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-#Recherche reproductible : Principes méthodologiques pour une science transparente
+# Recherche reproductible : Principes méthodologiques pour une science transparente
 [MOOC RR](https://lms.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+self-paced/courseware/4ab137e597734d239618e813ff3287c9/1e8fc43d89b2413aabf40ee087fd03d7/)
 
-##Module 1 - Cahier de notes, cahier de laboratoire
+## Module 1 - Cahier de notes, cahier de laboratoire
 
-1.  *Nous utilisons tous des cahiers de notes*
+1.  **Nous utilisons tous des cahiers de notes**
 
+* Un énoncé du but de chaque expérience et un résumé des conclusions obtenues rendent le cahier beaucoup plus utile.
+* Les croquis, dessins et diagrammes sont essentiels. 
+* Les expériences mauvaises ou non prometteuses, même celles considérées comme des échecs, devraient être entièrement enregistrées.
+* Le but de toute cette pratique de prise de notes est de préserver la valeur *[le temps et les moyens humains et matériels investis dans la recherche]*.
+* Elle devrait être soigneusement conçus pour s'adapter aux conditions de chaque laboratoire et devraient être adéquate mais pas trop élaborés. Si l'on exige trop de la nature humaine, le système ne fonctionnera pas.
 
->  Un énoncé du but de chaque expérience et un résumé des conclusions obtenues rendent le cahier beaucoup plus utile.
 
->  Les croquis, dessins et diagrammes sont essentiels. 
+2.  **Un aperçu historique de la prise de notes**
 
->  Les expériences mauvaises ou non prometteuses, même celles considérées comme des échecs, devraient être entièrement enregistrées.
+volumen-> codex, organisation index
 
->  Le but de toute cette pratique de prise de notes est de préserver la valeur **[le temps et les moyens humains et matériels investis dans la recherche]**.
+3.  **Du fichier texte au langage de balisage léger**
 
->  Elle devrait être soigneusement conçus pour s'adapter aux conditions de chaque laboratoire et devraient être adéquate mais pas trop élaborés. Si l'on exige trop de la nature humaine, le système ne fonctionnera pas.
+* édition de fichier texte: Notepad++, gedit, TextEdit
 
-2.  *Un aperçu historique de la prise de notes*
+  * toujours possible de les lire, même longtemps après + logiciels d’indexation, de gestion de version
+choisir UTF-8
 
-volumen-> codex, organisation index
+  * fichier généré par traitement de texte (word, pdf..) illisible par éditeur de texte
 
-3.  *Du fichier texte au langage de balisage léger*
+  * mais pas de navigation possible avec hyper lien, pas de polices spécifiques (gras, italique…), pas de correction
 
+* langage de balisage, marked language
 
-- édition de fichier texte: Notepad++, gedit, TextEdit
-***fichier généré par traitement de texte (word, pdf..) illisible par éditeur de texte***
-toujours possible de les lire, même longtemps après + logiciels d’indexation, de gestion de version
-choisir UTF-8
-***mais pas de navigation possible avec hyper lien, pas de polices spécifiques (gras, italique…), pas de correction***
+  * ex. html n'est pas à lire directement par un humain, commentaire possible
 
-- langage de balisage, marked language
+  * peut-on combiner la légèreté des fichiers texte avec le confort de lecture ?
 
-ex. html n'est pas à lire directement par un humain, commentaire possible
+  * ex. Markdown, Wikitexte, AsciiDoc, RestructuredText (pour programmeur python)
 
->  peut-on combiner la légèreté des fichiers texte avec le confort de lecture ?
+* Démo Markdown
 
-ex. Markdown, Wikitexte, AsciiDoc, RestructuredText (pour programmeur python)
+[Intro à Markdown](https://gitlab.inria.fr/learninglab/mooc-rr/mooc-rr-ressources/blob/master//module1/ressources/introduction_to_markdown_fr.org)
 
-*Démo Markdown*
+[Pandoc](https://enacit1.epfl.ch/markdown-pandoc/) ???? non accessible
 
-[Intro à Markdown](https://gitlab.inria.fr/learninglab/mooc-rr/mooc-rr-ressources/blob/master//module1/ressources/introduction_to_markdown_fr.org)
-[pandoc](https://enacit1.epfl.ch/markdown-pandoc/) ???? non accessible
-*Convertisseur Pandoc*
+* Convertisseur Pandoc
 ```
 pandoc fichier.md -o fichier.pdf 
 pandoc fichier.md -o fichier.docx
 …
+mupdf ## pour visualiser un pdf
 ```
 
