   3rd Qu.: 56.00  
+:  Max.   :25.0   Max.   :120.00
+
+Finally, an example for graphical output:
+#+begin_src R :results output graphics :file "./cars.png" :exports results :width 600 :height 400 :session *R* 
+plot(cars)
+#+end_src
+
+#+RESULTS:
+[[file:./cars.png]]
+
+Note the parameter ~:exports results~, which indicates that the code
+will not appear in the exported document. We recommend that in the
+context of this MOOC, you always leave this parameter setting as
+~:exports both~, because we want your analyses to be perfectly
+transparent and reproducible.
+
+Watch out: the figure generated by the code block is /not/ stored in
+the org document. It's a plain file, here named ~cars.png~. You have
+to commit it explicitly if you want your analysis to be legible and
+understandable on GitLab.
+
+Finally, don't forget that we provide in the resource section of this
+MOOC a configuration with a few keyboard shortcuts that allow you to
+quickly create code blocks in R by typing ~<r~ or ~<R~ followed by
+~Tab~.
+
+Now it's your turn! You can delete all this information and replace it
+by your computational document.

module2/exo1/toy_document_orgmode_R_fr.org

+#+TITLE:  Votre titre
+#+AUTHOR: Votre nom
+#+DATE:   La date du jour
+#+LANGUAGE: fr
+# #+PROPERTY: header-args :eval never-export
+
+#+HTML_HEAD: <link rel="stylesheet" type="text/css" href="http://www.pirilampo.org/styles/readtheorg/css/htmlize.css"/>
+#+HTML_HEAD: <link rel="stylesheet" type="text/css" href="http://www.pirilampo.org/styles/readtheorg/css/readtheorg.css"/>
+#+HTML_HEAD: <script src="https://ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/2.1.3/jquery.min.js"></script>
+#+HTML_HEAD: <script src="https://maxcdn.bootstrapcdn.com/bootstrap/3.3.4/js/bootstrap.min.js"></script>
+#+HTML_HEAD: <script type="text/javascript" src="http://www.pirilampo.org/styles/lib/js/jquery.stickytableheaders.js"></script>
+#+HTML_HEAD: <script type="text/javascript" src="http://www.pirilampo.org/styles/readtheorg/js/readtheorg.js"></script>
+
+* Quelques explications
+
+Ceci est un document org-mode avec quelques exemples de code
+R. Une fois ouvert dans emacs, ce document peut aisément être
+exporté au format HTML, PDF, et Office. Pour plus de détails sur
+org-mode vous pouvez consulter https://orgmode.org/guide/.
+
+Lorsque vous utiliserez le raccourci =C-c C-e h o=, ce document sera
+compilé en html. Tout le code contenu sera ré-exécuté, les résultats
+récupérés et inclus dans un document final. Si vous ne souhaitez pas
+ré-exécuter tout le code à chaque fois, il vous suffit de supprimer
+le # et l'espace qui sont devant le ~#+PROPERTY:~ au début de ce
+document.
+
+Comme nous vous l'avons montré dans la vidéo, on inclut du code
+R de la façon suivante (et on l'exécute en faisant ~C-c C-c~):
+
+#+begin_src R :results output :exports both
+print("Hello world!")
+#+end_src
+
+#+RESULTS:
+: [1] "Hello world!"
+
+Voici la même chose, mais avec une session R (c'est le cas le
+plus courant, R étant vraiment un langage interactif), donc une
+persistance d'un bloc à l'autre (et on l'exécute toujours en faisant
+~C-c C-c~).
+
+#+begin_src R :results output :session *R* :exports both
+summary(cars)
+#+end_src
+
+#+RESULTS:
+:      speed           dist       
+:  Min.   : 4.0   Min.   :  2.00  
+:  1st Qu.:12.0   1st Qu.: 26.00  
+:  Median :15.0   Median : 36.00  
+:  Mean   :15.4   Mean   : 42.98  
+:  3rd Qu.:19.0   3rd Qu.: 56.00  
+:  Max.   :25.0   Max.   :120.00
+
+Et enfin, voici un exemple de sortie graphique:
+#+begin_src R :results output graphics :file "./cars.png" :exports results :width 600 :height 400 :session *R* 
+plot(cars)
+#+end_src
+
+#+RESULTS:
+[[file:./cars.png]]
+
+Vous remarquerez le paramètre ~:exports results~ qui indique que le code
+ne doit pas apparaître dans la version finale du document. Nous vous
+recommandons dans le cadre de ce MOOC de ne pas changer ce paramètre
+(indiquer ~both~) car l'objectif est que vos analyses de données soient
+parfaitement transparentes pour être reproductibles.
+
+Attention, la figure ainsi générée n'est pas stockée dans le document
+org. C'est un fichier ordinaire, ici nommé ~cars.png~. N'oubliez pas
+de le committer si vous voulez que votre analyse soit lisible et
+compréhensible sur GitLab.
+
+Enfin, pour les prochains exercices, nous ne vous fournirons pas
+forcément de fichier de départ, ça sera à vous de le créer, par
+exemple en repartant de ce document et de le commiter vers
+gitlab. N'oubliez pas que nous vous fournissons dans les ressources de
+ce MOOC une configuration avec un certain nombre de raccourcis
+claviers permettant de créer rapidement les blocs de code R (en
+faisant ~<r~ ou ~<R~ suivi de ~Tab~).
+
+Maintenant, à vous de jouer! Vous pouvez effacer toutes ces
+informations et les remplacer par votre document computationnel.

module2/exo1/toy_document_orgmode_python_en.org

+#+TITLE:  Your title
+#+AUTHOR: Your name
+#+DATE:   Today's date
+#+LANGUAGE: en
+# #+PROPERTY: header-args :eval never-export
+
+#+HTML_HEAD: <link rel="stylesheet" type="text/css" href="http://www.pirilampo.org/styles/readtheorg/css/htmlize.css"/>
+#+HTML_HEAD: <link rel="stylesheet" type="text/css" href="http://www.pirilampo.org/styles/readtheorg/css/readtheorg.css"/>
+#+HTML_HEAD: <script src="https://ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/2.1.3/jquery.min.js"></script>
+#+HTML_HEAD: <script src="https://maxcdn.bootstrapcdn.com/bootstrap/3.3.4/js/bootstrap.min.js"></script>
+#+HTML_HEAD: <script type="text/javascript" src="http://www.pirilampo.org/styles/lib/js/jquery.stickytableheaders.js"></script>
+#+HTML_HEAD: <script type="text/javascript" src="http://www.pirilampo.org/styles/readtheorg/js/readtheorg.js"></script>
+
+* Some explanations
+
+This is an org-mode document with code examples in R.  Once opened in
+Emacs, this document can easily be exported to HTML, PDF, and Office
+formats. For more information on org-mode, see
+https://orgmode.org/guide/.
+
+When you type the shortcut =C-c C-e h o=, this document will be
+exported as HTML. All the code in it will be re-executed, and the
+results will be retrieved and included into the exported document. If
+you do not want to re-execute all code each time, you can delete the #
+and the space before ~#+PROPERTY:~ in the header of this document.
+
+Like we showed in the video, Python code is included as follows (and
+is exxecuted by typing ~C-c C-c~):
+
+#+begin_src python :results output :exports both
+print("Hello world!")
+#+end_src
+
+#+RESULTS:
+: Hello world!
+
+And now the same but in an Python session. With a session, Python's
+state, i.e. the values of all the variables, remains persistent from
+one code block to the next. The code is still executed using ~C-c
+C-c~.
+
+#+begin_src python :results output :session :exports both
+import numpy
+x=numpy.linspace(-15,15)
+print(x)
+#+end_src
+
+#+RESULTS:
+#+begin_example
+[-15.         -14.3877551  -13.7755102  -13.16326531 -12.55102041
+ -11.93877551 -11.32653061 -10.71428571 -10.10204082  -9.48979592
+  -8.87755102  -8.26530612  -7.65306122  -7.04081633  -6.42857143
+  -5.81632653  -5.20408163  -4.59183673  -3.97959184  -3.36734694
+  -2.75510204  -2.14285714  -1.53061224  -0.91836735  -0.30612245
+   0.30612245   0.91836735   1.53061224   2.14285714   2.75510204
+   3.36734694   3.97959184   4.59183673   5.20408163   5.81632653
+   6.42857143   7.04081633   7.65306122   8.26530612   8.87755102
+   9.48979592  10.10204082  10.71428571  11.32653061  11.93877551
+  12.55102041  13.16326531  13.7755102   14.3877551   15.        ]
+#+end_example
+
+Finally, an example for graphical output:
+#+begin_src python :results output file :session :var matplot_lib_filename="./cosxsx.png" :exports results
+import matplotlib.pyplot as plt
+
+plt.figure(figsize=(10,5))
+plt.plot(x,numpy.cos(x)/x)
+plt.tight_layout()
+
+plt.savefig(matplot_lib_filename)
+print(matplot_lib_filename)
+#+end_src
+
+#+RESULTS:
+[[file:./cosxsx.png]]
+
+Note the parameter ~:exports results~, which indicates that the code
+will not appear in the exported document. We recommend that in the
+context of this MOOC, you always leave this parameter setting as
+~:exports both~, because we want your analyses to be perfectly
+transparent and reproducible.
+
+Watch out: the figure generated by the code block is /not/ stored in
+the org document. It's a plain file, here named ~cosxsx.png~. You have
+to commit it explicitly if you want your analysis to be legible and
+understandable on GitLab.
+
+Finally, don't forget that we provide in the resource section of this
+MOOC a configuration with a few keyboard shortcuts that allow you to
+quickly create code blocks in Python by typing ~<p~, ~<P~ or ~<PP~
+followed by ~Tab~.
+
+Now it's your turn! You can delete all this information and replace it
+by your computational document.

module2/exo1/toy_document_orgmode_python_fr.org

+#+TITLE:  Votre titre
+#+AUTHOR: Votre nom
+#+DATE:   La date du jour
+#+LANGUAGE: fr
+# #+PROPERTY: header-args :eval never-export
+
+#+HTML_HEAD: <link rel="stylesheet" type="text/css" href="http://www.pirilampo.org/styles/readtheorg/css/htmlize.css"/>
+#+HTML_HEAD: <link rel="stylesheet" type="text/css" href="http://www.pirilampo.org/styles/readtheorg/css/readtheorg.css"/>
+#+HTML_HEAD: <script src="https://ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/2.1.3/jquery.min.js"></script>
+#+HTML_HEAD: <script src="https://maxcdn.bootstrapcdn.com/bootstrap/3.3.4/js/bootstrap.min.js"></script>
+#+HTML_HEAD: <script type="text/javascript" src="http://www.pirilampo.org/styles/lib/js/jquery.stickytableheaders.js"></script>
+#+HTML_HEAD: <script type="text/javascript" src="http://www.pirilampo.org/styles/readtheorg/js/readtheorg.js"></script>
+
+* Quelques explications
+
+Ceci est un document org-mode avec quelques exemples de code
+python. Une fois ouvert dans emacs, ce document peut aisément être
+exporté au format HTML, PDF, et Office. Pour plus de détails sur
+org-mode vous pouvez consulter https://orgmode.org/guide/.
+
+Lorsque vous utiliserez le raccourci =C-c C-e h o=, ce document sera
+compilé en html. Tout le code contenu sera ré-exécuté, les résultats
+récupérés et inclus dans un document final. Si vous ne souhaitez pas
+ré-exécuter tout le code à chaque fois, il vous suffit de supprimer
+le # et l'espace qui sont devant le ~#+PROPERTY:~ au début de ce
+document.
+
+Comme nous vous l'avons montré dans la vidéo, on inclue du code
+python de la façon suivante (et on l'exécute en faisant ~C-c C-c~):
+
+#+begin_src python :results output :exports both
+print("Hello world!")
+#+end_src
+
+#+RESULTS:
+: Hello world!
+
+Voici la même chose, mais avec une session python, donc une
+persistance d'un bloc à l'autre (et on l'exécute toujours en faisant
+~C-c C-c~).
+#+begin_src python :results output :session :exports both
+import numpy
+x=numpy.linspace(-15,15)
+print(x)
+#+end_src
+
+#+RESULTS:
+#+begin_example
+[-15.         -14.3877551  -13.7755102  -13.16326531 -12.55102041
+ -11.93877551 -11.32653061 -10.71428571 -10.10204082  -9.48979592
+  -8.87755102  -8.26530612  -7.65306122  -7.04081633  -6.42857143
+  -5.81632653  -5.20408163  -4.59183673  -3.97959184  -3.36734694
+  -2.75510204  -2.14285714  -1.53061224  -0.91836735  -0.30612245
+   0.30612245   0.91836735   1.53061224   2.14285714   2.75510204
+   3.36734694   3.97959184   4.59183673   5.20408163   5.81632653
+   6.42857143   7.04081633   7.65306122   8.26530612   8.87755102
+   9.48979592  10.10204082  10.71428571  11.32653061  11.93877551
+  12.55102041  13.16326531  13.7755102   14.3877551   15.        ]
+#+end_example
+
+Et enfin, voici un exemple de sortie graphique:
+#+begin_src python :results output file :session :var matplot_lib_filename="./cosxsx.png" :exports results
+import matplotlib.pyplot as plt
+
+plt.figure(figsize=(10,5))
+plt.plot(x,numpy.cos(x)/x)
+plt.tight_layout()
+
+plt.savefig(matplot_lib_filename)
+print(matplot_lib_filename)
+#+end_src
+
+#+RESULTS:
+[[file:./cosxsx.png]]
+
+Vous remarquerez le paramètre ~:exports results~ qui indique que le code
+ne doit pas apparaître dans la version finale du document. Nous vous
+recommandons dans le cadre de ce MOOC de ne pas changer ce paramètre
+(indiquer ~both~) car l'objectif est que vos analyses de données soient
+parfaitement transparentes pour être reproductibles.
+
+Attention, la figure ainsi générée n'est pas stockée dans le document
+org. C'est un fichier ordinaire, ici nommé ~cosxsx.png~. N'oubliez pas
+de le committer si vous voulez que votre analyse soit lisible et
+compréhensible sur GitLab.
+
+Enfin, n'oubliez pas que nous vous fournissons dans les ressources de
+ce MOOC une configuration avec un certain nombre de raccourcis
+claviers permettant de créer rapidement les blocs de code python (en
+faisant ~<p~, ~<P~ ou ~<PP~ suivi de ~Tab~).
+
+Maintenant, à vous de jouer! Vous pouvez effacer toutes ces
+informations et les remplacer par votre document computationnel.

