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module3/varicelle.Rmd

+---
+title: "Varicelle"
+author: "Jerome E. Dauvergne"
+date: "2025-04-28"
+output: html_document
+---
+
+```{r setup, include=FALSE}
+knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
+```
+
+# Préparation des données
+
+Chargement du fichier depuis le réseau Sentinelle
+
+```{r}
+data = read.csv("module3/inc-7-PAY.csv", skip = 1)
+```
+
+Regardons :
+```{r}
+head(data)
+tail(data)
+```
+
+Données manquantes sur inc ?
+```{r}
+is.na(data$inc)
+```
+Non
+
+## Conversion des formats de date
+```{r}
+library(parsedate)
+
+convert_week = function(w) {
+	ws = paste(w)
+	iso = paste0(substring(ws, 1, 4), "-W", substring(ws, 5, 6))
+	as.character(parse_iso_8601(iso))
+}
+```
+
+Appliquons cette formule en créant une nouvelle variable date
+```{r}
+data$date = as.Date(convert_week(data$week))
+```
+Verifions qu'elle soit bien au format date
+```{r}
+class(data$date)
+```
+Reordonnons le fichier dans l'ordre chronologique
+```{r}
+data <- data[order(data$date),]
+```
+Toutes les dates ont-elles bien 7 jours d'écart ?
+```{r}
+all(diff(data$date) == 7)
+```
+Oui !
+
+## Inspection
+```{r}
+plot(data$date, data$inc, type="l", xlab="Date", ylab="Incidence hebdomadaire")
+```
+
+# Question 1 - Année avec la plus forte épidémie - incidence annuelle
+Création d'une fonction pour calculer cette incidence annuelle
+```{r}
+pic_annuel = function(annee) {
+      debut = paste0(annee-1,"-01-01")
+      fin = paste0(annee,"-01-01")
+      semaines = data$date > debut & data$date <= fin
+      sum(data$inc[semaines], na.rm=TRUE)
+      }
+
+```
+
+Appliquons là aux données
+```{r}
+annees = 1990:2025
+inc_annuelle = data.frame(annee = annees,
+                          incidence = sapply(annees, pic_annuel))
+head(inc_annuelle)
+
+```
+## Inspection visuelle
+```{r}
+plot(inc_annuelle, type="p", xlab="Année", ylab="Incidence annuelle")
+```
+Année avec incidence la plus haute
+```{r}
+inc_annuelle$annee[max(inc_annuelle$incidence)]
+```
+