Update exercice_python_fr.org

module3/exo3/exercice_python_fr.org

-#+TITLE:  Votre titre
-#+AUTHOR: Votre nom
-#+DATE:   La date du jour
-#+LANGUAGE: fr
-# #+PROPERTY: header-args :eval never-export
-
-#+HTML_HEAD: <link rel="stylesheet" type="text/css" href="http://www.pirilampo.org/styles/readtheorg/css/htmlize.css"/>
-#+HTML_HEAD: <link rel="stylesheet" type="text/css" href="http://www.pirilampo.org/styles/readtheorg/css/readtheorg.css"/>
-#+HTML_HEAD: <script src="https://ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/2.1.3/jquery.min.js"></script>
-#+HTML_HEAD: <script src="https://maxcdn.bootstrapcdn.com/bootstrap/3.3.4/js/bootstrap.min.js"></script>
-#+HTML_HEAD: <script type="text/javascript" src="http://www.pirilampo.org/styles/lib/js/jquery.stickytableheaders.js"></script>
-#+HTML_HEAD: <script type="text/javascript" src="http://www.pirilampo.org/styles/readtheorg/js/readtheorg.js"></script>
-
-* Quelques explications
-
-Ceci est un document org-mode avec quelques exemples de code
-python. Une fois ouvert dans emacs, ce document peut aisément être
-exporté au format HTML, PDF, et Office. Pour plus de détails sur
-org-mode vous pouvez consulter https://orgmode.org/guide/.
-
-Lorsque vous utiliserez le raccourci =C-c C-e h o=, ce document sera
-compilé en html. Tout le code contenu sera ré-exécuté, les résultats
-récupérés et inclus dans un document final. Si vous ne souhaitez pas
-ré-exécuter tout le code à chaque fois, il vous suffit de supprimer
-le # et l'espace qui sont devant le ~#+PROPERTY:~ au début de ce
-document.
-
-Comme nous vous l'avons montré dans la vidéo, on inclue du code
-python de la façon suivante (et on l'exécute en faisant ~C-c C-c~):
-
-#+begin_src python :results output :exports both
-print("Hello world!")
+#+TITLE: Autour du SARS-CoV-2 (Covid-19)
+
+* Telechargement des donnees
+
+Telechargement des données localement si elle n'existent pas deja.
+
+Address ou trouver les donnees :
+#+NAME: url_emacs
+- https://raw.githubusercontent.com/CSSEGISandData/COVID-19/master/csse_covid_19_data/csse_covid_19_time_series/time_series_covid19_confirmed_global.csv
+
+Nom du .csv local :
+#+NAME: csv_file_emacs
+- data.csv
+
+#+begin_src python :results silent :session :export both :var url=url_emacs csv_file=csv_file_emacs
+import urllib.request 
+from os import path
+
+if not path.exists(csv_file[0]):
+    urllib.request.urlretrieve(url[0], csv_file[0])
 #+end_src
 
-#+RESULTS:
-: Hello world!
-
-Voici la même chose, mais avec une session python, donc une
-persistance d'un bloc à l'autre (et on l'exécute toujours en faisant
-~C-c C-c~).
-#+begin_src python :results output :session :exports both
-import numpy
-x=numpy.linspace(-15,15)
-print(x)
+* Traitement des donnees
+
+** Creation de la table de donnees
+Pays retenus:
+#+NAME: countries_emacs
+- Belgium
+- China
+- France
+- Germany
+- Iran
+- Italy
+- Japan
+- Korea, South
+- Netherlands
+- Portugal
+- Spain
+- United Kingdom
+- US
+
+Creation de la table de donnees. On retire les colonnes latitute et
+longitude et on transforme les strings en entiers.
+
+#+begin_src python :results silent :session :exports both
+import pandas as pd
+
+df = pd.read_csv("data.csv")
+df.drop(["Lat", "Long"], axis=1, inplace=True)
+df.iloc[:, 3:] = data.iloc[:, 3:].apply(pd.to_numeric)
 #+end_src
 