module2/exo1/toy_notebook_fr.ipynb

+{
+ "cells": [],
+ "metadata": {
+  "kernelspec": {
+   "display_name": "Python 3",
+   "language": "python",
+   "name": "python3"
+  },
+  "language_info": {
+   "codemirror_mode": {
+    "name": "ipython",
+    "version": 3
+   },
+   "file_extension": ".py",
+   "mimetype": "text/x-python",
+   "name": "python",
+   "nbconvert_exporter": "python",
+   "pygments_lexer": "ipython3",
+   "version": "3.6.3"
+  }
+ },
+ "nbformat": 4,
+ "nbformat_minor": 2
+}
+

module2/exo2/exercice.ipynb

+{
+ "cells": [],
+ "metadata": {
+  "kernelspec": {
+   "display_name": "Python 3",
+   "language": "python",
+   "name": "python3"
+  },
+  "language_info": {
+   "codemirror_mode": {
+    "name": "ipython",
+    "version": 3
+   },
+   "file_extension": ".py",
+   "mimetype": "text/x-python",
+   "name": "python",
+   "nbconvert_exporter": "python",
+   "pygments_lexer": "ipython3",
+   "version": "3.6.3"
+  }
+ },
+ "nbformat": 4,
+ "nbformat_minor": 2
+}
+

module2/exo2/exercice_R_en.org

+#+TITLE:  Your title
+#+AUTHOR: Your name
+#+DATE:   Today's date
+#+LANGUAGE: en
+# #+PROPERTY: header-args :eval never-export
+
+#+HTML_HEAD: <link rel="stylesheet" type="text/css" href="http://www.pirilampo.org/styles/readtheorg/css/htmlize.css"/>
+#+HTML_HEAD: <link rel="stylesheet" type="text/css" href="http://www.pirilampo.org/styles/readtheorg/css/readtheorg.css"/>
+#+HTML_HEAD: <script src="https://ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/2.1.3/jquery.min.js"></script>
+#+HTML_HEAD: <script src="https://maxcdn.bootstrapcdn.com/bootstrap/3.3.4/js/bootstrap.min.js"></script>
+#+HTML_HEAD: <script type="text/javascript" src="http://www.pirilampo.org/styles/lib/js/jquery.stickytableheaders.js"></script>
+#+HTML_HEAD: <script type="text/javascript" src="http://www.pirilampo.org/styles/readtheorg/js/readtheorg.js"></script>
+
+* Some explanations
+
+This is an org-mode document with code examples in R.  Once opened in
+Emacs, this document can easily be exported to HTML, PDF, and Office
+formats. For more information on org-mode, see
+https://orgmode.org/guide/.
+
+When you type the shortcut =C-c C-e h o=, this document will be
+exported as HTML. All the code in it will be re-executed, and the
+results will be retrieved and included into the exported document. If
+you do not want to re-execute all code each time, you can delete the #
+and the space before ~#+PROPERTY:~ in the header of this document.
+
+Like we showed in the video, R code is included as follows (and is
+exxecuted by typing ~C-c C-c~):
+
+#+begin_src R :results output :exports both
+print("Hello world!")
+#+end_src
+
+#+RESULTS:
+: [1] "Hello world!"
+
+And now the same but in an R session. This is the most frequent
+situation, because R is really an interactive language. With a
+session, R's state, i.e. the values of all the variables, remains
+persistent from one code block to the next. The code is still executed
+using ~C-c C-c~.
+
+#+begin_src R :results output :session *R* :exports both
+summary(cars)
+#+end_src
+
+#+RESULTS:
+:      speed           dist       
+:  Min.   : 4.0   Min.   :  2.00  
+:  1st Qu.:12.0   1st Qu.: 26.00  
+:  Median :15.0   Median : 36.00  
+:  Mean   :15.4   Mean   : 42.98  
+:  3rd Qu.:19.0   3rd Qu.: 56.00  
+:  Max.   :25.0   Max.   :120.00
+
+Finally, an example for graphical output:
+#+begin_src R :results output graphics :file "./cars.png" :exports results :width 600 :height 400 :session *R* 
+plot(cars)
+#+end_src
+
+#+RESULTS:
+[[file:./cars.png]]
+
+Note the parameter ~:exports results~, which indicates that the code
+will not appear in the exported document. We recommend that in the
+context of this MOOC, you always leave this parameter setting as
+~:exports both~, because we want your analyses to be perfectly
+transparent and reproducible.
+
+Watch out: the figure generated by the code block is /not/ stored in
+the org document. It's a plain file, here named ~cars.png~. You have
+to commit it explicitly if you want your analysis to be legible and
+understandable on GitLab.
+
+Finally, don't forget that we provide in the resource section of this
+MOOC a configuration with a few keyboard shortcuts that allow you to
+quickly create code blocks in R by typing ~<r~ or ~<R~ followed by
+~Tab~.
+
+Now it's your turn! You can delete all this information and replace it
+by your computational document.

module2/exo2/exercice_R_fr.org

+#+TITLE:  Votre titre
+#+AUTHOR: Votre nom
+#+DATE:   La date du jour
+#+LANGUAGE: fr
+# #+PROPERTY: header-args :eval never-export
+
+#+HTML_HEAD: <link rel="stylesheet" type="text/css" href="http://www.pirilampo.org/styles/readtheorg/css/htmlize.css"/>
+#+HTML_HEAD: <link rel="stylesheet" type="text/css" href="http://www.pirilampo.org/styles/readtheorg/css/readtheorg.css"/>
+#+HTML_HEAD: <script src="https://ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/2.1.3/jquery.min.js"></script>
+#+HTML_HEAD: <script src="https://maxcdn.bootstrapcdn.com/bootstrap/3.3.4/js/bootstrap.min.js"></script>
+#+HTML_HEAD: <script type="text/javascript" src="http://www.pirilampo.org/styles/lib/js/jquery.stickytableheaders.js"></script>
+#+HTML_HEAD: <script type="text/javascript" src="http://www.pirilampo.org/styles/readtheorg/js/readtheorg.js"></script>
+
+* Quelques explications
+
+Ceci est un document org-mode avec quelques exemples de code
+R. Une fois ouvert dans emacs, ce document peut aisément être
+exporté au format HTML, PDF, et Office. Pour plus de détails sur
+org-mode vous pouvez consulter https://orgmode.org/guide/.
+
+Lorsque vous utiliserez le raccourci =C-c C-e h o=, ce document sera
+compilé en html. Tout le code contenu sera ré-exécuté, les résultats
+récupérés et inclus dans un document final. Si vous ne souhaitez pas
+ré-exécuter tout le code à chaque fois, il vous suffit de supprimer
+le # et l'espace qui sont devant le ~#+PROPERTY:~ au début de ce
+document.
+
+Comme nous vous l'avons montré dans la vidéo, on inclut du code
+R de la façon suivante (et on l'exécute en faisant ~C-c C-c~):
+
+#+begin_src R :results output :exports both
+print("Hello world!")
+#+end_src
+
+#+RESULTS:
+: [1] "Hello world!"
+
+Voici la même chose, mais avec une session R (c'est le cas le
+plus courant, R étant vraiment un langage interactif), donc une
+persistance d'un bloc à l'autre (et on l'exécute toujours en faisant
+~C-c C-c~).
+
+#+begin_src R :results output :session *R* :exports both
+summary(cars)
+#+end_src
+
+#+RESULTS:
+:      speed           dist       
+:  Min.   : 4.0   Min.   :  2.00  
+:  1st Qu.:12.0   1st Qu.: 26.00  
+:  Median :15.0   Median : 36.00  
+:  Mean   :15.4   Mean   : 42.98  
+:  3rd Qu.:19.0   3rd Qu.: 56.00  
+:  Max.   :25.0   Max.   :120.00
+
+Et enfin, voici un exemple de sortie graphique:
+#+begin_src R :results output graphics :file "./cars.png" :exports results :width 600 :height 400 :session *R* 
+plot(cars)
+#+end_src
+
+#+RESULTS:
+[[file:./cars.png]]
+
+Vous remarquerez le paramètre ~:exports results~ qui indique que le code
+ne doit pas apparaître dans la version finale du document. Nous vous
+recommandons dans le cadre de ce MOOC de ne pas changer ce paramètre
+(indiquer ~both~) car l'objectif est que vos analyses de données soient
+parfaitement transparentes pour être reproductibles.
+
+Attention, la figure ainsi générée n'est pas stockée dans le document
+org. C'est un fichier ordinaire, ici nommé ~cars.png~. N'oubliez pas
+de le committer si vous voulez que votre analyse soit lisible et
+compréhensible sur GitLab.
+
+Enfin, pour les prochains exercices, nous ne vous fournirons pas
+forcément de fichier de départ, ça sera à vous de le créer, par
+exemple en repartant de ce document et de le commiter vers
+gitlab. N'oubliez pas que nous vous fournissons dans les ressources de
+ce MOOC une configuration avec un certain nombre de raccourcis
+claviers permettant de créer rapidement les blocs de code R (en
+faisant ~<r~ ou ~<R~ suivi de ~Tab~).
+
+Maintenant, à vous de jouer! Vous pouvez effacer toutes ces
+informations et les remplacer par votre document computationnel.

module2/exo2/exercice_en.Rmd

+---
+title: "Your title"
+author: "Your name"
+date: "Today's date"
+output: html_document
+---
+
+
+```{r setup, include=FALSE}
+knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
+```
+
+## Some explanations
+
+This is an R Markdown document that you can easily export to HTML, PDF, and MS Word formats. For more information on R Markdown, see <http://rmarkdown.rstudio.com>.
+
+When you click on the button **Knit**, the document will be compiled in order to re-execute the R code and to include the results into the final document. As we have shown in the video, R code is inserted as follows:
+
+```{r cars}
+summary(cars)
+```
+
+It is also straightforward to include figures. For example:
+
+```{r pressure, echo=FALSE}
+plot(pressure)
+```
+
+Note the parameter `echo = FALSE` that indicates that the code will not appear in the final version of the document. We recommend not to use this parameter in the context of this MOOC, because we want your data analyses to be perfectly transparent and reproducible.
+
+Since the results are not stored in Rmd files, you should generate an HTML or PDF version of your exercises and commit them. Otherwise reading and checking your analysis will be difficult for anyone else but you.
+
+Now it's your turn! You can delete all this information and replace it by your computational document.

module2/exo2/exercice_en.ipynb

+{
+ "cells": [],
+ "metadata": {
+  "kernelspec": {
+   "display_name": "Python 3",
+   "language": "python",
+   "name": "python3"
+  },
+  "language_info": {
+   "codemirror_mode": {
+    "name": "ipython",
+    "version": 3
+   },
+   "file_extension": ".py",
+   "mimetype": "text/x-python",
+   "name": "python",
+   "nbconvert_exporter": "python",
+   "pygments_lexer": "ipython3",
+   "version": "3.6.3"
+  }
+ },
+ "nbformat": 4,
+ "nbformat_minor": 2
+}
+

module2/exo2/exercice_fr.Rmd

+---
+title: "Votre titre"
+author: "Votre nom"
+date: "La date du jour"
+output: html_document
+---
+
+
+```{r setup, include=FALSE}
+knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
+```
+
+## Quelques explications
+
+Ceci est un document R markdown que vous pouvez aisément exporter au format HTML, PDF, et MS Word. Pour plus de détails sur R Markdown consultez <http://rmarkdown.rstudio.com>.
+
+Lorsque vous cliquerez sur le bouton **Knit** ce document sera compilé afin de ré-exécuter le code R et d'inclure les résultats dans un document final. Comme nous vous l'avons montré dans la vidéo, on inclue du code R de la façon suivante:
+
+```{r cars}
+summary(cars)
+```
+
+Et on peut aussi aisément inclure des figures. Par exemple:
+
+```{r pressure, echo=FALSE}
+plot(pressure)
+```
+
+Vous remarquerez le paramètre `echo = FALSE` qui indique que le code ne doit pas apparaître dans la version finale du document. Nous vous recommandons dans le cadre de ce MOOC de ne pas utiliser ce paramètre car l'objectif est que vos analyses de données soient parfaitement transparentes pour être reproductibles. 
+
+Comme les résultats ne sont pas stockés dans les fichiers Rmd, pour faciliter la relecture de vos analyses par d'autres personnes, vous aurez donc intérêt à générer un HTML ou un PDF et à le commiter.
+
+Maintenant, à vous de jouer! Vous pouvez effacer toutes ces informations et les remplacer par votre document computationnel.

