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+* MOOC : Recherche reproductible
+** Module 1 : Prise de note
+*** Organisation de la note par la *methode de John Locke*
+Elle consiste a faire auant de lettres qu'il y a dans l'alphabet. 
+Chacune des entrées est subdivisée en 5, correspondant aux 5 voyelles les plus frequentes(a, i, e, o,u). Y est placé avec i
+L'idée est de refferencer les  pages des mots clés utiliés (dans un livre par ex) en utilisant sa premiere lettre et sa premiere voyelle
+Par exemple, calcium apparissant à la page 20 serait :
+A     a      o      i      u    e
+B
+C     20
+...
+
+*** Fichier text et langages  balises
+Logiciels comme gedit, notpad++, TextEdit(macOs) ...
+Pour rendre ses notes lisibles par d'autres editeurs de text, utiliser le format UTF-8. Lisible par plusieurs versions
+Pas possible de mettre en emphase des mots clés (gras, italique...)
+Consequence : Creation des langages de balysage (html ...) => Necessitent un editeur specialisé
+Solution : Langages balisés legers. Exemple markdown, wikitext, asciiDoc... ou on entre du text qui est
+           traduit en langage HTML. Ils fonctionnent avec tous les editeurs
+
+*** Perenité et evoltivite des notes
+Evolu.. : capacité a corriger les notes et suivre les corrections
+       Utiliser des logiciels  de traitement de text par ex, permettant de savoir les 
+       modifications apportées, date, auteur,...  
+Perenité  : Multiplication de versions géré par un logiciel de gestion de versions comme git
+           Permet de corriger plusieurs fichier en meme temps, a l'opposé de la precedente solution
+           Et permet plus de travailler en collaboratif.
+
+
+ 
+*** Interface gitlab
+
+
+*** les étiquettes et les logiciels d'indexation pour s'y retrouver
+Utiliser Dockfetcher pour se retrouver dans ses notes
+- On a des infos sur le nbre d'occurances
+
+On peut ajouter des *etiquettes ou mots* clés pour se reperer et ne pas avoir tutes les occurances
+Ajouter des commentaires par exemple etiquete1, etiquet2 ...
+
+Utiliser un moteur de recherche pour rechercher rapidement
+
+
+** Module 2 : La document computationnel
+*** Difficultes les plus communes dans la reroduction des travaux
+- Manque d'info 
+  + source et données brutes
+  + choix de procedure, hypotheses... non explicités
+  + Données tres nombreuses pour tenir sur un papier ( 8-10pages ..)
+- L'ordi peut etre une source d'erreur
+  + Difficile de connaitre le protocole de calcul utilisé
+  + Utilisation du mauvais logiciel ..
+  + Pile logiciel complexe dont on ne maitrise pas le contenu
+  + Bug dans les logiciels proprietaire dont on ne peut pas detecter la source
+
+- Pas de backup, pas d'historique, pas de controle qualité
+
+
+*** Document copmputationnel
+*Objectif methodologique* : Garder des traces afin de:
+- Inspecter : Justifier/comprendre
+- Refaire : Verifier/Corriger/Reutiliser (calcul et analyse par le lecteur)
+ 
+*Qu'est ce qu'on y trouve ?*
+- Du texte . (Latex, Formules mathematics ...)
+- Zone de code .. (editer et executer des fragments de code)
+-  Export vers pdf par ex ou html ... Pour chaque zone, on peut decider de les
+   rendre visible dans le doc final.
+-Results sous forme de courbes ...
+
+Les environnements les plus utilisés sont Jupiter - OrgMode - Rstudio
+
+
+
+
+
+** Module 3 : Analyse de données replicables.
+*** Qu'est ce que c'est 
+- Dans une analyse traditionnelle :
+  + Se concentrer sur des resultats
+  + Montrer un resumé des calculs qui on servi a les optenir
+  + Terminer par une discussion exposant les expés concluentes de l'analyse
+
+- Dans une analyse de données replicable :
+  + Presenter la toatalité du code 
+  + Acoompagner le code d'explications, notamment des choix faits à chaque etape
+
+*Consequence*
+- Analyse facile a refaire si les données changent
+- Facile a modeifier
+- Facile a inspecter et verifier
+ 
+
+*** Etude de cas du reseau sentinel
+- Des anomalies peuvent survenir dans les données que nous analysons 
+  (Lignes vides ou non conformes dans un fichier de trace par ex)
+- Ne jamais faire des modifications de données à la main. => L'analyse ne pourra pa etre 
+  reproduite si une personne veut utiliser les données d'origine
+- Toutes les modifs doivent se faire dans du code
+
+
+** QUIZ
+- D'ou vient l'expression Tabula Rasa ?