-#+RESULTS:
-#+begin_example
-[-15.         -14.3877551  -13.7755102  -13.16326531 -12.55102041
- -11.93877551 -11.32653061 -10.71428571 -10.10204082  -9.48979592
-  -8.87755102  -8.26530612  -7.65306122  -7.04081633  -6.42857143
-  -5.81632653  -5.20408163  -4.59183673  -3.97959184  -3.36734694
-  -2.75510204  -2.14285714  -1.53061224  -0.91836735  -0.30612245
-   0.30612245   0.91836735   1.53061224   2.14285714   2.75510204
-   3.36734694   3.97959184   4.59183673   5.20408163   5.81632653
-   6.42857143   7.04081633   7.65306122   8.26530612   8.87755102
-   9.48979592  10.10204082  10.71428571  11.32653061  11.93877551
-  12.55102041  13.16326531  13.7755102   14.3877551   15.        ]
-#+end_example
-
-Et enfin, voici un exemple de sortie graphique:
-#+begin_src python :results output file :session :var matplot_lib_filename="./cosxsx.png" :exports results
+On cree une nouvelle ligne de donnees regroupant toutes les regions de
+Chine sauf Hong Kong
+
+#+begin_src python :results silent :session :exports both
+china_regions = df.loc[(df["Country/Region"] == "China") &
+                         (df["Province/State"] != "Hong Kong" )]
+china_regions = china_regions.sum(axis=0)
+china_regions["Province/State"] = "All but Honk Kong"
+china_regions["Country/Region"] = "China"
+#+end_src
+
+On retire les donnees non desirees, i.e, les pays n'étant pas dans
+ceux retenus (definis precedemment), les colonies et les provinces de
+Chine sauf Hong Kong.
+#+begin_src python :results silent :session :exports both :var countries=countries_emacs
+indexNames = df[(~df["Country/Region"].isin(countries)) | 
+		((df["Country/Region"] == "China") & (df["Province/State"] != "Hong Kong")) |
+		((df["Country/Region"].isin([c for c in countries if c !="China"])) & (~df["Province/State"].isnull()))
+			 ].index
+df.drop(indexNames , inplace=True)
+#+end_src
+
+On remet dans la table de donnees les regions de Chine regroupees (a
+l'exception d'Hong Kong)
+
+#+begin_src python :results silent :session :exports both
+df = df.append(china_regions, ignore_index=True)
+#+end_src
+
+** Affichage des donnees (echelle lineaire)
+
+Affichage de la table de donnees avec une echelle lineaire
+
+Nom du plot lineaire :
+#+NAME: plot_linear_emacs
+- plot-linear.png 
+
+#+begin_src python :results value file :session :export both :var plot_linear=plot_linear_emacs
 import matplotlib.pyplot as plt
 
-plt.figure(figsize=(10,5))
-plt.plot(x,numpy.cos(x)/x)
-plt.tight_layout()
+for i in range(len(df)):
+    df.iloc[i]["1/22/20":].plot()
 
-plt.savefig(matplot_lib_filename)
-print(matplot_lib_filename)
+plt.legend(df["Country/Region"])
+plt.savefig(plot_linear[0])
+plot_linear[0]
 #+end_src
 
 #+RESULTS:
-[[file:./cosxsx.png]]
-
-Vous remarquerez le paramètre ~:exports results~ qui indique que le code
-ne doit pas apparaître dans la version finale du document. Nous vous
-recommandons dans le cadre de ce MOOC de ne pas changer ce paramètre
-(indiquer ~both~) car l'objectif est que vos analyses de données soient
-parfaitement transparentes pour être reproductibles.
-
-Attention, la figure ainsi générée n'est pas stockée dans le document
-org. C'est un fichier ordinaire, ici nommé ~cosxsx.png~. N'oubliez pas
-de le committer si vous voulez que votre analyse soit lisible et
-compréhensible sur GitLab.
-
-Enfin, n'oubliez pas que nous vous fournissons dans les ressources de
-ce MOOC une configuration avec un certain nombre de raccourcis
-claviers permettant de créer rapidement les blocs de code python (en
-faisant ~<p~, ~<P~ ou ~<PP~ suivi de ~Tab~).
-
-Maintenant, à vous de jouer! Vous pouvez effacer toutes ces
-informations et les remplacer par votre document computationnel.
+[[file:plot-linear.png]]
+
+** Affichage des donnees (echelle logarithmique)
+
+Affichage de la table de donnees avec une echelle logarithmique
+
+Nom du plot logarithmique :
+#+NAME: plot_log_emacs
+- plot-log.png 
+
+#+begin_src python :results value file :session :export both :var plot_log=plot_log_emacs
+plt.yscale("log")
+plt.savefig(plot_log[0])
+plot_log[0]
+#+end_src
+
+#+RESULTS:
+[[file:plot-log.png]]
+