module2/exo2/exercice_fr.ipynb

+{
+ "cells": [],
+ "metadata": {
+  "kernelspec": {
+   "display_name": "Python 3",
+   "language": "python",
+   "name": "python3"
+  },
+  "language_info": {
+   "codemirror_mode": {
+    "name": "ipython",
+    "version": 3
+   },
+   "file_extension": ".py",
+   "mimetype": "text/x-python",
+   "name": "python",
+   "nbconvert_exporter": "python",
+   "pygments_lexer": "ipython3",
+   "version": "3.6.3"
+  }
+ },
+ "nbformat": 4,
+ "nbformat_minor": 2
+}
+

module2/exo2/exercice_python_en.org

+#+TITLE:  Your title
+#+AUTHOR: Your name
+#+DATE:   Today's date
+#+LANGUAGE: en
+# #+PROPERTY: header-args :eval never-export
+
+#+HTML_HEAD: <link rel="stylesheet" type="text/css" href="http://www.pirilampo.org/styles/readtheorg/css/htmlize.css"/>
+#+HTML_HEAD: <link rel="stylesheet" type="text/css" href="http://www.pirilampo.org/styles/readtheorg/css/readtheorg.css"/>
+#+HTML_HEAD: <script src="https://ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/2.1.3/jquery.min.js"></script>
+#+HTML_HEAD: <script src="https://maxcdn.bootstrapcdn.com/bootstrap/3.3.4/js/bootstrap.min.js"></script>
+#+HTML_HEAD: <script type="text/javascript" src="http://www.pirilampo.org/styles/lib/js/jquery.stickytableheaders.js"></script>
+#+HTML_HEAD: <script type="text/javascript" src="http://www.pirilampo.org/styles/readtheorg/js/readtheorg.js"></script>
+
+* Some explanations
+
+This is an org-mode document with code examples in R.  Once opened in
+Emacs, this document can easily be exported to HTML, PDF, and Office
+formats. For more information on org-mode, see
+https://orgmode.org/guide/.
+
+When you type the shortcut =C-c C-e h o=, this document will be
+exported as HTML. All the code in it will be re-executed, and the
+results will be retrieved and included into the exported document. If
+you do not want to re-execute all code each time, you can delete the #
+and the space before ~#+PROPERTY:~ in the header of this document.
+
+Like we showed in the video, Python code is included as follows (and
+is exxecuted by typing ~C-c C-c~):
+
+#+begin_src python :results output :exports both
+print("Hello world!")
+#+end_src
+
+#+RESULTS:
+: Hello world!
+
+And now the same but in an Python session. With a session, Python's
+state, i.e. the values of all the variables, remains persistent from
+one code block to the next. The code is still executed using ~C-c
+C-c~.
+
+#+begin_src python :results output :session :exports both
+import numpy
+x=numpy.linspace(-15,15)
+print(x)
+#+end_src
+
+#+RESULTS:
+#+begin_example
+[-15.         -14.3877551  -13.7755102  -13.16326531 -12.55102041
+ -11.93877551 -11.32653061 -10.71428571 -10.10204082  -9.48979592
+  -8.87755102  -8.26530612  -7.65306122  -7.04081633  -6.42857143
+  -5.81632653  -5.20408163  -4.59183673  -3.97959184  -3.36734694
+  -2.75510204  -2.14285714  -1.53061224  -0.91836735  -0.30612245
+   0.30612245   0.91836735   1.53061224   2.14285714   2.75510204
+   3.36734694   3.97959184   4.59183673   5.20408163   5.81632653
+   6.42857143   7.04081633   7.65306122   8.26530612   8.87755102
+   9.48979592  10.10204082  10.71428571  11.32653061  11.93877551
+  12.55102041  13.16326531  13.7755102   14.3877551   15.        ]
+#+end_example
+
+Finally, an example for graphical output:
+#+begin_src python :results output file :session :var matplot_lib_filename="./cosxsx.png" :exports results
+import matplotlib.pyplot as plt
+
+plt.figure(figsize=(10,5))
+plt.plot(x,numpy.cos(x)/x)
+plt.tight_layout()
+
+plt.savefig(matplot_lib_filename)
+print(matplot_lib_filename)
+#+end_src
+
+#+RESULTS:
+[[file:./cosxsx.png]]
+
+Note the parameter ~:exports results~, which indicates that the code
+will not appear in the exported document. We recommend that in the
+context of this MOOC, you always leave this parameter setting as
+~:exports both~, because we want your analyses to be perfectly
+transparent and reproducible.
+
+Watch out: the figure generated by the code block is /not/ stored in
+the org document. It's a plain file, here named ~cosxsx.png~. You have
+to commit it explicitly if you want your analysis to be legible and
+understandable on GitLab.
+
+Finally, don't forget that we provide in the resource section of this
+MOOC a configuration with a few keyboard shortcuts that allow you to
+quickly create code blocks in Python by typing ~<p~, ~<P~ or ~<PP~
+followed by ~Tab~.
+
+Now it's your turn! You can delete all this information and replace it
+by your computational document.

module2/exo2/exercice_python_fr.org

+#+TITLE:  Votre titre
+#+AUTHOR: Votre nom
+#+DATE:   La date du jour
+#+LANGUAGE: fr
+# #+PROPERTY: header-args :eval never-export
+
+#+HTML_HEAD: <link rel="stylesheet" type="text/css" href="http://www.pirilampo.org/styles/readtheorg/css/htmlize.css"/>
+#+HTML_HEAD: <link rel="stylesheet" type="text/css" href="http://www.pirilampo.org/styles/readtheorg/css/readtheorg.css"/>
+#+HTML_HEAD: <script src="https://ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/2.1.3/jquery.min.js"></script>
+#+HTML_HEAD: <script src="https://maxcdn.bootstrapcdn.com/bootstrap/3.3.4/js/bootstrap.min.js"></script>
+#+HTML_HEAD: <script type="text/javascript" src="http://www.pirilampo.org/styles/lib/js/jquery.stickytableheaders.js"></script>
+#+HTML_HEAD: <script type="text/javascript" src="http://www.pirilampo.org/styles/readtheorg/js/readtheorg.js"></script>
+
+* Quelques explications
+
+Ceci est un document org-mode avec quelques exemples de code
+python. Une fois ouvert dans emacs, ce document peut aisément être
+exporté au format HTML, PDF, et Office. Pour plus de détails sur
+org-mode vous pouvez consulter https://orgmode.org/guide/.
+
+Lorsque vous utiliserez le raccourci =C-c C-e h o=, ce document sera
+compilé en html. Tout le code contenu sera ré-exécuté, les résultats
+récupérés et inclus dans un document final. Si vous ne souhaitez pas
+ré-exécuter tout le code à chaque fois, il vous suffit de supprimer
+le # et l'espace qui sont devant le ~#+PROPERTY:~ au début de ce
+document.
+
+Comme nous vous l'avons montré dans la vidéo, on inclue du code
+python de la façon suivante (et on l'exécute en faisant ~C-c C-c~):
+
+#+begin_src python :results output :exports both
+print("Hello world!")
+#+end_src
+
+#+RESULTS:
+: Hello world!
+
+Voici la même chose, mais avec une session python, donc une
+persistance d'un bloc à l'autre (et on l'exécute toujours en faisant
+~C-c C-c~).
+#+begin_src python :results output :session :exports both
+import numpy
+x=numpy.linspace(-15,15)
+print(x)
+#+end_src
+
+#+RESULTS:
+#+begin_example
+[-15.         -14.3877551  -13.7755102  -13.16326531 -12.55102041
+ -11.93877551 -11.32653061 -10.71428571 -10.10204082  -9.48979592
+  -8.87755102  -8.26530612  -7.65306122  -7.04081633  -6.42857143
+  -5.81632653  -5.20408163  -4.59183673  -3.97959184  -3.36734694
+  -2.75510204  -2.14285714  -1.53061224  -0.91836735  -0.30612245
+   0.30612245   0.91836735   1.53061224   2.14285714   2.75510204
+   3.36734694   3.97959184   4.59183673   5.20408163   5.81632653
+   6.42857143   7.04081633   7.65306122   8.26530612   8.87755102
+   9.48979592  10.10204082  10.71428571  11.32653061  11.93877551
+  12.55102041  13.16326531  13.7755102   14.3877551   15.        ]
+#+end_example
+
+Et enfin, voici un exemple de sortie graphique:
+#+begin_src python :results output file :session :var matplot_lib_filename="./cosxsx.png" :exports results
+import matplotlib.pyplot as plt
+
+plt.figure(figsize=(10,5))
+plt.plot(x,numpy.cos(x)/x)
+plt.tight_layout()
+
+plt.savefig(matplot_lib_filename)
+print(matplot_lib_filename)
+#+end_src
+
+#+RESULTS:
+[[file:./cosxsx.png]]
+
+Vous remarquerez le paramètre ~:exports results~ qui indique que le code
+ne doit pas apparaître dans la version finale du document. Nous vous
+recommandons dans le cadre de ce MOOC de ne pas changer ce paramètre
+(indiquer ~both~) car l'objectif est que vos analyses de données soient
+parfaitement transparentes pour être reproductibles.
+
+Attention, la figure ainsi générée n'est pas stockée dans le document
+org. C'est un fichier ordinaire, ici nommé ~cosxsx.png~. N'oubliez pas
+de le committer si vous voulez que votre analyse soit lisible et
+compréhensible sur GitLab.
+
+Enfin, n'oubliez pas que nous vous fournissons dans les ressources de
+ce MOOC une configuration avec un certain nombre de raccourcis
+claviers permettant de créer rapidement les blocs de code python (en
+faisant ~<p~, ~<P~ ou ~<PP~ suivi de ~Tab~).
+
+Maintenant, à vous de jouer! Vous pouvez effacer toutes ces
+informations et les remplacer par votre document computationnel.

module2/exo3/exercice.ipynb

+{
+ "cells": [],
+ "metadata": {
+  "kernelspec": {
+   "display_name": "Python 3",
+   "language": "python",
+   "name": "python3"
+  },
+  "language_info": {
+   "codemirror_mode": {
+    "name": "ipython",
+    "version": 3
+   },
+   "file_extension": ".py",
+   "mimetype": "text/x-python",
+   "name": "python",
+   "nbconvert_exporter": "python",
+   "pygments_lexer": "ipython3",
+   "version": "3.6.3"
+  }
+ },
+ "nbformat": 4,
+ "nbformat_minor": 2
+}
+

module2/exo3/exercice_R_en.org

+#+TITLE:  Your title
+#+AUTHOR: Your name
+#+DATE:   Today's date
+#+LANGUAGE: en
+# #+PROPERTY: header-args :eval never-export
+
+#+HTML_HEAD: <link rel="stylesheet" type="text/css" href="http://www.pirilampo.org/styles/readtheorg/css/htmlize.css"/>
+#+HTML_HEAD: <link rel="stylesheet" type="text/css" href="http://www.pirilampo.org/styles/readtheorg/css/readtheorg.css"/>
+#+HTML_HEAD: <script src="https://ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/2.1.3/jquery.min.js"></script>
+#+HTML_HEAD: <script src="https://maxcdn.bootstrapcdn.com/bootstrap/3.3.4/js/bootstrap.min.js"></script>
+#+HTML_HEAD: <script type="text/javascript" src="http://www.pirilampo.org/styles/lib/js/jquery.stickytableheaders.js"></script>
+#+HTML_HEAD: <script type="text/javascript" src="http://www.pirilampo.org/styles/readtheorg/js/readtheorg.js"></script>
+
+* Some explanations
+
+This is an org-mode document with code examples in R.  Once opened in
+Emacs, this document can easily be exported to HTML, PDF, and Office
+formats. For more information on org-mode, see
+https://orgmode.org/guide/.
+
+When you type the shortcut =C-c C-e h o=, this document will be
+exported as HTML. All the code in it will be re-executed, and the
+results will be retrieved and included into the exported document. If
+you do not want to re-execute all code each time, you can delete the #
+and the space before ~#+PROPERTY:~ in the header of this document.
+
+Like we showed in the video, R code is included as follows (and is
+exxecuted by typing ~C-c C-c~):
+
+#+begin_src R :results output :exports both
+print("Hello world!")
+#+end_src
+
+#+RESULTS:
+: [1] "Hello world!"
+
+And now the same but in an R session. This is the most frequent
+situation, because R is really an interactive language. With a
+session, R's state, i.e. the values of all the variables, remains
+persistent from one code block to the next. The code is still executed
+using ~C-c C-c~.
+
+#+begin_src R :results output :session *R* :exports both
+summary(cars)
+#+end_src
+
+#+RESULTS:
+:      speed           dist       
+:  Min.   : 4.0   Min.   :  2.00  
+:  1st Qu.:12.0   1st Qu.: 26.00  
+:  Median :15.0   Median : 36.00  
+:  Mean   :15.4   Mean   : 42.98  
+:  3rd Qu.:19.0   3rd Qu.: 56.00  
+:  Max.   :25.0   Max.   :120.00
+
+Finally, an example for graphical output:
+#+begin_src R :results output graphics :file "./cars.png" :exports results :width 600 :height 400 :session *R* 
+plot(cars)
+#+end_src
+
+#+RESULTS:
+[[file:./cars.png]]
+
+Note the parameter ~:exports results~, which indicates that the code
+will not appear in the exported document. We recommend that in the
+context of this MOOC, you always leave this parameter setting as
+~:exports both~, because we want your analyses to be perfectly
+transparent and reproducible.
+
+Watch out: the figure generated by the code block is /not/ stored in
+the org document. It's a plain file, here named ~cars.png~. You have
+to commit it explicitly if you want your analysis to be legible and
+understandable on GitLab.
+
+Finally, don't forget that we provide in the resource section of this
+MOOC a configuration with a few keyboard shortcuts that allow you to
+quickly create code blocks in R by typing ~<r~ or ~<R~ followed by
+~Tab~.
+
+Now it's your turn! You can delete all this information and replace it
+by your computational document.

module2/exo3/exercice_R_fr.org

+#+TITLE:  Votre titre
+#+AUTHOR: Votre nom
+#+DATE:   La date du jour
+#+LANGUAGE: fr
+# #+PROPERTY: header-args :eval never-export
+
+#+HTML_HEAD: <link rel="stylesheet" type="text/css" href="http://www.pirilampo.org/styles/readtheorg/css/htmlize.css"/>
+#+HTML_HEAD: <link rel="stylesheet" type="text/css" href="http://www.pirilampo.org/styles/readtheorg/css/readtheorg.css"/>
+#+HTML_HEAD: <script src="https://ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/2.1.3/jquery.min.js"></script>
+#+HTML_HEAD: <script src="https://maxcdn.bootstrapcdn.com/bootstrap/3.3.4/js/bootstrap.min.js"></script>
+#+HTML_HEAD: <script type="text/javascript" src="http://www.pirilampo.org/styles/lib/js/jquery.stickytableheaders.js"></script>
+#+HTML_HEAD: <script type="text/javascript" src="http://www.pirilampo.org/styles/readtheorg/js/readtheorg.js"></script>
+
+* Quelques explications
+
+Ceci est un document org-mode avec quelques exemples de code
+R. Une fois ouvert dans emacs, ce document peut aisément être
+exporté au format HTML, PDF, et Office. Pour plus de détails sur
+org-mode vous pouvez consulter https://orgmode.org/guide/.
+
+Lorsque vous utiliserez le raccourci =C-c C-e h o=, ce document sera
+compilé en html. Tout le code contenu sera ré-exécuté, les résultats
+récupérés et inclus dans un document final. Si vous ne souhaitez pas
+ré-exécuter tout le code à chaque fois, il vous suffit de supprimer
+le # et l'espace qui sont devant le ~#+PROPERTY:~ au début de ce
+document.
+
+Comme nous vous l'avons montré dans la vidéo, on inclut du code
+R de la façon suivante (et on l'exécute en faisant ~C-c C-c~):
+
+#+begin_src R :results output :exports both
+print("Hello world!")
+#+end_src
+
+#+RESULTS:
+: [1] "Hello world!"
+
+Voici la même chose, mais avec une session R (c'est le cas le
+plus courant, R étant vraiment un langage interactif), donc une
+persistance d'un bloc à l'autre (et on l'exécute toujours en faisant
+~C-c C-c~).
+
+#+begin_src R :results output :session *R* :exports both
+summary(cars)
+#+end_src
+
+#+RESULTS:
+:      speed           dist       
+:  Min.   : 4.0   Min.   :  2.00  
+:  1st Qu.:12.0   1st Qu.: 26.00  
+:  Median :15.0   Median : 36.00  
+:  Mean   :15.4   Mean   : 42.98  
+:  3rd Qu.:19.0   3rd Qu.: 56.00  
+:  Max.   :25.0   Max.   :120.00
+
+Et enfin, voici un exemple de sortie graphique:
+#+begin_src R :results output graphics :file "./cars.png" :exports results :width 600 :height 400 :session *R* 
+plot(cars)
+#+end_src
+
+#+RESULTS:
+[[file:./cars.png]]
+
+Vous remarquerez le paramètre ~:exports results~ qui indique que le code
+ne doit pas apparaître dans la version finale du document. Nous vous
+recommandons dans le cadre de ce MOOC de ne pas changer ce paramètre
+(indiquer ~both~) car l'objectif est que vos analyses de données soient
+parfaitement transparentes pour être reproductibles.
+
+Attention, la figure ainsi générée n'est pas stockée dans le document
+org. C'est un fichier ordinaire, ici nommé ~cars.png~. N'oubliez pas
+de le committer si vous voulez que votre analyse soit lisible et
+compréhensible sur GitLab.
+
+Enfin, pour les prochains exercices, nous ne vous fournirons pas
+forcément de fichier de départ, ça sera à vous de le créer, par
+exemple en repartant de ce document et de le commiter vers
+gitlab. N'oubliez pas que nous vous fournissons dans les ressources de
+ce MOOC une configuration avec un certain nombre de raccourcis
+claviers permettant de créer rapidement les blocs de code R (en
+faisant ~<r~ ou ~<R~ suivi de ~Tab~).
+
+Maintenant, à vous de jouer! Vous pouvez effacer toutes ces
+informations et les remplacer par votre document computationnel.

