mis a jours

journal/Journal de bord.md

@@ -41,4 +41,8 @@ Deux lien pour les synthaxes de marckdown
 #Module 3
 - 24/08/2023 1 heure chapitre 1 à 3
 
-- [ ] importer les donnée du resaux sentinel
+- [x)] Importer les données du resaux sentinel
+
+- 31/08/2023 1h chapitre 4
+
+- 04/09/2023 
\ No newline at end of file

module3/analyse cours.Rmd

@@ -74,3 +74,32 @@ plot(data$date, data$inc, type="l", xlab="Date", ylab="Incidence hebdomadaire")
 with(tail(data, 200), plot(date, inc, type="l", xlab="Date", ylab="Incidence hebdomadaire"))
 ```
 
+```{r}
+pic_annuel = function(annee) {
+      debut = paste0(annee-1,"-08-01")
+      fin = paste0(annee,"-08-01")
+      semaines = data$date > debut & data$date <= fin
+      sum(data$inc[semaines], na.rm=TRUE)
+      }
+
+```
+
+```{r}
+inc_annuelle = data.frame(annee = 1986:2023,
+                          incidence = sapply(1986:2023, pic_annuel))
+head(inc_annuelle)
+
+```
+
+```{r}
+plot(inc_annuelle, type="p", xlab="Année", ylab="Incidence annuelle")
+```
+
+```{r}
+tail(inc_annuelle[order(-inc_annuelle$incidence),])
+```
+
+```{r}
+hist(inc_annuelle$incidence, breaks=10, xlab="Incidence annuelle", ylab="Nb d'observations", main="")
+```
+

module3/exo1/analyse-syndrome-grippal.Rmd

@@ -24,6 +24,8 @@ knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
 Les données de l'incidence du syndrome grippal sont disponibles du site Web du [Réseau Sentinelles](http://www.sentiweb.fr/). Nous les récupérons sous forme d'un fichier en format CSV dont chaque ligne correspond à une semaine de la période demandée. Nous téléchargeons toujours le jeu de données complet, qui commence en 1984 et se termine avec une semaine récente. L'URL est:
 ```{r}
 data_url = "http://www.sentiweb.fr/datasets/incidence-PAY-3.csv"
+data_file = "Syndromegripal.csv"
+if (!file.exists(data_file)) {download.file(data_url,data_file,methode= "auto")}
 ```
 
 Voici l'explication des colonnes donnée sur le [sur le site d'origine](https://ns.sentiweb.fr/incidence/csv-schema-v1.json):
@@ -44,7 +46,7 @@ Voici l'explication des colonnes donnée sur le [sur le site d'origine](https://
 La première ligne du fichier CSV est un commentaire, que nous ignorons en précisant `skip=1`.
 ### Téléchargement
 ```{r}
-data = read.csv(data_url, skip=1)
+data = read.csv(data_file, skip=1)
 ```
 
 Regardons ce que nous avons obtenu: