Les données de l'incidence du syndrome grippal sont disponibles du site Web du [Réseau Sentinelles](http://www.sentiweb.fr/). Nous téléchargeons toujours le jeu de données complet, qui commence en 1984 et se termine avec une semaine récente. L'URL est:
Les données de l'incidence du syndrome grippal sont disponibles du site Web du [Réseau Sentinelles](http://www.sentiweb.fr/). Nous les récupérons sous forme d'un fichier en format CSV dont chaque ligne correspond à une semaine de la période demandée. Nous téléchargeons toujours le jeu de données complet, qui commence en 1984 et se termine avec une semaine récente. L'URL est:
Pour nous protéger contre une éventuelle disparition ou modification du serveur du Réseau Sentinelles, nous faisons une copie locale de ce jeux de données que nous préservons avec notre analyse. Il est inutile et même risquée de télécharger les données à chaque exécution, car dans le cas d'une panne nous pourrions remplacer nos données par un fichier défectueux. Pour cette raison, nous téléchargeons les données seulement si la copie locale n'existe pas.
```{r}
data_file = "syndrome-grippal.csv"
if (!file.exists(data_file)) {
download.file(data_url, data_file, method="auto")
}
```
Voici l'explication des colonnes données [sur le site d'origine](https://ns.sentiweb.fr/incidence/csv-schema-v1.json):
Voici l'explication des colonnes données [sur le site d'origine](https://ns.sentiweb.fr/incidence/csv-schema-v1.json):
| Nom de colonne | Libellé de colonne |
\| Nom de colonne \| Libellé de colonne \| \|----------------+-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------\| \| `week` \| Semaine calendaire (ISO 8601) \| \| `indicator` \| Code de l'indicateur de surveillance \| \| `inc` \| Estimation de l'incidence de consultations en nombre de cas \| \| `inc_low` \| Estimation de la borne inférieure de l'IC95% du nombre de cas de consultation \| \| `inc_up` \| Estimation de la borne supérieure de l'IC95% du nombre de cas de consultation \| \| `inc100` \| Estimation du taux d'incidence du nombre de cas de consultation (en cas pour 100,000 habitants) \| \| `inc100_low` \| Estimation de la borne inférieure de l'IC95% du taux d'incidence du nombre de cas de consultation (en cas pour 100,000 habitants) \| \| `inc100_up` \| Estimation de la borne supérieure de l'IC95% du taux d'incidence du nombre de cas de consultation (en cas pour 100,000 habitants) \| \| `geo_insee` \| Code de la zone géographique concernée (Code INSEE) <http://www.insee.fr/fr/methodes/nomenclatures/cog/> \| \| `geo_name` \| Libellé de la zone géographique (ce libellé peut être modifié sans préavis) \|
Les deux colonnes qui nous intéressent sont `weeks` et `inc`. Vérifions leurs classes:
Les deux colonnes qui nous intéressent sont `week` et `inc`. Vérifions leurs classes:
```{r}
```{r}
class(data$week)
class(data$week)
...
@@ -85,7 +83,7 @@ library(parsedate)
...
@@ -85,7 +83,7 @@ library(parsedate)
Pour faciliter le traitement suivant, nous remplaçons ces semaines par les dates qui correspondent aux lundis. Voici une petite fonction qui fait la conversion pour une seule valeur:
Pour faciliter le traitement suivant, nous remplaçons ces semaines par les dates qui correspondent aux lundis. Voici une petite fonction qui fait la conversion pour une seule valeur:
```{r}
```{r}
onvert_week = function(w) {
convert_week = function(w) {
ws = paste(w)
ws = paste(w)
iso = paste0(substring(ws, 1, 4), "-W", substring(ws, 5, 6))
iso = paste0(substring(ws, 1, 4), "-W", substring(ws, 5, 6))
as.character(parse_iso_8601(iso))
as.character(parse_iso_8601(iso))
...
@@ -104,7 +102,7 @@ Vérifions qu'elle est de classe `Date`:
...
@@ -104,7 +102,7 @@ Vérifions qu'elle est de classe `Date`:
class(data$date)
class(data$date)
```
```
Les point sont dans l'ordre chronologique inverse, il est donc utile de les trier:
Les points sont dans l'ordre chronologique inverse, il est donc utile de les trier:
Étant donné que le pic de l'épidémie se situe en hiver, à cheval entre deux années civiles, nous définissons la période de référence entre deux minima de l'incidence, du 1er août de l'année $N$ au 1er août de l'année $N+1$. Nous mettons l'année $N+1$ comme étiquette sur cette année décalée, car le pic de l'épidémie est toujours au début de l'année $N+1$. Comme l'incidence de syndrome grippal est très faible en été, cette modification ne risque pas de fausser nos conclusions. L'argument `na.rm=True` dans la sommation précise qu'il faut supprimer les points manquants. Ce choix est raisonnable car il n'y a qu'un seul point manquant, dont l'impact ne peut pas être très fort.
Étant donné que le pic de l'épidémie se situe en hiver, à cheval entre deux années civiles, nous définissons la période de référence entre deux minima de l'incidence, du 1er août de l'année $N$ au 1er août de l'année $N+1$. Nous mettons l'année $N+1$ comme étiquette sur cette année décalée, car le pic de l'épidémie est toujours au début de l'année $N+1$. Comme l'incidence de syndrome grippal est très faible en été, cette modification ne risque pas de fausser nos conclusions.
L'argument `na.rm=True` dans la sommation précise qu'il faut supprimer les points manquants. Ce choix est raisonnable car il n'y a qu'un seul point manquant, dont l'impact ne peut pas être très fort.