module2/exo3/exercice_en.Rmd

+---
+title: "Your title"
+author: "Your name"
+date: "Today's date"
+output: html_document
+---
+
+
+```{r setup, include=FALSE}
+knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
+```
+
+## Some explanations
+
+This is an R Markdown document that you can easily export to HTML, PDF, and MS Word formats. For more information on R Markdown, see <http://rmarkdown.rstudio.com>.
+
+When you click on the button **Knit**, the document will be compiled in order to re-execute the R code and to include the results into the final document. As we have shown in the video, R code is inserted as follows:
+
+```{r cars}
+summary(cars)
+```
+
+It is also straightforward to include figures. For example:
+
+```{r pressure, echo=FALSE}
+plot(pressure)
+```
+
+Note the parameter `echo = FALSE` that indicates that the code will not appear in the final version of the document. We recommend not to use this parameter in the context of this MOOC, because we want your data analyses to be perfectly transparent and reproducible.
+
+Since the results are not stored in Rmd files, you should generate an HTML or PDF version of your exercises and commit them. Otherwise reading and checking your analysis will be difficult for anyone else but you.
+
+Now it's your turn! You can delete all this information and replace it by your computational document.

module2/exo3/exercice_en.ipynb

+{
+ "cells": [],
+ "metadata": {
+  "kernelspec": {
+   "display_name": "Python 3",
+   "language": "python",
+   "name": "python3"
+  },
+  "language_info": {
+   "codemirror_mode": {
+    "name": "ipython",
+    "version": 3
+   },
+   "file_extension": ".py",
+   "mimetype": "text/x-python",
+   "name": "python",
+   "nbconvert_exporter": "python",
+   "pygments_lexer": "ipython3",
+   "version": "3.6.3"
+  }
+ },
+ "nbformat": 4,
+ "nbformat_minor": 2
+}
+

module2/exo3/exercice_fr.Rmd

+---
+title: "Votre titre"
+author: "Votre nom"
+date: "La date du jour"
+output: html_document
+---
+
+
+```{r setup, include=FALSE}
+knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
+```
+
+## Quelques explications
+
+Ceci est un document R markdown que vous pouvez aisément exporter au format HTML, PDF, et MS Word. Pour plus de détails sur R Markdown consultez <http://rmarkdown.rstudio.com>.
+
+Lorsque vous cliquerez sur le bouton **Knit** ce document sera compilé afin de ré-exécuter le code R et d'inclure les résultats dans un document final. Comme nous vous l'avons montré dans la vidéo, on inclue du code R de la façon suivante:
+
+```{r cars}
+summary(cars)
+```
+
+Et on peut aussi aisément inclure des figures. Par exemple:
+
+```{r pressure, echo=FALSE}
+plot(pressure)
+```
+
+Vous remarquerez le paramètre `echo = FALSE` qui indique que le code ne doit pas apparaître dans la version finale du document. Nous vous recommandons dans le cadre de ce MOOC de ne pas utiliser ce paramètre car l'objectif est que vos analyses de données soient parfaitement transparentes pour être reproductibles. 
+
+Comme les résultats ne sont pas stockés dans les fichiers Rmd, pour faciliter la relecture de vos analyses par d'autres personnes, vous aurez donc intérêt à générer un HTML ou un PDF et à le commiter.
+
+Maintenant, à vous de jouer! Vous pouvez effacer toutes ces informations et les remplacer par votre document computationnel.

module2/exo3/exercice_fr.ipynb

+{
+ "cells": [],
+ "metadata": {
+  "kernelspec": {
+   "display_name": "Python 3",
+   "language": "python",
+   "name": "python3"
+  },
+  "language_info": {
+   "codemirror_mode": {
+    "name": "ipython",
+    "version": 3
+   },
+   "file_extension": ".py",
+   "mimetype": "text/x-python",
+   "name": "python",
+   "nbconvert_exporter": "python",
+   "pygments_lexer": "ipython3",
+   "version": "3.6.3"
+  }
+ },
+ "nbformat": 4,
+ "nbformat_minor": 2
+}
+

module2/exo3/exercice_python_en.org

+#+TITLE:  Your title
+#+AUTHOR: Your name
+#+DATE:   Today's date
+#+LANGUAGE: en
+# #+PROPERTY: header-args :eval never-export
+
+#+HTML_HEAD: <link rel="stylesheet" type="text/css" href="http://www.pirilampo.org/styles/readtheorg/css/htmlize.css"/>
+#+HTML_HEAD: <link rel="stylesheet" type="text/css" href="http://www.pirilampo.org/styles/readtheorg/css/readtheorg.css"/>
+#+HTML_HEAD: <script src="https://ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/2.1.3/jquery.min.js"></script>
+#+HTML_HEAD: <script src="https://maxcdn.bootstrapcdn.com/bootstrap/3.3.4/js/bootstrap.min.js"></script>
+#+HTML_HEAD: <script type="text/javascript" src="http://www.pirilampo.org/styles/lib/js/jquery.stickytableheaders.js"></script>
+#+HTML_HEAD: <script type="text/javascript" src="http://www.pirilampo.org/styles/readtheorg/js/readtheorg.js"></script>
+
+* Some explanations
+
+This is an org-mode document with code examples in R.  Once opened in
+Emacs, this document can easily be exported to HTML, PDF, and Office
+formats. For more information on org-mode, see
+https://orgmode.org/guide/.
+
+When you type the shortcut =C-c C-e h o=, this document will be
+exported as HTML. All the code in it will be re-executed, and the
+results will be retrieved and included into the exported document. If
+you do not want to re-execute all code each time, you can delete the #
+and the space before ~#+PROPERTY:~ in the header of this document.
+
+Like we showed in the video, Python code is included as follows (and
+is exxecuted by typing ~C-c C-c~):
+
+#+begin_src python :results output :exports both
+print("Hello world!")
+#+end_src
+
+#+RESULTS:
+: Hello world!
+
+And now the same but in an Python session. With a session, Python's
+state, i.e. the values of all the variables, remains persistent from
+one code block to the next. The code is still executed using ~C-c
+C-c~.
+
+#+begin_src python :results output :session :exports both
+import numpy
+x=numpy.linspace(-15,15)
+print(x)
+#+end_src
+
+#+RESULTS:
+#+begin_example
+[-15.         -14.3877551  -13.7755102  -13.16326531 -12.55102041
+ -11.93877551 -11.32653061 -10.71428571 -10.10204082  -9.48979592
+  -8.87755102  -8.26530612  -7.65306122  -7.04081633  -6.42857143
+  -5.81632653  -5.20408163  -4.59183673  -3.97959184  -3.36734694
+  -2.75510204  -2.14285714  -1.53061224  -0.91836735  -0.30612245
+   0.30612245   0.91836735   1.53061224   2.14285714   2.75510204
+   3.36734694   3.97959184   4.59183673   5.20408163   5.81632653
+   6.42857143   7.04081633   7.65306122   8.26530612   8.87755102
+   9.48979592  10.10204082  10.71428571  11.32653061  11.93877551
+  12.55102041  13.16326531  13.7755102   14.3877551   15.        ]
+#+end_example
+
+Finally, an example for graphical output:
+#+begin_src python :results output file :session :var matplot_lib_filename="./cosxsx.png" :exports results
+import matplotlib.pyplot as plt
+
+plt.figure(figsize=(10,5))
+plt.plot(x,numpy.cos(x)/x)
+plt.tight_layout()
+
+plt.savefig(matplot_lib_filename)
+print(matplot_lib_filename)
+#+end_src
+
+#+RESULTS:
+[[file:./cosxsx.png]]
+
+Note the parameter ~:exports results~, which indicates that the code
+will not appear in the exported document. We recommend that in the
+context of this MOOC, you always leave this parameter setting as
+~:exports both~, because we want your analyses to be perfectly
+transparent and reproducible.
+
+Watch out: the figure generated by the code block is /not/ stored in
+the org document. It's a plain file, here named ~cosxsx.png~. You have
+to commit it explicitly if you want your analysis to be legible and
+understandable on GitLab.
+
+Finally, don't forget that we provide in the resource section of this
+MOOC a configuration with a few keyboard shortcuts that allow you to
+quickly create code blocks in Python by typing ~<p~, ~<P~ or ~<PP~
+followed by ~Tab~.
+
+Now it's your turn! You can delete all this information and replace it
+by your computational document.

module2/exo3/exercice_python_fr.org

+#+TITLE:  Votre titre
+#+AUTHOR: Votre nom
+#+DATE:   La date du jour
+#+LANGUAGE: fr
+# #+PROPERTY: header-args :eval never-export
+
+#+HTML_HEAD: <link rel="stylesheet" type="text/css" href="http://www.pirilampo.org/styles/readtheorg/css/htmlize.css"/>
+#+HTML_HEAD: <link rel="stylesheet" type="text/css" href="http://www.pirilampo.org/styles/readtheorg/css/readtheorg.css"/>
+#+HTML_HEAD: <script src="https://ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/2.1.3/jquery.min.js"></script>
+#+HTML_HEAD: <script src="https://maxcdn.bootstrapcdn.com/bootstrap/3.3.4/js/bootstrap.min.js"></script>
+#+HTML_HEAD: <script type="text/javascript" src="http://www.pirilampo.org/styles/lib/js/jquery.stickytableheaders.js"></script>
+#+HTML_HEAD: <script type="text/javascript" src="http://www.pirilampo.org/styles/readtheorg/js/readtheorg.js"></script>
+
+* Quelques explications
+
+Ceci est un document org-mode avec quelques exemples de code
+python. Une fois ouvert dans emacs, ce document peut aisément être
+exporté au format HTML, PDF, et Office. Pour plus de détails sur
+org-mode vous pouvez consulter https://orgmode.org/guide/.
+
+Lorsque vous utiliserez le raccourci =C-c C-e h o=, ce document sera
+compilé en html. Tout le code contenu sera ré-exécuté, les résultats
+récupérés et inclus dans un document final. Si vous ne souhaitez pas
+ré-exécuter tout le code à chaque fois, il vous suffit de supprimer
+le # et l'espace qui sont devant le ~#+PROPERTY:~ au début de ce
+document.
+
+Comme nous vous l'avons montré dans la vidéo, on inclue du code
+python de la façon suivante (et on l'exécute en faisant ~C-c C-c~):
+
+#+begin_src python :results output :exports both
+print("Hello world!")
+#+end_src
+
+#+RESULTS:
+: Hello world!
+
+Voici la même chose, mais avec une session python, donc une
+persistance d'un bloc à l'autre (et on l'exécute toujours en faisant
+~C-c C-c~).
+#+begin_src python :results output :session :exports both
+import numpy
+x=numpy.linspace(-15,15)
+print(x)
+#+end_src
+
+#+RESULTS:
+#+begin_example
+[-15.         -14.3877551  -13.7755102  -13.16326531 -12.55102041
+ -11.93877551 -11.32653061 -10.71428571 -10.10204082  -9.48979592
+  -8.87755102  -8.26530612  -7.65306122  -7.04081633  -6.42857143
+  -5.81632653  -5.20408163  -4.59183673  -3.97959184  -3.36734694
+  -2.75510204  -2.14285714  -1.53061224  -0.91836735  -0.30612245
+   0.30612245   0.91836735   1.53061224   2.14285714   2.75510204
+   3.36734694   3.97959184   4.59183673   5.20408163   5.81632653
+   6.42857143   7.04081633   7.65306122   8.26530612   8.87755102
+   9.48979592  10.10204082  10.71428571  11.32653061  11.93877551
+  12.55102041  13.16326531  13.7755102   14.3877551   15.        ]
+#+end_example
+
+Et enfin, voici un exemple de sortie graphique:
+#+begin_src python :results output file :session :var matplot_lib_filename="./cosxsx.png" :exports results
+import matplotlib.pyplot as plt
+
+plt.figure(figsize=(10,5))
+plt.plot(x,numpy.cos(x)/x)
+plt.tight_layout()
+
+plt.savefig(matplot_lib_filename)
+print(matplot_lib_filename)
+#+end_src
+
+#+RESULTS:
+[[file:./cosxsx.png]]
+
+Vous remarquerez le paramètre ~:exports results~ qui indique que le code
+ne doit pas apparaître dans la version finale du document. Nous vous
+recommandons dans le cadre de ce MOOC de ne pas changer ce paramètre
+(indiquer ~both~) car l'objectif est que vos analyses de données soient
+parfaitement transparentes pour être reproductibles.
+
+Attention, la figure ainsi générée n'est pas stockée dans le document
+org. C'est un fichier ordinaire, ici nommé ~cosxsx.png~. N'oubliez pas
+de le committer si vous voulez que votre analyse soit lisible et
+compréhensible sur GitLab.
+
+Enfin, n'oubliez pas que nous vous fournissons dans les ressources de
+ce MOOC une configuration avec un certain nombre de raccourcis
+claviers permettant de créer rapidement les blocs de code python (en
+faisant ~<p~, ~<P~ ou ~<PP~ suivi de ~Tab~).
+
+Maintenant, à vous de jouer! Vous pouvez effacer toutes ces
+informations et les remplacer par votre document computationnel.

