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module3/exo2/exercice.ipynb

 {
- "cells": [],
+ "cells": [
+  {
+   "cell_type": "markdown",
+   "metadata": {},
+   "source": [
+    "# Incidence de la varicelle"
+   ]
+  },
+  {
+   "cell_type": "code",
+   "execution_count": 1,
+   "metadata": {},
+   "outputs": [],
+   "source": [
+    "%matplotlib inline\n",
+    "import matplotlib.pyplot as plt\n",
+    "import pandas as pd\n",
+    "import isoweek\n",
+    "import os\n",
+    "import urllib"
+   ]
+  },
+  {
+   "cell_type": "markdown",
+   "metadata": {},
+   "source": [
+    "Les données de l'incidence de la varicelle sont disponibles sur le site Web du [Réseau Sentinelles](http://www.sentiweb.fr/). Nous les récupérons sous forme d'un fichier en format CSV dont chaque ligne correspond à une semaine de la période demandée. Nous téléchargeons toujours le jeu de données complet, qui commence en 1991 et se termine avec une semaine récente."
+   ]
+  },
+  {
+   "cell_type": "code",
+   "execution_count": 2,
+   "metadata": {},
+   "outputs": [],
+   "source": [
+    "data_url = \"https://www.sentiweb.fr/datasets/incidence-PAY-7.csv\""
+   ]
+  },
+  {
+   "cell_type": "markdown",
+   "metadata": {},
+   "source": [
+    "Voici l'explication des colonnes données [sur le site d'origine](https://ns.sentiweb.fr/incidence/csv-schema-v1.json)\n",
+    "\n",
+    "| Nom de colonne | Libellé de colonne                                                                                                                |\n",
+    "|----------------|-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------|\n",
+    "| week           | Semaine calendaire (ISO 8601)                                                                                                     |\n",
+    "| indicator      | Code de l'indicateur de surveillance                                                                                              |\n",
+    "| inc            | Estimation de l'incidence de consultations en nombre de cas                                                                       |\n",
+    "| inc_low        | Estimation de la borne inférieure de l'IC95% du nombre de cas de consultation                                                     |\n",
+    "| inc_up         | Estimation de la borne supérieure de l'IC95% du nombre de cas de consultation                                                     |\n",
+    "| inc100         | Estimation du taux d'incidence du nombre de cas de consultation (en cas pour 100,000 habitants)                                   |\n",
+    "| inc100_low     | Estimation de la borne inférieure de l'IC95% du taux d'incidence du nombre de cas de consultation (en cas pour 100,000 habitants) |\n",
+    "| inc100_up      | Estimation de la borne supérieure de l'IC95% du taux d'incidence du nombre de cas de consultation (en cas pour 100,000 habitants) |\n",
+    "| geo_insee      | Code de la zone géographique concernée (Code INSEE) http://www.insee.fr/fr/methodes/nomenclatures/cog/                            |\n",
+    "| geo_name       | Libellé de la zone géographique (ce libellé peut être modifié sans préavis)                                                       |"
+   ]
+  },
+  {
+   "cell_type": "markdown",
+   "metadata": {},
+   "source": [
+    "Position du fichier sur le disque dur. S'il existe alors je ne fais rien. Sinon je le télécharge sur le web."
+   ]
+  },
+  {
+   "cell_type": "code",
+   "execution_count": 5,
+   "metadata": {},
+   "outputs": [],
+   "source": [
+    "data_filename = \"analyse-varicelle.csv\"\n",
+    "# Si les données ne sont pas disponibles localement\n",
+    "if not(os.path.exists(data_filename)):\n",
+    "    # Alors les télécharger depuis le site officiel\n",
+    "    urllib.request.urlretrieve(data_url,data_filename)\n",
+    "# Vérifier que le fichier n'est pas vide\n",
+    "assert os.path.getsize(data_filename)>0"
+   ]
+  },
+  {
+   "cell_type": "code",
+   "execution_count": null,
+   "metadata": {},
+   "outputs": [],
+   "source": []
+  }
+ ],
  "metadata": {
   "kernelspec": {
    "display_name": "Python 3",
@@ -16,10 +103,9 @@
    "name": "python",
    "nbconvert_exporter": "python",
    "pygments_lexer": "ipython3",
-   "version": "3.6.3"
+   "version": "3.6.4"
   }
  },
  "nbformat": 4,
  "nbformat_minor": 2
 }
-