+  + R : Du latin Tabula rasa qui signifie effacer tablette de cire
+- Quel aspect du travai 'Eusebe est presenté dans cette sequence?
+  + R : Ses tables canoniques. (References croisées entre les livres de l'evangile)
+- Dans quelle ligne classer le mot-clé « Analyse » dans l’index de John Locke ?
+  + R : Aa
+- Qu’est-ce qu’un fichier texte ?
+  + R : Un fichier dont le contenu est fait de caracteres UTF-8
+- Qu’est-ce qu’une balise ?
+  + Un caractère, ou une série de caractères, utilisé pour la structuration d’un document et qui sera invisible par le lecteur final
+- Markdown est un langage de balisage :
+ + Leger
+- 1. LibreOffice permet de comparer deux versions successives d’un même document.
+  + Vrai
+- Un moteur de Wiki ne permet de modifier qu'une seule page à la fois.
+  + Vrai
+-  Les serveurs comme GitHub et GitLab permettent de travailler avec des fichiers binaires comme des images.
+  + Vrai
+- Qu’est-ce que DocFetcher ?
+  + logiciel multi-plateformes
+  + Un moteur de recherche de bureau
+
+- Quelles sont les limitations de la recherche proposée par un éditeur de texte ?
+ + Elle ne fonctionne qu’avec des fichiers texte 
+ + Elle ne fonctionne que sur un fichier à la fois 
+
+- Pourquoi utiliser des étiquettes ou des mots clés ?
+ + Pour filtrer une information trop abondante
+ + Pour trouver plus vite une information pertinente.
+ 
+-  Les fichiers textes sont les seuls auxquels des étiquettes peuvent être rajoutées
+ + Faux
+
+- Un document computationnel permet de
+  + Améliorer la traçabilité d’un calcul
+  + Présenter facilement ses travaux à des collègues
+  + Accéder à l’ensemble des calculs sous-jacents à une analyse
+
+- Quel(s) environnement(s) vous sont présentés dans ce MOOC ?
+ + Rstudio
+ + Emacs/OrgMode
+ + Jupiter
+
+- Quel environnement est-il conseillé d'utiliser si votre langage de prédilection est Python ?
+ + Jupiter
+
+- Quel environnement est-il conseillé d’utiliser si votre langage de prédilection est R ?
+ + Rstudio
+-Quel environnement est utilisé quotidiennement par les trois auteurs de ce MOOC ?
+ + EMacs/OrgMode
+
+- Dans les études que nous vous avons présentées, qu'est-ce qui empêche, parfois pendant plusieurs années, le débat sur la pertinence d’une étude ?
+ + La non publication des procédures de calcul
+ + La non publication des données utilisées
+
+- Dans les différents exemples présentés (économie, IRM, cristallographie), quelles sont les principales causes d’erreurs ?
+ + acquisition des données (biais, calibrage de la machine, etc.)
+ + Erreur de calcul
+ + Traitement des données statistiques inadapté
+
+- Quelles sont les conséquences du manque de transparence ? (4 réponses attendues)
+ + Il est difficile de s’appuyer sur le travail des autres
+ + Les articles contiennent moins d'information (pas de détails sur les calculs, protocoles expérimentaux, analyse de données, etc.) et sont donc plus faciles à lire
+ + Il est difficile de vérifier et de reproduire les analyses présentées dans les articles
+ + Deux articles peuvent présenter des résultats en contradiction apparente les uns avec les autres, tout en étant tous deux parfaitement corrects, le manque de 
+   détails empêchant de déterminer les conditions exactes d'application
+
+- Que trouve-t-on généralement dans un document computationnel
+ +  Des commentaires
+ + DU code
+ + Un apercu des données
+ + Les results de calcul
+ + Des liens hypertext
+ + Des images
+
+- Que permet un document computationnel ?
+ + Inspecter les calculs
+ + Réexécuter facilement les calculs si l'environnement d'origine est disponible
+ + Documenter le code
+ + Expliquer pourquoi tel ou tel calcul est effectué en fonction des données analysées
+ + Utiliser plusieurs langages pour faire des calculs (même si cela peut demander un peu de travail)
+
+- Comment gérons-nous les données manquantes ? 
+ + Nous les supprimons avant de continuer avec l’analyse ( Pas manuellement )
+
+- Pourquoi avons-nous choisi le langage Python pour la préparation des données ?
+ + Parce que sa bibliothèque standard connaît le format ISO pour les numéros de semaine
+
+- Pourquoi devons-nous transformer les étiquettes des semaines ?
+ + Python ne peut pas interpréter le format des données d’origine
+ 
+- Quelles méthodes utilisons-nous pour vérifier notre travail ?
+ + L’inspection visuelle
+ + Du code spécifiquement écrit pour la vérification 
+