module2/exo4/exercice.ipynb

+{
+ "cells": [],
+ "metadata": {
+  "kernelspec": {
+   "display_name": "Python 3",
+   "language": "python",
+   "name": "python3"
+  },
+  "language_info": {
+   "codemirror_mode": {
+    "name": "ipython",
+    "version": 3
+   },
+   "file_extension": ".py",
+   "mimetype": "text/x-python",
+   "name": "python",
+   "nbconvert_exporter": "python",
+   "pygments_lexer": "ipython3",
+   "version": "3.6.3"
+  }
+ },
+ "nbformat": 4,
+ "nbformat_minor": 2
+}
+

module2/exo4/exercice_R_en.org

+#+TITLE:  Your title
+#+AUTHOR: Your name
+#+DATE:   Today's date
+#+LANGUAGE: en
+# #+PROPERTY: header-args :eval never-export
+
+#+HTML_HEAD: <link rel="stylesheet" type="text/css" href="http://www.pirilampo.org/styles/readtheorg/css/htmlize.css"/>
+#+HTML_HEAD: <link rel="stylesheet" type="text/css" href="http://www.pirilampo.org/styles/readtheorg/css/readtheorg.css"/>
+#+HTML_HEAD: <script src="https://ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/2.1.3/jquery.min.js"></script>
+#+HTML_HEAD: <script src="https://maxcdn.bootstrapcdn.com/bootstrap/3.3.4/js/bootstrap.min.js"></script>
+#+HTML_HEAD: <script type="text/javascript" src="http://www.pirilampo.org/styles/lib/js/jquery.stickytableheaders.js"></script>
+#+HTML_HEAD: <script type="text/javascript" src="http://www.pirilampo.org/styles/readtheorg/js/readtheorg.js"></script>
+
+* Some explanations
+
+This is an org-mode document with code examples in R.  Once opened in
+Emacs, this document can easily be exported to HTML, PDF, and Office
+formats. For more information on org-mode, see
+https://orgmode.org/guide/.
+
+When you type the shortcut =C-c C-e h o=, this document will be
+exported as HTML. All the code in it will be re-executed, and the
+results will be retrieved and included into the exported document. If
+you do not want to re-execute all code each time, you can delete the #
+and the space before ~#+PROPERTY:~ in the header of this document.
+
+Like we showed in the video, R code is included as follows (and is
+exxecuted by typing ~C-c C-c~):
+
+#+begin_src R :results output :exports both
+print("Hello world!")
+#+end_src
+
+#+RESULTS:
+: [1] "Hello world!"
+
+And now the same but in an R session. This is the most frequent
+situation, because R is really an interactive language. With a
+session, R's state, i.e. the values of all the variables, remains
+persistent from one code block to the next. The code is still executed
+using ~C-c C-c~.
+
+#+begin_src R :results output :session *R* :exports both
+summary(cars)
+#+end_src
+
+#+RESULTS:
+:      speed           dist       
+:  Min.   : 4.0   Min.   :  2.00  
+:  1st Qu.:12.0   1st Qu.: 26.00  
+:  Median :15.0   Median : 36.00  
+:  Mean   :15.4   Mean   : 42.98  
+:  3rd Qu.:19.0   3rd Qu.: 56.00  
+:  Max.   :25.0   Max.   :120.00
+
+Finally, an example for graphical output:
+#+begin_src R :results output graphics :file "./cars.png" :exports results :width 600 :height 400 :session *R* 
+plot(cars)
+#+end_src
+
+#+RESULTS:
+[[file:./cars.png]]
+
+Note the parameter ~:exports results~, which indicates that the code
+will not appear in the exported document. We recommend that in the
+context of this MOOC, you always leave this parameter setting as
+~:exports both~, because we want your analyses to be perfectly
+transparent and reproducible.
+
+Watch out: the figure generated by the code block is /not/ stored in
+the org document. It's a plain file, here named ~cars.png~. You have
+to commit it explicitly if you want your analysis to be legible and
+understandable on GitLab.
+
+Finally, don't forget that we provide in the resource section of this
+MOOC a configuration with a few keyboard shortcuts that allow you to
+quickly create code blocks in R by typing ~<r~ or ~<R~ followed by
+~Tab~.
+
+Now it's your turn! You can delete all this information and replace it
+by your computational document.

module2/exo4/exercice_R_fr.org

+#+TITLE:  Votre titre
+#+AUTHOR: Votre nom
+#+DATE:   La date du jour
+#+LANGUAGE: fr
+# #+PROPERTY: header-args :eval never-export
+
+#+HTML_HEAD: <link rel="stylesheet" type="text/css" href="http://www.pirilampo.org/styles/readtheorg/css/htmlize.css"/>
+#+HTML_HEAD: <link rel="stylesheet" type="text/css" href="http://www.pirilampo.org/styles/readtheorg/css/readtheorg.css"/>
+#+HTML_HEAD: <script src="https://ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/2.1.3/jquery.min.js"></script>
+#+HTML_HEAD: <script src="https://maxcdn.bootstrapcdn.com/bootstrap/3.3.4/js/bootstrap.min.js"></script>
+#+HTML_HEAD: <script type="text/javascript" src="http://www.pirilampo.org/styles/lib/js/jquery.stickytableheaders.js"></script>
+#+HTML_HEAD: <script type="text/javascript" src="http://www.pirilampo.org/styles/readtheorg/js/readtheorg.js"></script>
+
+* Quelques explications
+
+Ceci est un document org-mode avec quelques exemples de code
+R. Une fois ouvert dans emacs, ce document peut aisément être
+exporté au format HTML, PDF, et Office. Pour plus de détails sur
+org-mode vous pouvez consulter https://orgmode.org/guide/.
+
+Lorsque vous utiliserez le raccourci =C-c C-e h o=, ce document sera
+compilé en html. Tout le code contenu sera ré-exécuté, les résultats
+récupérés et inclus dans un document final. Si vous ne souhaitez pas
+ré-exécuter tout le code à chaque fois, il vous suffit de supprimer
+le # et l'espace qui sont devant le ~#+PROPERTY:~ au début de ce
+document.
+
+Comme nous vous l'avons montré dans la vidéo, on inclut du code
+R de la façon suivante (et on l'exécute en faisant ~C-c C-c~):
+
+#+begin_src R :results output :exports both
+print("Hello world!")
+#+end_src
+
+#+RESULTS:
+: [1] "Hello world!"
+
+Voici la même chose, mais avec une session R (c'est le cas le
+plus courant, R étant vraiment un langage interactif), donc une
+persistance d'un bloc à l'autre (et on l'exécute toujours en faisant
+~C-c C-c~).
+
+#+begin_src R :results output :session *R* :exports both
+summary(cars)
+#+end_src
+
+#+RESULTS:
+:      speed           dist       
+:  Min.   : 4.0   Min.   :  2.00  
+:  1st Qu.:12.0   1st Qu.: 26.00  
+:  Median :15.0   Median : 36.00  
+:  Mean   :15.4   Mean   : 42.98  
+:  3rd Qu.:19.0   3rd Qu.: 56.00  
+:  Max.   :25.0   Max.   :120.00
+
+Et enfin, voici un exemple de sortie graphique:
+#+begin_src R :results output graphics :file "./cars.png" :exports results :width 600 :height 400 :session *R* 
+plot(cars)
+#+end_src
+
+#+RESULTS:
+[[file:./cars.png]]
+
+Vous remarquerez le paramètre ~:exports results~ qui indique que le code
+ne doit pas apparaître dans la version finale du document. Nous vous
+recommandons dans le cadre de ce MOOC de ne pas changer ce paramètre
+(indiquer ~both~) car l'objectif est que vos analyses de données soient
+parfaitement transparentes pour être reproductibles.
+
+Attention, la figure ainsi générée n'est pas stockée dans le document
+org. C'est un fichier ordinaire, ici nommé ~cars.png~. N'oubliez pas
+de le committer si vous voulez que votre analyse soit lisible et
+compréhensible sur GitLab.
+
+Enfin, pour les prochains exercices, nous ne vous fournirons pas
+forcément de fichier de départ, ça sera à vous de le créer, par
+exemple en repartant de ce document et de le commiter vers
+gitlab. N'oubliez pas que nous vous fournissons dans les ressources de
+ce MOOC une configuration avec un certain nombre de raccourcis
+claviers permettant de créer rapidement les blocs de code R (en
+faisant ~<r~ ou ~<R~ suivi de ~Tab~).
+
+Maintenant, à vous de jouer! Vous pouvez effacer toutes ces
+informations et les remplacer par votre document computationnel.

module2/exo4/exercice_en.Rmd

+---
+title: "Your title"
+author: "Your name"
+date: "Today's date"
+output: html_document
+---
+
+
+```{r setup, include=FALSE}
+knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
+```
+
+## Some explanations
+
+This is an R Markdown document that you can easily export to HTML, PDF, and MS Word formats. For more information on R Markdown, see <http://rmarkdown.rstudio.com>.
+
+When you click on the button **Knit**, the document will be compiled in order to re-execute the R code and to include the results into the final document. As we have shown in the video, R code is inserted as follows:
+
+```{r cars}
+summary(cars)
+```
+
+It is also straightforward to include figures. For example:
+
+```{r pressure, echo=FALSE}
+plot(pressure)
+```
+
+Note the parameter `echo = FALSE` that indicates that the code will not appear in the final version of the document. We recommend not to use this parameter in the context of this MOOC, because we want your data analyses to be perfectly transparent and reproducible.
+
+Since the results are not stored in Rmd files, you should generate an HTML or PDF version of your exercises and commit them. Otherwise reading and checking your analysis will be difficult for anyone else but you.
+
+Now it's your turn! You can delete all this information and replace it by your computational document.

module2/exo4/exercice_en.ipynb

+{
+ "cells": [],
+ "metadata": {
+  "kernelspec": {
+   "display_name": "Python 3",
+   "language": "python",
+   "name": "python3"
+  },
+  "language_info": {
+   "codemirror_mode": {
+    "name": "ipython",
+    "version": 3
+   },
+   "file_extension": ".py",
+   "mimetype": "text/x-python",
+   "name": "python",
+   "nbconvert_exporter": "python",
+   "pygments_lexer": "ipython3",
+   "version": "3.6.3"
+  }
+ },
+ "nbformat": 4,
+ "nbformat_minor": 2
+}
+

module2/exo4/exercice_fr.Rmd

+---
+title: "Votre titre"
+author: "Votre nom"
+date: "La date du jour"
+output: html_document
+---
+
+
+```{r setup, include=FALSE}
+knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
+```
+
+## Quelques explications
+
+Ceci est un document R markdown que vous pouvez aisément exporter au format HTML, PDF, et MS Word. Pour plus de détails sur R Markdown consultez <http://rmarkdown.rstudio.com>.
+
+Lorsque vous cliquerez sur le bouton **Knit** ce document sera compilé afin de ré-exécuter le code R et d'inclure les résultats dans un document final. Comme nous vous l'avons montré dans la vidéo, on inclue du code R de la façon suivante:
+
+```{r cars}
+summary(cars)
+```
+
+Et on peut aussi aisément inclure des figures. Par exemple:
+
+```{r pressure, echo=FALSE}
+plot(pressure)
+```
+
+Vous remarquerez le paramètre `echo = FALSE` qui indique que le code ne doit pas apparaître dans la version finale du document. Nous vous recommandons dans le cadre de ce MOOC de ne pas utiliser ce paramètre car l'objectif est que vos analyses de données soient parfaitement transparentes pour être reproductibles. 
+
+Comme les résultats ne sont pas stockés dans les fichiers Rmd, pour faciliter la relecture de vos analyses par d'autres personnes, vous aurez donc intérêt à générer un HTML ou un PDF et à le commiter.
+
+Maintenant, à vous de jouer! Vous pouvez effacer toutes ces informations et les remplacer par votre document computationnel.

