Pour nous protéger contre une éventuelle disparition ou modification du serveur du Réseau Sentinelles, nous faisons une copie locale de ce jeux de données que nous préservons avec notre analyse. Il est inutile et même risquée de télécharger les données à chaque exécution, car dans le cas d'une panne nous pourrions remplacer nos données par un fichier défectueux. Pour cette raison, nous téléchargeons les données seulement si la copie locale n'existe pas.
```{r}
data_file = "syndrome-grippal.csv"
if (!file.exists(data_file)) {
download.file(data_url, data_file, method="auto")
}
```
Voici l'explication des colonnes donnée sur le [sur le site d'origine](https://ns.sentiweb.fr/incidence/csv-schema-v1.json):
| Nom de colonne | Libellé de colonne |
...
...
@@ -42,20 +50,9 @@ Voici l'explication des colonnes donnée sur le [sur le site d'origine](https://
| `geo_name` | Libellé de la zone géographique (ce libellé peut être modifié sans préavis) |
La première ligne du fichier CSV est un commentaire, que nous ignorons en précisant `skip=1`.
### Téléchargement
On indique le working directory pour le téléchargement en local puis si aucun fichier `incidence-PAY-3.csv` n'est trouvé en local, le fichier est récupéré avec l'url puis téléchargé sans la première ligne
Sinon il est importé depuis le local, en sachant que la première ligne a été supprimée, et en indiquant la colonne de noms de lignes.
### Lecture
```{r}
setwd("")
if (length(list.files(pattern = "incidence-PAY-3.csv")) == 0){