module1/exo2/fichier-markdown.md

-test
\ No newline at end of file
+# Partie 1
+## Sous-partie 1 : texte
+Une phrase sans rien
+
+*Une phrase en Italique*
+
+**Une phrase en gras**
+
+Un lien vers [fun-mooc.fr](https://www.fun-mooc.fr/)
+
+Une ligne de `code`
+
+## Sous-partie 2 : listes
+**Liste a puce**
+- item
+  - sous-item
+  - sous-item
+- item
+- item
+
+**Liste numérotée**
+1. item
+2. item
+3. item
+
+## Sous-partie 3 :code
+```
+# Extrait de code
+```
\ No newline at end of file

module2/exo1/toy_document_orgmode_python_fr.org

-#+TITLE:  Votre titre
-#+AUTHOR: Votre nom
-#+DATE:   La date du jour
+#+TITLE:  À propos du calcul de \pi
+#+AUTHOR: GNIBGA Wedan Emmnanuel
+#+DATE:   08/12/2021
 #+LANGUAGE: fr
 # #+PROPERTY: header-args :eval never-export
 
+* 1 En demandant à la lib maths
+
+Mon ordinateur m'indique que \pi vaut approximativement :
+
+#+begin_src python :results output :session :exports both
+from math import *
+pi
+#+end_src
+
+#      #+RESULTS:
+#  : 3.141592653589793
+
+* 2 En utilisant la méthode des aiguilles de Buffon
+
+Mais calculé avec la *méthode* des [[https://fr.wikipedia.org/wiki/Aiguille_de_Buffon][aiguilles de Buffon]], on obtiendrait comme *approximation* :
+
+#+begin_src python :results output :session :export both
+import numpy as np
+np.random.seed(seed=42)
+N = 10000
+x = np.random.uniform(size=N, low=0, high=1)
+theta = np.random.uniform(size=N, low=0, high=pi/2)
+2/(sum((x+np.sin(theta))>1)/N)
+#+end_src
+
+#+results:
+: 3.12891113892
+
+* 3 Avec un argument "fréquentiel" de surface
+
+Sinon, une méthode plus simple à comprendre et ne faisant pas intervenir d'appel à la fonction sinus se base sur le fait que si X∼U(0,1) et Y∼U(0,1) alors P[X^2+Y^2 ≤ 1]=\pi/4 (voir [[https://fr.wikipedia.org/wiki/M%C3%A9thode_de_Monte-Carlo#D%C3%A9termination_de_la_valeur_de_%CF%80][méthode de Monte Carlo sur Wikipedia]]). Le code suivant illustre ce fait :
+
+
+#+begin_src python :results output file :session :var matplot_lib_filename="./exemple.png" :exports results
+
+import matplotlib.pyplot as plt
+
+np.random.seed(seed=42)
+N = 1000
+x = np.random.uniform(size=N, low=0, high=1)
+y = np.random.uniform(size=N, low=0, high=1)
+
+accept = (x*x+y*y) <= 1
+reject = np.logical_not(accept)
+
+fig, ax = plt.subplots(1)
+ax.scatter(x[accept], y[accept], c='b', alpha=0.2, edgecolor=None)
+ax.scatter(x[reject], y[reject], c='r', alpha=0.2, edgecolor=None)
+ax.set_aspect('equal')
+
+plt.savefig(matplot_lib_filename)
+print(matplot_lib_filename)
+
+#+end_src
+
+#+RESULTS:
+[[file:./exemple.png]]
+
+
 #+HTML_HEAD: <link rel="stylesheet" type="text/css" href="http://www.pirilampo.org/styles/readtheorg/css/htmlize.css"/>
 #+HTML_HEAD: <link rel="stylesheet" type="text/css" href="http://www.pirilampo.org/styles/readtheorg/css/readtheorg.css"/>
 #+HTML_HEAD: <script src="https://ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/2.1.3/jquery.min.js"></script>
@@ -91,3 +150,4 @@ faisant ~<p~, ~<P~ ou ~<PP~ suivi de ~Tab~).
 
 Maintenant, à vous de jouer! Vous pouvez effacer toutes ces
 informations et les remplacer par votre document computationnel.
+