Exercice 2 Effectué

module3/exo2/exercice_fr.Rmd

 ---
-title: "Votre titre"
-author: "Votre nom"
-date: "La date du jour"
+title: "Analyse de l'incidence de la varicelle"
+author: "Colin Ferrari"
+date: "14/04/2020"
 output: html_document
 ---
 
@@ -10,24 +10,71 @@ output: html_document
 knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
 ```
 
-## Quelques explications
+## Données sur les incidences de varicelle
 
-Ceci est un document R markdown que vous pouvez aisément exporter au format HTML, PDF, et MS Word. Pour plus de détails sur R Markdown consultez <http://rmarkdown.rstudio.com>.
+Ces données sont issues du site internet du [réseau sentinelle](https://www.sentiweb.fr/france/fr/?page=table) et ont été téléchargées sous format CSV. Ces données concernent la période 1991 à 2020, elles ont été téléchargées le 27 Avril 2020. 
 
-Lorsque vous cliquerez sur le bouton **Knit** ce document sera compilé afin de ré-exécuter le code R et d'inclure les résultats dans un document final. Comme nous vous l'avons montré dans la vidéo, on inclue du code R de la façon suivante:
+```{r}
+# Importation de la base de données concernant les incidences de varicelles 
 
-```{r cars}
-summary(cars)
+Inc_varicelle <- read.csv(file="incidence-PAY-7.csv", sep=",", skip=1)
 ```
 
-Et on peut aussi aisément inclure des figures. Par exemple:
+```{r}
+# Vérification des classes des colonnes semaines et inc
 
-```{r pressure, echo=FALSE}
-plot(pressure)
+class(Inc_varicelle$week)
+class(Inc_varicelle$inc)
 ```
 
-Vous remarquerez le paramètre `echo = FALSE` qui indique que le code ne doit pas apparaître dans la version finale du document. Nous vous recommandons dans le cadre de ce MOOC de ne pas utiliser ce paramètre car l'objectif est que vos analyses de données soient parfaitement transparentes pour être reproductibles. 
+```{r}
+# Importation de la librairie parsedate pour la gestion des dates sous ce format là
 
-Comme les résultats ne sont pas stockés dans les fichiers Rmd, pour faciliter la relecture de vos analyses par d'autres personnes, vous aurez donc intérêt à générer un HTML ou un PDF et à le commiter.
+library(parsedate)
+```
+
+```{r}
+# Création de la fonction pour convertir les semaines en un format date
+convert_week = function(w) {
+	ws = paste(w)
+	iso = paste0(substring(ws, 1, 4), "-W", substring(ws, 5, 6))
+	as.character(parse_iso_8601(iso))}
+```
+
+```{r}
+# Application de cette fonction
+Inc_varicelle$date = as.Date(convert_week(Inc_varicelle$week))
+class(Inc_varicelle$date)
+# Tri des dates pour les mettre dans le bon ordre
+data = Inc_varicelle[order(Inc_varicelle$date),]
+```
+
+```{r}
+plot(Inc_varicelle$date,Inc_varicelle$inc, type="l", xlab="Date", ylab="Incidence hebdomadaire")
+```
+
+```{r}
+with(tail(Inc_varicelle, 200), plot(date, inc, type="l", xlab="Date", ylab="Incidence hebdomadaire", main="Incidence annuelle de la varicelle pour les années 1991 à 1995"))
+```
+
+```{r}
+# Fonction pour calculer l'incidence annuelle
+pic_annuel = function(annee) {
+      debut = paste0(annee-1,"-08-01")
+      fin = paste0(annee,"-08-01")
+      semaines = data$date > debut & data$date <= fin
+      sum(data$inc[semaines])
+      }
+```
+
+```{r}
+annees = 1991:2019
+inc_annuelle = data.frame(annee = annees,
+                          incidence = sapply(annees, pic_annuel))
+head(inc_annuelle)
+```
+```{r}
+# Graphique des incidences annuelles
+plot(inc_annuelle, type="l", xlab="Année", ylab="Incidence annuelle")
+```
 
-Maintenant, à vous de jouer! Vous pouvez effacer toutes ces informations et les remplacer par votre document computationnel.