module2/exo4/exercice_fr.ipynb

+{
+ "cells": [],
+ "metadata": {
+  "kernelspec": {
+   "display_name": "Python 3",
+   "language": "python",
+   "name": "python3"
+  },
+  "language_info": {
+   "codemirror_mode": {
+    "name": "ipython",
+    "version": 3
+   },
+   "file_extension": ".py",
+   "mimetype": "text/x-python",
+   "name": "python",
+   "nbconvert_exporter": "python",
+   "pygments_lexer": "ipython3",
+   "version": "3.6.3"
+  }
+ },
+ "nbformat": 4,
+ "nbformat_minor": 2
+}
+

module2/exo4/exercice_python_en.org

+#+TITLE:  Your title
+#+AUTHOR: Your name
+#+DATE:   Today's date
+#+LANGUAGE: en
+# #+PROPERTY: header-args :eval never-export
+
+#+HTML_HEAD: <link rel="stylesheet" type="text/css" href="http://www.pirilampo.org/styles/readtheorg/css/htmlize.css"/>
+#+HTML_HEAD: <link rel="stylesheet" type="text/css" href="http://www.pirilampo.org/styles/readtheorg/css/readtheorg.css"/>
+#+HTML_HEAD: <script src="https://ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/2.1.3/jquery.min.js"></script>
+#+HTML_HEAD: <script src="https://maxcdn.bootstrapcdn.com/bootstrap/3.3.4/js/bootstrap.min.js"></script>
+#+HTML_HEAD: <script type="text/javascript" src="http://www.pirilampo.org/styles/lib/js/jquery.stickytableheaders.js"></script>
+#+HTML_HEAD: <script type="text/javascript" src="http://www.pirilampo.org/styles/readtheorg/js/readtheorg.js"></script>
+
+* Some explanations
+
+This is an org-mode document with code examples in R.  Once opened in
+Emacs, this document can easily be exported to HTML, PDF, and Office
+formats. For more information on org-mode, see
+https://orgmode.org/guide/.
+
+When you type the shortcut =C-c C-e h o=, this document will be
+exported as HTML. All the code in it will be re-executed, and the
+results will be retrieved and included into the exported document. If
+you do not want to re-execute all code each time, you can delete the #
+and the space before ~#+PROPERTY:~ in the header of this document.
+
+Like we showed in the video, Python code is included as follows (and
+is exxecuted by typing ~C-c C-c~):
+
+#+begin_src python :results output :exports both
+print("Hello world!")
+#+end_src
+
+#+RESULTS:
+: Hello world!
+
+And now the same but in an Python session. With a session, Python's
+state, i.e. the values of all the variables, remains persistent from
+one code block to the next. The code is still executed using ~C-c
+C-c~.
+
+#+begin_src python :results output :session :exports both
+import numpy
+x=numpy.linspace(-15,15)
+print(x)
+#+end_src
+
+#+RESULTS:
+#+begin_example
+[-15.         -14.3877551  -13.7755102  -13.16326531 -12.55102041
+ -11.93877551 -11.32653061 -10.71428571 -10.10204082  -9.48979592
+  -8.87755102  -8.26530612  -7.65306122  -7.04081633  -6.42857143
+  -5.81632653  -5.20408163  -4.59183673  -3.97959184  -3.36734694
+  -2.75510204  -2.14285714  -1.53061224  -0.91836735  -0.30612245
+   0.30612245   0.91836735   1.53061224   2.14285714   2.75510204
+   3.36734694   3.97959184   4.59183673   5.20408163   5.81632653
+   6.42857143   7.04081633   7.65306122   8.26530612   8.87755102
+   9.48979592  10.10204082  10.71428571  11.32653061  11.93877551
+  12.55102041  13.16326531  13.7755102   14.3877551   15.        ]
+#+end_example
+
+Finally, an example for graphical output:
+#+begin_src python :results output file :session :var matplot_lib_filename="./cosxsx.png" :exports results
+import matplotlib.pyplot as plt
+
+plt.figure(figsize=(10,5))
+plt.plot(x,numpy.cos(x)/x)
+plt.tight_layout()
+
+plt.savefig(matplot_lib_filename)
+print(matplot_lib_filename)
+#+end_src
+
+#+RESULTS:
+[[file:./cosxsx.png]]
+
+Note the parameter ~:exports results~, which indicates that the code
+will not appear in the exported document. We recommend that in the
+context of this MOOC, you always leave this parameter setting as
+~:exports both~, because we want your analyses to be perfectly
+transparent and reproducible.
+
+Watch out: the figure generated by the code block is /not/ stored in
+the org document. It's a plain file, here named ~cosxsx.png~. You have
+to commit it explicitly if you want your analysis to be legible and
+understandable on GitLab.
+
+Finally, don't forget that we provide in the resource section of this
+MOOC a configuration with a few keyboard shortcuts that allow you to
+quickly create code blocks in Python by typing ~<p~, ~<P~ or ~<PP~
+followed by ~Tab~.
+
+Now it's your turn! You can delete all this information and replace it
+by your computational document.

module2/exo4/exercice_python_fr.org

+#+TITLE:  Votre titre
+#+AUTHOR: Votre nom
+#+DATE:   La date du jour
+#+LANGUAGE: fr
+# #+PROPERTY: header-args :eval never-export
+
+#+HTML_HEAD: <link rel="stylesheet" type="text/css" href="http://www.pirilampo.org/styles/readtheorg/css/htmlize.css"/>
+#+HTML_HEAD: <link rel="stylesheet" type="text/css" href="http://www.pirilampo.org/styles/readtheorg/css/readtheorg.css"/>
+#+HTML_HEAD: <script src="https://ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/2.1.3/jquery.min.js"></script>
+#+HTML_HEAD: <script src="https://maxcdn.bootstrapcdn.com/bootstrap/3.3.4/js/bootstrap.min.js"></script>
+#+HTML_HEAD: <script type="text/javascript" src="http://www.pirilampo.org/styles/lib/js/jquery.stickytableheaders.js"></script>
+#+HTML_HEAD: <script type="text/javascript" src="http://www.pirilampo.org/styles/readtheorg/js/readtheorg.js"></script>
+
+* Quelques explications
+
+Ceci est un document org-mode avec quelques exemples de code
+python. Une fois ouvert dans emacs, ce document peut aisément être
+exporté au format HTML, PDF, et Office. Pour plus de détails sur
+org-mode vous pouvez consulter https://orgmode.org/guide/.
+
+Lorsque vous utiliserez le raccourci =C-c C-e h o=, ce document sera
+compilé en html. Tout le code contenu sera ré-exécuté, les résultats
+récupérés et inclus dans un document final. Si vous ne souhaitez pas
+ré-exécuter tout le code à chaque fois, il vous suffit de supprimer
+le # et l'espace qui sont devant le ~#+PROPERTY:~ au début de ce
+document.
+
+Comme nous vous l'avons montré dans la vidéo, on inclue du code
+python de la façon suivante (et on l'exécute en faisant ~C-c C-c~):
+
+#+begin_src python :results output :exports both
+print("Hello world!")
+#+end_src
+
+#+RESULTS:
+: Hello world!
+
+Voici la même chose, mais avec une session python, donc une
+persistance d'un bloc à l'autre (et on l'exécute toujours en faisant
+~C-c C-c~).
+#+begin_src python :results output :session :exports both
+import numpy
+x=numpy.linspace(-15,15)
+print(x)
+#+end_src
+
+#+RESULTS:
+#+begin_example
+[-15.         -14.3877551  -13.7755102  -13.16326531 -12.55102041
+ -11.93877551 -11.32653061 -10.71428571 -10.10204082  -9.48979592
+  -8.87755102  -8.26530612  -7.65306122  -7.04081633  -6.42857143
+  -5.81632653  -5.20408163  -4.59183673  -3.97959184  -3.36734694
+  -2.75510204  -2.14285714  -1.53061224  -0.91836735  -0.30612245
+   0.30612245   0.91836735   1.53061224   2.14285714   2.75510204
+   3.36734694   3.97959184   4.59183673   5.20408163   5.81632653
+   6.42857143   7.04081633   7.65306122   8.26530612   8.87755102
+   9.48979592  10.10204082  10.71428571  11.32653061  11.93877551
+  12.55102041  13.16326531  13.7755102   14.3877551   15.        ]
+#+end_example
+
+Et enfin, voici un exemple de sortie graphique:
+#+begin_src python :results output file :session :var matplot_lib_filename="./cosxsx.png" :exports results
+import matplotlib.pyplot as plt
+
+plt.figure(figsize=(10,5))
+plt.plot(x,numpy.cos(x)/x)
+plt.tight_layout()
+
+plt.savefig(matplot_lib_filename)
+print(matplot_lib_filename)
+#+end_src
+
+#+RESULTS:
+[[file:./cosxsx.png]]
+
+Vous remarquerez le paramètre ~:exports results~ qui indique que le code
+ne doit pas apparaître dans la version finale du document. Nous vous
+recommandons dans le cadre de ce MOOC de ne pas changer ce paramètre
+(indiquer ~both~) car l'objectif est que vos analyses de données soient
+parfaitement transparentes pour être reproductibles.
+
+Attention, la figure ainsi générée n'est pas stockée dans le document
+org. C'est un fichier ordinaire, ici nommé ~cosxsx.png~. N'oubliez pas
+de le committer si vous voulez que votre analyse soit lisible et
+compréhensible sur GitLab.
+
+Enfin, n'oubliez pas que nous vous fournissons dans les ressources de
+ce MOOC une configuration avec un certain nombre de raccourcis
+claviers permettant de créer rapidement les blocs de code python (en
+faisant ~<p~, ~<P~ ou ~<PP~ suivi de ~Tab~).
+
+Maintenant, à vous de jouer! Vous pouvez effacer toutes ces
+informations et les remplacer par votre document computationnel.

module2/exo5/.ipynb_checkpoints/examine_data-checkpoint.ipynb

+{
+ "cells": [
+  {
+   "cell_type": "code",
+   "execution_count": 3,
+   "metadata": {},
+   "outputs": [
+    {
+     "name": "stdout",
+     "output_type": "stream",
+     "text": [
+      "[['4/12/81' 6 66 50 0]\n",
+      " ['11/12/81' 6 70 50 1]\n",
+      " ['3/22/82' 6 69 50 0]\n",
+      " ['11/11/82' 6 68 50 0]\n",
+      " ['4/04/83' 6 67 50 0]\n",
+      " ['6/18/82' 6 72 50 0]\n",
+      " ['8/30/83' 6 73 100 0]\n",
+      " ['11/28/83' 6 70 100 0]\n",
+      " ['2/03/84' 6 57 200 1]\n",
+      " ['4/06/84' 6 63 200 1]\n",
+      " ['8/30/84' 6 70 200 1]\n",
+      " ['10/05/84' 6 78 200 0]\n",
+      " ['11/08/84' 6 67 200 0]\n",
+      " ['1/24/85' 6 53 200 2]\n",
+      " ['4/12/85' 6 67 200 0]\n",
+      " ['4/29/85' 6 75 200 0]\n",
+      " ['6/17/85' 6 70 200 0]\n",
+      " ['7/29/85' 6 81 200 0]\n",
+      " ['8/27/85' 6 76 200 0]\n",
+      " ['10/03/85' 6 79 200 0]\n",
+      " ['10/30/85' 6 75 200 2]\n",
+      " ['11/26/85' 6 76 200 0]\n",
+      " ['1/12/86' 6 58 200 1]]\n"
+     ]
+    }
+   ],
+   "source": [
+    "import pandas as pd\n",
+    "\n",
+    "x = pd.read_csv('shuttle.csv', header=0).values\n",
+    "\n",
+    "print(x)"
+   ]
+  },
+  {
+   "cell_type": "code",
+   "execution_count": null,
+   "metadata": {},
+   "outputs": [],
+   "source": []
+  }
+ ],
+ "metadata": {
+  "kernelspec": {
+   "display_name": "Python 3",
+   "language": "python",
+   "name": "python3"
+  },
+  "language_info": {
+   "codemirror_mode": {
+    "name": "ipython",
+    "version": 3
+   },
+   "file_extension": ".py",
+   "mimetype": "text/x-python",
+   "name": "python",
+   "nbconvert_exporter": "python",
+   "pygments_lexer": "ipython3",
+   "version": "3.6.4"
+  }
+ },
+ "nbformat": 4,
+ "nbformat_minor": 4
+}

module2/exo5/examine_data.ipynb

+{
+ "cells": [
+  {
+   "cell_type": "code",
+   "execution_count": 3,
+   "metadata": {},
+   "outputs": [
+    {
+     "name": "stdout",
+     "output_type": "stream",
+     "text": [
+      "[['4/12/81' 6 66 50 0]\n",
+      " ['11/12/81' 6 70 50 1]\n",
+      " ['3/22/82' 6 69 50 0]\n",
+      " ['11/11/82' 6 68 50 0]\n",
+      " ['4/04/83' 6 67 50 0]\n",
+      " ['6/18/82' 6 72 50 0]\n",
+      " ['8/30/83' 6 73 100 0]\n",
+      " ['11/28/83' 6 70 100 0]\n",
+      " ['2/03/84' 6 57 200 1]\n",
+      " ['4/06/84' 6 63 200 1]\n",
+      " ['8/30/84' 6 70 200 1]\n",
+      " ['10/05/84' 6 78 200 0]\n",
+      " ['11/08/84' 6 67 200 0]\n",
+      " ['1/24/85' 6 53 200 2]\n",
+      " ['4/12/85' 6 67 200 0]\n",
+      " ['4/29/85' 6 75 200 0]\n",
+      " ['6/17/85' 6 70 200 0]\n",
+      " ['7/29/85' 6 81 200 0]\n",
+      " ['8/27/85' 6 76 200 0]\n",
+      " ['10/03/85' 6 79 200 0]\n",
+      " ['10/30/85' 6 75 200 2]\n",
+      " ['11/26/85' 6 76 200 0]\n",
+      " ['1/12/86' 6 58 200 1]]\n"
+     ]
+    }
+   ],
+   "source": [
+    "import pandas as pd\n",
+    "\n",
+    "x = pd.read_csv('shuttle.csv', header=0).values\n",
+    "\n",
+    "print(x)"
+   ]
+  },
+  {
+   "cell_type": "code",
+   "execution_count": null,
+   "metadata": {},
+   "outputs": [],
+   "source": []
+  }
+ ],
+ "metadata": {
+  "kernelspec": {
+   "display_name": "Python 3",
+   "language": "python",
+   "name": "python3"
+  },
+  "language_info": {
+   "codemirror_mode": {
+    "name": "ipython",
+    "version": 3
+   },
+   "file_extension": ".py",
+   "mimetype": "text/x-python",
+   "name": "python",
+   "nbconvert_exporter": "python",
+   "pygments_lexer": "ipython3",
+   "version": "3.6.4"
+  }
+ },
+ "nbformat": 4,
+ "nbformat_minor": 4
+}

