Update Notes_on_module_2.md ; principe du document computationnel

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@@ -78,3 +78,33 @@ Recommandations issues de cet article :
 [Sur les boots camps destinés aux chercheurs - quelques indices de bonnes pratiques dans cet article](https://www.nature.com/news/boot-camps-teach-scientists-computing-skills-1.15799)
 [Les erreurs dans les spreadsheets en biologie](https://qz.com/768334/years-of-genomics-research-is-riddled-with-errors-thanks-to-a-bunch-of-botched-excel-spreadsheets/)
 
+## Le document computationnel : principe 
+
+Objectif essentiel de ce type de document : permettre une transparence la plus complète possible
+- Données : obtenues sur des machines
+- Analysées et visualisées, échangées avec des collègues 
+- Allez-retours entre acquisition et analyses de données 
+
+Au bout de tout cela : publication : une jolie histoire, des figures convaincantes, mais pas moyen de voir tout le travail sous-jacent
+
+Objectifs méthodologiques de la recherche reproductible : 
+- Inspecter 
+- Refaire : vérifier, corriger les erreurs 
+
+Partie émergée d'un document computationnel : la vitrine 
+Document initial : son environnement 
+Exemple : notebook Jupyter (qui possède une console Python en interne): 
+- fragments Markdown
+- fragments de code
+
+Cette console est "vivante", ce qui incite à écrire les bours de code petit à petit
+Chaque zone est ensuite transformée vers un seul document Markdown 
+On peut choisir de partager le document final ou le document computationnel. 
+
+Différents outils mais un même principe : 
+- un seul document avec explications, code, résultats des exécutions : permet inspection et vérification, réexécution 
+- session : la console vérifie que les variables sont persistantes
+- export vers un autre format
+
+Différences entre les trois outils sont relativement mineures et portent sur : syntaxe, interopérabilité des langages, contrôle offert lors de l'export
+OrgMode est pratique pour LateX
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