exo3 Module 3

module3/exo3/exercice_fr.Rmd

 ---
-title: "Votre titre"
-author: "Votre nom"
-date: "La date du jour"
+title: "Varicelle"
+author: "Ana Sodan"
+date: "15 Mai 2020"
 output: html_document
 ---
 
@@ -10,24 +10,122 @@ output: html_document
 knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
 ```
 
-## Quelques explications
 
-Ceci est un document R markdown que vous pouvez aisément exporter au format HTML, PDF, et MS Word. Pour plus de détails sur R Markdown consultez <http://rmarkdown.rstudio.com>.
 
-Lorsque vous cliquerez sur le bouton **Knit** ce document sera compilé afin de ré-exécuter le code R et d'inclure les résultats dans un document final. Comme nous vous l'avons montré dans la vidéo, on inclue du code R de la façon suivante:
+```{r}
+data_url="https://www.sentiweb.fr/datasets/incidence-PAY-7.csv"
+```
+
+
+J'appelle mon fichier comme je veux dans data_file. Ensuite je le télécharge selon l'url donné précédemment s'il n'exite pas avec le nom donné dans data_file
+```{r}
+data_file="varicelle.csv"
+
+if(!file.exists(data_file)){download.file(data_url,data_file,method="auto")}
+```
+
+```{r}
+data=read.csv(data_file,skip=1)
+head (data)
+```
+
+```{r}
+tail(data)
+```
+
+```{r}
+lignes_na=apply(data,1,function(x)any(is.na(x)))
+data[lignes_na,]
+```
+
+```{r}
+class(data$week)
+```
+
+```{r}
+class(data$inc)
+```
+
+
+
+```{r}
+library(parsedate)
+
+```
+```{r}
+convert_week=function(date){ ws=paste(date)
+iso=paste0(substring(ws,1,4),"-W",substring(ws,5,6))
+as.character(parse_iso_8601(iso))}
+```
+```{r}
+data$date=as.Date(sapply(data$week,convert_week))
+```
+
+```{r}
+class(data$date)
+```
+```{r}
+data=data[order(data$date),]
 
-```{r cars}
-summary(cars)
 ```
 
-Et on peut aussi aisément inclure des figures. Par exemple:
+```{r}
+head(data)
+```
+
+Pour vérifier que la distance entre deux dates est bien 7 jours
+
+```{r}
+all(diff(data$date)==7)
+```
+
+```{r}
+with(data,plot(date,inc,type="l"))
+```
+On peut appliquer cela juste sur les dernières données. Exemple sur les 200 dernières. 
+
+
+```{r}
+with(tail(data,200),plot(date,inc,type="l"))
+```
+
+```{r}
+pic_annuel=function(annee){
+debut=paste0(annee-1,"-09-01")
+fin =paste0(annee,"-09-01")
+semaines=data$date>debut & data$date<=fin
+sum(data$inc[semaines],na.rm=TRUE)}
+```
+
+```{r}
+annees=1992:2019
+```
+
+```{r}
+incidence_annuelle=data.frame(annee=annees,incidence=sapply(annees,pic_annuel))
+```
+
+```{r}
+head(incidence_annuelle)
+```
+
+```{r}
+plot(incidence_annuelle,"p")
+```
+
+```{r}
+head(incidence_annuelle[order(-incidence_annuelle$incidence),])
+```
+
+
+```{r}
+tail(incidence_annuelle[order(-incidence_annuelle$incidence),])
 
-```{r pressure, echo=FALSE}
-plot(pressure)
 ```
 
-Vous remarquerez le paramètre `echo = FALSE` qui indique que le code ne doit pas apparaître dans la version finale du document. Nous vous recommandons dans le cadre de ce MOOC de ne pas utiliser ce paramètre car l'objectif est que vos analyses de données soient parfaitement transparentes pour être reproductibles. 
+Dans Hist Breaks signifie le nombre de barres que l'on veut avoir. 
 
-Comme les résultats ne sont pas stockés dans les fichiers Rmd, pour faciliter la relecture de vos analyses par d'autres personnes, vous aurez donc intérêt à générer un HTML ou un PDF et à le commiter.
+```{r}
+hist(incidence_annuelle$incidence,breaks=10)
+```
 
-Maintenant, à vous de jouer! Vous pouvez effacer toutes ces informations et les remplacer par votre document computationnel.