module2/exo5/exo5_R_en.org

+#+TITLE: Analysis of the risk of failure of the O-rings on the Challenger shuttle
+#+AUTHOR: Arnaud Legrand
+#+LANGUAGE: en
+
+#+HTML_HEAD: <link rel="stylesheet" type="text/css" href="http://www.pirilampo.org/styles/readtheorg/css/htmlize.css"/>
+#+HTML_HEAD: <link rel="stylesheet" type="text/css" href="http://www.pirilampo.org/styles/readtheorg/css/readtheorg.css"/>
+#+HTML_HEAD: <script src="https://ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/2.1.3/jquery.min.js"></script>
+#+HTML_HEAD: <script src="https://maxcdn.bootstrapcdn.com/bootstrap/3.3.4/js/bootstrap.min.js"></script>
+#+HTML_HEAD: <script type="text/javascript" src="http://www.pirilampo.org/styles/lib/js/jquery.stickytableheaders.js"></script>
+#+HTML_HEAD: <script type="text/javascript" src="http://www.pirilampo.org/styles/readtheorg/js/readtheorg.js"></script>
+
+#+LATEX_HEADER: \usepackage[utf8]{inputenc}
+#+LATEX_HEADER: \usepackage[T1]{fontenc}
+#+LATEX_HEADER: \usepackage[a4paper,margin=.8in]{geometry}
+#+LATEX_HEADER: \usepackage[french]{babel}
+
+# #+PROPERTY: header-args  :session  :exports both
+
+On January 27, 1986, the day before the takeoff of the shuttle /Challenger/, had
+a three-hour teleconference was held between 
+Morton Thiokol (the manufacturer of one of the engines) and NASA. The
+discussion focused on the consequences of the
+temperature at take-off of 31°F (just below
+0°C) for the success of the flight and in particular on the performance of the
+O-rings used in the engines. Indeed, no test
+had been performed at this temperature.
+
+The following study takes up some of the analyses carried out that
+night with the objective of assessing the potential influence of
+the temperature and pressure to which the O-rings are subjected
+on their probability of malfunction. Our starting point is 
+the results of the experiments carried out by NASA engineers
+during the six years preceding the launch of the shuttle
+Challenger.
+
+* Loading the data
+We start by loading this data:
+#+begin_src R :results output :session *R* :exports both
+data = read.csv("shuttle.csv",header=T)
+data
+#+end_src
+
+#+RESULTS:
+#+begin_example
+        Date Count Temperature Pressure Malfunction
+1    4/12/81     6          66       50           0
+2   11/12/81     6          70       50           1
+3    3/22/82     6          69       50           0
+4   11/11/82     6          68       50           0
+5    4/04/83     6          67       50           0
+6    6/18/82     6          72       50           0
+7    8/30/83     6          73      100           0
+8   11/28/83     6          70      100           0
+9    2/03/84     6          57      200           1
+10   4/06/84     6          63      200           1
+11   8/30/84     6          70      200           1
+12  10/05/84     6          78      200           0
+13  11/08/84     6          67      200           0
+14   1/24/85     6          53      200           2
+15   4/12/85     6          67      200           0
+16   4/29/85     6          75      200           0
+17   6/17/85     6          70      200           0
+18 7/29/85     6          81      200           0
+19   8/27/85     6          76      200           0
+20  10/03/85     6          79      200           0
+21  10/30/85     6          75      200           2
+22  11/26/85     6          76      200           0
+23   1/12/86     6          58      200           1
+#+end_example
+
+The data set shows us the date of each test, the number of O-rings
+(there are 6 on the main launcher), the
+temperature (in Fahrenheit) and pressure (in psi), and finally the
+number of identified malfunctions.
+
+* Graphical inspection
+Flights without incidents do not provide any information
+on the influence of temperature or pressure on malfunction.
+We thus focus on the experiments in which at least one O-ring was defective.
+
+#+begin_src R :results output :session *R* :exports both
+data = data[data$Malfunction>0,]
+data
+#+end_src
+
+#+RESULTS:
+:        Date Count Temperature Pressure Malfunction
+: 2  11/12/81     6          70       50           1
+: 9   2/03/84     6          57      200           1
+: 10  4/06/84     6          63      200           1
+: 11  8/30/84     6          70      200           1
+: 14  1/24/85     6          53      200           2
+: 21 10/30/85     6          75      200           2
+: 23  1/12/86     6          58      200           1
+
+We have a high temperature variability but
+the pressure is almost always 200, which should
+simplify the analysis.
+
+How does the frequency of failure vary with temperature?
+#+begin_src R :results output graphics :file "freq_temp.png" :exports both :width 600 :height 400 :session *R* 
+plot(data=data, Malfunction/Count ~ Temperature, ylim=c(0,1))
+#+end_src
+
+#+RESULTS:
+[[file:freq_temp.png]]
+
+At first glance, the dependence does not look very important, but let's try to
+estimate the impact of temperature $t$ on the probability of O-ring malfunction.
+
+* Estimation of the temperature influence
+
+Suppose that each of the six O-rings is damaged with the same
+probability and independently of the others and that this probability
+depends only on the temperature. If $p(t)$ is this probability, the
+number $D$ of malfunctioning O-rings during a flight at
+temperature $t$ follows a binomial law with parameters $n=6$ and
+$p=p(t)$. To link $p(t)$ to $t$, we will therefore perform a
+logistic regression.
+
+#+begin_src R :results output :session *R* :exports both
+logistic_reg = glm(data=data, Malfunction/Count ~ Temperature, weights=Count, 
+                   family=binomial(link='logit'))
+summary(logistic_reg)
+#+end_src
+
+#+RESULTS:
+#+begin_example
+
+Call:
+glm(formula = Malfunction/Count ~ Temperature, family = binomial(link = "logit"), 
+    data = data, weights = Count)
+
+Deviance Residuals: 
+      2        9       10       11       14       21       23  
+-0.3015  -0.2836  -0.2919  -0.3015   0.6891   0.6560  -0.2850  
+
+Coefficients:
+             Estimate Std. Error z value Pr(>|z|)
+(Intercept) -1.389528   3.195752  -0.435    0.664
+Temperature  0.001416   0.049773   0.028    0.977
+
+(Dispersion parameter for binomial family taken to be 1)
+
+    Null deviance: 1.3347  on 6  degrees of freedom
+Residual deviance: 1.3339  on 5  degrees of freedom
+AIC: 18.894
+
+Number of Fisher Scoring iterations: 4
+#+end_example
+
+The most likely estimator of the temperature parameter is 0.001416
+and the standard error of this estimator is 0.049, in other words we
+cannot distinguish any particular impact and we must take our
+estimates with caution.
+
+* Estimation of the probability of O-ring malfunction
+The expected temperature on the take-off day is 31°F. Let's try to
+estimate the probability of O-ring malfunction at
+this temperature from the model we just built:
+
+#+begin_src R :results output graphics :file "proba_estimate.png" :exports both :width 600 :height 400 :session *R* 
+# shuttle=shuttle[shuttle$r!=0,] 
+tempv = seq(from=30, to=90, by = .5)
+rmv <- predict(logistic_reg,list(Temperature=tempv),type="response")
+plot(tempv,rmv,type="l",ylim=c(0,1))
+points(data=data, Malfunction/Count ~ Temperature)
+#+end_src
+
+#+RESULTS:
+[[file:proba_estimate.png]]
+
+As expected from the initial data, the
+temperature has no significant impact on the probability of failure of the
+O-rings. It will be about 0.2, as in the tests
+where we had a failure of at least one joint. Let's get back to the initial dataset to estimate the probability of failure:
+
+#+begin_src R :results output :session *R* :exports both
+data_full = read.csv("shuttle.csv",header=T)
+sum(data_full$Malfunction)/sum(data_full$Count)
+#+end_src
+
+#+RESULTS:
+: [1] 0.06521739
+
+This probability is thus about $p=0.065$. Knowing that there is
+a primary and a secondary O-ring on each of the three parts of the
+launcher, the probability of failure of both joints of a launcher
+is $p^2 \approx 0.00425$. The probability of failure of any one of the
+launchers is $1-(1-p^2)^3 \approx 1.2%$.  That would really be
+bad luck.... Everything is under control, so the takeoff can happen
+tomorrow as planned.
+
+But the next day, the Challenger shuttle exploded and took away
+with her the seven crew members. The public was shocked and in
+the subsequent investigation, the reliability of the
+O-rings was questioned. Beyond the internal communication problems
+of NASA, which have a lot to do with this fiasco, the previous analysis
+includes (at least) a small problem.... Can you find it?
+You are free to modify this analysis and to look at this dataset
+from all angles in order to to explain what's wrong.

module2/exo5/exo5_R_fr.org

+#+TITLE: Analyse du risque de défaillance des joints toriques de la navette Challenger
+#+AUTHOR: Arnaud Legrand
+#+LANGUAGE: fr
+
+#+HTML_HEAD: <link rel="stylesheet" type="text/css" href="http://www.pirilampo.org/styles/readtheorg/css/htmlize.css"/>
+#+HTML_HEAD: <link rel="stylesheet" type="text/css" href="http://www.pirilampo.org/styles/readtheorg/css/readtheorg.css"/>
+#+HTML_HEAD: <script src="https://ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/2.1.3/jquery.min.js"></script>
+#+HTML_HEAD: <script src="https://maxcdn.bootstrapcdn.com/bootstrap/3.3.4/js/bootstrap.min.js"></script>
+#+HTML_HEAD: <script type="text/javascript" src="http://www.pirilampo.org/styles/lib/js/jquery.stickytableheaders.js"></script>
+#+HTML_HEAD: <script type="text/javascript" src="http://www.pirilampo.org/styles/readtheorg/js/readtheorg.js"></script>
+
+#+LATEX_HEADER: \usepackage[utf8]{inputenc}
+#+LATEX_HEADER: \usepackage[T1]{fontenc}
+#+LATEX_HEADER: \usepackage[a4paper,margin=.8in]{geometry}
+#+LATEX_HEADER: \usepackage[french]{babel}
+
+# #+PROPERTY: header-args  :session  :exports both
+
+Le 27 Janvier 1986, veille du décollage de la navette /Challenger/, eu
+lieu une télé-conférence de trois heures entre les ingénieurs de la
+Morton Thiokol (constructeur d'un des moteurs) et de la NASA. La
+discussion portait principalement sur les conséquences de la
+température prévue au moment du décollage de 31°F (juste en dessous de
+0°C) sur le succès du vol et en particulier sur la performance des
+joints toriques utilisés dans les moteurs. En effet, aucun test
+n'avait été effectué à cette température.
+
+L'étude qui suit reprend donc une partie des analyses effectuées cette
+nuit là et dont l'objectif était d'évaluer l'influence potentielle de
+la température et de la pression à laquelle sont soumis les joints
+toriques sur leur probabilité de dysfonctionnement. Pour cela, nous
+disposons des résultats des expériences réalisées par les ingénieurs
+de la NASA durant les 6 années précédant le lancement de la navette
+Challenger.
+
+* Chargement des données
+Nous commençons donc par charger ces données:
+#+begin_src R :results output :session *R* :exports both
+data = read.csv("shuttle.csv",header=T)
+data
+#+end_src
+
+#+RESULTS:
+#+begin_example
+        Date Count Temperature Pressure Malfunction
+1    4/12/81     6          66       50           0
+2   11/12/81     6          70       50           1
+3    3/22/82     6          69       50           0
+4   11/11/82     6          68       50           0
+5    4/04/83     6          67       50           0
+6    6/18/82     6          72       50           0
+7    8/30/83     6          73      100           0
+8   11/28/83     6          70      100           0
+9    2/03/84     6          57      200           1
+10   4/06/84     6          63      200           1
+11   8/30/84     6          70      200           1
+12  10/05/84     6          78      200           0
+13  11/08/84     6          67      200           0
+14   1/24/85     6          53      200           2
+15   4/12/85     6          67      200           0
+16   4/29/85     6          75      200           0
+17   6/17/85     6          70      200           0
+18 7/29/85     6          81      200           0
+19   8/27/85     6          76      200           0
+20  10/03/85     6          79      200           0
+21  10/30/85     6          75      200           2
+22  11/26/85     6          76      200           0
+23   1/12/86     6          58      200           1
+#+end_example
+
+Le jeu de données nous indique la date de l'essai, le nombre de joints
+toriques mesurés (il y en a 6 sur le lançeur principal), la
+température (en Fahrenheit) et la pression (en psi), et enfin le
+nombre de dysfonctionnements relevés. 
+
+* Inspection graphique des données
+Les vols où aucun incident n'est relevé n'apportant aucune information
+sur l'influence de la température ou de la pression sur les
+dysfonctionnements, nous nous concentrons sur les expériences où au
+moins un joint a été défectueux.
+
+#+begin_src R :results output :session *R* :exports both
+data = data[data$Malfunction>0,]
+data
+#+end_src
+
+#+RESULTS:
+:        Date Count Temperature Pressure Malfunction
+: 2  11/12/81     6          70       50           1
+: 9   2/03/84     6          57      200           1
+: 10  4/06/84     6          63      200           1
+: 11  8/30/84     6          70      200           1
+: 14  1/24/85     6          53      200           2
+: 21 10/30/85     6          75      200           2
+: 23  1/12/86     6          58      200           1
+
+Très bien, nous avons une variabilité de température importante mais
+la pression est quasiment toujours égale à 200, ce qui devrait
+simplifier l'analyse.
+
+Comment la fréquence d'échecs varie-t-elle avec la température ?
+#+begin_src R :results output graphics :file "freq_temp.png" :exports both :width 600 :height 400 :session *R* 
+plot(data=data, Malfunction/Count ~ Temperature, ylim=c(0,1))
+#+end_src
+
+#+RESULTS:
+[[file:freq_temp.png]]
+
+À première vue, ce n'est pas flagrant mais bon, essayons quand même
+d'estimer l'impact de la température $t$ sur la probabilité de
+dysfonctionnements d'un joint. 
+
+* Estimation de l'influence de la température
+
+Supposons que chacun des 6 joints toriques est endommagé avec la même
+probabilité et indépendamment des autres et que cette probabilité ne
+dépend que de la température. Si on note $p(t)$ cette probabilité, le
+nombre de joints $D$ dysfonctionnant lorsque l'on effectue le vol à
+température $t$ suit une loi binomiale de paramètre $n=6$ et
+$p=p(t)$. Pour relier $p(t)$ à $t$, on va donc effectuer une
+régression logistique.
+
+#+begin_src R :results output :session *R* :exports both
+logistic_reg = glm(data=data, Malfunction/Count ~ Temperature, weights=Count, 
+                   family=binomial(link='logit'))
+summary(logistic_reg)
+#+end_src
+
+#+RESULTS:
+#+begin_example
+
+Call:
+glm(formula = Malfunction/Count ~ Temperature, family = binomial(link = "logit"), 
+    data = data, weights = Count)
+
+Deviance Residuals: 
+      2        9       10       11       14       21       23  
+-0.3015  -0.2836  -0.2919  -0.3015   0.6891   0.6560  -0.2850  
+
+Coefficients:
+             Estimate Std. Error z value Pr(>|z|)
+(Intercept) -1.389528   3.195752  -0.435    0.664
+Temperature  0.001416   0.049773   0.028    0.977
+
+(Dispersion parameter for binomial family taken to be 1)
+
+    Null deviance: 1.3347  on 6  degrees of freedom
+Residual deviance: 1.3339  on 5  degrees of freedom
+AIC: 18.894
+
+Number of Fisher Scoring iterations: 4
+#+end_example
+
+L'estimateur le plus probable du paramètre de température est 0.001416
+et l'erreur standard de cet estimateur est de 0.049, autrement dit on
+ne peut pas distinguer d'impact particulier et il faut prendre nos
+estimations avec des pincettes.
+
+* Estimation de la probabilité de dysfonctionnant des joints toriques
+La température prévue le jour du décollage est de 31°F. Essayons
+d'estimer la probabilité de dysfonctionnement des joints toriques à
+cette température à partir du modèle que nous venons de construire:
+
+#+begin_src R :results output graphics :file "proba_estimate.png" :exports both :width 600 :height 400 :session *R* 
+# shuttle=shuttle[shuttle$r!=0,] 
+tempv = seq(from=30, to=90, by = .5)
+rmv <- predict(logistic_reg,list(Temperature=tempv),type="response")
+plot(tempv,rmv,type="l",ylim=c(0,1))
+points(data=data, Malfunction/Count ~ Temperature)
+#+end_src
+
+#+RESULTS:
+[[file:proba_estimate.png]]
+
+Comme on pouvait s'attendre au vu des données initiales, la
+température n'a pas d'impact notable sur la probabilité d'échec des
+joints toriques. Elle sera d'environ 0.2, comme dans les essais
+précédents où nous il y a eu défaillance d'au moins un joint. Revenons
+à l'ensemble des données initiales pour estimer la probabilité de
+défaillance d'un joint:
+
+#+begin_src R :results output :session *R* :exports both
+data_full = read.csv("shuttle.csv",header=T)
+sum(data_full$Malfunction)/sum(data_full$Count)
+#+end_src
+
+#+RESULTS:
+: [1] 0.06521739
+
+Cette probabilité est donc d'environ $p=0.065$, sachant qu'il existe
+un joint primaire un joint secondaire sur chacune des trois parties du
+lançeur, la probabilité de défaillance des deux joints d'un lançeur
+est de $p^2 \approx 0.00425$. La probabilité de défaillance d'un des
+lançeur est donc de $1-(1-p^2)^3 \approx 1.2%$.  Ça serait vraiment
+pas de chance... Tout est sous contrôle, le décollage peut donc avoir
+lieu demain comme prévu.
+
+Seulement, le lendemain, la navette Challenger explosera et emportera
+avec elle ses sept membres d'équipages. L'opinion publique est
+fortement touchée et lors de l'enquête qui suivra, la fiabilité des
+joints toriques sera directement mise en cause. Au delà des problèmes
+de communication interne à la NASA qui sont pour beaucoup dans ce
+fiasco, l'analyse précédente comporte (au moins) un petit
+problème... Saurez-vous le trouver ? Vous êtes libre de modifier cette
+analyse et de regarder ce jeu de données sous tous les angles afin
+d'expliquer ce qui ne va pas.
+