-`mupdf ## pour visualiser un pdf`
-
 Si vous souhaitez générer des documents pdf avec Pandoc, il faudra installer LaTeX
+
 [pandocInstall](https://pandoc.org/installing.html)
+
 [pandocDemo](https://pandoc.org/demos.html)
 
 
-4.  Pérénité et évolutivité avec la gestion de version
+4.  **Pérénité et évolutivité avec la gestion de version**
 
-avantage des logiciels comme git : 
--  corriger plusieurs fichiers simultanément, adapté au collaboratif
--  TP usage de Git avec l’interface Gitlab
--  Démystifiions Git, Github, Gitlab
+* avantage des logiciels comme git : 
+  -  corriger plusieurs fichiers simultanément, adapté au collaboratif
+  -  TP usage de Git avec l’interface Gitlab
+  -  Démystifiions Git, Github, Gitlab
 [Git](https://lms.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+self-paced/courseware/2bfe60a86fed4994b5493a220c38eb69/10df5f17d4e74029baf2fc4cf2cfd62a/5?activate_block_id=block-v1%3Ainria%2B41016%2Bself-paced%2Btype%40vertical%2Bblock%40c20f53a4c00241589b00799fa909771e)
--  notion d’historique / travailler à plusieurs sur un serveur gitlab => gérer historique distribué / écosystème Git
+
+* notion d’historique / travailler à plusieurs sur un serveur gitlab => gérer historique distribué / écosystème Git
 
 ```
 git log
@@ -70,29 +72,30 @@ git merge
 git commit
 git pull/push
 ```
-
-GitHub/GitLab : hébergement gratuit de projets publics / interfaces web (navigation, preview, édition en ligne..) / Gestion de permissions
+  * GitHub/GitLab : hébergement gratuit de projets publics / interfaces web (navigation, preview, édition en ligne..) / Gestion de permissions
 réseau social des développeurs / issues / fork / pull request
-Intégration continue, déclencher tests automatiques ; connecter dépôt vers des archives
-GitHub : leader du marché, logiciel propriétaire
-GitLab : logiciel libre, plusieurs instances
-Interfaces graphiques nombreuses (RStudio / GitHub Desktop…)
+  * Intégration continue, déclencher tests automatiques ; connecter dépôt vers des archives
+  * GitHub : leader du marché, logiciel propriétaire
+  * GitLab : logiciel libre, plusieurs instances
+  * Interfaces graphiques nombreuses (RStudio / GitHub Desktop…)
 
--  Tutoriel interface de GitLab dans le Mooc RR
+* Tutoriel interface de GitLab dans le Mooc RR
 apprendre à migrer un dépôt sur une autre PF
 login : 64f30572cfeab5413ad04a26aaa8a62a à utiliser à Git pour accéder à gitlab
 
 Enfin, pour ceux qui veulent aller plus plus loin et en savoir plus sur l'outil de gestion de version git sur lequel s'appuie GitLab, quelques vidéos de démonstration sur git et GitLab sont proposées dans la séquence "7. Installations, configurations, references" du module 2 de ce Mooc ainsi que des ressources pour apprivoiser git en ligne de commandes.
 Quiz : !! LibreOffice permet de comparer deux versions successives d’un même document
 
-5.  Les étiquettes et logiciels d’indexation pour s’y retrouver
+5.  **Les étiquettes et logiciels d’indexation pour s’y retrouver**
+
+- DocFetcher : moteur de recherche de fichier par mot clé, étiquette (point d’ancrage labellisé)
+- ExifTool : outil en ligne de commande de visualisation et d’ajout de metadata dans fichier (ex. source url d’un jpeg, pdf…)
+- ex : dans markdown, utiliser <!-- ;code; -->
 
--  DocFetcher : moteur de recherche de fichier par mot clé, étiquette (point d’ancrage labellisé)
--- ExifTool : outil en ligne de commande de visualisation et d’ajout de metadata dans fichier (ex. source url d’un jpeg, pdf…)
-ex : dans markdown, utiliser <!-- ;code; -->
+**Exercice 1:**
 
-*Exercice 1:*
 [espace_gitlab_user](https://app-learninglab.inria.fr/moocrr/gitlab/users/sign_in)
 
 https://app-learninglab.inria.fr/moocrr/gitlab/learning-lab/mooc-rr-exo1/blob/master/module1/exo1/aebef6b0a5.txt
+
 https://app-learninglab.inria.fr/moocrr/gitlab/learning-lab/mooc-rr-exo1/blob/master/module1/exo1/f683bbad4b.txt