module2/exo5/exo5_en.Rmd

+---
+title: "Analysis of the risk of failure of the O-rings on the Challenger shuttle"
+author: "Arnaud Legrand"
+date: "28 juin 2018"
+output: html_document
+---
+
+On January 27, 1986, the day before the takeoff of the shuttle _Challenger_, had
+a three-hour teleconference was held between 
+Morton Thiokol (the manufacturer of one of the engines) and NASA. The
+discussion focused on the consequences of the
+temperature at take-off of 31°F (just below
+0°C) for the success of the flight and in particular on the performance of the
+O-rings used in the engines. Indeed, no test
+had been performed at this temperature.
+
+The following study takes up some of the analyses carried out that
+night with the objective of assessing the potential influence of
+the temperature and pressure to which the O-rings are subjected
+on their probability of malfunction. Our starting point is 
+the results of the experiments carried out by NASA engineers
+during the six years preceding the launch of the shuttle
+Challenger.
+
+# Loading the data
+We start by loading this data:
+
+```{r}
+data = read.csv("shuttle.csv",header=T)
+data
+```
+
+The data set shows us the date of each test, the number of O-rings
+(there are 6 on the main launcher), the
+temperature (in Fahrenheit) and pressure (in psi), and finally the
+number of identified malfunctions.
+
+# Graphical inspection
+Flights without incidents do not provide any information
+on the influence of temperature or pressure on malfunction.
+We thus focus on the experiments in which at least one O-ring was defective.
+
+```{r}
+data = data[data$Malfunction>0,]
+data
+```
+
+We have a high temperature variability but
+the pressure is almost always 200, which should
+simplify the analysis.
+
+How does the frequency of failure vary with temperature?
+```{r}
+plot(data=data, Malfunction/Count ~ Temperature, ylim=c(0,1))
+```
+
+At first glance, the dependence does not look very important, but let's try to
+estimate the impact of temperature $t$ on the probability of O-ring malfunction.
+
+# Estimation of the temperature influence
+
+Suppose that each of the six O-rings is damaged with the same
+probability and independently of the others and that this probability
+depends only on the temperature. If $p(t)$ is this probability, the
+number $D$ of malfunctioning O-rings during a flight at
+temperature $t$ follows a binomial law with parameters $n=6$ and
+$p=p(t)$. To link $p(t)$ to $t$, we will therefore perform a
+logistic regression.
+
+```{r}
+logistic_reg = glm(data=data, Malfunction/Count ~ Temperature, weights=Count, 
+                   family=binomial(link='logit'))
+summary(logistic_reg)
+```
+
+The most likely estimator of the temperature parameter is 0.001416
+and the standard error of this estimator is 0.049, in other words we
+cannot distinguish any particular impact and we must take our
+estimates with caution.
+
+# Estimation of the probability of O-ring malfunction
+The expected temperature on the take-off day is 31°F. Let's try to
+estimate the probability of O-ring malfunction at
+this temperature from the model we just built:
+
+```{r}
+# shuttle=shuttle[shuttle$r!=0,] 
+tempv = seq(from=30, to=90, by = .5)
+rmv <- predict(logistic_reg,list(Temperature=tempv),type="response")
+plot(tempv,rmv,type="l",ylim=c(0,1))
+points(data=data, Malfunction/Count ~ Temperature)
+```
+
+As expected from the initial data, the
+temperature has no significant impact on the probability of failure of the
+O-rings. It will be about 0.2, as in the tests
+where we had a failure of at least one joint. Let's get back to the initial dataset to estimate the probability of failure:
+
+```{r}
+data_full = read.csv("shuttle.csv",header=T)
+sum(data_full$Malfunction)/sum(data_full$Count)
+```
+
+This probability is thus about $p=0.065$. Knowing that there is
+a primary and a secondary O-ring on each of the three parts of the
+launcher, the probability of failure of both joints of a launcher
+is $p^2 \approx 0.00425$. The probability of failure of any one of the
+launchers is $1-(1-p^2)^3 \approx 1.2%$.  That would really be
+bad luck.... Everything is under control, so the takeoff can happen
+tomorrow as planned.
+
+But the next day, the Challenger shuttle exploded and took away
+with her the seven crew members. The public was shocked and in
+the subsequent investigation, the reliability of the
+O-rings was questioned. Beyond the internal communication problems
+of NASA, which have a lot to do with this fiasco, the previous analysis
+includes (at least) a small problem.... Can you find it?
+You are free to modify this analysis and to look at this dataset
+from all angles in order to to explain what's wrong.

module2/exo5/exo5_fr.Rmd

+---
+title: "Analyse du risque de défaillance des joints toriques de la navette Challenger"
+author: "Arnaud Legrand"
+date: "28 juin 2018"
+output: html_document
+---
+
+Le 27 Janvier 1986, veille du décollage de la navette _Challenger_, eu
+lieu une télé-conférence de trois heures entre les ingénieurs de la
+Morton Thiokol (constructeur d'un des moteurs) et de la NASA. La
+discussion portait principalement sur les conséquences de la
+température prévue au moment du décollage de 31°F (juste en dessous de
+0°C) sur le succès du vol et en particulier sur la performance des
+joints toriques utilisés dans les moteurs. En effet, aucun test
+n'avait été effectué à cette température.
+
+L'étude qui suit reprend donc une partie des analyses effectuées cette
+nuit là et dont l'objectif était d'évaluer l'influence potentielle de
+la température et de la pression à laquelle sont soumis les joints
+toriques sur leur probabilité de dysfonctionnement. Pour cela, nous
+disposons des résultats des expériences réalisées par les ingénieurs
+de la NASA durant les 6 années précédant le lancement de la navette
+Challenger.
+
+# Chargement des données
+Nous commençons donc par charger ces données:
+
+```{r}
+data = read.csv("shuttle.csv",header=T)
+data
+```
+
+Le jeu de données nous indique la date de l'essai, le nombre de joints
+toriques mesurés (il y en a 6 sur le lançeur principal), la
+température (en Farenheit) et la pression (en psi), et enfin le
+nombre de dysfonctionnements relevés. 
+
+# Inspection graphique des données
+Les vols où aucun incident n'est relevé n'apportant aucun information
+sur l'influence de la température ou de la pression sur les
+dysfonctionnements, nous nous concentrons sur les expériences où au
+moins un joint a été défectueux.
+
+```{r}
+data = data[data$Malfunction>0,]
+data
+```
+
+Très bien, nous avons une variabilité de température importante mais
+la pression est quasiment toujours égale à 200, ce qui devrait
+simplifier l'analyse.
+
+Comment la fréquence d'échecs varie-t-elle avec la température ?
+```{r}
+plot(data=data, Malfunction/Count ~ Temperature, ylim=c(0,1))
+```
+
+À première vue, ce n'est pas flagrant mais bon, essayons quand même
+d'estimer l'impact de la température $t$ sur la probabilité de
+dysfonctionnements d'un joint. 
+
+# Estimation de l'influence de la température
+
+Supposons que chacun des 6 joints toriques est endommagé avec la même
+probabilité et indépendamment des autres et que cette probabilité ne
+dépend que de la température. Si on note $p(t)$ cette probabilité, le
+nombre de joints $D$ dysfonctionnant lorsque l'on effectue le vol à
+température $t$ suit une loi binomiale de paramètre $n=6$ et
+$p=p(t)$. Pour relier $p(t)$ à $t$, on va donc effectuer une
+régression logistique.
+
+```{r}
+logistic_reg = glm(data=data, Malfunction/Count ~ Temperature, weights=Count, 
+                   family=binomial(link='logit'))
+summary(logistic_reg)
+```
+
+L'estimateur le plus probable du paramètre de température est 0.001416
+et l'erreur standard de cet estimateur est de 0.049, autrement dit on
+ne peut pas distinguer d'impact particulier et il faut prendre nos
+estimations avec des pincettes.
+
+# Estimation de la probabilité de dysfonctionnant des joints toriques
+La température prévue le jour du décollage est de 31°F. Essayons
+d'estimer la probabilité de dysfonctionnement des joints toriques à
+cette température à partir du modèle que nous venons de construire:
+
+```{r}
+# shuttle=shuttle[shuttle$r!=0,] 
+tempv = seq(from=30, to=90, by = .5)
+rmv <- predict(logistic_reg,list(Temperature=tempv),type="response")
+plot(tempv,rmv,type="l",ylim=c(0,1))
+points(data=data, Malfunction/Count ~ Temperature)
+```
+
+Comme on pouvait s'attendre au vu des données initiales, la
+température n'a pas d'impact notable sur la probabilité d'échec des
+joints toriques. Elle sera d'environ 0.2, comme dans les essais
+précédents où nous il y a eu défaillance d'au moins un joint. Revenons
+à l'ensemble des données initiales pour estimer la probabilité de
+défaillance d'un joint:
+
+```{r}
+data_full = read.csv("shuttle.csv",header=T)
+sum(data_full$Malfunction)/sum(data_full$Count)
+```
+
+Cette probabilité est donc d'environ $p=0.065$, sachant qu'il existe
+un joint primaire un joint secondaire sur chacune des trois parties du
+lançeur, la probabilité de défaillance des deux joints d'un lançeur
+est de $p^2 \approx 0.00425$. La probabilité de défaillance d'un des
+lançeur est donc de $1-(1-p^2)^3 \approx 1.2%$.  Ça serait vraiment
+pas de chance... Tout est sous contrôle, le décollage peut donc avoir
+lieu demain comme prévu.
+
+Seulement, le lendemain, la navette Challenger explosera et emportera
+avec elle ses sept membres d'équipages. L'opinion publique est
+fortement touchée et lors de l'enquête qui suivra, la fiabilité des
+joints toriques sera directement mise en cause. Au delà des problèmes
+de communication interne à la NASA qui sont pour beaucoup dans ce
+fiasco, l'analyse précédente comporte (au moins) un petit
+problème... Saurez-vous le trouver ? Vous êtes libre de modifier cette
+analyse et de regarder ce jeu de données sous tous les angles afin
+d'expliquer ce qui ne va pas.

module2/exo5/shuttle.csv

+Date,Count,Temperature,Pressure,Malfunction
+4/12/81,6,66,50,0
+11/12/81,6,70,50,1
+3/22/82,6,69,50,0
+11/11/82,6,68,50,0
+4/04/83,6,67,50,0
+6/18/82,6,72,50,0
+8/30/83,6,73,100,0
+11/28/83,6,70,100,0
+2/03/84,6,57,200,1
+4/06/84,6,63,200,1
+8/30/84,6,70,200,1
+10/05/84,6,78,200,0
+11/08/84,6,67,200,0
+1/24/85,6,53,200,2
+4/12/85,6,67,200,0
+4/29/85,6,75,200,0
+6/17/85,6,70,200,0
+7/29/85,6,81,200,0
+8/27/85,6,76,200,0
+10/03/85,6,79,200,0
+10/30/85,6,75,200,2
+11/26/85,6,76,200,0
+1/12/86,6,58,200,1

module2/exo5/shuttle_modif.csv

+Date,Count,Temperature,Pressure,Malfunction
+4/12/81,6,66,50,0
+11/12/81,6,70,50,1
+3/22/82,6,69,50,0
+11/11/82,6,68,50,0
+4/04/83,6,67,50,0
+6/18/82,6,72,50,0
+8/30/83,6,73,100,0
+11/28/83,6,70,100,0
+2/03/84,6,57,200,1
+4/06/84,6,63,200,1
+8/30/84,6,70,200,1
+10/05/84,6,78,200,0
+11/08/84,6,67,200,0
+1/24/85,6,53,200,2
+4/12/85,6,67,200,0
+4/29/85,6,75,200,0
+6/17/85,6,70,200,0
+7/29/85,6,81,200,0
+8/27/85,6,76,200,0
+10/03/85,6,79,200,0
+10/30/85,6,75,200,2
+11/26/85,6,76,200,0
+1/12/86,6,58,200,1
\ No newline at end of file

module3/README.md

+Module 3